| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,106,450 | A→G | 31.7% | H81R (CAC→CGC) | agaA → | predicted truncated N‑acetylgalactosamine‑6‑phosphate deacetylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,106,450 | 0 | A | G | 31.7% | 116.7 / 69.8 | 132 | H81R (CAC→CGC) | agaA | predicted truncated N‑acetylgalactosamine‑6‑phosphate deacetylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (29/61); new base G (40/2); total (69/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.04e-12 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.44e-01 | |||||||||||
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
GACGCGATGCAGGCAGCTGGGATGCCGGATGGTCGCTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCACGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCTGGTGGGCTGGCGGGCAGTACGCTGTCTGTTGATGCGGCAGT > minE/2106383‑2106516 | gACGCGATGCAGGCAGCTGGGATGCCGGATGGTCGCTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCa > 1:729008/1‑68 (MQ=255)gACGCGATGCAGGCAGCTGGGATGCCGGATGGTCGCTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCAc > 1:174216/1‑69 (MQ=255)gACGCGATGCAGGCAGCTGGGATGCCGGATGGTCGCTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCAc > 1:2624768/1‑69 (MQ=255)gACGCGATGCAGGCAGCTGGGATGCCGGATGGTCGCTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCAc > 1:2293699/1‑69 (MQ=255)gACGCGATGCAGGCAGCTGGGATGCCGGATGGTCGCTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCAc < 1:2257034/69‑1 (MQ=255)gACGCGATGCAGGCAGCTGGGATGCCGGATGGTCGCTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCAc < 1:2224543/69‑1 (MQ=255)gACGCGATGCAGGCAGCTGGGATGCCGGATGGTCGCTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCAc > 1:2139870/1‑69 (MQ=255)gACGCGATGCAGGCAGCTGGGATGCCGGATGGTCGCTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCAc > 1:2944434/1‑69 (MQ=255)gACGCGATGCAGGCAGCTGGGATGCCGGATGGTCGCTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCAc > 1:2966921/1‑69 (MQ=255)gACGCGATGCAGGCAGCTGGGATGCCGGATGGTCGCTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCAc > 1:1576214/1‑69 (MQ=255)gACGCGATGCAGGCAGCTGGGATGCCGGATGGTCGCTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCAc > 1:3205748/1‑69 (MQ=255)gACGCGATGCAGGCAGCTGGGATGCCGGATGGTCGCTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCAc < 1:1360820/69‑1 (MQ=255)gACGCGATGCAGGCAGCTGGGATGCCGGATGGTCGCTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCAc < 1:1338802/69‑1 (MQ=255)gACGCGATGCAGGCAGCTGGGATGCCGGATGGTCGCTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCAc < 1:750466/69‑1 (MQ=255)gACGCGATGCAGGCAGCTGGGATGCCGGATGGTCGCTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCAc > 1:961284/1‑69 (MQ=255)gACGCGATGCAGGCAGCTGGGATGCCGGATGGTCGCTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCAc > 1:94756/1‑69 (MQ=255)gACGCGATGCAGGCAGCTGGGATGCCGGATGGTCGCTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCAc > 1:107911/1‑69 (MQ=255)gACGCGATGCAGGCAGCTGGGATGCCGGATGGTCGCTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCAc < 1:918360/69‑1 (MQ=255)gACGCGATGCAGGCAGCTGGGATGCCGGATGGTCGCTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCAc < 1:591080/69‑1 (MQ=255)gACGCGATGCAGGCAGCTGGGATGCCGGATGGTCGCTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCAc < 1:1268146/69‑1 (MQ=255) cgcgATGCAGGCAGCCGGGATGCCGGATGGTCACTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCgg > 1:2421211/1‑69 (MQ=255) cgcgATGCAGGCAGCCGGGATGCCGGATGGTCACTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCgg > 1:1718388/1‑69 (MQ=255) cgcgATGCAGGCAGCCGGGATGCCGGATGGTCACTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCgg > 1:2342623/1‑69 (MQ=255) cgcgATGCAGGCAGCCGGGATGCCGGATGGTCACTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCgg > 1:293025/1‑69 (MQ=255) cgcgATGCAGGCAGCCGGGATGCCGGATGGTCACTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCgg > 1:1796133/1‑69 (MQ=255) cgcgATGCAGGCAGCCGGGATGCCGGATGGTCACTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCgg > 1:3317427/1‑69 (MQ=255) cgcgATGCAGGCAGCCGGGATGCCGGATGGTCACTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCgg > 1:3157050/1‑69 (MQ=255) cgcgATGCAGGCAGCCGGGATGCCGGATGGTCACTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCgg > 1:906331/1‑69 (MQ=255) cgcgATGCAGGCAGCCGGGATGCCGGATGGTCACTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCgg > 1:2028636/1‑69 (MQ=255) aTGCAGGCAGCTGGGATGCCGGATGGTCGCTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCAc < 1:693553/63‑1 (MQ=255) tGCAGGCAGCTGGGATGCCGGATGGTCGCTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCACGGTGGc < 1:2933109/68‑1 (MQ=255) caggcagCTGGGATGCCGGATGGTCGCTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCACGGTGGCGtt > 1:1495420/1‑69 (MQ=255) ggcagCTGGGATGCCGGATGGTCGCTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCACGGTGGCGTTg < 1:375653/68‑1 (MQ=255) ggcagCTGGGATGCCGGATGGTCGCTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCACGGTGGCGTTg < 1:1303999/68‑1 (MQ=255) ggcagCTGGGATGCCGGATGGTCGCTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCACGGTGGCGTTg < 1:2660517/68‑1 (MQ=255) ggcagCTGGGATGCCGGATGGTCGCTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCACGGTGGCGTTg < 1:2376254/68‑1 (MQ=255) ggcagCTGGGATGCCGGATGGTCGCTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCACGGTGGCGTTg < 1:2833744/68‑1 (MQ=255) ggcagCTGGGATGCCGGATGGTCGCTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCACGGTGGCGTTg < 1:414179/68‑1 (MQ=255) ggcagCTGGGATGCCGGATGGTCGCTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCACGGTGGCGTTg < 1:1159718/68‑1 (MQ=255) ggcagCTGGGATGCCGGATGGTCGCTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCACGGTGGCGTTg < 1:3186719/68‑1 (MQ=255) ggcagCTGGGATGCCGGATGGTCGCTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCACGGTGGCGTTg < 1:2959457/68‑1 (MQ=255) ggcagCTGGGATGCCGGATGGTCGCTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCACGGTGGCGTTGt > 1:3201606/1‑69 (MQ=255) ccGGATGGTCGCTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCACGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCt < 1:459059/69‑1 (MQ=255) ccGGATGGTCGCTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCACGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCt < 1:642093/69‑1 (MQ=255) ccGGATGGTCGCTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCACGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCt < 1:2396471/69‑1 (MQ=255) ccGGATGGTCGCTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCACGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCt < 1:2768259/69‑1 (MQ=255) cGGATGGTCGCTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCACGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCt < 1:3139359/68‑1 (MQ=255) gTCGCTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCACGGTGGCGTTGTCCg < 1:971336/52‑1 (MQ=255) gTCGCTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCACGGTGGCGTTGTCCg < 1:2235663/52‑1 (MQ=255) gTCGCTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCACGGTGGCGTTGTCCg < 1:2139342/52‑1 (MQ=255) cacTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCCGGTGGGCTg > 1:1395694/3‑69 (MQ=255) cacTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCCGGTGGGCTg > 1:2584278/3‑69 (MQ=255) cacTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCCGGTGGGCTg > 1:502823/3‑69 (MQ=255) cacTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCCGGTGGGCTg > 1:2398403/3‑69 (MQ=255) cacTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCCGGTGGGCTg > 1:2882927/3‑69 (MQ=255) cacTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCCGGTGGGCTg < 1:1891461/67‑1 (MQ=255) cacTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCCGGTGGGCTg > 1:588037/3‑69 (MQ=255) cacTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCCGGTGGGCTg > 1:3088756/3‑69 (MQ=255) cGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCACGGTGGCGTTGt > 1:3363727/1‑40 (MQ=255) cGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCACGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCTGGTGGGCTGGCGGGc > 1:1178017/1‑68 (MQ=255) ttATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCACGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCTGGTGGGCTGGCGGGCAg < 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minE/2106383‑2106516 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |