| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,005,051 | G→A | 64.4% | G233G (GGC→GGT) | hybC ← | hydrogenase 2, large subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,005,051 | 0 | G | A | 64.4% | 44.4 / 42.7 | 73 | G233G (GGC→GGT) | hybC | hydrogenase 2, large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (9/17); new base A (15/32); total (24/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CAACAAAGTCGCTCAGTTTGTCGATGAAAGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACGCCCAAACCGTCGAGGTTGATCGGGTTCGCGACACCACCTACCGCCAGGTTCTGAATGTGCGG > minE/2004987‑2005113 | caacaaAGTCGCTCAGTTTGTCGATGTAAGACTTGATGTACATCAGGCGCT‑AAGGTTCAGCACGCCCaa < 1:3053492/69‑1 (MQ=255) caaAGTCGCTCAGTTTGTCGATGAAAGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACGCCCaa < 1:3191474/67‑1 (MQ=255) caaAGTCGCTCAGTTTGTCGATGAAAGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACGCCCaa < 1:3426094/67‑1 (MQ=255) caaAGTCGCTCAGTTTGTCGATGAAAGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACGCCCaa < 1:1283465/67‑1 (MQ=255) caaAGTCGCTCAGTTTGTCGATGAAAGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACGCCCaa < 1:1122782/67‑1 (MQ=255) ttGTCGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGa < 1:2509754/61‑1 (MQ=255) ttGTCGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGa < 1:241836/61‑1 (MQ=255) ttGTCGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGa < 1:3416278/61‑1 (MQ=255) ttGTCGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGa < 1:2927889/61‑1 (MQ=255) ttGTCGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGa < 1:2274138/61‑1 (MQ=255) ttGTCGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGa < 1:1004481/61‑1 (MQ=255) ttGTCGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGa < 1:2047523/61‑1 (MQ=255) ttGTCGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGa < 1:1929219/61‑1 (MQ=255) ttGTCGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGa < 1:595742/61‑1 (MQ=255) ttGTCGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGa < 1:1701635/61‑1 (MQ=255) ttGTCGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGa < 1:1682809/61‑1 (MQ=255) ttGTCGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGa < 1:746061/61‑1 (MQ=255) ttGTCGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGa < 1:1532328/61‑1 (MQ=255) ttGTCGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGa < 1:1321474/61‑1 (MQ=255) ttGTCGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGa < 1:1086448/61‑1 (MQ=255) ttGTCGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGa < 1:1412157/61‑1 (MQ=255) ttGTCGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGa < 1:1091196/61‑1 (MQ=255) tGTCGATGAAAGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACGCCCAAACCGTCGAGGTTGATc > 1:204093/1‑68 (MQ=255) tGTCGATGAAAGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACGCCCAAACCGTCGAGGTTGATCg > 1:786154/1‑69 (MQ=255) tGTCGATGAAAGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACGCCCAAACCGTCGAGGTTGATCg > 1:2377126/1‑69 (MQ=255) tGTCGATGAAAGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACGCCCAAACCGTCGAGGTTGATCg > 1:1714361/1‑69 (MQ=255) tGTCGATGAAAGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACGCCCAAACCGTCGAGGTTGATCg > 1:2597983/1‑69 (MQ=255) tGTCGATGAAAGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACGCCCAAACCGTCGAGGTTGATCg > 1:2587814/1‑69 (MQ=255) cGATGAAGGACTTGATGTACATCATGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCggg < 1:2663829/68‑1 (MQ=255) cGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCggg < 1:2361350/68‑1 (MQ=255) cGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCggg < 1:252494/68‑1 (MQ=255) cGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCggg < 1:2708257/68‑1 (MQ=255) cGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCggg < 1:2830734/68‑1 (MQ=255) cGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCggg < 1:3017097/68‑1 (MQ=255) cGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCggg < 1:927483/68‑1 (MQ=255) cGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCggg < 1:1560198/68‑1 (MQ=255) cGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCggg < 1:2186552/68‑1 (MQ=255) cGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCggg < 1:428318/68‑1 (MQ=255) cGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCggg < 1:1429072/68‑1 (MQ=255) cGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCggg < 1:1890635/68‑1 (MQ=255) cGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCggg < 1:890300/68‑1 (MQ=255) cGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCggg < 1:1896855/68‑1 (MQ=255) gATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCggg < 1:1214552/67‑1 (MQ=255) gATGAAAGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACGCCCAAACCGTCGAGGTTGATCGGGtt < 1:1466059/69‑1 (MQ=255) gATGAAAGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACGCCCAAACCGTCGAGGTTGATCGGGtt < 1:3337750/69‑1 (MQ=255) aCTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACGCCCAAACCGTCGAGGTTGATCGGGTTCGCGacac < 1:277538/69‑1 (MQ=255) aCTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACGCCCAAACCGTCGAGGTTGATCGGGTTCGCGacac < 1:1456105/69‑1 (MQ=255) tACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACGCCCAAACCGTCGAGGTTGATCGGGTTc > 1:282905/1‑54 (MQ=255) tACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACGCCCAAACCGTCGAGGTTGATCGGGTTc > 1:157987/1‑54 (MQ=255) tACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACGCCCAAACCGTCGAGGTTGATCGGGTTc > 1:3116143/1‑54 (MQ=255) cTCAAGGTTCAGCACGCCCAAACCGTCGAGGTTGATCGGGTTCGCGACACCACCTACCGCCAGGTTCTg < 1:495806/69‑1 (MQ=255) cTCAAGGTTCAGCACGCCCAAACCGTCGAGGTTGATCGGGTTCGCGACACCACCTACCGCCAGGTTCTg < 1:459093/69‑1 (MQ=255) cTCAAGGTTCAGCACGCCCAAACCGTCGAGGTTGATCGGGTTCGCGACACCACCTACCGCCAGGTTCTg < 1:1474325/69‑1 (MQ=255) cTCAAGGTTCAGCACGCCCAAACCGTCGAGGTTGATCGGGTTCGCGACACCACCTACCGCCAGGTTCTg < 1:314306/69‑1 (MQ=255) tCAAGGTTCAGCACGCCCAAACCGTCGAGGTTGATCGGGTTCGCGACACCACCTACCGCCAGGTTCTg < 1:3342301/68‑1 (MQ=255) tCAAGGTTCAGCACGCCCAAACCGTCGAGGTTGATCGGGTTCGCGACACCACCTACCGCCAGGTTCTg < 1:1031581/68‑1 (MQ=255) cAAGGTTCAGCACGCCCAAACCGTCGAGGTTGATCGGGTTCGCGACACCACCTACCGCCAGGTTCTGaa < 1:2907064/69‑1 (MQ=255) cAAGGTTCAGCACGCCCAAACCGTCGAGGTTGATCGGGTTCGCGACACCACCTACCGCCAGGTTCTGaa < 1:2024015/69‑1 (MQ=255) cAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCGGGTTCGCGACACCACCTACCGCCAGGTTCTGAATATgcgg > 1:489478/1‑69 (MQ=255) cAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCGGGTTCGCGACACCACCTACCGCCAGGTTCTGAATATgcgg > 1:963421/1‑69 (MQ=255) cAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCGGGTTCGCGACACCACCTACCGCCAGGTTCTGAATATgcgg > 1:1066710/1‑69 (MQ=255) cAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCGGGTTCGCGACACCACCTACCGCCAGGTTCTGAATATgcgg > 1:1231350/1‑69 (MQ=255) cAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCGGGTTCGCGACACCACCTACCGCCAGGTTCTGAATATgcgg > 1:83475/1‑69 (MQ=255) cAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCGGGTTCGCGACACCACCTACCGCCAGGTTCTGAATATgcgg > 1:1489255/1‑69 (MQ=255) cAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCGGGTTCGCGACACCACCTACCGCCAGGTTCTGAATATgcgg > 1:1569015/1‑69 (MQ=255) cAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCGGGTTCGCGACACCACCTACCGCCAGGTTCTGAATATgcgg > 1:1755596/1‑69 (MQ=255) cAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCGGGTTCGCGACACCACCTACCGCCAGGTTCTGAATATgcgg > 1:1936129/1‑69 (MQ=255) cAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCGGGTTCGCGACACCACCTACCGCCAGGTTCTGAATATgcgg > 1:3184919/1‑69 (MQ=255) cAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCGGGTTCGCGACACCACCTACCGCCAGGTTCTGAATATgcgg > 1:2139974/1‑69 (MQ=255) cAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCGGGTTCGCGACACCACCTACCGCCAGGTTCTGAATATgcgg > 1:2168808/1‑69 (MQ=255) cAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCGGGTTCGCGACACCACCTACCGCCAGGTTCTGAATATgcgg > 1:2322505/1‑69 (MQ=255) cAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCGGGTTCGCGACACCACCTACCGCCAGGTTCTGAATATgcgg > 1:2551491/1‑69 (MQ=255) cAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCGGGTTCGCGACACCACCTACCGCCAGGTTCTGAATATgcgg > 1:3293755/1‑69 (MQ=255) | CAACAAAGTCGCTCAGTTTGTCGATGAAAGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACGCCCAAACCGTCGAGGTTGATCGGGTTCGCGACACCACCTACCGCCAGGTTCTGAATGTGCGG > minE/2004987‑2005113 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |