| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,073,927 | A→G | 46.3% | S194S (TCA→TCG) | ebgA → | cryptic beta‑D‑galactosidase, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,073,927 | 0 | A | G | 46.3% | 5.8 / 68.6 | 80 | S194S (TCA→TCG) | ebgA | cryptic beta‑D‑galactosidase, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (9/34); new base G (14/23); total (23/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01 | |||||||||||
GTGTGTGCGCGTGATGCAGTGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTG > minE/2073864‑2073993 | gtgtgtgCGCGTGATGCAGTGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCg < 1:2561438/67‑1 (MQ=255)gtgtgtgCGCGTGATGCAGTGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCg < 1:1346018/67‑1 (MQ=255) gtgtgCGCGTGATGCAATGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTTGTCGGCgggg < 1:2001721/68‑1 (MQ=255) gtgtgCGCGTGATGCAATGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCGGCgggg < 1:2972464/68‑1 (MQ=255) gtgtgCGCGTGATGCAATGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCGGCgggg < 1:1837598/68‑1 (MQ=255) gtgtgCGCGTGATGCAATGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCGGCgggg < 1:201034/68‑1 (MQ=255) gtgtgCGCGTGATGCAATGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCGGCgggg < 1:2189323/68‑1 (MQ=255) gtgtgCGCGTGATGCAATGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCGGCgggg < 1:22196/68‑1 (MQ=255) gtgtgCGCGTGATGCAATGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCGGCgggg < 1:2331455/68‑1 (MQ=255) gtgtgCGCGTGATGCAATGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCGGCgggg < 1:2396643/68‑1 (MQ=255) gtgtgCGCGTGATGCAATGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCGGCgggg < 1:2761641/68‑1 (MQ=255) gtgtgCGCGTGATGCAATGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCGGCgggg < 1:928960/68‑1 (MQ=255) gtgtgCGCGTGATGCAATGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCGGCgggg < 1:3170249/68‑1 (MQ=255) gtgtgCGCGTGATGCAATGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCGGCgggg < 1:3300467/68‑1 (MQ=255) gtgtgCGCGTGATGCAATGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCGGCgggg < 1:3375091/68‑1 (MQ=255) gtgtgCGCGTGATGCAATGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCGGCgggg < 1:3392559/68‑1 (MQ=255) gtgtgCGCGTGATGCAATGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCGGCgggg < 1:592778/68‑1 (MQ=255) gtgtgCGCGTGATGCAATGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCGGCgggg < 1:600664/68‑1 (MQ=255) gtgtgCGCGTGATGCAATGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCGGCgggg < 1:78052/68‑1 (MQ=255) 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1:1915913/1‑68 (MQ=255) ctctACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCg > 1:278809/1‑68 (MQ=255) ctctACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCg > 1:1147899/1‑68 (MQ=255) ctctACATACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCg > 1:437153/1‑68 (MQ=255) ctacctacGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGaa < 1:2576558/69‑1 (MQ=255) ctacctacGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGaa < 1:653359/69‑1 (MQ=255) ctacctacGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGaa < 1:1168171/69‑1 (MQ=255) ctacctacGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGaa < 1:1852270/69‑1 (MQ=255) ctacctacGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGaa < 1:2425657/69‑1 (MQ=255) ctacctacGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGaa < 1:2794997/69‑1 (MQ=255) ctacctacGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGaa < 1:2211962/69‑1 (MQ=255) ctacctacGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGaa < 1:2960260/69‑1 (MQ=255) ctacctacGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGaa < 1:408337/69‑1 (MQ=255) ctacctacGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGaa < 1:217185/69‑1 (MQ=255) ctacctacGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGaa < 1:2349841/69‑1 (MQ=255) ctacctacGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGaa < 1:1314395/69‑1 (MQ=255) ctacctacGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGGTTATCTGGTCGGaa < 1:3380964/69‑1 (MQ=255) tacGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAaca < 1:1550685/68‑1 (MQ=255) tacGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAaca < 1:1338959/68‑1 (MQ=255) acGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCGGCGGGGATCTTCCGCTATGTTTATCTGATCGGAAAacaa > 1:779154/1‑67 (MQ=255) acGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCGGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTTATCGGAAAacaa > 1:1269086/1‑67 (MQ=255) 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acGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCGGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGATCGGAAAacaa > 1:3329859/1‑67 (MQ=255) acGTGGAAGACCAGGATATGTAGTGGTCGGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGATCGGAAAacaa > 1:3242716/1‑67 (MQ=255) tGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTaa > 1:862769/1‑69 (MQ=255) aaGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGaaaa < 1:3007228/59‑1 (MQ=255) tggtggTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTc < 1:1277061/69‑1 (MQ=255) cAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGaa < 1:654187/36‑1 (MQ=255) cAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACtgtg < 1:1409347/68‑1 (MQ=255) cAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACtgtg < 1:1803298/68‑1 (MQ=255) cAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACtgtg < 1:2226647/68‑1 (MQ=255) cAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACtgtg < 1:790961/68‑1 (MQ=255) | GTGTGTGCGCGTGATGCAGTGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTG > minE/2073864‑2073993 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |