| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 178,645 | G→T | 23.7% | G631G (GGG→GGT) | yaeT → | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 178,645 | 0 | G | T | 23.7% | 240.3 / 54.1 | 134 | G631G (GGG→GGT) | yaeT | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (19/83); new base T (8/24); total (27/107) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
AAGTGACGTTAGACACGGCGACTTATGTGCCGATCGATGACGATCACAAATGGGTTGTTCTGGGGCGTACCCGCTGGGGTTATGGTGATGGTTTAGGCGGCAAAGAGATGCCGTTCTACGAG > minE/178581‑178702 | aaGTGACGTTAGACACGGCGACTTATGTGCCGATCGATGACGATCACAAATGGGTTGTTCTGGGGCGTa > 1:2919323/1‑69 (MQ=255)aaGTGACGTTAGACACGGCGACTTATGTGCCGATCGATGACGATCACAAATGGGTTGTTCTGGGGCGTa > 1:2077874/1‑69 (MQ=255)aaGTGACGTTAGACACGGCGACTTATGTGCCGATCGATGACGATCACAAATGGGTTGTTCTGGGGCGTa > 1:67409/1‑69 (MQ=255) gCGACTTATGTGCCTATCGATGACGATCACAAATGGGTTGTTCTGGGGCGTACCCGCTGGGGTTATGGt < 1:2495498/69‑1 (MQ=255) gCGACTTATGTGCCGATCGATGACGATCACAAATGGGTTGTTCTGGGGCGTACCCGCTGGGGTTATGGt < 1:9537/69‑1 (MQ=255) gCGACTTATGTGCCGATCGATGACGATCACAAATGGGTTGTTCTGGGGCGTACCCGCTGGGGTTATGGt > 1:255002/1‑69 (MQ=255) gCGACTTATGTGCCGATCGATGACGATCACAAATGGGTTGTTCTGGGGCGTACCCGCTGGGGTTATGGt < 1:2539873/69‑1 (MQ=255) gCGACTTATGTGCCGATCGATGACGATCACAAATGGGTTGTTCTGGGGCGTACCCGCTGGGGTTATGGt > 1:3150315/1‑69 (MQ=255) gCGACTTATGTGCCGATCGATGACGATCACAAATGGGTTGTTCTGGGGCGTACCCGCTGGGGTTATGGt < 1:2239247/69‑1 (MQ=255) gCGACTTATGTGCCGATCGATGACGATCACAAATGGGTTGTTCTGGGGCGTACCCGCTGGGGTTATGGt < 1:2161486/69‑1 (MQ=255) gCGACTTATGTGCCGATCGATGACGATCACAAATGGGTTGTTCTGGGGCGTACCCGCTGGGGTTATGGt < 1:2157276/69‑1 (MQ=255) gCGACTTATGTGCCGATCGATGACGATCACAAATGGGTTGTTCTGGGGCGTACCCGCTGGGGTTATGGt < 1:1733704/69‑1 (MQ=255) gCGACTTATGTGCCGATCGATGACGATCACAAATGGGTTGTTCTGGGGCGTACCCGCTGGGGTTATGGt < 1:1645186/69‑1 (MQ=255) gCGACTTATGTGCCGATCGATGACGATCACAAATGGGTTGTTCTGGGGCGTACCCGCTGGGGTTATGGt < 1:1543441/69‑1 (MQ=255) gCGACTTATGTGCCGATCGATGACGATCACAAATGGGTAGTTCTGGGGCGTACCCGCTGGGGTTATGGt < 1:2847618/69‑1 (MQ=255) ttATGTGCCGATCGATGACGATCACAAATGGGTTGTTCTGGGGCGTACCCGCTGGGGTTATGGTGATgg < 1:1701659/69‑1 (MQ=255) ttATGTGCCGATCGATGACGATCACAAATGGGTTGTTCTGGGGCGTACCCGCTGGGGTTATGGTGATgg < 1:753920/69‑1 (MQ=255) ttATGTGCCGATCGATGACGATCACAAATGGGTTGTTCTGGGGCGTACCCGCTGGGGTTATGGTGATgg < 1:2974172/69‑1 (MQ=255) tgCCGATCGATGACGATCACAAATGGGTTGTTCTGGGGCGTACCCGCTGGGGTTATGGTGATGGTTTa < 1:2378432/68‑1 (MQ=255) 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tGACGATCACAAATGGGTTGTTCTGGGGCGTACCCGCTGGGGTTATGGTGATGGTTTAGGCGGCAAaga < 1:1744816/69‑1 (MQ=255) tGACGATCACAAATGGGTTGTTCTGGGGCGTACCCGCTGGGGTTATGGTGATGGTTTAGGCGGCAAaga < 1:2838431/69‑1 (MQ=255) tGACGATCACAAATGGGTTGTTCTGGGGCGTACCCGCTGGGGTTATGGTGATGGTTTAGGCGCCAAaga < 1:4521/69‑1 (MQ=255) tGACGATCACAAATGGGTTGTTCTGGGGCGTACCCGCCGGGGTTATGGTGATGGTTTAGGCGGCAAaga < 1:2153431/69‑1 (MQ=255) tGACGATAACAAATGGGTTGTTCTGGGGCGTACCCGCTGGGGTTATGGTGATGGTTTAGGCGGCAAaga < 1:810735/69‑1 (MQ=255) gACGATCACAAATGGGTTGTTCTGGGGCGTACCCGCTGGGGTTATGGTGATGGTTTAGGCGGCAAaga < 1:1901823/68‑1 (MQ=255) cacaAATGGGTTGTTCTGGGGCGTACCCGCTGGGGTTATGGTGATgg < 1:3216333/47‑1 (MQ=255) cacaAATGGGTTGTTCTGGGGCGTACCCGCTGGGGTTATGGTGATGGTTTAGGCGGCAAAGAGATGCCg > 1:2809271/1‑69 (MQ=255) tGGGTTGTTCTGGGGCGTACCCGCTGGGGTTATGGTGATGGTTTAGGCGGCAAaga < 1:2521248/56‑1 (MQ=255) gggTTGTTCTGGGGCGTACCCGCTGGGGTTATGGTGATGGTTTAGGCGGCAAaga < 1:2086860/55‑1 (MQ=255) gttgttCTGGGGCGTACCCGCTGGGGTTATGGTGATGGTTTAGGCGGCAAAGAGATGCCGTTCTACgag > 1:197598/1‑69 (MQ=255) 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AAGTGACGTTAGACACGGCGACTTATGTGCCGATCGATGACGATCACAAATGGGTTGTTCTGGGGCGTACCCGCTGGGGTTATGGTGATGGTTTAGGCGGCAAAGAGATGCCGTTCTACGAG > minE/178581‑178702 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |