| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,108,982 | G→T | 49.9% | P251P (CCG→CCT) | kbaY → | tagatose 6‑phosphate aldolase 1, kbaY subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,108,982 | 0 | G | T | 49.9% | 13.8 / 116.2 | 104 | P251P (CCG→CCT) | kbaY | tagatose 6‑phosphate aldolase 1, kbaY subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (31/21); new base T (6/46); total (37/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.15e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
GTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGATGAAAGAAGTTGTC > minE/2108920‑2109042 | gTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGt < 1:2167033/69‑1 (MQ=255)gTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGt < 1:1383827/69‑1 (MQ=255) aaTAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGttatta < 1:1823761/69‑1 (MQ=255) aaTAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGttatta < 1:1151201/69‑1 (MQ=255) aaTAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGttatt < 1:353757/68‑1 (MQ=255) tAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGttatta < 1:1919577/67‑1 (MQ=255) tAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGttatta < 1:1904183/67‑1 (MQ=255) tAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGttatta < 1:1727389/67‑1 (MQ=255) tAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGttatta < 1:3023885/67‑1 (MQ=255) tAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGttatta < 1:1202131/67‑1 (MQ=255) tAGCCTTCGCTGGAGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGttatta < 1:2672652/67‑1 (MQ=255) cTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATgcg < 1:35196/69‑1 (MQ=255) tgtcgcgGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCgg < 1:83767/66‑1 (MQ=255) tGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCgg < 1:2431622/69‑1 (MQ=255) tGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCgg < 1:1665532/69‑1 (MQ=255) cgcgGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCgg < 1:3004808/66‑1 (MQ=255) gcgGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATg < 1:2416833/69‑1 (MQ=255) ggTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGa < 1:2152313/69‑1 (MQ=255) ggTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGa < 1:2162440/69‑1 (MQ=255) gTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGTtattat > 1:619676/1‑51 (MQ=255) gTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGAt > 1:1330693/1‑69 (MQ=255) gTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGAt > 1:2875257/1‑69 (MQ=255) gTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGAt > 1:1112081/1‑69 (MQ=255) gTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGAt > 1:39300/1‑69 (MQ=255) gTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGAt > 1:617732/1‑69 (MQ=255) tAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGttat > 1:2106714/1‑46 (MQ=255) gCCTGGTTTGCGGAAAATCCTCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGAta > 1:177024/1‑68 (MQ=255) gCCTGGTTTGCGGAAAATCCTCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGAta > 1:177330/1‑68 (MQ=255) gCCTGGTTTGCGGAAAATCCTCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGAta > 1:755077/1‑68 (MQ=255) gCCTGGTTTGCGGAAAATCCTCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGAta > 1:2380386/1‑68 (MQ=255) gCCTGGTTTGCGGAAAATCCTCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGAta > 1:2737980/1‑68 (MQ=255) gCCTGGTTTGCGGAAAATCCTCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGAta > 1:1083387/1‑68 (MQ=255) ccTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGt > 1:461614/1‑38 (MQ=255) ccTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGt > 1:2382967/1‑38 (MQ=255) ccTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGt > 1:1070818/1‑38 (MQ=255) ccTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCgg > 1:91330/1‑55 (MQ=255) ccTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATg > 1:2211745/1‑59 (MQ=255) ccTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATg > 1:2288938/1‑59 (MQ=255) ccTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATg > 1:1931391/1‑59 (MQ=255) ccTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATg > 1:27346/1‑59 (MQ=255) ccTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATg > 1:1798752/1‑59 (MQ=255) ccTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATg > 1:1704447/1‑59 (MQ=255) ccTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATg > 1:1679998/1‑59 (MQ=255) ccTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATg > 1:3160527/1‑59 (MQ=255) ccTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATg > 1:1489366/1‑59 (MQ=255) ccTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATg > 1:875717/1‑59 (MQ=255) cTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGAt > 1:2603678/1‑66 (MQ=255) cTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGAt > 1:945724/1‑66 (MQ=255) cTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGAt > 1:1022633/1‑66 (MQ=255) cTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGAt > 1:950605/1‑66 (MQ=255) cTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGAt > 1:225504/1‑66 (MQ=255) cTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGAt > 1:2160108/1‑66 (MQ=255) tGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGATGaa > 1:1110088/1‑68 (MQ=255) tGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGATGaa > 1:2516219/1‑68 (MQ=255) tGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGATGaa > 1:2576264/1‑68 (MQ=255) gAAATTCCTCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGATGAAAGAAGTTGTc < 1:1152323/69‑1 (MQ=255) gAAAATCCTCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATTGATGCGATGAAAGAAGTTGTc < 1:2521243/69‑1 (MQ=255) gAAAATCCTCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGATGAAAGAAGTTGt < 1:318944/68‑1 (MQ=255) gAAAATCCTCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGATGAAAGAAGTTGt < 1:1085614/68‑1 (MQ=255) gAAAATCCTCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGATGAAAGAAGTTGt < 1:3310405/68‑1 (MQ=255) gAAAATCCTCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGATGAAAGAAGTTGt < 1:3366364/68‑1 (MQ=255) gAAAATCCTCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGATGAAAGAAGTTGt < 1:347525/68‑1 (MQ=255) gAAAATCCTCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGATGAAAGAAGTTGt < 1:1554055/68‑1 (MQ=255) gAAAATCCTCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGATGAAAGAAGTTGt < 1:155243/68‑1 (MQ=255) gAAAATCCTCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGATGAAAGAAGTTGt < 1:1397992/68‑1 (MQ=255) gAAAATCCTCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGATGAAAGAAGTTGt < 1:595298/68‑1 (MQ=255) gAAAATCCTCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGATGAAAGAAGTTGt < 1:136099/68‑1 (MQ=255) gAAAATCCTCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGATGAAAGAAGTTGt < 1:1340088/68‑1 (MQ=255) gAAAATCCTCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGATGAAAGAAGTTGt < 1:1284350/68‑1 (MQ=255) gAAAATCCTCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGATGAAAGAAGTTGt < 1:818087/68‑1 (MQ=255) gAAAATCCTCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGATGAAAGAAGTTGt < 1:82875/68‑1 (MQ=255) gAAAATCCTCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGATGAAAGAAGTTGt < 1:117562/68‑1 (MQ=255) gAAAATCCTCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGATGAAAGAAGTTGt < 1:844247/68‑1 (MQ=255) gAAAATCCTCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGATGAAAGAAGTTGt < 1:1166103/68‑1 (MQ=255) gAAAATCCTCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGATGAAAGAAGTTGt < 1:16197/68‑1 (MQ=255) gAAAATCCTCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGATGAAAGAAGTTGt < 1:2485421/68‑1 (MQ=255) gAAAATCCTCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGATGAAAGAAGTTGt < 1:1652534/68‑1 (MQ=255) gAAAATCCTCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGATGAAAGAAGTTGt < 1:2052848/68‑1 (MQ=255) gAAAATCCTCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGATGAAAGAAGTTGt < 1:1895656/68‑1 (MQ=255) gAAAATCCTCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGATGAAAGAAGTTGTc < 1:2355045/69‑1 (MQ=255) gAAAATCCTCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGATGAAAGAAGTTGTc < 1:3162524/69‑1 (MQ=255) gAAAATCCTCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGATGAAAGAAGTTGTc < 1:2232965/69‑1 (MQ=255) gAAAATCCTCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGATGAAAGAAGTTGTc < 1:2417992/69‑1 (MQ=255) gAAAATCCTCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGATGAAAGAAGTTGTc < 1:213457/69‑1 (MQ=255) gAAAATCCTCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGATGAAAGAAGTTGTc < 1:2601076/69‑1 (MQ=255) gAAAATCCTCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGATGAAAGAAGTTGTc < 1:2007662/69‑1 (MQ=255) gAAAATCCTCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGATGAAAGAAGTTGTc < 1:1870307/69‑1 (MQ=255) gAAAATCCTCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGATGAAAGAAGTTGTc < 1:275516/69‑1 (MQ=255) gAAAATCCTCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGATGAAAGAAGTTGTc < 1:2771724/69‑1 (MQ=255) gAAAATCCTCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGATGAAAGAAGTTGTc < 1:557151/69‑1 (MQ=255) gAAAATCCTCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGATGAAAGAAGTTGTc < 1:1755775/69‑1 (MQ=255) gAAAATCCTCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGATGAAAGAAGTTGTc < 1:1402844/69‑1 (MQ=255) gAAAATCCTCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGATGAAAGAAGTTGTc < 1:2912838/69‑1 (MQ=255) gAAAATCCTCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGATGAAAGAAGTTGTc < 1:3429951/69‑1 (MQ=255) gAAAATCCTCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGATGAAAGAAGTTGTc < 1:3415475/69‑1 (MQ=255) gAAAATCCTCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGATGAAAGAAGTTGTc < 1:1636010/69‑1 (MQ=255) gAAAATCCTCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGATGAAAGAAGTTGTc < 1:331646/69‑1 (MQ=255) gAAAATCCTCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGATGAAAGAAGTTGTc < 1:3149285/69‑1 (MQ=255) gAAAATCCTCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGATGAAAGAAGTTGTc < 1:3192298/69‑1 (MQ=255) tCCGCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCgg < 1:2996472/39‑1 (MQ=255) | GTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCGGAATGGATGCGATGAAAGAAGTTGTC > minE/2108920‑2109042 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |