| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,109,346 | A→G | 28.0% | A30A (GCA→GCG) | agaB → | N‑acetylgalactosamine‑specific enzyme IIB component of PTS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,109,346 | 0 | A | G | 28.0% | 119.4 / 49.6 | 114 | A30A (GCA→GCG) | agaB | N‑acetylgalactosamine‑specific enzyme IIB component of PTS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (28/54); new base G (14/18); total (42/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
TTAACCCGTATTGATAACCGTCTGGTTCACGGTCAGGTTGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAATTAATGGGTATTA > minE/2109278‑2109413 | ttAACCCGTATTGATAACCGTCTGGTTCACGGTCAGGTTGGCGTGACCTGGACATCCACCATCTGTGCa > 1:2081070/1‑69 (MQ=255)ttAACCCGTATTGATAACCGTCTGGTTCACGGTCAGGTTGGCGTGACCTGGACATCCACCATCTGTGCa > 1:1989269/1‑69 (MQ=255)ttAACCCGTATTGATAACCGTCTGGTTCACGGTCAGGTTGGCGTGACCTGGACATCCACCATCTGTGCa > 1:149184/1‑69 (MQ=255) tATTGATAACCGTCTGGTTCACGGTCAGGTTGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATctgct < 1:2050945/69‑1 (MQ=255) tATTGATAACCGTCTGGTTCACGGTCAGGTTGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATctgct < 1:1665399/69‑1 (MQ=255) tATTGATAACCGTCTGGTTCACGGTCAGGTTGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATctgct < 1:1930075/69‑1 (MQ=255) ttGATAACCGTCTGGTTCACGGTCAGGTTGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCaaa > 1:492881/1‑61 (MQ=255) ttGATAACCGTCTGGTTCACGGTCAGGTTGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCaaa > 1:230656/1‑61 (MQ=255) aaCCGTCTGGTTCACGGTCAGGTTGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTc > 1:2711243/1‑69 (MQ=255) aaCCGTCTGGTTCACGGTCAGGTTGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTc > 1:1681139/1‑69 (MQ=255) tGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACga < 1:1650269/69‑1 (MQ=255) tGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACga < 1:287160/69‑1 (MQ=255) tGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACga < 1:3210288/69‑1 (MQ=255) tGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACga < 1:2345360/69‑1 (MQ=255) tGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACga < 1:2954598/69‑1 (MQ=255) tGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACga < 1:3116342/69‑1 (MQ=255) tGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACga < 1:2168890/69‑1 (MQ=255) tGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACga < 1:262769/69‑1 (MQ=255) tGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACga < 1:357365/69‑1 (MQ=255) tGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACga < 1:109485/69‑1 (MQ=255) tGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACga < 1:1526788/69‑1 (MQ=255) tGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACga < 1:2552782/69‑1 (MQ=255) tGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACga < 1:3177588/69‑1 (MQ=255) tGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACga < 1:1837837/69‑1 (MQ=255) tGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACg > 1:545143/1‑68 (MQ=255) tGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGACGTTGTCGCTAACga < 1:1985316/69‑1 (MQ=255) ggCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACga < 1:1006211/68‑1 (MQ=255) tGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGata < 1:2483610/69‑1 (MQ=255) tGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGata < 1:826021/69‑1 (MQ=255) tGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGata < 1:750021/69‑1 (MQ=255) tGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGata < 1:1946782/69‑1 (MQ=255) tGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGata < 1:1361802/69‑1 (MQ=255) tGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGata < 1:3138044/69‑1 (MQ=255) tGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGata < 1:1493742/69‑1 (MQ=255) tGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGata < 1:3428553/69‑1 (MQ=255) tGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGata < 1:1582216/69‑1 (MQ=255) gACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGata < 1:1406355/68‑1 (MQ=255) aCATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGt > 1:3093093/1‑35 (MQ=38) aCATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAAc > 1:584601/1‑67 (MQ=255) aCATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACa > 1:2527087/1‑68 (MQ=255) aCATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACa > 1:2293396/1‑68 (MQ=255) aCATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACa > 1:1872601/1‑68 (MQ=255) aCATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACa > 1:299400/1‑68 (MQ=255) aCATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACa > 1:2107375/1‑68 (MQ=255) aCATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACa > 1:1934852/1‑68 (MQ=255) aCATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACa > 1:1933706/1‑68 (MQ=255) aCATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACa > 1:3357987/1‑68 (MQ=255) aCATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACa > 1:1239909/1‑68 (MQ=255) caccaTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt < 1:3049912/69‑1 (MQ=255) caccaTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt < 1:2945506/69‑1 (MQ=255) 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caccaTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt < 1:1769722/69‑1 (MQ=255) caccaTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt < 1:1870036/69‑1 (MQ=255) caccaTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt > 1:2109057/1‑69 (MQ=255) caccaTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt > 1:1593766/1‑69 (MQ=255) caccaTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt > 1:226765/1‑69 (MQ=255) caccaTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt > 1:1150215/1‑69 (MQ=255) caccaTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt > 1:2509342/1‑69 (MQ=255) caccaTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt > 1:1092075/1‑69 (MQ=255) caccaTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt < 1:2560531/69‑1 (MQ=255) caccaTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt > 1:1145885/1‑69 (MQ=255) caccaTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAt > 1:1145697/1‑68 (MQ=255) aTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAATTAATg < 1:1262409/69‑1 (MQ=255) cGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAATTAATggg < 1:2289634/69‑1 (MQ=255) ggTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCt < 1:2636695/39‑1 (MQ=255) ggTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCt < 1:3420882/39‑1 (MQ=255) ggTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCt < 1:3289072/39‑1 (MQ=255) ggTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCt < 1:735786/39‑1 (MQ=255) ggTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCt < 1:2973463/39‑1 (MQ=255) ggTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt < 1:1105177/62‑1 (MQ=255) ggTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt < 1:1970279/62‑1 (MQ=255) ggTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt < 1:3102823/62‑1 (MQ=255) ggTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt < 1:1628504/62‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |