| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,109,353 | C→T | 36.1% | L33L (CTG→TTG) | agaB → | N‑acetylgalactosamine‑specific enzyme IIB component of PTS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,109,353 | 0 | C | T | 36.1% | 87.1 / 77.1 | 127 | L33L (CTG→TTG) | agaB | N‑acetylgalactosamine‑specific enzyme IIB component of PTS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (32/49); new base T (28/18); total (60/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.66e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.84e-01 | |||||||||||
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
TATTGATAACCGTCTGGTTCACGGTCAGGTTGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAATTAATGGGTATTACC > minE/2109286‑2109415 | tATTGATAACCGTCTGGTTCACGGTCAGGTTGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATctgct < 1:1665399/69‑1 (MQ=255)tATTGATAACCGTCTGGTTCACGGTCAGGTTGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATctgct < 1:2930320/69‑1 (MQ=255)tATTGATAACCGTCTGGTTCACGGTCAGGTTGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATctgct < 1:1137463/69‑1 (MQ=255)tATTGATAACCGTCTGGTTCACGGTCAGGTTGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATctgct < 1:1930075/69‑1 (MQ=255)tATTGATAACCGTCTGGTTCACGGTCAGGTTGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATctgct < 1:2050945/69‑1 (MQ=255) aaCCGTCTGGTTCACGGTCAGGTTGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTc > 1:2711243/1‑69 (MQ=255) aaCCGTCTGGTTCACGGTCAGGTTGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTc > 1:1681139/1‑69 (MQ=255) tGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACga < 1:357365/69‑1 (MQ=255) tGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACga < 1:1640613/69‑1 (MQ=255) tGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACga < 1:1650269/69‑1 (MQ=255) tGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACga < 1:1526788/69‑1 (MQ=255) tGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACga < 1:188172/69‑1 (MQ=255) tGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACga < 1:2345360/69‑1 (MQ=255) tGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACga < 1:2552782/69‑1 (MQ=255) tGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACga < 1:2674793/69‑1 (MQ=255) tGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACga < 1:2954598/69‑1 (MQ=255) tGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACga < 1:3116342/69‑1 (MQ=255) tGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACga < 1:3210288/69‑1 (MQ=255) tGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACga < 1:1837837/69‑1 (MQ=255) tGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACg > 1:545143/1‑68 (MQ=255) ggCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACga < 1:1006211/68‑1 (MQ=255) tGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGata < 1:1946782/69‑1 (MQ=255) tGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGata < 1:2483610/69‑1 (MQ=255) tGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGata < 1:826021/69‑1 (MQ=255) tGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGata < 1:750021/69‑1 (MQ=255) tGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGata < 1:3428553/69‑1 (MQ=255) tGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGata < 1:1361802/69‑1 (MQ=255) tGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGata < 1:1493742/69‑1 (MQ=255) tGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGata < 1:1582216/69‑1 (MQ=255) tGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGata < 1:3138044/69‑1 (MQ=255) gACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGata < 1:1406355/68‑1 (MQ=255) aCATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGt > 1:3093093/1‑35 (MQ=38) aCATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAAc > 1:584601/1‑67 (MQ=255) aCATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACa > 1:3032756/1‑68 (MQ=255) aCATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACa > 1:2293396/1‑68 (MQ=255) aCATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACa > 1:1239909/1‑68 (MQ=255) aCATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACa > 1:1872601/1‑68 (MQ=255) aCATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACa > 1:3357987/1‑68 (MQ=255) aCATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACa > 1:1933706/1‑68 (MQ=255) aCATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACa > 1:299400/1‑68 (MQ=255) aCATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGATAACGATGATATTCAACa > 1:3132790/1‑68 (MQ=255) caccaTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt < 1:278368/69‑1 (MQ=255) caccaTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt > 1:876594/1‑69 (MQ=255) caccaTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt < 1:2945506/69‑1 (MQ=255) caccaTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt > 1:1150215/1‑69 (MQ=255) caccaTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt > 1:1092075/1‑69 (MQ=255) caccaTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt < 1:2560531/69‑1 (MQ=255) caccaTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt < 1:2387164/69‑1 (MQ=255) caccaTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt > 1:2509342/1‑69 (MQ=255) caccaTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt < 1:3301617/69‑1 (MQ=255) caccaTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt > 1:1567976/1‑69 (MQ=255) caccaTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt > 1:226765/1‑69 (MQ=255) caccaTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt < 1:1769722/69‑1 (MQ=255) caccaTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt > 1:2109057/1‑69 (MQ=255) caccaTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt < 1:2074857/69‑1 (MQ=255) caccaTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt < 1:1870036/69‑1 (MQ=255) caccaTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt > 1:520381/1‑69 (MQ=255) caccaTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAt > 1:1145697/1‑68 (MQ=255) accaTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt < 1:3283160/68‑1 (MQ=255) aTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATTATATTCAACAGAAATTAATg < 1:498460/69‑1 (MQ=255) ggTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCt < 1:2241569/39‑1 (MQ=255) ggTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCt < 1:2636695/39‑1 (MQ=255) ggTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCt < 1:3420882/39‑1 (MQ=255) ggTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCt < 1:735786/39‑1 (MQ=255) ggTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt < 1:355800/62‑1 (MQ=255) ggTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt < 1:3102823/62‑1 (MQ=255) ggTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt < 1:196435/62‑1 (MQ=255) ggTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt < 1:1970279/62‑1 (MQ=255) ggTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt < 1:1105177/62‑1 (MQ=255) ggTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt < 1:1628504/62‑1 (MQ=255) ggTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt < 1:2473083/62‑1 (MQ=255) ggTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAATTAATGGGt > 1:478679/1‑69 (MQ=255) ggTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAATTAATGGGt > 1:2185644/1‑69 (MQ=255) ggTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAATTAATGGGt > 1:1717614/1‑69 (MQ=255) ggTGCAAATCTGCTGGTAGTCGT‑GATGATGTTGTCGCt < 1:3237649/38‑1 (MQ=38) gCAAATCTGCTTGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAATTAATGGGTAtt < 1:2973792/69‑1 (MQ=255) gCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTaa > 1:556318/1‑38 (MQ=255) gCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAATTAATGGGTAtt > 1:1011797/1‑69 (MQ=255) gCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAATTAATGGGTAtt > 1:3223638/1‑69 (MQ=255) gCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAATTAATGGGTAtt > 1:2760872/1‑69 (MQ=255) gCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAATTAATGGGTAtt < 1:2625414/69‑1 (MQ=255) gCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAATTAATGGGTAtt < 1:1549925/69‑1 (MQ=255) gCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAATTAATGGGTAtt > 1:1994394/1‑69 (MQ=255) gCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAATTAATGGGTAtt > 1:1776286/1‑69 (MQ=255) cAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGa > 1:3431608/1‑54 (MQ=255) cAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAAAAGAAATTAATGGGTATTa > 1:1356759/1‑69 (MQ=255) aaTCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAATTAATGGGTATTAcc > 1:337106/1‑69 (MQ=255) aaTCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAATTAATGGGTATTAcc > 1:2735155/1‑69 (MQ=255) aaTCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAATTAATGGGTATTAcc > 1:1427021/1‑69 (MQ=255) aaTCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAATTAATGGGTATTAcc > 1:2108418/1‑69 (MQ=255) aaTCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAATTAATGGGTATTAc > 1:945906/1‑68 (MQ=255) aTCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAATTAATGGGTATTAc > 1:1784906/1‑67 (MQ=255) aTCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAATTAATGGGTATTAc > 1:1904302/1‑67 (MQ=255) aTCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAATTAATGGGTATTAc > 1:368807/1‑67 (MQ=255) aTCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAATTAATGGGTATTAc > 1:728558/1‑67 (MQ=255) aTCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAATTAATGGGTATTAc > 1:2119945/1‑67 (MQ=255) aTCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAATTAATGGGTATTAc > 1:2480637/1‑67 (MQ=255) aTCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAATTAATGGGTATTAc > 1:1253088/1‑67 (MQ=255) aTCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAATTAATGGGTATTAc > 1:1032625/1‑67 (MQ=255) aTCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAATTAATGGGTATTAc > 1:3172809/1‑67 (MQ=255) | TATTGATAACCGTCTGGTTCACGGTCAGGTTGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAATTAATGGGTATTACC > minE/2109286‑2109415 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |