| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 183,087 | G→A | 54.0% | R305R (CGG→CGA) | lpxB → | tetraacyldisaccharide‑1‑P synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 183,087 | 0 | G | A | 54.0% | 3.2 / 52.3 | 63 | R305R (CGG→CGA) | lpxB | tetraacyldisaccharide‑1‑P synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (14/15); new base A (17/17); total (31/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.73e-01 | |||||||||||
TGCTGGCGAAATGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGCTGGTGAAAACTGATTATGTCTCGCTGCCAAATCTGCTGGCGGGCAGAGAGTTA > minE/183020‑183141 | tGCTGGCGAAATGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGc > 1:3040047/1‑69 (MQ=255)tGCTGGCGAAATGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGc > 1:1121091/1‑69 (MQ=255)tGCTGGCGAAATGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGc > 1:1225723/1‑69 (MQ=255)tGCTGGCGAAATGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGc > 1:2707033/1‑69 (MQ=255)tGCTGGCGAAATGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGc > 1:1425879/1‑69 (MQ=255)tGCTGGCGAAATGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGc > 1:766693/1‑69 (MQ=255)tGCTGGCGAAATGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGc > 1:762759/1‑69 (MQ=255)tGCTGGCGAAATGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGc > 1:2647715/1‑69 (MQ=255) ggCTAAATGCCCGATGGTAGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTCACCTTCTGGCTGGCGAAGCGACTGGt < 1:2962302/69‑1 (MQ=255) ggCTAAATGCCCGATGGTAGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTCACCTTCTGGCTGGCGAAGCGACTGGt < 1:2030123/69‑1 (MQ=255) ggCTAAATGCCCGATGGTAGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTCACCTTCTGGCTGGCGAAGCGACTGGt < 1:1957760/69‑1 (MQ=255) ggCTAAATGCCCGATGGTAGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTCACCTTCTGGCTGGCGAAGCGACTGGt < 1:2684999/69‑1 (MQ=255) ggCTAAATGCCCGATGGTAGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTCACCTTCTGGCTGGCGAAGCGACTGGt < 1:1835888/69‑1 (MQ=255) ggCTAAATGCCCGATGGTAGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTCACCTTCTGGCTGGCGAAGCGACTGGt < 1:1831159/69‑1 (MQ=255) ggCTAAATGCCCGATGGTAGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTCACCTTCTGGCTGGCGAAGCGACTGGt < 1:222178/69‑1 (MQ=255) ggCTAAATGCCCGATGGTAGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTCACCTTCTGGCTGGCGAAGCGACTGGt < 1:1810079/69‑1 (MQ=255) ggCTAAATGCCCGATGGTAGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTCACCTTCTGGCTGGCGAAGCGACTGGt < 1:2878384/69‑1 (MQ=255) ggCTAAATGCCCGATGGTAGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTCACCTTCTGGCTGGCGAAGCGACTGGt < 1:2924590/69‑1 (MQ=255) ggCTAAATGCCCGATGGTAGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTCACCTTCTGGCTGGCGAAGCGACTGGt < 1:1481878/69‑1 (MQ=255) ggCTAAATGCCCGATGGTAGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTCACCTTCTGGCTGGCGAAGCGACTGGt < 1:1341134/69‑1 (MQ=255) ggCTAAATGCCCGATGGTAGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTCACCTTCTGGCTGGCGAAGCGACTGGt < 1:3030710/69‑1 (MQ=255) ggCTAAATGCCCGATGGTAGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTCACCTTCTGGCTGGCGAAGCGACTGGt < 1:1288313/69‑1 (MQ=255) ggCTAAATGCCCGATGGTAGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTCACCTTCTGGCTGGCGAAGCGACTGGt < 1:847962/69‑1 (MQ=255) ggCTAAATGCCCGATGGTAGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTCACCTTCTGGCTGGCGAAGCGACTGGt < 1:932656/69‑1 (MQ=255) ggCTAAATGCCCGATGGTAGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTCACCTTCTGGCTGGCGAAGCCACTGGt < 1:3844/69‑1 (MQ=255) gAAATGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCGTGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGCTGGTGaa > 1:1803957/1‑69 (MQ=255) gAAATGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGCTGGTGaa < 1:304744/69‑1 (MQ=255) gAAATGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGCTGGTGaa < 1:2385433/69‑1 (MQ=255) gAAATGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGCTGGTGaa < 1:1040985/69‑1 (MQ=255) tGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGCTGGTGAAAACt < 1:2670748/69‑1 (MQ=255) tGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGCTGGTGAAAACt < 1:939902/69‑1 (MQ=255) tGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGCTGGTGAAAACt > 1:2329801/1‑69 (MQ=255) tGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGCTGGTGAAAACt < 1:2216034/69‑1 (MQ=255) tGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGCTGGTGAAAACt < 1:181541/69‑1 (MQ=255) cGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGCTGGTGAAAACTGAt < 1:3397112/68‑1 (MQ=255) cGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGCTGGTGAAAACTGAt < 1:2829342/68‑1 (MQ=255) cGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGCTGGTGAAAACTGATTATGTCTCGCTGCCAAAt > 1:2329634/1‑69 (MQ=255) cGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGCTGGTGAAAACTGATTATGTCTCGCTGCCAAAt > 1:1719677/1‑69 (MQ=255) cGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGCTGGTGAAAACTGATTATGTCTCGCTGCCAAAt > 1:3044169/1‑69 (MQ=255) aaGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGCTGGTGaa < 1:2266755/38‑1 (MQ=255) aaGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGCTGGTGaa < 1:626112/38‑1 (MQ=255) ttCTGGCTGGCGAAGCGACTGGTGAAAGCTGATTATGtc > 1:1318683/1‑39 (MQ=25) ttCTGGCTGGCGAAGCGACTGGTGAAAACTGATTATGtc > 1:3303688/1‑39 (MQ=37) ttCTGGCTGGCGAAGCGACTGGTGAAAACTGATTATGtc > 1:3116845/1‑39 (MQ=37) ttCTGGCTGGCGAAGCGACTGGTGAAAACTGATTATGtc > 1:40902/1‑39 (MQ=37) ttCTGGCTGGCGAAGCGACTGGTGAAAACTGATTATGtc > 1:414519/1‑39 (MQ=37) ttCTGGCTGGCGAAGCGACTGGTGAAAACTGATTATGtc > 1:505443/1‑39 (MQ=37) ttCTGGCTGGCGAAGCGACTGGTGAAAACTGATTATGtc > 1:2281994/1‑39 (MQ=37) ttCTGGCTGGCGAAGCGACTGGTGAAAACTGATTATGtc > 1:2740340/1‑39 (MQ=37) ttCTGGCTGGCGAAGCGACTGGTGAAAACTGATTATGtc > 1:2453783/1‑39 (MQ=37) ttCTGGCTGGCGAAGCGACTGGTGAAAACTGATTATGtc > 1:2187328/1‑39 (MQ=37) ttCTGGCTGGCGAAGCGACTGGTGAAAACTGATTATGtc > 1:1886144/1‑39 (MQ=37) ttCTGGCTGGCGAAGCGACTGGTGAAAACTGATTATGtc > 1:1760751/1‑39 (MQ=37) ttCTGGCTGGCGAAGCGACTGGTGAAAACTGATTATGtc > 1:1742047/1‑39 (MQ=37) ttCTGGCTGGCGAAGCGACTGGTGAAAACTGATTATGtc > 1:1642283/1‑39 (MQ=37) ttCTGGCTGGCGAAGCGACTGGTGAAAACTGATTATGtc > 1:1165548/1‑39 (MQ=37) ttCTGGCTGGCGAAGCGACTGGTGAAAACTGATTATGtc > 1:1102052/1‑39 (MQ=37) ttCTGGCTGGCGAAGCGACTGGTGAAAACTGATTATGtc > 1:1045413/1‑39 (MQ=37) tCTGGTTGGCGAAGCGGCTGGTGAAAACTGATTATGTCTCGCTGCCAAATCTGCTGGCGGGCagaga > 1:2223440/1‑67 (MQ=255) ggTTGGCGAAGCGGCTGGTGAAAACTGATTATGTCTCGCTGCCAAATCTGCTGGCGGGCAGAGAGTTa < 1:3047664/68‑1 (MQ=255) ggTTGGCGAAGCGGCTGGTGAAAACTGATTATGTCTCGCTGCCAAATCTGCTGGCGGGCAGAGAGTTa < 1:2246721/68‑1 (MQ=255) ggTTGGCGAAGCGGCTGGTGAAAACTGATTATGTCTCGCTGCCAAATCTGCTGGCGGGCAGAGAGTTa < 1:1915325/68‑1 (MQ=255) ggTTGGCGAAGCGGCTGGTGAAAACTGATTATGTCTCGCTGCCAAATCTGCTGGCGGGCAGAGAGTTa < 1:1496425/68‑1 (MQ=255) | TGCTGGCGAAATGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGCTGGTGAAAACTGATTATGTCTCGCTGCCAAATCTGCTGGCGGGCAGAGAGTTA > minE/183020‑183141 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |