| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,070,902 | G→T | 35.2% | V241V (GTG→GTT) | ygjG → | putrescine:2‑oxoglutaric acid aminotransferase, PLP‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,070,902 | 0 | G | T | 35.2% | 86.6 / 60.3 | 85 | V241V (GTG→GTT) | ygjG | putrescine:2‑oxoglutaric acid aminotransferase, PLP‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (38/17); new base T (11/19); total (49/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.67e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.42e-01 | |||||||||||
ATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTC > minE/2070849‑2070968 | atCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCt > 1:3116214/1‑68 (MQ=255)atCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCt > 1:903/1‑68 (MQ=255)atCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCt > 1:1104328/1‑68 (MQ=255)atCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCt > 1:1938859/1‑68 (MQ=255)atCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCt > 1:2593802/1‑68 (MQ=255)atCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCt > 1:2583998/1‑68 (MQ=255)atCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCt > 1:533295/1‑68 (MQ=255)atCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCt > 1:776130/1‑68 (MQ=255) tCGAAGCCATGCTCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTTGCTGCGGTGATCCTCg < 1:1267592/69‑1 (MQ=255) 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1:3167384/53‑1 (MQ=255) cAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTg < 1:3303037/53‑1 (MQ=255) cAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTg < 1:1078519/53‑1 (MQ=255) cAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTg < 1:886110/53‑1 (MQ=255) cAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTg < 1:1129976/53‑1 (MQ=255) cAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTg < 1:2716985/53‑1 (MQ=255) cAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTg < 1:1759205/53‑1 (MQ=255) gatgTGGCTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTAt < 1:996631/69‑1 (MQ=255) gatgTGGCTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCCGCCGCCGCCGGGCTAt < 1:1030851/69‑1 (MQ=255) atgTGGCTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTAt > 1:2736949/1‑68 (MQ=255) atgTGGCTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTAt > 1:300923/1‑68 (MQ=255) atgTGGCTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTAt > 1:433721/1‑68 (MQ=255) atgTGGCTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTAt > 1:1258906/1‑68 (MQ=255) atgTGGCTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTAt > 1:2325464/1‑68 (MQ=255) atgTGGCTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCAGGGCTAt > 1:1852663/1‑68 (MQ=255) gtgGCTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGTCTAtctc > 1:2125535/1‑69 (MQ=255) gtgGCTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTAtctc > 1:714757/1‑69 (MQ=255) gtgGCTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTAtctc < 1:1409051/69‑1 (MQ=255) gtgGCTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTAtctc < 1:1143096/69‑1 (MQ=255) gtgGCTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTAtctc < 1:2679380/69‑1 (MQ=255) gtgGCTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTAtctc < 1:3329710/69‑1 (MQ=255) gtgGCTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTAtctc > 1:947327/1‑69 (MQ=255) gtgGCTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTAtctc < 1:3281757/69‑1 (MQ=255) | ATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTC > minE/2070849‑2070968 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |