Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | minE | 2,104,372 | C→T | 14.0% | I124I (ATC→ATT) | kbaZ → | tagatose 6‑phosphate aldolase 1, kbaZ subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | minE | 2,104,372 | 0 | C | T | 14.0% | 207.3 / 16.1 | 113 | I124I (ATC→ATT) | kbaZ | tagatose 6‑phosphate aldolase 1, kbaZ subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (88/9); new base T (4/12); total (92/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.64e-08 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
GCCGCTCAGGCAATGGCCAATGCCGATGATTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGCAGGATTCAAAAAAATCCACCTTGATTGCAGCATGTCCTGTCAGGACGATCCGATTCCCTTAACTGATGACATCGT > minE/2104304‑2104431 | gccgCTCAGGCAATGGCCAATGCCGATGATTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGCAGGATTCAAAAAAATc < 1:301117/69‑1 (MQ=255) gccgCTCAGGCAATGGCCAATGCCGATGATTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGCAGGATTCAAAAAAATc < 1:2585950/69‑1 (MQ=255) gccgCTCAGGCAATGGCCAATGCCGATGATTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGCAGGATTCAAAAAAATc < 1:237079/69‑1 (MQ=255) gccgCTCAGGCAATGGCCAATGCCGATGATTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGCAGGATTCAAAAAAATc < 1:1221429/69‑1 (MQ=255) gCAATGGCCAATGCCGATGATTTGATTAAAAGCTACGTGGCGGCAGGATTCAAAAAAATTCACCTTGAt > 1:977947/1‑69 (MQ=255) gCAATGGCCAATGCCGATGATTTGATTAAAAGCTACGTGGCGGCAGGATTCAAAAAAATTCACCTTGAt > 1:3403037/1‑69 (MQ=255) gCAATGGCCAATGCCGATGATTTGATTAAAAGCTACGTGGCGGCAGGATTCAAAAAAATTCACCTTGAt > 1:1971042/1‑69 (MQ=255) gCAATGGCCAATGCCGATGATTTGATTAAAAGCTACGTGGCGGCAGGATTCAAAAAAATTCACCTTGAt > 1:1439705/1‑69 (MQ=255) aTGGCCAATGCCGATGATTTGATTAAAAGCTACGTTGC‑‑CAGGATTCAAAAAAATCCACCTTGATTgcag < 1:3092531/69‑1 (MQ=255) ggtcAATGCCGATGATTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGCAGGATTCAAAAAAATCCACCTTGATTgcag > 1:633455/4‑69 (MQ=255) ggCCAATGCCGATGATTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGCAGGATTCAAAAATATCCACCTTGATTgcag < 1:1744394/69‑1 (MQ=255) ggCCAATGCCGATGATTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGCAGGATTCAAAAAAATCCACCtt > 1:878586/1‑61 (MQ=255) ggCCAATGCCGATGATTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGCAGGATTCAAAAAAATCCACCtt > 1:564590/1‑61 (MQ=255) ggCCAATGCCGATGATTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGCAGGATTCAAAAAAATCCACCtt > 1:1067075/1‑61 (MQ=255) ggCCAATGCCGATGATTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGCAGGATTCAAAAAAATCCACCtt > 1:2632764/1‑61 (MQ=255) ggCCAATGCCGATGATTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGCAGGATTCAAAAAAATCCACCtt > 1:3353411/1‑61 (MQ=255) ggCCAATGCCGATGATTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGCAGGATTCAAAAAAATCCACCtt > 1:2834444/1‑61 (MQ=255) ggCCAATGCCGATGATTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGCAGGATTCAAAAAAATCCACCTTGATTgcag > 1:214848/1‑69 (MQ=255) ggCCAATGCCGATGATTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGCAGGATTCAAAAAAATCCACCTTGATTgcag > 1:2180931/1‑69 (MQ=255) 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tGCCGATGATTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGCAGGATTCAAAAAAATCCACCTTGATTGCAGCATGTc > 1:2497588/1‑69 (MQ=255) tGCCGATGATTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGCAGGATTCAAAAAAATCCACCTTGATTGCAGCATGTc > 1:923056/1‑69 (MQ=255) tGCCGATGATTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGCAGGATTCAAAAAAATCCACCTTGATTGCAGCATGTc > 1:1965748/1‑69 (MQ=255) tGCCGATGATTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGCAGGATTCAAAAAAACCCACCTTGATTGCAGCATGTc > 1:1002883/1‑69 (MQ=255) gCCGATGATTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGCAGGATTCAAAAAAATCCACCTTGATTGCAGCATGTcc > 1:934041/1‑69 (MQ=255) ccGATGATTTGATTAAAAGCTACTTTGCGGCAGGATTCAAAAAAATCCACCTTGATTGCAGCATGTCCt > 1:2532548/1‑69 (MQ=255) ccGATGATTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGCAGGATTCAAAAAAATc > 1:763180/1‑47 (MQ=255) ccGATGATTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGCAGGATTCAAAAAAATc > 1:12907/1‑47 (MQ=255) ccGATGATTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGCAGGATTCAAAAAAATCCACCTTGATTGCAGCATGTCCt > 1:2089061/1‑69 (MQ=255) ccGATGATTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGCAGGATTCAAAAAAATCCACCTTGATTGCAGCATGTCCt > 1:3427820/1‑69 (MQ=255) ccGATGATTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGCAGGATTCAAAAAAATCCACCTTGATTGCAGCATGTCCt > 1:1484052/1‑69 (MQ=255) ccGATGATTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGCAGGATTCAAAAAAATCCACCTTGATTGCAGCATGTCCt > 1:341238/1‑69 (MQ=255) ccGATGATTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGCAGGATTCAAAAAAATCCACCTTGATTGCAGCATGTCCt > 1:528754/1‑69 (MQ=255) ccGATGATTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGCAGGATTCAAAAAAATCCACCTTGATTGCAGCATGTCCt > 1:568698/1‑69 (MQ=255) ccGATGATTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGCAGGATTCAAAAAAATCCACCTTGATTGCAGCATGTCCt > 1:597391/1‑69 (MQ=255) ccGATGATTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGCAGGATTCAAAAAAATCCACCTTGATTGCAGCATGTCCt > 1:834925/1‑69 (MQ=255) ccGATGATTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGCAGGATTCAAAAAAATCCACCTTGATTGCAGCATGTCCt > 1:854714/1‑69 (MQ=255) ccGATGATTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGCAGGATTCAAAAAAATCCACCTTGATTGCAGCATGTCCt > 1:85535/1‑69 (MQ=255) ccGATGATTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGCAGGATTCAAAAAAATCCACCTTGATTGCAGCATGTCCt > 1:192122/1‑69 (MQ=255) ccGATGATTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGCAGGATTCAAAAAAATCCACCTTGATTGCAGCATGTCCt > 1:2265962/1‑69 (MQ=255) ccGATGATTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGCAGGATTCAAAAAAATCCACCTTGATTGCAGCATGTCCt > 1:2268005/1‑69 (MQ=255) ccGATGATTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGCAGGATTCAAAAAAATCCACCTTGATTGCAGCATGTCCt > 1:2338208/1‑69 (MQ=255) ccGATGATTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGCAGGATTCAAAAAAATCCACCTTGATTGCAGCATGTCCt > 1:1153168/1‑69 (MQ=255) ccGATGATTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGCAGGATTCAAAAAAATCCACCTTGATTGCAGCATGTCCt > 1:1708424/1‑69 (MQ=255) ccGATGATTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGCAGGATTCAAAAAAATCCACCTTGATTGCAGCATGTCCt > 1:2734405/1‑69 (MQ=255) ccGATGATTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGCAGGATTCAAAAAAATCCACCTTGATTGCAGCATGTCCt > 1:304323/1‑69 (MQ=255) ccGATGATTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGCAGGATTCAAAAAAATCCACCTTGATTGCAGCATGTCCt > 1:1552510/1‑69 (MQ=255) atgatTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGCAGGATTCAAAAAAATCCACCTTGATTGCAGCATGTCCTGTc > 1:3358501/1‑69 (MQ=255) atgatTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGCAGGATTCAAAAAAATCCACCTTGATTGCAGCATGTCCTGTc > 1:1527853/1‑69 (MQ=255) ttgattAAAAGCTACGTTGCGGCAGGATTCAAAAAAATCCACCTTGATTGCAGCATGTCCTGTCAGGAc > 1:1599053/1‑69 (MQ=255) ttgattAAAAGCTACGTTGCGGCAGGATTCAAAAAAATCCACCTTGATTGCAGCATGTCCTGTCAGGAc > 1:2587219/1‑69 (MQ=255) aCGTTGCGGCAGGATTCAAAAAAATCCACCTTGATTGCAGCATGTCCTGTCAGGACGATCCGATTccc > 1:749707/1‑68 (MQ=255) aCGTTGCGGCAGGATTCAAAAAAATCAACCTTGATTGCAGCATGTCCTGTCAGGACGATCCGATTccc > 1:3305959/1‑68 (MQ=255) gCGGCAGGATTCAAAAAAATCCACCTTGATTGCAGCATGTCCTGTCAGGACGATCCGATTCCCTTAACt > 1:2435706/1‑69 (MQ=255) gCGGCAGGATTCAAAAAAATCCACCTTGATTGCAGCATGTCCTGTCAGGACGATCCGATTCCCTTAACt > 1:1875739/1‑69 (MQ=255) gCAGGATTCAAAAAAATTCACCTTGATTGCAGCATGTCCTGTCAGGACGATCCGATTCCCTTAACtgat < 1:149249/69‑1 (MQ=255) gCAGGATTCAAAAAAATTCACCTTGATTGCAGCATGTCCTGTCAGGACGATCCGATTCCCTTAACtgat < 1:3418023/69‑1 (MQ=255) gCAGGATTCAAAAAAATTCACCTTGATTGCAGCATGTCCTGTCAGGACGATCCGATTCCCTTAACtgat < 1:3222958/69‑1 (MQ=255) gCAGGATTCAAAAAAATTCACCTTGATTGCAGCATGTCCTGTCAGGACGATCCGATTCCCTTAACtgat < 1:747392/69‑1 (MQ=255) gCAGGATTCAAAAAAATTCACCTTGATTGCAGCATGTCCTGTCAGGACGATCCGATTCCCTTAACtgat < 1:630807/69‑1 (MQ=255) gCAGGATTCAAAAAAATTCACCTTGATTGCAGCATGTCCTGTCAGGACGATCCGATTCCCTTAACtgat < 1:1616889/69‑1 (MQ=255) gCAGGATTCAAAAAAATTCACCTTGATTGCAGCATGTCCTGTCAGGACGATCCGATTCCCTTAACtgat < 1:526184/69‑1 (MQ=255) gCAGGATTCAAAAAAATTCACCTTGATTGCAGCATCTCCTGTCAGGACGATCCGATTCCCTTAACtgat < 1:1278940/69‑1 (MQ=255) cAGGATTCAAAAAAATTCACCTTGATTGCAGCATGTCCTGTCAGGACGATCCGATTCCCTTAACtgat < 1:2527403/68‑1 (MQ=255) ggATTCAAAAAAATCCACCTTGATTGCAGCATGTCCTGTCAGGACGATCCGATTCCCTTAACTGATGAc > 1:1425562/1‑69 (MQ=255) ggATTCAAAAAAATCCACCTTGATTGCAGCATGTCCTGTCAGGACGATCCGATTCCCTTAACTGATGAc > 1:1389321/1‑69 (MQ=255) ggATTCAAAAAAATCCACCTTGATTGCAGCATGTCCTGTCAGGACGATCCGATTCCCTTAACTGATGAc > 1:2961612/1‑69 (MQ=255) ggATTCAAAAAAATCCACCTTGATTGCAGCATGTCCTGTCAGGACGATCCGATTCCCTTAACTGATGAc > 1:497616/1‑69 (MQ=255) ggATTCAAAAAAATCCACCTTGATTGCAGCATGTCCTGTCAGGACGATCCGATTCCCTTAACTGATGAc > 1:518204/1‑69 (MQ=255) cAAAAAAATCCACCTTGATTGCAGCATGTCCTGTCAGGACGATCCGATTCCCTTAACTGATGACATCGt > 1:1540332/1‑69 (MQ=255) cAAAAAAATCCACCTTGATTGCAGCATGTCCTGTCAGGACGATCCGATTCCCTTAACTGATGACATCGt > 1:2820652/1‑69 (MQ=255) | GCCGCTCAGGCAATGGCCAATGCCGATGATTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGCAGGATTCAAAAAAATCCACCTTGATTGCAGCATGTCCTGTCAGGACGATCCGATTCCCTTAACTGATGACATCGT > minE/2104304‑2104431 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |