| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,056,988 | G→T | 43.2% | intergenic (‑19/‑188) | ygiP ← / → ttdA | predicted DNA‑binding transcriptional regulator/L‑tartrate dehydratase, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,056,988 | 0 | G | T | 43.2% | 56.8 / 91.3 | 97 | intergenic (‑19/‑188) | ygiP/ttdA | predicted DNA‑binding transcriptional regulator/L‑tartrate dehydratase, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (31/24); new base T (33/9); total (64/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.04e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.30e-01 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
AGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTT > minE/2056929‑2057055 | aGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAg > 1:1549559/1‑67 (MQ=255) aCCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAg > 1:3258980/1‑69 (MQ=255) aCCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAg > 1:414826/1‑69 (MQ=255) ccggCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAg > 1:1461144/4‑68 (MQ=255) ccTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTtgt < 1:2505322/57‑1 (MQ=255) ccTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTtgt < 1:2869782/57‑1 (MQ=255) ccTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTtgt < 1:2877699/57‑1 (MQ=255) ccTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTtgt < 1:1450936/57‑1 (MQ=255) ccTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTtgt < 1:338178/57‑1 (MQ=255) ccTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAg > 1:3135451/1‑68 (MQ=255) ccTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAg > 1:1408458/1‑68 (MQ=255) ccTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAg > 1:1432148/1‑68 (MQ=255) ccTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAg > 1:432169/1‑68 (MQ=255) ccTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAg > 1:2734788/1‑68 (MQ=255) ccTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCACAGTTGTGATAAGCGCAg > 1:216265/1‑68 (MQ=255) tGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAgtg < 1:2633653/68‑1 (MQ=255) tGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAgtg < 1:2935571/68‑1 (MQ=255) tGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAgtg < 1:3226647/68‑1 (MQ=255) cAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAgtg < 1:3069527/66‑1 (MQ=255) aGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:911046/1‑55 (MQ=255) aGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:2170635/1‑55 (MQ=255) aGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:191921/1‑55 (MQ=255) aGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:19586/1‑55 (MQ=255) aGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:2646763/1‑55 (MQ=255) aGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:1332569/1‑55 (MQ=255) aGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:1689183/1‑55 (MQ=255) aGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:3156213/1‑55 (MQ=255) aGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:1587609/1‑55 (MQ=255) aGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:719552/1‑55 (MQ=255) aGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:631452/1‑55 (MQ=255) aGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:3287434/1‑55 (MQ=255) aGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:1493956/1‑55 (MQ=255) aGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:1395340/1‑55 (MQ=255) aGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:332612/1‑55 (MQ=255) cTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTc > 1:2277216/1‑67 (MQ=255) cTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCg > 1:2630042/1‑68 (MQ=255) cTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCg > 1:2475109/1‑68 (MQ=255) cTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCg > 1:2916518/1‑68 (MQ=255) cTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCg > 1:911117/1‑68 (MQ=255) cTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCg > 1:243493/1‑68 (MQ=255) cTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCg > 1:2354766/1‑68 (MQ=255) cTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCg > 1:1024297/1‑68 (MQ=255) cTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCg > 1:1867474/1‑68 (MQ=255) cTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCg > 1:1833263/1‑68 (MQ=255) cTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCg > 1:1589184/1‑68 (MQ=255) cTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCg > 1:1314476/1‑68 (MQ=255) tGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAgtg < 1:2718946/58‑1 (MQ=255) cTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAAc < 1:2140227/68‑1 (MQ=255) aGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCTCAGTTTTGATa > 1:2223660/1‑42 (MQ=19) aGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGa > 1:589638/1‑40 (MQ=25) aGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:1262652/1‑42 (MQ=25) aGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:1546923/1‑42 (MQ=25) aGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:1584688/1‑42 (MQ=25) aGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:1222206/1‑42 (MQ=25) aGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:1596635/1‑42 (MQ=25) aGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:2928530/1‑42 (MQ=25) aGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:861696/1‑42 (MQ=25) aGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:1087991/1‑42 (MQ=25) aGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:1013039/1‑42 (MQ=25) aGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:2222231/1‑42 (MQ=25) aGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:214300/1‑42 (MQ=25) aGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:2391528/1‑42 (MQ=25) aGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:2397417/1‑42 (MQ=25) ggCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGc < 1:872957/68‑1 (MQ=255) ccAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCAt < 1:2863073/69‑1 (MQ=255) ccAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCAt < 1:1213295/69‑1 (MQ=255) cTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTccc > 1:295553/1‑69 (MQ=255) aTTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCaa < 1:2477070/52‑1 (MQ=255) aTTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCaa < 1:2429600/52‑1 (MQ=255) aTTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCaa < 1:2990339/52‑1 (MQ=255) cAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGc > 1:2979373/1‑67 (MQ=255) cAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGc > 1:1137221/1‑67 (MQ=255) cAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGc > 1:2024634/1‑67 (MQ=255) cAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGc > 1:1749196/1‑67 (MQ=255) cAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGc > 1:3274257/1‑67 (MQ=255) cAGCATCGTTAATTATACGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGc > 1:1830290/1‑67 (MQ=255) attgTTAAATATCCGCAGTTTTGATAAACGCAGTGTATTTCGCAAAACATTACCATTCCCTGCTCTgg < 1:2333444/65‑1 (MQ=255) attgTTAAATATCCGCAGTTTTGATAAACGCAGTGTATTTCGCAAAACATTACCATTCCCTGCTCTgg < 1:332219/65‑1 (MQ=255) attgTTAAATATCCGCAGTTTTGATAAACGCAGTGTATTTCGCAAAACATTACCATTCCCTGCTCTgg < 1:582700/65‑1 (MQ=255) attgTTAAATATCCGCAGTTTTGATAAACGCAGTGTATTTCGCAAAACATTACCATTCCCTGCTCTgg < 1:895403/65‑1 (MQ=255) attgTTAAATATCCGCAGTTTTGATAAACGCAGTGTATTTCGCAAAACATTACCATTCCCTGCTCTgg < 1:2384178/65‑1 (MQ=255) attgTTAAATATCCGCAGTTTTGATAAACGCAGTGTATTTCGCAAAACATTACCATTCCCTGCTCTgg < 1:3286369/65‑1 (MQ=255) attgTTAAATATCCGCAGTTTTGATAAACGCAGTGTATTTCGCAAAACATTACCATTCCCTGCTCTgg < 1:3179734/65‑1 (MQ=255) attgTTAAATATCCGCAGTTTTGATAAACGCAGTGTATTTCGCAAAACATTACCATTCCCTGCTCTgg < 1:2101702/65‑1 (MQ=255) aGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTa < 1:3319143/69‑1 (MQ=255) aGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTa < 1:279398/69‑1 (MQ=255) aGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTa < 1:2012497/69‑1 (MQ=255) aGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTa < 1:879177/69‑1 (MQ=255) aGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTa < 1:2093961/69‑1 (MQ=255) aGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTa < 1:820944/69‑1 (MQ=255) aGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTa < 1:708768/69‑1 (MQ=255) aGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTa < 1:3123858/69‑1 (MQ=255) aGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTa < 1:2454133/69‑1 (MQ=255) tgtgATAATCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTa < 1:2848149/66‑1 (MQ=255) tgtgATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGc > 1:2436673/1‑44 (MQ=255) tgtgATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTAttt > 1:1205797/1‑69 (MQ=255) tgtgATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTAttt > 1:1820713/1‑69 (MQ=255) tgtgATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTAttt > 1:3059758/1‑69 (MQ=255) tgtgATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTAttt > 1:1813683/1‑69 (MQ=255) tgtgATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTAttt > 1:2924058/1‑69 (MQ=255) | AGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTT > minE/2056929‑2057055 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |