| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,003,978 | G→A | 34.1% | V23V (GTC→GTT) | hybD ← | predicted maturation element for hydrogenase 2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,003,978 | 0 | G | A | 34.1% | 96.5 / 65.4 | 120 | V23V (GTC→GTT) | hybD | predicted maturation element for hydrogenase 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (60/19); new base A (20/21); total (80/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.09e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.53e-01 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
CCCGCCGTGCCGCCATCGAGGATCTCAACATAATCCGGCAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCGACAATCCGCACACCGATGGCTTCATCGGTCAGCAAAATATTGCCGACCC > minE/2003913‑2004027 | cccGCCGTGCCGCCATCGAGGATCTCAACATAATCCGGCAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCGACa < 1:1295237/69‑1 (MQ=255) ccgccATCGAGGATCTCAACATAATCCGGCAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCGACAATCCGcaca < 1:3253304/69‑1 (MQ=255) ccgccATCGAGGATCTCAACATAATCCGGCAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCGACAATCCGcaca < 1:179399/69‑1 (MQ=255) ccgccATCGAGGATCTCAACATAATCCGGCAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCGACAATCCGcaca < 1:385163/69‑1 (MQ=255) ccgccATCGAGGATCTCAACATAATCCGGCAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCGACAATCCGcaca < 1:436625/69‑1 (MQ=255) ccgccATCGAGGATCTCAACATAATCCGGCAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCGACAATCCGcaca < 1:3156105/69‑1 (MQ=255) ccgccATCGAGGATCTCAACATAATCCGGCAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCGACAATCCGcaca < 1:2042047/69‑1 (MQ=255) gAGGATCTCAACATAATCCGGCAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCGACAATCCg > 1:1909828/1‑57 (MQ=255) gAGGATCTCAACATAATCCGGCAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCGACAATCCg > 1:842203/1‑57 (MQ=255) gAGGATCTCAACATAATCCGGCAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCGACAATCCg > 1:3224358/1‑57 (MQ=255) gAGGATCTCAACATAATCCGGCAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCGACAATCCg > 1:2936857/1‑57 (MQ=255) gAGGATCTCAACATAATCCGGCAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCGACAATCCg > 1:2010765/1‑57 (MQ=255) gAGGATCTCAACATAATCCGGCAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCGACAATCCGCACACCGATgg > 1:1990700/1‑68 (MQ=255) gAGGATCTCAACATAATCCGGCAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCGACAATCCGCACACCGATGGc > 1:3415826/1‑69 (MQ=255) gAGGATCTCAACATAATCCGGCAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCGACAATCCGCACACCGATGGc > 1:1940955/1‑69 (MQ=255) gAGGATCTCAACATAATCCGGCAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCGACAATCCGCACACCGATGGc > 1:411056/1‑69 (MQ=255) gAGGATCTCAACATAATCCGGCAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCGACAATCCGCACACCGATGGc > 1:3308594/1‑69 (MQ=255) gAGGATCTCAACATAATCCGGCAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCGACAATCCGCACACCGATGGc > 1:1249352/1‑69 (MQ=255) gAGGATCTCAACATAATCCGGCAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCGACAATCCGCACACCGATGGc > 1:2016652/1‑69 (MQ=255) aTCTCAACATAATCCGGCAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCGACAATCCGCACACCGATGGCTTCa > 1:1496874/1‑69 (MQ=255) aTCTCAACATAATCCGGCAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCGACAATCCGCACACCGATGGCTTCa > 1:808018/1‑69 (MQ=255) aTCTCAACATAATCCGGCAGAATGTATCGATGCTCTAAAGCTTCGACaa > 1:2869659/1‑49 (MQ=255) ctcAACATAATCCGGGAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCGACAATCCg < 1:835083/51‑1 (MQ=255) ctcAACATAATCCGGCAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCGACAATCCg < 1:2367569/51‑1 (MQ=255) ctcAACATAATCCGGCAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCGACAATCCg < 1:1858850/51‑1 (MQ=255) ctcAACATAATCCGGCAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCGACAATCCGCACAcc > 1:24536/1‑57 (MQ=255) ctcAACATAATCCGGCAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCGACAATCCGCACAcc > 1:1198116/1‑57 (MQ=255) ctcAACATAATCCGGCAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCGACAATCCGCACACCGATGGCTTCATc > 1:2213584/1‑69 (MQ=255) ctcAACATAATCCGGCAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCGACAATCCGCACACCGATGGCTTCATc > 1:1139307/1‑69 (MQ=255) cATAATCCGGCAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTGAACAATCCg > 1:3113681/1‑46 (MQ=39) cATAATCCGGCAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCAACAATCCg > 1:2109783/1‑46 (MQ=255) cATAATCCGGCAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCAACAATCCg > 1:1073347/1‑46 (MQ=255) cATAATCCGGCAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCAACAATCCg > 1:3059143/1‑46 (MQ=255) cATAATCCGGCAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCAACAATCCg > 1:2976004/1‑46 (MQ=255) cATAATCCGGCAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCAACAATCCg > 1:2401386/1‑46 (MQ=255) cATAATCCGGCAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCAACAATCCg > 1:2515396/1‑46 (MQ=255) cATAATCCGGCAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCAACAATCCg > 1:1904406/1‑46 (MQ=255) cATAATCCGGCAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCAACAATCCg > 1:1561552/1‑46 (MQ=255) cATAATCCGGCAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCAACAATCCg > 1:1413897/1‑46 (MQ=255) cATAATCCGGCAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCAACAATCCg > 1:627711/1‑46 (MQ=255) cATAATCCGGCAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCAACAATCCg > 1:2094739/1‑46 (MQ=255) cATAATCCGGCAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCAACAATCCg > 1:135859/1‑46 (MQ=255) cATAATCCGGCAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCAACAATCCg > 1:1357873/1‑46 (MQ=255) cATAATCCGGCAGAATGTATCGTTCCTCTAACGCTTCAACAATCCg > 1:1277437/1‑46 (MQ=255) aTCCGGCAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCGACAATCCGCACACCGATGGCTTCATCGGTCAGCaa > 1:1530712/1‑69 (MQ=255) aTCCGGCAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCGACAATCCGCACACCGATGGCTTCATCGGTCAGCaa > 1:623377/1‑69 (MQ=255) ccGGCAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCAACAATCCGCACACCGATGGCTTCATCGGTCAGCaaaa < 1:740253/69‑1 (MQ=255) ccGGCAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCAACAATCCGCACACCGATGGCTTCATCGGTCAGCaaaa < 1:2765533/69‑1 (MQ=255) ccGGCAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCAACAATCCGCACACCGATGGCTTCATCGGTCAGCaaaa < 1:2769858/69‑1 (MQ=255) ccGGCAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCAACAATCCGCACACCGATGGCTTCATCGGTCAGCaaaa < 1:2813568/69‑1 (MQ=255) ccGGCAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCAACAATCCGCACACCGATGGCTTCATCGGTCAGCaaaa < 1:946668/69‑1 (MQ=255) ccGGCAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCAACAATCCGCACACCGATGGCTTCATCGGTCAGCaaaa < 1:895971/69‑1 (MQ=255) ccGGCAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCAACAATCCGCACACCGATGGCTTCATCGGTCAGCaaaa < 1:2916051/69‑1 (MQ=255) ccGGCAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCAACAATCCGCACACCGATGGCTTCATCGGTCAGCaaaa < 1:3122433/69‑1 (MQ=255) ccGGCAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCAACAATCCGCACACCGATGGCTTCATCGGTCAGCaaaa < 1:441330/69‑1 (MQ=255) 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cGGCAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCGACAATCCGCACACCGATGGCTTCATCGGTCAGCAAAat < 1:2233952/69‑1 (MQ=255) ggCAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCGACAATCCGCACACCGATGGCTTCATCGGTCAGCAAAat < 1:2299550/68‑1 (MQ=255) aGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCGACAATCCGCACACCGATGGCTTCATCGGTCAGCAAAATATTg < 1:2238466/69‑1 (MQ=255) aaTGTATCGTTGCTCTAACGCTTCGACAATCCGCACACCGATGGCTTCATCGGTCAGCAAAATATTGcc < 1:300604/69‑1 (MQ=255) aaTGTATCGTTGCTCTAACGCTTCGACAATCCGCACACCGATGGCTTCATCGGTCAGCAAAATATTGcc < 1:3193655/69‑1 (MQ=255) aaTGTATCGTTGCTCTAACGCTTCGACAATCCGCACACCGATGGCTTCATCGGTCAGCAAAATATTGcc < 1:673148/69‑1 (MQ=255) aTGTATCGTTGCTCTAACGCTTCGACAATCCGCACACCGATGGCt > 1:343256/1‑45 (MQ=255) aTGTATCGTTGCTCTAACGCTTCGACAATCCGCACACCGATGGCTTCATCGGTCAGCAAAATATTGCCg > 1:144011/1‑69 (MQ=255) aTGTATCGTTGCTCTAACGCTTCGACAATCCGCACACCGATGGCTTCATCGGTCAGCAAAATATTGCCg > 1:919128/1‑69 (MQ=255) aTGTATCGTTGCTCTAACGCTTCGACAATCCGCACACCGATGGCTTCATCGGTCAGCAAAATATTGCCg > 1:2560622/1‑69 (MQ=255) tGTATCGTTGCTCTAACGCTTCGACAATCCGCACACCGAt > 1:2174299/1‑40 (MQ=255) 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tATCGTTGCTCTAACGCTTCGACAATCCGCACACCGATGGCTTCATCGGTCAGCAAAATATTGCCGAcc > 1:3332220/1‑69 (MQ=255) tATCGTTGCTCTAACGCTTCGACAATCCGCACACCGATGGCTTCATCGGTCAGCAAAATATTGCCGAcc > 1:325837/1‑69 (MQ=255) tATCGTTGCTCTAACGCTTCGACAATCCGCACACCGATGGCTTCATCGGTCAGCAAAATATTGCCGAc > 1:2365056/1‑68 (MQ=255) gTTGCTCTAACGCTTCGACAATCCGCACACCGATGGc > 1:1140996/1‑37 (MQ=255) gTTGCTCTAACGCTTCGACAATCCGCACACCGATGGCTTCATCGGTCAGCAAAata > 1:1364155/1‑56 (MQ=255) gTTGCTCTAACGCTTCGACAATCCGCACACCGATGGCTTCATCGGTCAGCAAAATATTGCCGAccc > 1:1418221/1‑66 (MQ=255) gTTGCTCTAACGCTTCGACAATCCGCACACCGATGGCTTCATCGGTCAGCAAAATATTGCCGAccc > 1:1529689/1‑66 (MQ=255) gTTGCTCTAACGCTTCGACAATCCGCACACCGATGGCTTCATCGGTCAGCAAAATATTGCCGAccc > 1:3430182/1‑66 (MQ=255) gTTGCTCTAACGCTTCGACAATCCGCACACCGATGGCTTCATCGGTCAGCAAAATATTGCCGAccc > 1:329704/1‑66 (MQ=255) gTTGCTCTAACGCTTCGACAATCCGCACACCGATGGCTTCATCGGTCAGCAAAATATTGCCGAccc > 1:865807/1‑66 (MQ=255) gTTGCTCTAACGCTTCGACAATCCGCACACCGATGGCTTCATCGGTCAGCAAAATATTGCCGAccc > 1:2527840/1‑66 (MQ=255) gTTGCTCTAACGCTTCGACAATCCGCACACCGATGGCTTCATCGGTCAGCAAAATATTGCCGAccc > 1:1064339/1‑66 (MQ=255) tAACGCTTCAACAATCCGCACACCGATGGCTTCATCGGTCAGCaaaa < 1:915195/47‑1 (MQ=255) cGCTTCAACAATCCGCACACCGATGGCTTCATCGGTCAGCaaaa < 1:3058630/44‑1 (MQ=255) | CCCGCCGTGCCGCCATCGAGGATCTCAACATAATCCGGCAGAATGTATCGTTGCTCTAACGCTTCGACAATCCGCACACCGATGGCTTCATCGGTCAGCAAAATATTGCCGACCC > minE/2003913‑2004027 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |