| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,070,862 | G→T | 22.5% | R228L (CGC→CTC) | ygjG → | putrescine:2‑oxoglutaric acid aminotransferase, PLP‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,070,862 | 0 | G | T | 22.5% | 151.6 / 31.6 | 84 | R228L (CGC→CTC) | ygjG | putrescine:2‑oxoglutaric acid aminotransferase, PLP‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (30/35); new base T (6/13); total (36/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
ACTGCCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAG > minE/2070815‑2070929 | aCTGCCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCa > 1:3134690/1‑68 (MQ=255)aCTGCCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCa > 1:1424714/1‑68 (MQ=255)aCTGCCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCa > 1:1655725/1‑68 (MQ=255)aCTGCCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCa > 1:129595/1‑68 (MQ=255)aCTGCCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCa > 1:2227414/1‑68 (MQ=255) gggCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCaaaaaa < 1:2679208/67‑1 (MQ=255) gggCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCaaaaaa < 1:1215032/67‑1 (MQ=255) gggCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCaaaaaa < 1:2758346/67‑1 (MQ=255) gggCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCaaaaaa < 1:3027795/67‑1 (MQ=255) cTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACg < 1:2314750/53‑1 (MQ=255) cTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACg < 1:1781301/53‑1 (MQ=255) cTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACg < 1:1060656/53‑1 (MQ=255) cTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACg < 1:479324/53‑1 (MQ=255) cTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACg < 1:214828/53‑1 (MQ=255) tcGTCATGTACCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCTCACGGCTCTTAACGa > 1:2928934/2‑51 (MQ=255) tcGTCATGTACCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCTCACGGCTCTTAACGa > 1:409526/2‑51 (MQ=255) tcGTCATGTACCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCTCACGGCTCTTAACGa > 1:2059532/2‑51 (MQ=255) tcGTCATGTACCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCTCACGGCTCTTAACGa > 1:2145945/2‑51 (MQ=255) tcGTCATGTACCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCTCACGGCTCTTAACGa > 1:380957/2‑51 (MQ=255) tcGTCATGTACCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCTCACGGCTCTTAACGa > 1:1297477/2‑51 (MQ=255) gTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGtgat < 1:1373926/68‑1 (MQ=255) 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tCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGtgatga < 1:1334454/69‑1 (MQ=255) tCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGtgatga < 1:1595535/69‑1 (MQ=255) tCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGtgatga < 1:1585615/69‑1 (MQ=255) tCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGtgatga < 1:411499/69‑1 (MQ=255) tCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGtgatga < 1:1416802/69‑1 (MQ=255) tCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGtgatg < 1:3135181/68‑1 (MQ=255) tCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGtgatg < 1:3131352/68‑1 (MQ=255) cATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGtgatga < 1:1277115/68‑1 (MQ=255) atCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCt > 1:2593802/1‑68 (MQ=255) atCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCt > 1:2583998/1‑68 (MQ=255) atCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCt > 1:3116214/1‑68 (MQ=255) atCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCt > 1:1938859/1‑68 (MQ=255) atCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCt > 1:533295/1‑68 (MQ=255) atCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCt > 1:776130/1‑68 (MQ=255) atCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCt > 1:1104328/1‑68 (MQ=255) atCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCt > 1:903/1‑68 (MQ=255) tCGAAGCCATGCTCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTTGCTGCGGTGATCCTCg < 1:3425856/69‑1 (MQ=255) tCGAAGCCATGCTCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTTGCTGCGGTGATCCTCg < 1:342636/69‑1 (MQ=255) tCGAAGCCATGCTCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTTGCTGCGGTGATCCTCg < 1:460285/69‑1 (MQ=255) tCGAAGCCATGCTCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTTGCTGCGGTGATCCTCg < 1:2714357/69‑1 (MQ=255) 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cgcACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCa > 1:2938304/1‑68 (MQ=255) cgcACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCa > 1:672886/1‑68 (MQ=255) cgcACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCa > 1:766667/1‑68 (MQ=255) cgcACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCa > 1:2400248/1‑68 (MQ=255) cgcACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCa > 1:857751/1‑68 (MQ=255) cgcACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCa > 1:3331077/1‑68 (MQ=255) cgcACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAg > 1:556674/1‑69 (MQ=255) cgcACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAg > 1:641810/1‑69 (MQ=255) cgcACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAg > 1:2039999/1‑69 (MQ=255) cgcACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAg > 1:2705392/1‑69 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |