| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,131,391 | A→G | 43.2% | I519I (ATT→ATC) | deaD ← | ATP‑dependent RNA helicase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,131,391 | 0 | A | G | 43.2% | 17.2 / 56.8 | 74 | I519I (ATT→ATC) | deaD | ATP‑dependent RNA helicase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/16); new base G (13/19); total (39/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.56e-01 | |||||||||||
CACTTCACCCGGCATACCTTTCGGCAGTTCGATGGTGGAGTGAGAAGCAAACAGCTTGATGTTACCAATGTAACGGCTGCTGATGTCGCCTTCGTTAGCAATCGCACCAACGATATGACGAACTTCAACACC > minE/2131325‑2131456 | caCTTCACCCGGCATACCTTTCGGCAGTTCGATGGTGGAGTGAGAAGCAAACAGCTTGATGTTACCGAt < 1:900915/69‑1 (MQ=255)caCTTCACCCGGCATACCTTTCGGCAGTTCGATGGTGGAGTGAGAAGCAAACAGCTTGATGTTACCGAt < 1:891533/69‑1 (MQ=255)caCTTCACCCGGCATACCTTTCGGCAGTTCGATGGTGGAGTGAGAAGCAAACAGCTTGATGTTACCGAt < 1:710406/69‑1 (MQ=255)caCTTCACCCGGCATACCTTTCGGCAGTTCGATGGTGGAGTGAGAAGCAAACAGCTTGATGTTACCGAt < 1:2995529/69‑1 (MQ=255)caCTTCACCCGGCATACCTTTCGGCAGTTCGATGGTGGAGTGAGAAGCAAACAGCTTGATGTTACCGAt < 1:3096124/69‑1 (MQ=255)caCTTCACCCGGCATACCTTTCGGCAGTTCGATGGTGGAGTGAGAAGCAAACAGCTTGATGTTACCGAt < 1:1943996/69‑1 (MQ=255)caCTTCACCCGGCATACCTTTCGGCAGTTCGATGGTGGAGTGAGAAGCAAACAGCTTGATGTTACCGAt < 1:3108008/69‑1 (MQ=255)caCTTCACCCGGCATACCTTTCGGCAGTTCGATGGTGGAGTGAGAAGCAAACAGCTTGATGTTACCGAt < 1:3233481/69‑1 (MQ=255)caCTTCACCCGGCATACCTTTCGGCAGTTCGATGGTGGAGTGAGAAGCAAACAGCTTGATGTTACCGAt < 1:144271/69‑1 (MQ=255)caCTTCACCCGGCATACCTTTCGGCAGTTCGATGGTGGAGTGAGAAGCAAACAGCTTGATGTTACCGAt < 1:3271565/69‑1 (MQ=255)caCTTCACCCGGCATACCTTTCGGCAGTTCGATGGTGGAGTGAGAAGCAAACAGCTTGATGTTACCGAt < 1:1437843/69‑1 (MQ=255) cccGGCATACCTTTCGGCAGTTCGATGGTGGAGTGAGAAGCAAACAGCTTGATGTTACCAATGTAACg < 1:1724096/68‑1 (MQ=255) ccGGCATACCTTTCGGCAGTTCGATGGTGGAGTGAGAAGCAAACAGCTTGATGTTACCAATGTAACg < 1:3321860/67‑1 (MQ=255) cATACCTTTCGGCAGTTCGATGGTGGAGTGAGAAGCAAACAGCTTGATGTTACCAATGTAACGgctgct < 1:2070438/69‑1 (MQ=255) cATACCTTTCGGCAGTTCGATGGTGGAGTGAGAAGCAAACAGCTTGATGTTACCAATGTAACGgctgct < 1:2516424/69‑1 (MQ=255) cATACCTTTCGGCAGTTCGATGGTGGAGTGAGAAGCAAACAGCTTGATGTTACCAATGTAACGgctgct < 1:354247/69‑1 (MQ=255) cATACCTTTCGGCAGTTCGATGGTGGAGTGAGAAGCAAACAGCTTGATGTTACCAATGTAACGgctgct < 1:2896612/69‑1 (MQ=255) cATACCTTTCGGCAGTTCGATGGTGGAGTGAGAAGCAAACAGCTTGATGTTACCAATGTAACGgctgct < 1:286116/69‑1 (MQ=255) cATACCTTTCGGCAGTTCGATGGTGGAGTGAGAAGCAAACAGCTTGATGTTACCAATGTAACGgctgct < 1:1177544/69‑1 (MQ=255) cATACCTTTCGGCAGTTCGATGGTGGAGTGAGAAGCAAACAGCTTGATGTTACCAATGTAACGgctgct < 1:1450946/69‑1 (MQ=255) cATACCTTTCGGCAGTTCGATGGTGGAGTGAGAAGCAAACAGCTTGATGTTACCAATGTAACGgctgct < 1:1531143/69‑1 (MQ=255) ccTTTCGGCAGTTCGATGGTGGAGTGAGAAGCAAACAGCTTGATGTTACCAATGTAACGGCTGCTGAt > 1:127786/1‑68 (MQ=255) ccTTTCGGCAGTTCGATGGTGGAGTGAGAAGCAAACAGCTTGATGTTACCAATGTAACGGCTGCTGATg > 1:639830/1‑69 (MQ=255) ccTTTCGGCAGTTCGATGGTGGAGTGAGAAGCAAACAGCTTGATGTTACCAATGTAACGGCTGCTGATg > 1:2488464/1‑69 (MQ=255) ccTTTCGGCAGTTCGATGGTGGAGTGAGAAGCAAACAGCTTGATGTTACCAATGTAACGGCTGCTGATg > 1:1280148/1‑69 (MQ=255) ccTTTCGGCAGTTCGATGGTGGAGTGAGAAGCAAACAGCTTGATGTTACCAATGTAACGGCTGCTGATg > 1:826812/1‑69 (MQ=255) ccTTTCGGCAGTTCGATGGTGGAGTGAGAAGCAAACAGCTTGATGTTACCAATGTAACGGCTGCTGATg > 1:763241/1‑69 (MQ=255) ccTTTCGGCAGTTCGATGGTGGAGTGAGAAGCAAACAGCTTGATGTTACCAATGTAACGGCTGCTGATg > 1:2003011/1‑69 (MQ=255) ccTTTCGGCAGTTCGATGGTGGAGTGAGAAGCAAACAGCTTGATGTTACCAATGTAACGGCTGCTGATg > 1:1877624/1‑69 (MQ=255) ccTTTCGGCAGTTCGATGGTGGAGTGAGAAGCAAACAGCTTGATGTTACCAATGTAACGGCTGCTGATg > 1:622867/1‑69 (MQ=255) ccTTTCGGCAGTTCGATGGTGGAGTGAGAAGCAAACAGCTTGATGTTACCAATGTAACGGCTGCTGATg > 1:1743638/1‑69 (MQ=255) ccTTTCGGCAGTTCGATGGTGGAGTGAGAAGCAAACAGCTTGATGTTACCAATGTAACGGCTGCTGATg > 1:1742406/1‑69 (MQ=255) ccTTTCGGCAGTTCGATGGTGGAGTGAGAAGCAAAAAGCTTGATGTTACCAATGTAACGGCTGCTGATg > 1:523368/1‑69 (MQ=255) ttCGATGGTGGAGTGAGAAGCAAACAGCTTGATGTTACCAATGTAACGGCTGCTGATGTCGCCTTCGtt < 1:720890/69‑1 (MQ=255) ttCGATGGTGGAGTGAGAAGCAAACAGCTTGATGTTACCAATGTAACGGCTGCTGATGTCGCCTTCGtt < 1:1613540/69‑1 (MQ=255) tCGATGGTGGAGTGAGAAGCAAACAGCTTGATGTTACCAATGTAACGGCTGCTGATGTCGCCTTCGtt > 1:1159534/1‑68 (MQ=255) tCGATGGTGGAGTGAGAAGCAAACAGCTTGATGTTACCAATGTAACGGCTGCTGATGTCGCCTTCGtt > 1:1117737/1‑68 (MQ=255) tCGATGGTGGAGTGAGAAGCAAACAGCTTGATGTTACCAATGTAACGGCTGCTGATGTCGCCTTCGtt > 1:201556/1‑68 (MQ=255) tCGATGGTGGAGTGAGAAGCAAACAGCTTGATGTTACCAATGTAACGGCTGCTGATGTCGCCTTCGtt > 1:3266474/1‑68 (MQ=255) tCGATGGTGGAGTGAGAAGCAAACAGCTTGATGTTACCAATGTAACGGCTGCTGATGTCGCCTTCGtt > 1:3390754/1‑68 (MQ=255) aTGGTGGAGTGAGAAGCAAACAGCTTGATGTTACCGATGTAACGGCTGCTGATGTCGCCTTCGTTAGc < 1:822162/68‑1 (MQ=255) aTGGTGGAGTGAGAAGCAAACAGCTTGATGTTACCGATGTAACGGCTGCTGATGTCGCCTTCGTTAGc < 1:3329107/68‑1 (MQ=255) aTGGTGGAGTGAGAAGCAAACAGCTTGATGTTACCGATGTAACGGCTGCTGATGTCGCCTTCGTTAGc < 1:2897510/68‑1 (MQ=255) aTGGTGGAGTGAGAAGCAAACAGCTTGATGTTACCGATGTAACGGCTGCTGATGTCGCCTTCGTTAGc < 1:1005559/68‑1 (MQ=255) aTGGTGGAGTGAGAAGCAAACAGCTTGATGTTACCGATGTAACGGCTGCTGATGTCGCCTTCGTTAGc < 1:1873178/68‑1 (MQ=255) tggtggAGTGAGAAGCAAACAGCTTGATGTTACCGATGTAACGGCTGCTGATGTCGCCTTCGTTAGc < 1:919329/67‑1 (MQ=255) tggtggAGTGAGAAGCAAACAGCTTGATGTTACCGATGTAACGGCTGCTGATGTCGCCTTCGTTAGc < 1:283138/67‑1 (MQ=255) gAGTGAGAAGCAAACAGCTTGATGTTACCAATGTAACGGCTGCTGATGTCGCCTTCGTTAGCAATCGCa < 1:983944/69‑1 (MQ=255) agaAGCAAACAGCTTGATGTTACCAATGTAACGgctgct > 1:1885921/1‑39 (MQ=255) agaAGCAAACAGCTTGATGTTACCAATGTAACGgctgct > 1:926344/1‑39 (MQ=255) agaAGCAAACAGCTTGATGTTACCAATGTAACGgctgct > 1:154555/1‑39 (MQ=255) agaAGCAAACAGCTTGATGTTACCAATGTAACGgctgct > 1:1726932/1‑39 (MQ=255) agaAGCAAACAGCTTGATGTTACCAATGTAACGgctgct > 1:1812796/1‑39 (MQ=255) agaAGCAAACAGCTTGATGTTACCAATGTAACGgctgct > 1:2413482/1‑39 (MQ=255) agaAGCAAACAGCTTGATGTTACCAATGTAACGgctgct > 1:2581528/1‑39 (MQ=255) agaAGCAAACAGCTTGATGTTACCAATGTAACGgctgc > 1:2137817/1‑38 (MQ=255) agaAGCAAACAGCTTGATGTTA‑CAATGTAACGgctgct > 1:2029726/1‑38 (MQ=255) atcAAACCGCTTGATGTTACCAATGTAACGGCTGCTGATGTCGCCTTCGTTAGCAATCGCACCAACGa < 1:328056/66‑1 (MQ=255) aaCAGCTTGATGTTACCGATGTAACGGCTGCTGATGTCGCCTTCGTTAGCAATCGCACCAACGATATg > 1:2663457/1‑68 (MQ=255) aaCAGCTTGATGTTACCGATGTAACGGCTGCTGATGTCGCCTTCGTTAGCAATCGCACCAACGATATg > 1:2078601/1‑68 (MQ=255) aaCAGCTTGATGTTACCGATGTAACGGCTGCTGATGTCGCCTTCGTTAGCAATCGCACCAACGATATg > 1:2617440/1‑68 (MQ=255) aaCAGCTTGATGTTACCGATGTAACGGCTGCTGATGTCGCCTTCGTTAGCAATCGCACCAACGATATg > 1:3021606/1‑68 (MQ=255) aaCAGCTTGATGTTACCGATGTAACGGCTGCTGATGTCGCCTTCGTTAGCAATCGCACCAACGATATg > 1:1003560/1‑68 (MQ=255) aaCAGCTTGATGTTACCGATGTAACGGCTGCTGATGTCGCCTTCGTTAGCAATCGCACCAACGATATg > 1:898524/1‑68 (MQ=255) aaCAGCTTGATGTTACCGATGTAACGGCTGCTGATGTCGCCTTCGTTAGCAATCGCACCAACGATATg > 1:1269406/1‑68 (MQ=255) aaCAGCTTGATGTTACCGATGTAACGGCTGCTGATGTCGCCTTCGTTAGCAATCGCACCAACGATATg > 1:1340648/1‑68 (MQ=255) aaCAGCTTGATGTTACCGATGTAACGGCTGCTGATGTCGCCTTCGTTAGCAATCGCACCAACGATATg > 1:1363946/1‑68 (MQ=255) aaCAGCTTGATGTTACCGATGTAACGGCTGCTGATGTCGCCTTCGTTAGCAATCGCACCAACGATATg > 1:3132562/1‑68 (MQ=255) aaCAGCTTGATGTTACCGATGTAACGGCTGCTGATGTCGCCTTCGTTAGCAATCGCACCAACGATATg > 1:1906682/1‑68 (MQ=255) aaCAGCTTGATGTTACCGATGTAACGGCTGCTGATGTCGCCTTCGTTAGCAATCGCACCAACGATATg > 1:195716/1‑68 (MQ=255) aaCAGCTTGATGTTACCGATGTAACGGCTGCTGATGTCGCCTTCGTTAGCAATCGCACCAACGATATg > 1:1967817/1‑68 (MQ=255) tGATGTTACCGATGTAACGGCTGCTGATGTCGCCTTCGTTAGc < 1:1018003/43‑1 (MQ=255) aCCAATGTAACGGCTGCTGATGTCGCCTTCGTTAGCAATCGCACCAACGATATGACGAACTTCAACAcc < 1:3150810/69‑1 (MQ=255) aCCAATGTAACGGCTGCTGATGTAGCCTTCGTTAGCAATCGCACCAACGATATGACGAACTTCAACAcc < 1:1589211/69‑1 (MQ=255) | CACTTCACCCGGCATACCTTTCGGCAGTTCGATGGTGGAGTGAGAAGCAAACAGCTTGATGTTACCAATGTAACGGCTGCTGATGTCGCCTTCGTTAGCAATCGCACCAACGATATGACGAACTTCAACACC > minE/2131325‑2131456 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |