| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,028,140 | C→T | 60.2% | Q198Q (CAG→CAA) | parC ← | DNA topoisomerase IV, subunit A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,028,140 | 0 | C | T | 60.2% | 47.1 / 75.3 | 108 | Q198Q (CAG→CAA) | parC | DNA topoisomerase IV, subunit A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (19/24); new base T (38/27); total (57/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.27e-01 | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
CGGCCCCTGCACGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAGGTTATGCGGTGGAATATCGGTCGC > minE/2028095‑2028205 | cGGCCCCTGCACGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGTCGATTAATGc > 1:65748/1‑60 (MQ=255)cGGCCCCTGCACGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGTCGATTAATGCg > 1:1748750/1‑61 (MQ=255)cGGCCCCTGCACGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGTCGATTAATGCg > 1:2826671/1‑61 (MQ=255)cGGCCCCTGCACGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGTCGATTAATGCg < 1:2318078/61‑1 (MQ=255)cGGCCCCTGCACGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGTCGATTAATGCg < 1:32157/61‑1 (MQ=255)cGGCCCCTGCACGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGTCGATTAATGCg < 1:1261525/61‑1 (MQ=255)cGGCCCCTGCACGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGTCGATTAATGCg > 1:638696/1‑61 (MQ=255)cGGCCCCTGCACGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGTCGATTAATGCg < 1:1124034/61‑1 (MQ=255)cGGCCCCTGCACGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGTCGATTAATGCg > 1:1949062/1‑61 (MQ=255)cGGCCCCTGCACGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGTCGATTAATGCg > 1:798363/1‑61 (MQ=255)cGGCCCCTGCACGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGTCGATTAATGCg > 1:1057426/1‑61 (MQ=255) tGCACGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGcc > 1:2043038/1‑69 (MQ=255) tGCACGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGcc > 1:601952/1‑69 (MQ=255) tGCACGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGcc > 1:2899484/1‑69 (MQ=255) tGCACGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGcc > 1:2406402/1‑69 (MQ=255) tGCACGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGcc > 1:2659874/1‑69 (MQ=255) tGCACGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGcc > 1:1490256/1‑69 (MQ=255) tGCACGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGcc > 1:1587621/1‑69 (MQ=255) tGCACGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGcc > 1:1835295/1‑69 (MQ=255) tGCACGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGcc > 1:2608957/1‑69 (MQ=255) aCGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGTTGGTc 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gCTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAGGTTATGCGGTGGAATATCGGTCGc < 1:2008703/67‑1 (MQ=255) | CGGCCCCTGCACGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAGGTTATGCGGTGGAATATCGGTCGC > minE/2028095‑2028205 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |