| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 24,212 | T→C | 53.7% | S86S (AGT→AGC) | ispH → | 1‑hydroxy‑2‑methyl‑2‑(E)‑butenyl 4‑diphosphate reductase, 4Fe‑4S protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 24,212 | 0 | T | C | 53.7% | 5.7 / 42.9 | 54 | S86S (AGT→AGC) | ispH | 1‑hydroxy‑2‑methyl‑2‑(E)‑butenyl 4‑diphosphate reductase, 4Fe‑4S protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (16/9); new base C (15/14); total (31/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGCGATCCTGATTTTCTCCGCACACGGTGTTTCTCAGGCGGTACGTAACGAAGCAAAAAGTCGCGATTTGACGGTGTTTGATGCCACCTGTCCGCTGGTGACCAAAGTGCA > minE/24152‑24262 | cgcgATCCTGATTTTCTCCGCACACGGTGTTTCTCAGGCGGTACGTAACGAAGCAAAAAGTCGCGAttt < 1:1822597/69‑1 (MQ=255) gcgATCCTGATTTTCTCCGCACACGGTGTTTCTCAGGCGGTACGTAACGAAGCAAAAAGTCGCGAttt < 1:424516/68‑1 (MQ=255) cgATCCTGATTTTCTCCGCACACGGTGTTTCTCAGGCGGTACGTAACGAAGCAAAAAGCCGCGATTTGa > 1:3112063/1‑69 (MQ=255) cgATCCTGATTTTCTCCGCACACGGTGTTTCTCAGGCGGTACGTAACGAAGCAAAAAGCCGCGATTTGa > 1:2626029/1‑69 (MQ=255) cgATCCTGATTTTCTCCGCACACGGTGTTTCTCAGGCGGTACGTAACGAAGCAAAAAGCCGCGATTTGa > 1:2520986/1‑69 (MQ=255) cgATCCTGATTTTCTCCGCACACGGTGTTTCTCAGGCGGTACGTAACGAAGCAAAAAGCCGCGATTTGa > 1:2503426/1‑69 (MQ=255) cgATCCTGATTTTCTCCGCACACGGTGTTTCTCAGGCGGTACGTAACGAAGCAAAAAGCCGCGATTTGa > 1:2886259/1‑69 (MQ=255) cgATCCTGATTTTCTCCGCACACGGTGTTTCTCAGGCGGTACGTAACGAAGCAAAAAGCCGCGATTTGa > 1:2283734/1‑69 (MQ=255) cgATCCTGATTTTCTCCGCACACGGTGTTTCTCAGGCGGTACGTAACGAAGCAAAAAGCCGCGATTTGa > 1:2138755/1‑69 (MQ=255) cgATCCTGATTTTCTCCGCACACGGTGTTTCTCAGGCGGTACGTAACGAAGCAAAAAGCCGCGATTTGa > 1:2715317/1‑69 (MQ=255) cgATCCTGATTTTCTCCGCACACGGTGTTTCTCAGGCGGTACGTAACGAAGCAAAAAGCCGCGATTTGa > 1:269107/1‑69 (MQ=255) cgATCCTGATTTTCTCCGCACACGGTGTTTCTCAGGCGGTACGTAACGAAGCAAAAAGCCGCGATTTGa > 1:3120080/1‑69 (MQ=255) cgATCCTGATTTTCTCCGCACACGGTGTTTCTCAGGCGGTACGTAACGAAGCAAAAAGCCGCGATTTGa > 1:3361745/1‑69 (MQ=255) cgATCCTGATTTTCTCCGCACACGGTGTTTCTCAGGCGGTACGTAACGAAGCAAAAAGCCGCGATTTGa > 1:420746/1‑69 (MQ=255) cgATCCTGATTTTCTCCGCACACGGTGTTTCTCAGGCGGTACGTAACGAAGCAAAAAGCCGCGATTTGa > 1:1385367/1‑69 (MQ=255) cgATCCTGATTTTCTCCGCACACGGTGTTTCTCAGGCGGTACGTAACGAAGCAAAAAGCCGCGATTTGa > 1:831278/1‑69 (MQ=255) cgATCCTGATTTTCTCCGCACACGGTGTTTCTCAGGCGGTACGTAACGAAGCAAAAAGCCGCGATTTGa > 1:1056538/1‑69 (MQ=255) tttCTCCGCACACGGTGTTTCTCAGGCGGTACGTAACGAAGCAAAAAGTCGCGATTTGACTGTGttt < 1:2677131/67‑1 (MQ=255) tttCTCCGCACACGGTGTTTCTCAGGCGGTACGTAACGAAGCAAAAAGTCGCGATTTGACGGTGttt < 1:963506/67‑1 (MQ=255) tttCTCCGCACACGGTGTTTCTCAGGCGGTACGTAACGAAGCAAAAAGTCGCGATTTGACGGTGttt < 1:2807380/67‑1 (MQ=255) tttCTCCGCACACGGTGTTTCTCAGGCGGTACGTAACGAAGCAAAAAGTCGCGATTTGACGGTGttt < 1:2882715/67‑1 (MQ=255) tttCTCCGCACACGGTGTTTCTCAGGCGGTACGTAACGAAGCAAAAAGTCGCGATTTGACGGTGttt < 1:297883/67‑1 (MQ=255) tttCTCCGCACACGGTGTTTCTCAGGCGGTACGTAACGAAGCAAAAAGTCGCGATTTGACGGTGttt < 1:3069049/67‑1 (MQ=255) tttCTCCGCACACGGTGTTTCTCAGGCGGTACGTAACGAAGCAAAAAGTCGCGATTTGACGGTGttt < 1:1832532/67‑1 (MQ=255) gtTTCTCAGGCGGTACGTAACGAAGCAAAAAGTcgc > 1:1208696/1‑36 (MQ=255) gtTTCTCAGGCGGTACGTAACGAAGCAAAAAGTcgc > 1:2964874/1‑36 (MQ=255) gtTTCTCAGGCGGTACGTAACGAAGCAAAAAGTcgc > 1:3052822/1‑36 (MQ=255) gtTTCTCAGGCGGTACGTAACGAAGCAAAAAGTcgc > 1:3387889/1‑36 (MQ=255) tttCTCAGGCGGTACGTAACGAAGCAAAAAGTCGCGATTTGACGGTGTTTGATGCCACCTGTCCGCTg > 1:768180/1‑68 (MQ=255) tttCTCAGGCGGTACGTAACGAAGCAAAAAGTCGCGATTTGACGGTGTTTGATGCCACCTGTCCGCTg > 1:1626759/1‑68 (MQ=255) tctcAGGCGGTACGTAACGAAGCAAAAAGCCGCGATTTGACGGTGTTTGATGCCACCTGTCCGCTGGt < 1:2853580/68‑1 (MQ=255) tctcAGGCGGTACGTAACGAAGCAAAAAGCCGCGATTTGACGGTGTTTGATGCCACCTGTCCGCTGGt < 1:1037350/68‑1 (MQ=255) tctcAGGCGGTACGTAACGAAGCAAAAAGCCGCGATTTGACGGTGTTTGATGCCACCTGTCCGCTGGt < 1:692477/68‑1 (MQ=255) tctcAGGCGGTACGTAACGAAGCAAAAAGCCGCGATTTGACGGTGTTTGATGCCACCTGTCCGCTGGt < 1:518146/68‑1 (MQ=255) tctcAGGCGGTACGTAACGAAGCAAAAAGCCGCGATTTGACGGTGTTTGATGCCACCTGTCCGCTGGt < 1:470186/68‑1 (MQ=255) tctcAGGCGGTACGTAACGAAGCAAAAAGCCGCGATTTGACGGTGTTTGATGCCACCTGTCCGCTGGt < 1:451813/68‑1 (MQ=255) tctcAGGCGGTACGTAACGAAGCAAAAAGCCGCGATTTGACGGTGTTTGATGCCACCTGTCCGCTGGt < 1:1420361/68‑1 (MQ=255) tctcAGGCGGTACGTAACGAAGCAAAAAGCCGCGATTTGACGGTGTTTGATGCCACCTGTCCGCTGGt < 1:1454516/68‑1 (MQ=255) tctcAGGCGGTACGTAACGAAGCAAAAAGCCGCGATTTGACGGTGTTTGATGCCACCTGTCCGCTGGt < 1:404249/68‑1 (MQ=255) tctcAGGCGGTACGTAACGAAGCAAAAAGCCGCGATTTGACGGTGTTTGATGCCACCTGTCCGCTGGt < 1:331222/68‑1 (MQ=255) tctcAGGCGGTACGTAACGAAGCAAAAAGCCGCGATTTGACGGTGTTTGATGCCACCTGTCCGCTGGt < 1:3171029/68‑1 (MQ=255) tctcAGGCGGTACGTAACGAAGCAAAAAGCCGCGATTTGACGGTGTTTGATGCCACCTGTCCGCTGGt < 1:2011321/68‑1 (MQ=255) tctcAGGCGGTACGTAACGAAGCAAAAAGCCGCGATTTGACGGTGTTTGATGCCACCTGTCCGCTGGt < 1:2103126/68‑1 (MQ=255) tctcAGGCGGTACGTAACGAAGCAAAAAGCCGCGATTTGACGGTGTTTGATGCCACCTGTCCGCTGGt < 1:2788384/68‑1 (MQ=255) aCGTAACGAAGCAAAAAGTCGCGATTTGACGGTGTTTGATGc > 1:40871/1‑42 (MQ=255) aCGTAACGAAGCAAAAAGTCGCGATTTGACGGTGTTTGATGCCACCTGTCCGCTGGTGACCAAAGTGCa > 1:363079/1‑69 (MQ=255) aCGTAACGAAGCAAAAAGTCGCGATTTGACGGTGTTTGATGCCACCTGTCCGCTGGTGACCAAAGTGCa > 1:411948/1‑69 (MQ=255) aCGTAACGAAGCAAAAAGTCGCGATTTGACGGTGTTTGATGCCACCTGTCCGCTGGTGACCAAAGTGCa > 1:1829814/1‑69 (MQ=255) aCGTAACGAAGCAAAAAGTCGCGATTTGACGGTGTTTGATGCCACCTGTCCGCTGGTGACCAAAGTGCa > 1:2938151/1‑69 (MQ=255) aCGTAACGAAGCAAAAAGTCGCGATTTGACGGTGTTTGATGCCACCTGTCCGCTGGTGACCAAAGTGCa > 1:2379887/1‑69 (MQ=255) aCGTAACGAAGCAAAAAGTCGCGATTTGACGGTGTTTGATGCCACCTGTCCGCTGGTGACCAAAGTGCa > 1:81486/1‑69 (MQ=255) aCGTAACGAAGCAAAAAGTCGCGATTTGACGGTGTTTGATGCCACCTGTCCGCTGGTGACCAAAGTGCa > 1:267522/1‑69 (MQ=255) aCGAAGCAAAAAGTCGCGATTTGACGGTGTTTGATGCCACCTGTCCGCTGGTGACCAAAGTGCa > 1:452586/1‑64 (MQ=255) aCGAAGCAAAAAGTCGCGATTTGACGGTGTTTGATGCCACCTGTCCGCTGGTGACCAAAGTGCa > 1:456645/1‑64 (MQ=255) | CGCGATCCTGATTTTCTCCGCACACGGTGTTTCTCAGGCGGTACGTAACGAAGCAAAAAGTCGCGATTTGACGGTGTTTGATGCCACCTGTCCGCTGGTGACCAAAGTGCA > minE/24152‑24262 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |