| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,005,368 | T→C | 23.9% | T128A (ACC→GCC) | hybC ← | hydrogenase 2, large subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,005,368 | 0 | T | C | 23.9% | 59.3 / 14.3 | 50 | T128A (ACC→GCC) | hybC | hydrogenase 2, large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/10); new base C (5/7); total (33/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.74e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.46e-01 | |||||||||||
CTCTTCCGGACTGTTCAGGTGCCAGGTCGAAACGCCTTTCAGCATTTCGGAGGCTTTGGTTGGGTCAGCTTGCAGTGCAGAAGTGATGTCCACCCAGTCCAGCGCCGAAAGCTGATAGAAATGAACA > minE/2005309‑2005435 | ctctTCCGGACTGTTCAGGTGCCAGGTCGAAACGCCTTTCAGCATTTCGGAGGCTTTGGTTGGGTCAGc > 1:814497/1‑69 (MQ=255)ctctTCCGGACTGTTCAGGTGCCAGGTCGAAACGCCTTTCAGCATTTCGGAGGCTTTGGTTGGGTCAGc > 1:2979072/1‑69 (MQ=255)ctctTCCGGACTGTTCAGGTGCCAGGTCGAAACGCCTTTCAGCATTTCGGAGGCTTTGGTTGGGTCAGc > 1:1789895/1‑69 (MQ=255)ctctTCCGGACTGTTCAGGTGCCAGGTCGAAACGCCTTTCAGCATTTCGGAGGCTTTGGTTGGGTCAGc > 1:1687183/1‑69 (MQ=255) ccGGACTGTTCAGGTGCCAGGTCGAAACGCCTTTCAGCATTTCGGAGGCTTTGGTTGGGTCAGCTtg < 1:127882/67‑1 (MQ=255) ccGGACTGTTCAGGTGCCAGGTCGAAACGCCTTTCAGCATTTCGGAGGCTTTGGTTGGGTCAGCTtg < 1:1291330/67‑1 (MQ=255) ccGGACTGTTCAGGTGCCAGGTCGAAACGCCTTTCAGCATTTCGGAGGCTTTGGTTGGGTCAGCTtg < 1:2475908/67‑1 (MQ=255) ccGGACTGTTCAGGTGCCAGGTCGAAACGCCTTTCAGCATTTCGGAGGCTTTGGTTGGGTCAGCTtg < 1:1681147/67‑1 (MQ=255) ggACTGTTCAGGTGCCAGGTCGAAACGCCTTTCAGCATTTCGGAGGCTTTGGTTGGGTCAGCTtgcag < 1:902226/68‑1 (MQ=255) ggACTGTTCAGGTGCCAGGTCGAAACGCCTTTCAGCATTTCGGAGGCTTTGGTTGGGTCAGCTtgcag < 1:2353883/68‑1 (MQ=255) ggACTGTTCAGGTGCCAGGTCGAAACGCCTTTCAGCATTTCGGAGGCTTTGGTTGGGTCAGCTtgcag < 1:2197542/68‑1 (MQ=255) cAGGTGCCAGGTCGAAACGCCTTTCAGCATTTCGGAGGCTTTGGTTGGGTCAGCTTGCAGTGCAGAAGt < 1:2008872/69‑1 (MQ=255) cAGGTGCCAGGTCGAAACGCCTTTCAGCATTTCGGAGGCTTTGGTTGGGTCAGCTTGCAGTGCAGAAGt > 1:2043792/1‑69 (MQ=255) cAGGTGCCAGGTCGAAACGCCTTTCAGCATTTCGGAGGCTTTGGTTGGGTCAGCTTGCAGTGCAGAAGt > 1:2976230/1‑69 (MQ=255) cGAAACGCCTTTCAGCATTTCGGAGGCTTTGGTTGGGTCAGCTTGCAGTGCAGAAGTGATGTCCACCCa > 1:630991/1‑69 (MQ=255) cGAAACGCCTTTCAGCATTTCGGAGGCTTTGGTTGGGTCAGCTTGCAGTGCAGAAGTGATGTCCACCCa > 1:2067132/1‑69 (MQ=255) cGAAACGCCTTTCAGCATTTCGGAGGCTTTGGTTGGGTCAGCTTGCAGTGCAGAAGTGATGTCCACCCa > 1:2877523/1‑69 (MQ=255) gAAACGCCTTTCAGCATTTCGGAGGCTTTGGTTGGGTCAGCTTGCAGTGCAGAAGTGATGTCCACCCAg > 1:1475543/1‑69 (MQ=255) aCGCCTTTCAGCATTTCGGAGGCTTTGGTTGGGTCAGCTTGCAGTGCAGAAGTGATGTCCACCCAGTcc < 1:2012595/69‑1 (MQ=255) aCGCCTTTCAGCATTTCGGAGGCTTTGGTTGGGTCAGCTTGCAGTGCAGAAGTGATGTCCACCCAGTcc < 1:2690499/69‑1 (MQ=255) ttCAGCATTTCGGAGGCTTTGGCTGGATCAGCTTGCAGTGCAGAAGTGATGTCCACCCAGTCCAgcgc > 1:2952797/1‑68 (MQ=255) ttCAGCATTTCGGAGGCTTTGGCTGGATCAGCTTGCAGTGCAGAAGTGATGTCCACCCAGTCCAgcgc > 1:1608064/1‑68 (MQ=255) ttCAGCATTTCGGAGGCTTTGGCTGGATCAGCTTGCAGTGCAGAAGTGATGTCCACCCAGTCCAgcgc > 1:1501133/1‑68 (MQ=255) ttCAGCATTTCGGAGGCTTTGGCTGGATCAGCTTGCAGTGCAGAAGTGATGTCCACCCAGTCCAgcgc > 1:2864141/1‑68 (MQ=255) ttCAGCATTTCGGAGGCTTTGGCTGGATCAGCTTGCAGTGCAGAAGTGATGTCCACCCAGTCCAgcgc > 1:2833470/1‑68 (MQ=255) tCGGAGGCTTTGGTTGGGTCAGCTTGCAGTGCAGAAGTGATGTCCAGCCAGTCCAGCGCCGAAAGCt > 1:1624558/1‑67 (MQ=255) tCGGAGGCTTTGGTTGGGTCAGCTTGCAGTGCAGAAGTGATGTCCACCCAGTCCAGCGCCGAAAGCt > 1:3263695/1‑67 (MQ=255) tCGGAGGCTTTGGTTGGGTCAGCTTGCAGTGCAGAAGTGATGTCCACCCAGTCCAGCGCCGAAAGCt > 1:3292697/1‑67 (MQ=255) tCGGAGGCTTTGGTTGGGTCAGCTTGCAGTGCAGAAGTGATGTCCACCCAGTCCAGCGCCGAAAGCt > 1:528806/1‑67 (MQ=255) tCGGAGGCTTTGGTTGGGTCAGCTTGCAGTGCAGAAGTGATGTCCACCCAGTCCAGCGCCGAAAGCt > 1:68406/1‑67 (MQ=255) tCGGAGGCTTTGGTTGGGTCAGCTTGCAGTGCAGAAGTGATGTCCACCCAGTCCAGCGCCGAAAGCt > 1:818424/1‑67 (MQ=255) tCGGAGGCTTTGGTTGGGTCAGCTTGCAGTGCAGAAGTGATGTCCACCCAGTCCAGCGCCGAAAGCt > 1:230904/1‑67 (MQ=255) tCGGAGGCTTTGGTTGGGTCAGCTTGCAGTGCAGAAGTGATGTCCACCCAGTCCAGCGCCGAAAGCt > 1:1613376/1‑67 (MQ=255) tCGGAGGCTTTGGTTGGGTCAGCTTGCAGTGCAGAAGTGATGTCCACCCAGTCCAGCGCCGAAAGCt > 1:2650934/1‑67 (MQ=255) tCGGAGGCTTTGGTTGGGTCAGCTTGCAGTGCAGAAGTGATGTCCACCCAGTCCAGCGCCGAAAGCt > 1:1680264/1‑67 (MQ=255) tCGGAGGCTTTGGTTGGGTCAGCTTGCAGTGCAGAAGTGATGTCCACCCAGTCCAGCGCCGAAAGCt > 1:1775977/1‑67 (MQ=255) tCGGAGGCTTTGGTTGGGTCAGCTTGCAGTGCAGAAGTGATGTCCACCCAGTCCAGCGCCGAAAGCt > 1:2289585/1‑67 (MQ=255) tCGGAGGCTTTGGTTGGGTCAGCTTGCAGTGCAGAAGTGATGTCCACCCAGTCCAGCGCCGAAAGCt > 1:1803556/1‑67 (MQ=255) tCGGAGGCTTTGGTTGGGTCAGCTTGCAGTGCAGAAGTGATGTCCACCCAGTCCAGCGCCGAAAGCt > 1:1830762/1‑67 (MQ=255) tCGGAGGCTTTGGCTGGATCAGCTTGCAGTGCAGAAGTGATGTCCACCCAGTCCAGCGCCGAAAGCTGa < 1:1251638/69‑1 (MQ=255) tCGGAGGCTTTGGCTGGATCAGCTTGCAGTGCAGAAGTGATGTCCACCCAGTCCAGCGCCGAAAGCTGa < 1:489101/69‑1 (MQ=255) tCGGAGGCTTTGGCTGGATCAGCTTGCAGTGCAGAAGTGATGTCCACCCAGTCCAGCGCCGAAAGCTGa < 1:3332375/69‑1 (MQ=255) tCGGAGGCTTTGGCTGGATCAGCTTGCAGTGCAGAAGTGATGTCCACCCAGTCCAGCGCCGAAAGCTGa < 1:1209337/69‑1 (MQ=255) tCGGAGGCTTTGGCTGGATCAGCTTGCAGTGCAGAAGTGATGTCCACCCAGTCCAGCGCCGAAAGCTGa < 1:252946/69‑1 (MQ=255) tCGGAGGCTTTGGCTGGATCAGCTTGCAGTGCAGAAGTGATGTCCACCCAGTCCAGCGCCGAAAGCTGa < 1:2839916/69‑1 (MQ=255) tCGGAGGCTTTGGCTGGATCAGCTTGCAGTGCAGAAGTGATGTCCACCCAGTCCAGCGCCGAAAGCTGa < 1:2781276/69‑1 (MQ=255) ggCTTTGGTTGGGTCAGCTTGCAGTGCAGAAGTGATGTCCACCCAGTCCa > 1:2977872/1‑50 (MQ=255) ggCTTTGGTTGGGTCAGCTTGCAGTGCAGAAGTGATGTCCACCCAGTCCAGCGCCGAAAGCTGATAg > 1:1462324/1‑67 (MQ=255) ggCTTTGGTTGGGTCAGCTTGCAGTGCAGAAGTGATGTCCACCCAGTCCAGCGCCGAAAGCTGATAGaa > 1:535679/1‑69 (MQ=255) ggCTTTGGTTGGGTCAGCTTGCAGTGCAGAAGTGATGTCCACCCAGTCCAGCGCCGAAAGCTGATAGa > 1:2692075/1‑68 (MQ=255) ttggGTCAGCTTGCAGTGCAGAAGTGATGTCCACCCAGTCCAGCGCCGAAAGCTGATAGAAATGAACa < 1:1841260/68‑1 (MQ=255) ttggGTCAGCTTGCAGTGCAGAAGTGATGTCCACCCAGTCCAGCGCCGAAAGCTGATAGAAATGAACa < 1:213809/68‑1 (MQ=255) ttggGTCAGCTTGCAGTGCAGAAGTGATGTCCACCCAGTCCAGCGCCGAAAGCTGATAGAAATGAACa < 1:1353571/68‑1 (MQ=255) | CTCTTCCGGACTGTTCAGGTGCCAGGTCGAAACGCCTTTCAGCATTTCGGAGGCTTTGGTTGGGTCAGCTTGCAGTGCAGAAGTGATGTCCACCCAGTCCAGCGCCGAAAGCTGATAGAAATGAACA > minE/2005309‑2005435 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |