| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,031,571 | A→G | 59.4% | D237D (GAT→GAC) | cpdA ← | cyclic 3',5'‑adenosine monophosphate phosphodiesterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,031,571 | 0 | A | G | 59.4% | 38.1 / 59.0 | 86 | D237D (GAT→GAC) | cpdA | cyclic 3',5'‑adenosine monophosphate phosphodiesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (17/18); new base G (22/29); total (39/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCACCTCGGTGGTCAGCGTGCCATCAGCATGTAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTATCCAGCGTAAAGTTGGAACAGTGCGGCTTAAACTGCACACAGGTCGACGGCGTTGCCAGCAGGCGGC > minE/2031507‑2031638 | gCACCTCGGTGGTCAGCGTGCCATCAGCATGTAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTATCCa > 1:972330/1‑69 (MQ=255)gCACCTCGGTGGTCAGCGTGCCATCAGCATGTAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTATCCa > 1:1181003/1‑69 (MQ=255) ggtCAGCGTGCCATCAGCATGTAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCTATGGTGTCCAGCGTAAAGtt < 1:2151016/69‑1 (MQ=255) ggtCAGCGTGCCATCAGCATGTAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTGTCCAGCGTAAAGtt < 1:1635680/69‑1 (MQ=255) ggtCAGCGTGCCATCAGCATGTAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTGTCCAGCGTAAAGtt < 1:158114/69‑1 (MQ=255) ggtCAGCGTGCCATCAGCATGTAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTGTCCAGCGTAAAGtt < 1:602069/69‑1 (MQ=255) ggtCAGCGTGCCATCAGCATGTAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTGTCCAGCGTAAAGtt < 1:1502890/69‑1 (MQ=255) ggtCAGCGTGCCATCAGCATGTAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTGTCCAGCGTAAAGtt < 1:2677579/69‑1 (MQ=255) ggtCAGCGTGCCATCAGCATGTAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTGTCCAGCGTAAAGtt < 1:938136/69‑1 (MQ=255) ggtCAGCGTGCCATCAGCATGTAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTGTCCAGCGTAAAGtt < 1:2969761/69‑1 (MQ=255) ggtCAGCGTGCCATCAGCATGTAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTGTCCAGCGTAAAGtt < 1:477037/69‑1 (MQ=255) ggtCAGCGTGCCATCAGCATGTAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTGTCCAGCGTAAAGtt < 1:2580030/69‑1 (MQ=255) aGCATGTAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTGTCCAGCGTAAAg > 1:634160/1‑52 (MQ=255) aGCATGTAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTGTCCAGCGTAAAg > 1:3274174/1‑52 (MQ=255) aGCATGTAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTGTCCAGCGTAAAg > 1:1977514/1‑52 (MQ=255) aGCATGTAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTGTCCAGCGTAAAg > 1:746368/1‑52 (MQ=255) aGCATGTAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTGTCCAGCGTAAAg > 1:18998/1‑52 (MQ=255) aGCATGTAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTGTCCAGCGTAAAg > 1:3341595/1‑52 (MQ=255) aGCATGTAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTGTCCAGCGTAAAg > 1:2126238/1‑52 (MQ=255) aGCATGTAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTGTCCAGCGTAAAg > 1:213727/1‑52 (MQ=255) aGCATGTAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTGTCCAGCGTAAAg > 1:410791/1‑52 (MQ=255) aGCATGTAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTGTCCAGCGTAAAg > 1:349522/1‑52 (MQ=255) aGCATGTAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTGTCCAGCGTAAAg > 1:2419338/1‑52 (MQ=255) aGCATGTAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTGTCCAGCGTAAAg > 1:661503/1‑52 (MQ=255) aGCATGTAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTGTCCAGCGTAAAg > 1:2611925/1‑52 (MQ=255) aGCATGTAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTGTCCAGCGTAAAg > 1:1811138/1‑52 (MQ=255) aGCATGTAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTGTCCAGCGTAAAg > 1:752415/1‑52 (MQ=255) aGCATGTAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTGTCCAGCGTAAAg > 1:1583363/1‑52 (MQ=255) aGCATGTAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTGTCCAGCGTAAAg > 1:3258462/1‑52 (MQ=255) aGCATGTAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTGTCCAGCGTAAAg > 1:2702761/1‑52 (MQ=255) aGCATGTAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTGTCCAGCGTAAAg > 1:2712023/1‑52 (MQ=255) aGCATGTAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTGTCCAGCGTAAAg > 1:1374368/1‑52 (MQ=255) aGCATGTAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTGTCCAGCGTAAAg > 1:973605/1‑52 (MQ=255) aGCATGTAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTGTCCAGCGTAAAg > 1:2828053/1‑52 (MQ=255) cATGTAACTCTAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTATCCAGCGTAAAGTTGGAACAGTGCGGCTTa < 1:131271/68‑1 (MQ=255) cATGTAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTATCCAGCGTAAAGTTGGAACAGTGCGGCTTa < 1:2052716/68‑1 (MQ=255) cATGTAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTATCCAGCGTAAAGTTGGAACAGTGCGGCTTa < 1:2533831/68‑1 (MQ=255) cATGTAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTATCCAGCGTAAAGTTGGAACAGTGCGGCTTa < 1:2861100/68‑1 (MQ=255) cATGTAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTATCCAGCGTAAAGTTGGAACAGTGCGGCTTa < 1:1042988/68‑1 (MQ=255) cATGTAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTATCCAGCGTAAAGTTGGAACAGTGCGGCTTa < 1:1066567/68‑1 (MQ=255) cATGTAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTATCCAGCGTAAAGTTGGAACAGTGCGGCTTa < 1:2050287/68‑1 (MQ=255) cATGTAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTATCCAGCGTAAAGTTGGAACAGTGCGGCTTa < 1:2387141/68‑1 (MQ=255) aTGTAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTATCCAGCGTAAAGTTGGAACAGTGCGGCTTa < 1:2334101/67‑1 (MQ=255) tGTAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCTCGATGGTATCCAGCGTAAAGTTGGAACAGTGCGGCTTAAAc < 1:1391765/69‑1 (MQ=255) tGTAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTATCCAGCGTAAAGTTGGAACAGTGCGGCTTAAAc < 1:391528/69‑1 (MQ=255) tGTAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTATCCAGCGTAAAGTTGGAACAGTGCGGCTTAAAc < 1:1921702/69‑1 (MQ=255) tGTAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTATCCAGCGTAAAGTTGGAACAGTGCGGCTTAAAc < 1:1325663/69‑1 (MQ=255) tGTAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTATCCAGCGTAAAGTTGGAACAGTGCGGCTTAAAc < 1:854737/69‑1 (MQ=255) tGTAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTATCCAGCGTAAAGTTGGAACAGTGCGGCTTAAAc < 1:1493668/69‑1 (MQ=255) tAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTATCCAGCGTaaa < 1:312297/45‑1 (MQ=255) tAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTATCCAGCGTaaa < 1:3072354/45‑1 (MQ=255) tAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTATCCAGCGTaaa < 1:1423187/45‑1 (MQ=255) tAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTATCCAGCGTAAAGTTGGAACAGTGCGGCTTAAACTg > 1:3155201/1‑69 (MQ=255) tAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTATCCAGCGTAAAGTTGGAACAGTGCGGCTTAAACTg > 1:3105886/1‑69 (MQ=255) tAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTATCCAGCGTAAAGTTGGAACAGTGCGGCTTAAACTg > 1:707393/1‑69 (MQ=255) tAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTATCCAGCGTAAAGTTGGAACAGTGCGGCTTAAACTg > 1:2632713/1‑69 (MQ=255) tAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTATCCAGCGTAAAGTTGGAACAGTGCGGCTTAAACTg > 1:3376192/1‑69 (MQ=255) tAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTATCCAGCGTAAAGTTGGAACAGTGCGGCTTAAACTg > 1:2775761/1‑69 (MQ=255) tAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTATCCAGCGTAAAGTTGGAACAGTGCGGCTTAAACTg > 1:1642368/1‑69 (MQ=255) tAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTATCCAGCGTAAAGTTGGAACAGTGCGGCTTAAACTg > 1:1542318/1‑69 (MQ=255) tAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTATCCAGCGTAAAGTTGGAACAGTGCGGCTTAAACTg > 1:1849149/1‑69 (MQ=255) tAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTATCCAGCGTAAAGTTGGAACAGTGCGGCTTAAACTg > 1:2049450/1‑69 (MQ=255) tAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTATCCAGCGTAAAGTTGGAACAGTGCGGCTTAAACTg > 1:2325333/1‑69 (MQ=255) tAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTATCCAGCGTAAAGTTGGAACAGTGCGGCTTAAACTg > 1:241112/1‑69 (MQ=255) tAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTATCCAGCGTAAAGTTGGAACAGTGCGGCTTAAACTg > 1:2556940/1‑69 (MQ=255) tAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTATCCAGCGTAAAGTTGGAACAGTGCGGCTTAAACTg > 1:1017379/1‑69 (MQ=255) cGCCAGCCGGGCGCGATGGTATCCAGCGTAAAGTTGGAACAGTGCGGCTTAAACTGCACACAGGTCGAc > 1:2626624/1‑69 (MQ=255) ccAGCCGGGCGCGATGGTGTCCAGCGTAAAGTTAGAACAGTGCGGCTTAAACTGCACACAGGTCGACg < 1:2655059/68‑1 (MQ=255) ccAGCCGGGCGCGATGGTGTCCAGCGTAAAGTTAGAACAGTGCGGCTTAAACTGCACACAGGTCGACg < 1:1169891/68‑1 (MQ=255) ccAGCCGGGCGCGATGGTGTCCAGCGTAAAGTTAGAACAGTGCGGCTTAAACTGCACACAGGTCGACg < 1:1889881/68‑1 (MQ=255) ccAGCCGGGCGCGATGGTGTCCAGCGTAAAGTTAGAACAGTGCGGCTTAAACTGCACACAGGTCGACg < 1:2911755/68‑1 (MQ=255) ccAGCCGGGCGCGATGGTGTCCAGCGTAAAGTTAGAACAGTGCGGCTTAAACTGCACACAGGTCGACg < 1:2055198/68‑1 (MQ=255) ccAGCCGGGCGCGATGGTGTCCAGCGTAAAGTTAGAACAGTGCGGCTTAAACTGCACACAGGTCGACg < 1:1490288/68‑1 (MQ=255) ccAGCCGGGCGCGATGGTGTCCAGCGTAAAGTTAGAACAGTGCGGCTTAAACTGCACACAGGTCGACg < 1:2173316/68‑1 (MQ=255) ccAGCCGGGCGCGATGGTGTCCAGCGTAAAGTTAGAACAGTGCGGCTTAAACTGCACACAGGTCGACg < 1:2210564/68‑1 (MQ=255) ccAGCCGGGCGCGATGGTGTCCAGCGTAAAGTTAGAACAGTGCGGCTTAAACTGCACACAGGTCGACg < 1:2226240/68‑1 (MQ=255) ccAGCCGGGCGCGATGGTGTCCAGCGTAAAGTTAGAACAGTGCGGCTTAAACTGCACACAGGTCGACg < 1:2738161/68‑1 (MQ=255) ccAGCCGGGCGCGATGGTGTCCAGCGTAAAGTTAGAACAGTGCGGCTTAAACTGCACACAGGTCGACg < 1:349343/68‑1 (MQ=255) ccAGCCGGGCGCGATGGTGTCCAGCGTAAAGTTAGAACAGTGCGGCTTAAACTGCACACAGGTCGACg < 1:305473/68‑1 (MQ=255) ccAGCCGGGCGCGATGGTGTCCAGCGTAAAGTTAGAACAGTGCGGCTTAAACTGCACACAGGTCGACg < 1:3349640/68‑1 (MQ=255) ccAGCCGGGCGCGATGGTGTCCAGCGTAAAGTTAGAACAGTGCGGCTTAAACTGCACACAGGTCGACg < 1:2717331/68‑1 (MQ=255) ccAGCCGGGCGCGATGGTGTCCAGCGTAAAGTTAGAACAGTGCGGCTTAAACTGCACACAGGTCGACg < 1:3328728/68‑1 (MQ=255) ccAGCCGGGCGCGATGGTGTCCAGCGTAAAGTTAGAACAGTGCGGCTTAAACTGCACACAGGTCGACg < 1:2568227/68‑1 (MQ=255) ccAGCCGGGCGCGATGGTGTCCAGCGTAAAGTTAGAACAGTGCGGCTTAAACTGCACACAGGTCGACg < 1:941262/68‑1 (MQ=255) ccAGCCGGGCGCGATGGTGTCCAGCGTAAAGTTAGAACAGTGCGGCTTAAACTGCACACAGGTCGACg < 1:3186463/68‑1 (MQ=255) ccAGCCGGGCGCGATGGTGTCCAGCGTAAAGTTAGAACAGTGCGGCTTAAACTGCACACAGGTCGACg < 1:2643034/68‑1 (MQ=255) aTCCAGCGTAAAGTTGGAACAGTGCGGCTTAAACTGCACACAGGTCGACGGCGTTGCCAGCAggcggc < 1:1171559/68‑1 (MQ=255) aTCCAGCGTAAAGTTGGAACAGTGCGGCTTAAACTGCACACAGGTCGACGGCGTTGCCAGCAggcggc < 1:98181/68‑1 (MQ=255) aTCCAGCGTAAAGTTGGAACAGTGCGGCTTAAACTGCACACAGGTCGACGGCGTTGCCAGCAggcggc < 1:1777807/68‑1 (MQ=255) aTCCAGCGTAAAGTTGGAACAGTGCGGCTTAAACTGCACACAGGTCGACGGCGTTGCCAGCAggcggc < 1:477445/68‑1 (MQ=255) aTCCAGCGTAAAGTTGGAACAGTGCGGCTTAAACTGCACACAGGTCGACGGCGTTGCCAGCAggcggc < 1:32399/68‑1 (MQ=255) aTCCAGCGTAAAGTTGGAACAGTGCGGCTTAAACTGCACACAGGTCGACGGCGTTGCCAGCAggcggc < 1:2768861/68‑1 (MQ=255) aTCCAGCGTAAAGTTGGAACAGTGCGGCTTAAACTGCACACAGGTCGACGGCGTTGCCAGCAggcggc < 1:2830018/68‑1 (MQ=255) aTCCAGCGTAAAGTTGGAACAGTGCGGCTTAAACTGCACACAGGTCGACGGCGTTGCCAGCAggcggc < 1:2773055/68‑1 (MQ=255) | GCACCTCGGTGGTCAGCGTGCCATCAGCATGTAACTCGAGAGTACGCCAGCCGGGCGCGATGGTATCCAGCGTAAAGTTGGAACAGTGCGGCTTAAACTGCACACAGGTCGACGGCGTTGCCAGCAGGCGGC > minE/2031507‑2031638 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |