| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,056,976 | T→A | 42.6% | intergenic (‑7/‑200) | ygiP ← / → ttdA | predicted DNA‑binding transcriptional regulator/L‑tartrate dehydratase, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,056,976 | 0 | T | A | 42.6% | 48.0 / 103.3 | 101 | intergenic (‑7/‑200) | ygiP/ttdA | predicted DNA‑binding transcriptional regulator/L‑tartrate dehydratase, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (32/26); new base A (34/9); total (66/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.94e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
CGATTTCTACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGG > minE/2056918‑2057035 | cGATTTCTACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGt < 1:2947213/69‑1 (MQ=255)cGATTTCTACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGt < 1:1127515/69‑1 (MQ=255)cGATTTCTACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGt < 1:731662/69‑1 (MQ=255)cGATTTCTACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGt < 1:551500/69‑1 (MQ=255)cGATTTCTACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGt < 1:2893564/69‑1 (MQ=255) aGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAg > 1:1549559/1‑67 (MQ=255) aCCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAg > 1:3258980/1‑69 (MQ=255) aCCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAg > 1:414826/1‑69 (MQ=255) ccggCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAg > 1:1461144/4‑68 (MQ=255) 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aGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:191921/1‑55 (MQ=255) aGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:3287434/1‑55 (MQ=255) aGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:911046/1‑55 (MQ=255) aGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:332612/1‑55 (MQ=255) aGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:1587609/1‑55 (MQ=255) aGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:1493956/1‑55 (MQ=255) aGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:19586/1‑55 (MQ=255) aGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:1395340/1‑55 (MQ=255) aGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:1332569/1‑55 (MQ=255) aGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:631452/1‑55 (MQ=255) aGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:719552/1‑55 (MQ=255) aGTCTTTGGCTAAAGGAAAGATATTTAGCATTGTTAAATa > 1:3306705/1‑40 (MQ=16) cTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATc > 1:840190/1‑39 (MQ=255) cTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTc > 1:2277216/1‑67 (MQ=255) cTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCg > 1:2916518/1‑68 (MQ=255) cTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCg > 1:1024297/1‑68 (MQ=255) cTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCg > 1:2630042/1‑68 (MQ=255) cTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCg > 1:911117/1‑68 (MQ=255) cTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCg > 1:2475109/1‑68 (MQ=255) cTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCg > 1:197272/1‑68 (MQ=255) cTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCg > 1:1867474/1‑68 (MQ=255) cTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCg > 1:2354766/1‑68 (MQ=255) cTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCg > 1:1833263/1‑68 (MQ=255) cTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCg > 1:1314476/1‑68 (MQ=255) cTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCg > 1:1589184/1‑68 (MQ=255) cTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCg > 1:243493/1‑68 (MQ=255) tGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAgtg < 1:2718946/58‑1 (MQ=255) tGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAgtg < 1:1498985/58‑1 (MQ=255) cTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAAc < 1:2140227/68‑1 (MQ=255) cTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAAc < 1:803064/68‑1 (MQ=255) aGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCTCAGTTTTGATa > 1:2223660/1‑42 (MQ=19) aGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGa > 1:589638/1‑40 (MQ=25) aGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGa > 1:2989797/1‑40 (MQ=25) aGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:1546923/1‑42 (MQ=25) aGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:1584688/1‑42 (MQ=25) aGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:1262652/1‑42 (MQ=25) aGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:1596635/1‑42 (MQ=25) aGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:1222206/1‑42 (MQ=25) aGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:861696/1‑42 (MQ=25) aGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:214300/1‑42 (MQ=25) aGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:2928530/1‑42 (MQ=25) aGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:2222231/1‑42 (MQ=25) aGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:2866541/1‑42 (MQ=25) aGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:1087991/1‑42 (MQ=25) aGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:2391528/1‑42 (MQ=25) aGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:2397417/1‑42 (MQ=25) aGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:1013039/1‑42 (MQ=25) ggCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGc < 1:872957/68‑1 (MQ=255) ccAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCAt < 1:1213295/69‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |