| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,101,296 | C→T | 16.6% | L310L (CTG→TTG) | garD → | (D)‑galactarate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,101,296 | 0 | C | T | 16.6% | 211.9 / 24.0 | 125 | L310L (CTG→TTG) | garD | (D)‑galactarate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (48/56); new base T (10/11); total (58/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
TGCGGTGGCAGCGATGCGTTTTCTGGTGTAACGGCAAACCCGGCGGTTGGCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGAAGTGCGTGACGCGATCCATC > minE/2101230‑2101359 | tGCGGTGGCAGCGATGCGTTTTCTGGTGTAACGGCAAACCCGGCGGTTGGCTATGCGTCTGATCTACTg > 1:1877595/1‑69 (MQ=255)tGCGGTGGCAGCGATGCGTTTTCTGGTGTAACGGCAAACCCGGCGGTTGGCTATGCGTCTGATCTACTg > 1:1643965/1‑69 (MQ=255)tGCGGTGGCAGCGATGCGTTTTCTGGTGTAACGGCAAACCCGGCGGTTGGCTATGCGTCTGATCTACTg > 1:2066089/1‑69 (MQ=255)tGCGGTGGCAGCGATGCGTTTTCTGGTGTAACGGCAAACCCGGCGGTTGGCTATGCGTCTGATCTACTg > 1:1089438/1‑69 (MQ=255)tGCGGTGGCAGCGATGCGTTTTCTGGTGTAACGGCAAACCCGGCGGTTGGCTATGCGTCTGATCTACTg > 1:7098/1‑69 (MQ=255)tGCGGTGGCAGCGATGCGTTTTCTGGTGTAACGGCAAACCCGGCGGTTGGCTATGCGTCTGATCTACTg > 1:532776/1‑69 (MQ=255) gCAGCGATGCGTTTTCTGGTGTAACGGCAAACCCGGCGGTTGGCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCt > 1:137365/1‑69 (MQ=255) gCAGCGATGCGTTTTCTGGTGTAACGGCAAACCCGGCGGTTGGCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCt > 1:3028270/1‑69 (MQ=255) gCAGCGATGCGTTTTCTGGTGTAACGGCAAACCCGGCGGTTGGCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCt > 1:2815794/1‑69 (MQ=255) gCAGCGATGCGTTTTCTGGTGTAACGGCAAACCCGGCGGTTGGCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCt > 1:2564391/1‑69 (MQ=255) gCAGCGATGCGTTTTCTGGTGTAACGGCAAACCCGGCGGTTGGCTATGCCTCTGATCTACTGGTGCGCt > 1:3346044/1‑69 (MQ=255) aGCGACGCGTTCTCCGGCGTTACCGCTAACCCCGCTGTCGGCTACGCCTCTGACCTGCTGGTGCGCTgc > 1:2343861/1‑69 (MQ=255) aGCGACGCGTTCTCCGGCGTTACCGCTAACCCCGCTGTCGGCTACGCCTCTGACCTGCTGGTGCGCTgc > 1:562370/1‑69 (MQ=255) aGCGACGCGTTCTCCGGCGTTACCGCTAACCCCGCTGTCGGCTACGCCTCTGACCTGCTGGTGCGCTgc > 1:2200613/1‑69 (MQ=255) aGCGACGCGTTCTCCGGCGTTACCGCTAACCCCGCTGTCGGCTACGCCTCTGACCTGCTGGTGCGCTgc > 1:2389482/1‑69 (MQ=255) aGCGACGCGTTCTCCGGCGTTACCGCTAACCCCGCTGTCGGCTACGCCTCTGACCTGCTGGTGCGCTgc > 1:1714616/1‑69 (MQ=255) aGCGACGCGTTCTCCGGCGTTACCGCTAACCCCGCTGTCGGCTACGCCTCTGACCTGCTGGTGCGCTgc > 1:2104222/1‑69 (MQ=255) aGCGACGCGTTCTCCGGCGTTACCGCTAACCCCGCTGTCGGCTACGCCTCTGACCTGCTGGTGCGCTgc > 1:242277/1‑69 (MQ=255) aGCGACGCGTTCTCCGGCGTTACCGCTAACCCCGCTGTCGGCTACGCCTCTGACCTGCTGGTGCGCTgc > 1:3039702/1‑69 (MQ=255) aGCGACGCGTTCTCCGGCGTTACCGCTAACCCCGCTGTCGGCTACGCCTCTGACCTGCTGGTGCGCTgc > 1:3070072/1‑69 (MQ=255) aGCGACGCGTTCTCCGGCGTTACCGCTAACCCCGCTGTCGGCTACGCCTCTGACCTGCTGGTGCGCTg > 1:1737427/1‑68 (MQ=255) aGCGACGCGTTCTCCGGCGTTACCGCTAACCCCGCTGTCGGCTACGCCTCTGACCTGCTGGTGCGCTg > 1:1008552/1‑68 (MQ=255) aGCGACGCGTTCTCCGGCGTTACCGCTAACCCCGCTGTCGGCTACGCCTCTGACCTGCTGGTGCGCTg > 1:2249703/1‑68 (MQ=255) ttCTGGTGTAACGGCAAACCCGGCGGTTGGCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGt < 1:2109944/69‑1 (MQ=255) ttCTGGTGTAACGGCAAACCCGGCGGTTGGCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGt < 1:2698298/69‑1 (MQ=255) ttCTGGTGTAACGGCAAACCCGGCGGTTGGCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGt < 1:1935913/69‑1 (MQ=255) ttCTGGTGTAACGGCAAACCCGGCGGTTGGCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGt < 1:1679838/69‑1 (MQ=255) cgtAACGGCAAACCCGGCGGTTGGGTATGCGTCTGATCTATTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGtt > 1:1913666/2‑69 (MQ=255) cgtAACGGCAAACCCGGCGGTTGGGTATGCGTCTGATCTATTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGtt > 1:26546/2‑69 (MQ=255) cgtAACGGCAAACCCGGCGGTTGGGTATGCGTCTGATCTATTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGtt > 1:2773140/2‑69 (MQ=255) cgtAACGGCAAACCCGGCGGTTGGGTATGCGTCTGATCTATTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGtt > 1:2478713/2‑69 (MQ=255) cgtAACGGCAAACCCGGCGGTTGGGTATGCGTCTGATCTATTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGtt > 1:1098392/2‑69 (MQ=255) cgtAACGGCAAACCCGGCGGTTGGGTATGCGTCTGATCTATTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGtt > 1:2883093/2‑69 (MQ=255) cgtAACGGCAAACCCGGCGGTTGGGTATGCGTCTGATCTATTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGtt > 1:2894079/2‑69 (MQ=255) cgtAACGGCAAACCCGGCGGTTGGGTATGCGTCTGATCTATTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGtt > 1:139744/2‑69 (MQ=255) cgtAACGGCAAACCCGGCGGTTGGGTATGCGTCTGATCTATTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGtt > 1:3007537/2‑69 (MQ=255) ggCAAACCCGGCGGTTGGGTATGCGTCTGATCTATTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAg < 1:2685164/68‑1 (MQ=255) ggCAAACCCGGCGGTTGGGTATGCGTCTGATCTATTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAg < 1:1249492/68‑1 (MQ=255) ggCAAACCCGGCGGTTGGGTATGCGTCTGATCTATTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAg < 1:1912364/68‑1 (MQ=255) ggCAAACCCGGCGGTTGGGTATGCGTCTGATCTATTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAg < 1:361500/68‑1 (MQ=255) ggCAAACCCGGCGGTTGGGTATGCGTCTGATCTATTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAg < 1:695102/68‑1 (MQ=255) ggCAAACCCGGCGGTTGGGTATGCGTCTGATCTATTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAg < 1:381206/68‑1 (MQ=255) ggCAAACCCGGCGGTTGGGTATGCGTCTGATCTATTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAg < 1:342467/68‑1 (MQ=255) ggCAAACCCGGCGGTTGGGTATGCGTCTGATCTATTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAg < 1:3080676/68‑1 (MQ=255) cccGGCGGTTGGCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTaa > 1:1217835/1‑68 (MQ=255) gggggTTGGCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGa < 1:3425753/66‑1 (MQ=255) ggcggTTGGCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGa < 1:89292/69‑1 (MQ=255) ggcggTTGGCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGa < 1:790753/69‑1 (MQ=255) ggcggTTGGCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGa < 1:377624/69‑1 (MQ=255) ggcggTTGGCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGa < 1:2764702/69‑1 (MQ=255) ggcggTTGGCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGa < 1:2979674/69‑1 (MQ=255) ggcggTTGGCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGa < 1:941738/69‑1 (MQ=255) ggcggTTGGCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGa < 1:1532965/69‑1 (MQ=255) ggcggTTGGCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGa < 1:1036543/69‑1 (MQ=255) ggcggTTGGCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGa < 1:1886364/69‑1 (MQ=255) ggcggTTGGCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGa < 1:1356133/69‑1 (MQ=255) cggTTGGCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGAAg < 1:2107413/69‑1 (MQ=255) ggTTGGCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTTATGTTTTCAGAAGTAACGGa < 1:2674085/66‑1 (MQ=255) ggTTGGCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGAAg < 1:1676282/68‑1 (MQ=255) ggCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGAAGTGCGt > 1:1409974/1‑69 (MQ=255) ggCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGAAGTGCGt > 1:2234880/1‑69 (MQ=255) tATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGAAGTGCGTGa < 1:738853/68‑1 (MQ=255) tATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGAAGTGCGTGa < 1:3345089/68‑1 (MQ=255) tATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGAAGTGCGTGa < 1:205908/68‑1 (MQ=255) tATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGAAGTGCGTGa < 1:2086373/68‑1 (MQ=255) tATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGAAGTGCGTGAc > 1:1533097/1‑69 (MQ=255) tATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGAAGTGCGTGAc > 1:1937072/1‑69 (MQ=255) tATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGAAGTGCGTGAc > 1:696596/1‑69 (MQ=255) tATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGAAGTGCGTGAc > 1:2333794/1‑69 (MQ=255) tATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGAAGTGCGTGAc > 1:2742631/1‑69 (MQ=255) tATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGAGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGAAGTGCGTGa < 1:770935/68‑1 (MQ=255) tATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTCCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGAAGTGCGTGAc > 1:3202461/1‑69 (MQ=255) tATGCGTCTGATCTACTGGTGCACTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGAAGTGCGTGa > 1:733303/1‑68 (MQ=255) tATGCGTCTGATATACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGAAGTGCGTGa < 1:3429902/68‑1 (MQ=255) cGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGAAGTGCGTGAcgcg < 1:1130821/68‑1 (MQ=255) tCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGAAGTGCGTGACGCGATc > 1:2924048/1‑69 (MQ=255) tCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGAAGTGCGTGACGCGATc > 1:1417300/1‑69 (MQ=255) cTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGAAGTGCGTGACGCGATcc < 1:599483/69‑1 (MQ=255) cTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGAAGTGCGTGACGCGATcc < 1:393744/69‑1 (MQ=255) cTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGAAGTGCGTGACGCGATcc < 1:2762594/69‑1 (MQ=255) cTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGAAGTGCGTGACGCGATcc < 1:3396431/69‑1 (MQ=255) cTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGAAGTGCGTGACGCGATcc < 1:294109/69‑1 (MQ=255) cTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGAAGTGCGTGACGCGATcc < 1:1616888/69‑1 (MQ=255) cTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGAAGTGCGTGACGCGATcc < 1:2877389/69‑1 (MQ=255) cTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGAAGTGCGTGACGCGATcc < 1:2829385/69‑1 (MQ=255) cTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGAAGTGCGTGACGAGATcc < 1:2896955/69‑1 (MQ=255) tGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGAAGTGCGTGACGCGATcc < 1:2505162/68‑1 (MQ=255) tGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGAAGTGCGTGACGCGATcc < 1:2577365/68‑1 (MQ=255) tGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGAAGTGCGTGACGCGATCCa < 1:3225679/69‑1 (MQ=255) tGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGAAGTGCGTGACGCGATCCa < 1:884773/69‑1 (MQ=255) tGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGAAGTGCGTGACGCGATCCa < 1:3064349/69‑1 (MQ=255) aTCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGAAGTGCGTGACGCGATCCATc > 1:140425/1‑69 (MQ=255) aTCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGAAGTGCGTGACGCGATCCATc > 1:112194/1‑69 (MQ=255) cTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGAAGTGCGTGACGCGATCCATc < 1:2261779/67‑1 (MQ=255) cTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGAAGTGCGTGACGCGATCCATc < 1:1009693/67‑1 (MQ=255) cTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGAAGTGCGTGACGCGATCCATc < 1:1014268/67‑1 (MQ=255) cTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGAAGTGCGTGACGCGATCCATc < 1:83995/67‑1 (MQ=255) cTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGAAGTGCGTGACGCGATCCATc < 1:423876/67‑1 (MQ=255) cTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGAAGTGCGTGACGCGATCCATc < 1:307361/67‑1 (MQ=255) cTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGAAGTGCGTGACGCGATCCATc < 1:3423159/67‑1 (MQ=255) | TGCGGTGGCAGCGATGCGTTTTCTGGTGTAACGGCAAACCCGGCGGTTGGCTATGCGTCTGATCTACTGGTGCGCTGCGGCGCAACGGTGATGTTTTCAGAAGTAACGGAAGTGCGTGACGCGATCCATC > minE/2101230‑2101359 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |