| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,101,280 | C→G | 26.2% | G304G (GGC→GGG) | garD → | (D)‑galactarate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,101,280 | 0 | C | G | 26.2% | 122.8 / 46.4 | 84 | G304G (GGC→GGG) | garD | (D)‑galactarate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (39/23); new base G (10/12); total (49/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.63e-01 | |||||||||||
CTGGTCGTTGGTATGCAGTGCGGTGGCAGCGATGCGTTTTCTGGTGTAACGGCAAACCCGGCGGTTGGCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGAAGTGCGT > minE/2101212‑2101346 | cTGGTCGTTGGTATGCAGTGCTGTGGCAGCGATGCGTTTTCTGGTGTAACGGCAAACCCGGCGGTTGGc < 1:3117140/69‑1 (MQ=255)cTGGTCGTTGGTATGCAGTGCGGTGGCAGCGATGCGTTTTCTGGTGTAACGGCAAACCCGGCGGTTGGc < 1:2045025/69‑1 (MQ=255)cTGGTCGTTGGTATGCAGTGCGGTGGCAGCGATGCGTTTTCTGGTGTAACGGCAAACCCGGCGGTTGGc < 1:848718/69‑1 (MQ=255)cTGGTCGTTGGTATGCAGTGCGGTGGCAGCGATGCGTTTTCTGGTGTAACGGCAAACCCGGCGGTTGGc < 1:708357/69‑1 (MQ=255) cGTTGGTATGCAGTGCGGTGGCAGCGATGCGTTTTCTGGTGTAACGGCAAACCCGGCGGTTGGCTATg < 1:3354180/68‑1 (MQ=255) cGTTGGTATGCAGTGCGGTGGCAGCGATGCGTTTTCTGGTGTAACGGCAAACCCGGCGGTTGGCTATg < 1:1794052/68‑1 (MQ=255) tGCAGTGCGGTGGCAGCGATGCGTTTTCTGGTGTAACGGCAAACCCGGCGGTTGGCTATGCGTCTGAt > 1:1218851/1‑68 (MQ=255) tGCAGTGCGGTGGCAGCGATGCGTTTTCTGGTGTAACGGCAAACCCGGCGGTTGGCTATGCGTCTGAt > 1:775206/1‑68 (MQ=255) cAGTGCGGTGGCAGCGATGCGTTTTCTGGTGTAACGGCAAACCCGGCGGTTGGc > 1:2511523/1‑54 (MQ=255) cAGTGCGGTGGCAGCGATGCGTTTTCTGGTGTAACGGCAAACCCGGCGGTTGGc > 1:607748/1‑54 (MQ=255) cAGTGCGGTGGCAGCGATGCGTTTTCTGGTGTAACGGCAAACCCGGCGGTTGGc > 1:2826557/1‑54 (MQ=255) cAGTGCGGTGGCAGCGATGCGTTTTCTGGCGTAACGGCAAACCCGGCGGTTGGGTATGCGTCTGATCTa < 1:127224/69‑1 (MQ=255) tGCGGTGGCAGCGATGCGTTTTCTGGTGTAACGGCAAACCCGGCGGTTGGCTATGCGTCTGATCTACTg > 1:2066089/1‑69 (MQ=255) tGCGGTGGCAGCGATGCGTTTTCTGGTGTAACGGCAAACCCGGCGGTTGGCTATGCGTCTGATCTACTg > 1:532776/1‑69 (MQ=255) tGCGGTGGCAGCGATGCGTTTTCTGGTGTAACGGCAAACCCGGCGGTTGGCTATGCGTCTGATCTACTg > 1:1877595/1‑69 (MQ=255) tGCGGTGGCAGCGATGCGTTTTCTGGTGTAACGGCAAACCCGGCGGTTGGCTATGCGTCTGATCTACTg > 1:1643965/1‑69 (MQ=255) tGCGGTGGCAGCGATGCGTTTTCTGGTGTAACGGCAAACCCGGCGGTTGGCTATGCGTCTGATCTACTg > 1:7098/1‑69 (MQ=255) tGCGGTGGCAGCGATGCGTTTTCTGGTGTAACGGCAAACCCGGCGGTTGGCTATGCGTCTGATCTACTg > 1:2976114/1‑69 (MQ=255) tGCGGTGGCAGCGATGCGTTTTCTGGTGTAACGGCAAACCCGGCGGTTGGCTATGCGTCTGATCTACTg > 1:1089438/1‑69 (MQ=255) tGCGGTGGCAGCGATGCGTTTTCTGGTGCAACGGCAAACCCGGCGGTTGGCTATGCGTCTGATCTACTg > 1:2426699/1‑69 (MQ=255) gCAGCGATGCGTTTTCTGGTGTAACGGCAAACCCGGCGGTTGGCTATGCGTCTGATCt > 1:2898180/1‑58 (MQ=255) gCAGCGATGCGTTTTCTGGTGTAACGGCAAACCCGGCGGTTGGCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCt > 1:3028270/1‑69 (MQ=255) gCAGCGATGCGTTTTCTGGTGTAACGGCAAACCCGGCGGTTGGCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCt > 1:137365/1‑69 (MQ=255) gCAGCGATGCGTTTTCTGGTGTAACGGCAAACCCGGCGGTTGGCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCt > 1:2815794/1‑69 (MQ=255) gCAGCGATGCGTTTTCTGGTGTAACGGCAAACCCGGCGGTTGGCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCt > 1:2564391/1‑69 (MQ=255) gCAGCGATGCGTTTTCTGGTGTAACGGCAAACCCGGCGGTTGGCTATGCCTCTGATCTACTGGTGCGCt > 1:3346044/1‑69 (MQ=255) aGCGACGCGTTCTCCGGCGTTACCGCTAACCCCGCTGTCGGCTACGCCTCTGACCTGCTGGTGCGCTgc > 1:242277/1‑69 (MQ=255) aGCGACGCGTTCTCCGGCGTTACCGCTAACCCCGCTGTCGGCTACGCCTCTGACCTGCTGGTGCGCTgc > 1:2200613/1‑69 (MQ=255) aGCGACGCGTTCTCCGGCGTTACCGCTAACCCCGCTGTCGGCTACGCCTCTGACCTGCTGGTGCGCTgc > 1:2389482/1‑69 (MQ=255) aGCGACGCGTTCTCCGGCGTTACCGCTAACCCCGCTGTCGGCTACGCCTCTGACCTGCTGGTGCGCTgc > 1:2343861/1‑69 (MQ=255) aGCGACGCGTTCTCCGGCGTTACCGCTAACCCCGCTGTCGGCTACGCCTCTGACCTGCTGGTGCGCTgc > 1:562370/1‑69 (MQ=255) aGCGACGCGTTCTCCGGCGTTACCGCTAACCCCGCTGTCGGCTACGCCTCTGACCTGCTGGTGCGCTgc > 1:2104222/1‑69 (MQ=255) aGCGACGCGTTCTCCGGCGTTACCGCTAACCCCGCTGTCGGCTACGCCTCTGACCTGCTGGTGCGCTgc > 1:387493/1‑69 (MQ=255) aGCGACGCGTTCTCCGGCGTTACCGCTAACCCCGCTGTCGGCTACGCCTCTGACCTGCTGGTGCGCTgc > 1:2781576/1‑69 (MQ=255) aGCGACGCGTTCTCCGGCGTTACCGCTAACCCCGCTGTCGGCTACGCCTCTGACCTGCTGGTGCGCTgc > 1:1714616/1‑69 (MQ=255) aGCGACGCGTTCTCCGGCGTTACCGCTAACCCCGCTGTCGGCTACGCCTCTGACCTGCTGGTGCGCTgc > 1:3039702/1‑69 (MQ=255) aGCGACGCGTTCTCCGGCGTTACCGCTAACCCCGCTGTCGGCTACGCCTCTGACCTGCTGGTGCGCTgc > 1:3070072/1‑69 (MQ=255) aGCGACGCGTTCTCCGGCGTTACCGCTAACCCCGCTGTCGGCTACGCCTCTGACCTGCTGGTGCGCTgc > 1:119728/1‑69 (MQ=255) aGCGACGCGTTCTCCGGCGTTACCGCTAACCCCGCTGTCGGCTACGCCTCTGACCTGCTGGTGCGCTg > 1:1008552/1‑68 (MQ=255) aGCGACGCGTTCTCCGGCGTTACCGCTAACCCCGCTGTCGGCTACGCCTCTGACCTGCTGGTGCGCTg > 1:2249703/1‑68 (MQ=255) aGCGACGCGTTCTCCGGCGTTACCGCTAACCCCGCTGTCGGCTACGCCTCTGACCTGCTGGTGCGCTg > 1:2176135/1‑68 (MQ=255) aGCGACGCGTTCTCCGGCGTTACCGCTAACCCCGCTGTCGGCTACGCCTCTGACCTGCTGGTGCGCTg > 1:1737427/1‑68 (MQ=255) aGCGACGCGTTCTCCGGCGTTACCGCTAACCCCGCTGTCGGCTACGCCTCTGACCTGCTGGTGCGCTg > 1:1857237/1‑68 (MQ=255) aGCGACGCGTTCTCCGGCGTTACCGCTAACCCCGCTGTCGGCTACGCCTCTGACCTGCTGGTGCGCTg > 1:1925140/1‑68 (MQ=255) ttCTGGTGTAACGGCAAACCCGGCGGTTGGCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGt < 1:2698298/69‑1 (MQ=255) ttCTGGTGTAACGGCAAACCCGGCGGTTGGCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGt < 1:1679838/69‑1 (MQ=255) ttCTGGTGTAACGGCAAACCCGGCGGTTGGCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGt < 1:1935913/69‑1 (MQ=255) ttCTGGTGTAACGGCAAACCCGGCGGTTGGCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGt < 1:2109944/69‑1 (MQ=255) cgtAACGGCAAACCCGGCGGTTGGGTATGCGTCTGATCTATTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGtt > 1:1913666/2‑69 (MQ=255) cgtAACGGCAAACCCGGCGGTTGGGTATGCGTCTGATCTATTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGtt > 1:26546/2‑69 (MQ=255) cgtAACGGCAAACCCGGCGGTTGGGTATGCGTCTGATCTATTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGtt > 1:1098392/2‑69 (MQ=255) cgtAACGGCAAACCCGGCGGTTGGGTATGCGTCTGATCTATTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGtt > 1:2735573/2‑69 (MQ=255) cgtAACGGCAAACCCGGCGGTTGGGTATGCGTCTGATCTATTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGtt > 1:2773140/2‑69 (MQ=255) cgtAACGGCAAACCCGGCGGTTGGGTATGCGTCTGATCTATTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGtt > 1:2478713/2‑69 (MQ=255) cgtAACGGCAAACCCGGCGGTTGGGTATGCGTCTGATCTATTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGtt > 1:2883093/2‑69 (MQ=255) cgtAACGGCAAACCCGGCGGTTGGGTATGCGTCTGATCTATTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGtt > 1:3007537/2‑69 (MQ=255) cgtAACGGCAAACCCGGCGGTTGGGTATGCGTCTGATCTATTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGtt > 1:2894079/2‑69 (MQ=255) cgtAACGGCAAACCCGGCGGTTGGGTATGCGTCTGATCTATTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGtt > 1:139744/2‑69 (MQ=255) ggCAAACCCGGCGGTTGGGTATGCGTCTGATCTATTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAg < 1:342467/68‑1 (MQ=255) ggCAAACCCGGCGGTTGGGTATGCGTCTGATCTATTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAg < 1:361500/68‑1 (MQ=255) ggCAAACCCGGCGGTTGGGTATGCGTCTGATCTATTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAg < 1:3080676/68‑1 (MQ=255) ggCAAACCCGGCGGTTGGGTATGCGTCTGATCTATTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAg < 1:1249492/68‑1 (MQ=255) ggCAAACCCGGCGGTTGGGTATGCGTCTGATCTATTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAg < 1:2889979/68‑1 (MQ=255) ggCAAACCCGGCGGTTGGGTATGCGTCTGATCTATTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAg < 1:695102/68‑1 (MQ=255) ggCAAACCCGGCGGTTGGGTATGCGTCTGATCTATTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAg < 1:381206/68‑1 (MQ=255) ggCAAACCCGGCGGTTGGGTATGCGTCTGATCTATTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAg < 1:2685164/68‑1 (MQ=255) ggCAAACCCGGCGGTTGGGTATGCGTCTGATCTATTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAg < 1:1912364/68‑1 (MQ=255) ggCAAACCCGGCGGTTGGGTATGCGTCTGATCTATTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAg < 1:590562/68‑1 (MQ=255) cccGGCGGTTGGGTATGCGTCTGATCTATTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAg < 1:342780/62‑1 (MQ=255) cccGGCGGTTGGCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTaa > 1:1217835/1‑68 (MQ=255) gggggTTGGCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGa < 1:3425753/66‑1 (MQ=255) ggcggTTGGCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGa < 1:377624/69‑1 (MQ=255) ggcggTTGGCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGa < 1:790753/69‑1 (MQ=255) ggcggTTGGCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGa < 1:89292/69‑1 (MQ=255) ggcggTTGGCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGa < 1:941738/69‑1 (MQ=255) ggcggTTGGCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGa < 1:2979674/69‑1 (MQ=255) ggcggTTGGCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGa < 1:2764702/69‑1 (MQ=255) ggcggTTGGCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGa < 1:1886364/69‑1 (MQ=255) ggcggTTGGCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGa < 1:1532965/69‑1 (MQ=255) ggcggTTGGCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGa < 1:137394/69‑1 (MQ=255) ggcggTTGGCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGa < 1:1356133/69‑1 (MQ=255) ggcggTTGGCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGa < 1:1036543/69‑1 (MQ=255) cggTTGGCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGAAg < 1:2645195/69‑1 (MQ=255) cggTTGGCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGAAg < 1:2107413/69‑1 (MQ=255) cggTTGGCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGAAg < 1:1079932/69‑1 (MQ=255) ggTTGGCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTTATGTTTTCAGAAGTAACGGa < 1:2674085/66‑1 (MQ=255) ggTTGGCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGAAg < 1:1676282/68‑1 (MQ=255) ggCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGAAGTGCGt > 1:2272515/1‑69 (MQ=255) ggCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGAAGTGCGt > 1:2234880/1‑69 (MQ=255) ggCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGAAGTGCGt > 1:730054/1‑69 (MQ=255) ggCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGAAGTGCGt > 1:1409974/1‑69 (MQ=255) | CTGGTCGTTGGTATGCAGTGCGGTGGCAGCGATGCGTTTTCTGGTGTAACGGCAAACCCGGCGGTTGGCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGAAGTGCGT > minE/2101212‑2101346 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |