Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA minE 183,076 T→C 45.4% L302L (TTG→CTG)  lpxB → tetraacyldisaccharide‑1‑P synthase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*minE183,0760TC45.4% 6.1 / 61.9 75L302L (TTG→CTG) lpxBtetraacyldisaccharide‑1‑P synthase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (15/26);  new base C (17/17);  total (32/43)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.48e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.67e-01

GTATGCTGGCGAAATGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGCTGGTGAAAACTGATTATGTCTCGCTGCCAAATCTGCTGGCGGGCAGAGAGTTA  >  minE/183017‑183141
                                                           |                                                                 
gtATGCTGGCGAAATGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGc                                                          <  1:1088034/69‑1 (MQ=255)
gtATGCTGGCGAAATGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGc                                                          <  1:2344430/69‑1 (MQ=255)
gtATGCTGGCGAAATGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGc                                                          <  1:1747131/69‑1 (MQ=255)
gtATGCTGGCGAAATGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGc                                                          <  1:1313526/69‑1 (MQ=255)
gtATGCTGGCGAAATGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGc                                                          <  1:503950/69‑1 (MQ=255)
 tATGCTGGCGAAATGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCg                                                         <  1:2200451/69‑1 (MQ=255)
 tATGCTGGCGAAATGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCg                                                         <  1:1024966/69‑1 (MQ=255)
 tATGCTGGCGAAATGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCg                                                         <  1:3300510/69‑1 (MQ=255)
 tATGCTGGCGAAATGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCg                                                         <  1:483325/69‑1 (MQ=255)
 tATGCTGGCGAAATGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCg                                                         <  1:799900/69‑1 (MQ=255)
 tATGCTGGCGAAATGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCg                                                         >  1:496850/1‑69 (MQ=255)
 tATGCTGGCGAAATGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCg                                                         <  1:1490492/69‑1 (MQ=255)
   tGCTGGCGAAATGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGc                                                       >  1:2707033/1‑69 (MQ=255)
   tGCTGGCGAAATGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGc                                                       >  1:3040047/1‑69 (MQ=255)
   tGCTGGCGAAATGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGc                                                       >  1:762759/1‑69 (MQ=255)
   tGCTGGCGAAATGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGc                                                       >  1:766693/1‑69 (MQ=255)
   tGCTGGCGAAATGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGc                                                       >  1:1425879/1‑69 (MQ=255)
   tGCTGGCGAAATGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGc                                                       >  1:1225723/1‑69 (MQ=255)
   tGCTGGCGAAATGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGc                                                       >  1:2647715/1‑69 (MQ=255)
   tGCTGGCGAAATGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGc                                                       >  1:1121091/1‑69 (MQ=255)
       ggCTAAATGCCCGATGGTAGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTCACCTTCTGGCTGGCGAAGCGACTGGt                                                   <  1:1481878/69‑1 (MQ=255)
       ggCTAAATGCCCGATGGTAGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTCACCTTCTGGCTGGCGAAGCGACTGGt                                                   <  1:2878384/69‑1 (MQ=255)
       ggCTAAATGCCCGATGGTAGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTCACCTTCTGGCTGGCGAAGCGACTGGt                                                   <  1:2924590/69‑1 (MQ=255)
       ggCTAAATGCCCGATGGTAGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTCACCTTCTGGCTGGCGAAGCGACTGGt                                                   <  1:2962302/69‑1 (MQ=255)
       ggCTAAATGCCCGATGGTAGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTCACCTTCTGGCTGGCGAAGCGACTGGt                                                   <  1:222178/69‑1 (MQ=255)
       ggCTAAATGCCCGATGGTAGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTCACCTTCTGGCTGGCGAAGCGACTGGt                                                   <  1:3030710/69‑1 (MQ=255)
       ggCTAAATGCCCGATGGTAGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTCACCTTCTGGCTGGCGAAGCGACTGGt                                                   <  1:932656/69‑1 (MQ=255)
       ggCTAAATGCCCGATGGTAGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTCACCTTCTGGCTGGCGAAGCGACTGGt                                                   <  1:2030123/69‑1 (MQ=255)
       ggCTAAATGCCCGATGGTAGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTCACCTTCTGGCTGGCGAAGCGACTGGt                                                   <  1:1957760/69‑1 (MQ=255)
       ggCTAAATGCCCGATGGTAGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTCACCTTCTGGCTGGCGAAGCGACTGGt                                                   <  1:2684999/69‑1 (MQ=255)
       ggCTAAATGCCCGATGGTAGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTCACCTTCTGGCTGGCGAAGCGACTGGt                                                   <  1:1835888/69‑1 (MQ=255)
       ggCTAAATGCCCGATGGTAGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTCACCTTCTGGCTGGCGAAGCGACTGGt                                                   <  1:1831159/69‑1 (MQ=255)
       ggCTAAATGCCCGATGGTAGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTCACCTTCTGGCTGGCGAAGCGACTGGt                                                   <  1:1810079/69‑1 (MQ=255)
       ggCTAAATGCCCGATGGTAGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTCACCTTCTGGCTGGCGAAGCGACTGGt                                                   <  1:847962/69‑1 (MQ=255)
       ggCTAAATGCCCGATGGTAGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTCACCTTCTGGCTGGCGAAGCGACTGGt                                                   <  1:1288313/69‑1 (MQ=255)
       ggCTAAATGCCCGATGGTAGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTCACCTTCTGGCTGGCGAAGCGACTGGt                                                   <  1:1341134/69‑1 (MQ=255)
       ggCTAAATGCCCGATGGTAGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTCACCTTCTGGCTGGCGAAGCCACTGGt                                                   <  1:3844/69‑1 (MQ=255)
          gAAATGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCGTGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGCTGGTGaa                                                >  1:1803957/1‑69 (MQ=255)
          gAAATGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGCTGGTGaa                                                <  1:304744/69‑1 (MQ=255)
          gAAATGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGCTGGTGaa                                                <  1:2385433/69‑1 (MQ=255)
          gAAATGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGCTGGTGaa                                                <  1:1040985/69‑1 (MQ=255)
              tGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGCTGGTGAAAACt                                            <  1:2670748/69‑1 (MQ=255)
              tGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGCTGGTGAAAACt                                            <  1:939902/69‑1 (MQ=255)
              tGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGCTGGTGAAAACt                                            >  1:2329801/1‑69 (MQ=255)
              tGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGCTGGTGAAAACt                                            <  1:181541/69‑1 (MQ=255)
              tGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGCTGGTGAAAACt                                            <  1:2216034/69‑1 (MQ=255)
                  cGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGCTGGTGAAAACTGAt                                         <  1:2829342/68‑1 (MQ=255)
                  cGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGCTGGTGAAAACTGAt                                         <  1:3397112/68‑1 (MQ=255)
                                   cGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGCTGGTGAAAACTGATTATGTCTCGCTGCCAAAt                       >  1:2329634/1‑69 (MQ=255)
                                   cGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGCTGGTGAAAACTGATTATGTCTCGCTGCCAAAt                       >  1:3044169/1‑69 (MQ=255)
                                   cGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGCTGGTGAAAACTGATTATGTCTCGCTGCCAAAt                       >  1:1719677/1‑69 (MQ=255)
                                         aaGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGCTGGTGaa                                                <  1:2266755/38‑1 (MQ=255)
                                         aaGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGCTGGTGaa                                                <  1:626112/38‑1 (MQ=255)
                                                     ttCTGGCTGGCGAAGCGACTGGTGAAAGCTGATTATGtc                                   >  1:1318683/1‑39 (MQ=25)
                                                     ttCTGGCTGGCGAAGCGACTGGTGAAAACTGATTATGtc                                   >  1:414519/1‑39 (MQ=37)
                                                     ttCTGGCTGGCGAAGCGACTGGTGAAAACTGATTATGtc                                   >  1:1045413/1‑39 (MQ=37)
                                                     ttCTGGCTGGCGAAGCGACTGGTGAAAACTGATTATGtc                                   >  1:1760751/1‑39 (MQ=37)
                                                     ttCTGGCTGGCGAAGCGACTGGTGAAAACTGATTATGtc                                   >  1:1742047/1‑39 (MQ=37)
                                                     ttCTGGCTGGCGAAGCGACTGGTGAAAACTGATTATGtc                                   >  1:505443/1‑39 (MQ=37)
                                                     ttCTGGCTGGCGAAGCGACTGGTGAAAACTGATTATGtc                                   >  1:1642283/1‑39 (MQ=37)
                                                     ttCTGGCTGGCGAAGCGACTGGTGAAAACTGATTATGtc                                   >  1:1165548/1‑39 (MQ=37)
                                                     ttCTGGCTGGCGAAGCGACTGGTGAAAACTGATTATGtc                                   >  1:1102052/1‑39 (MQ=37)
                                                     ttCTGGCTGGCGAAGCGACTGGTGAAAACTGATTATGtc                                   >  1:2453783/1‑39 (MQ=37)
                                                     ttCTGGCTGGCGAAGCGACTGGTGAAAACTGATTATGtc                                   >  1:40902/1‑39 (MQ=37)
                                                     ttCTGGCTGGCGAAGCGACTGGTGAAAACTGATTATGtc                                   >  1:3303688/1‑39 (MQ=37)
                                                     ttCTGGCTGGCGAAGCGACTGGTGAAAACTGATTATGtc                                   >  1:1886144/1‑39 (MQ=37)
                                                     ttCTGGCTGGCGAAGCGACTGGTGAAAACTGATTATGtc                                   >  1:3116845/1‑39 (MQ=37)
                                                     ttCTGGCTGGCGAAGCGACTGGTGAAAACTGATTATGtc                                   >  1:2187328/1‑39 (MQ=37)
                                                     ttCTGGCTGGCGAAGCGACTGGTGAAAACTGATTATGtc                                   >  1:2740340/1‑39 (MQ=37)
                                                     ttCTGGCTGGCGAAGCGACTGGTGAAAACTGATTATGtc                                   >  1:2281994/1‑39 (MQ=37)
                                                      tCTGGTTGGCGAAGCGGCTGGTGAAAACTGATTATGTCTCGCTGCCAAATCTGCTGGCGGGCagaga      >  1:2223440/1‑67 (MQ=255)
                                                         ggTTGGCGAAGCGGCTGGTGAAAACTGATTATGTCTCGCTGCCAAATCTGCTGGCGGGCAGAGAGTTa  <  1:3047664/68‑1 (MQ=255)
                                                         ggTTGGCGAAGCGGCTGGTGAAAACTGATTATGTCTCGCTGCCAAATCTGCTGGCGGGCAGAGAGTTa  <  1:1915325/68‑1 (MQ=255)
                                                         ggTTGGCGAAGCGGCTGGTGAAAACTGATTATGTCTCGCTGCCAAATCTGCTGGCGGGCAGAGAGTTa  <  1:1496425/68‑1 (MQ=255)
                                                         ggTTGGCGAAGCGGCTGGTGAAAACTGATTATGTCTCGCTGCCAAATCTGCTGGCGGGCAGAGAGTTa  <  1:2246721/68‑1 (MQ=255)
                                                           |                                                                 
GTATGCTGGCGAAATGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGCTGGTGAAAACTGATTATGTCTCGCTGCCAAATCTGCTGGCGGGCAGAGAGTTA  >  minE/183017‑183141

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: