| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,145,954 | A→G | 54.2% | V251V (GTT→GTC) | yhbX ← | predicted hydrolase, inner membrane |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,145,954 | 0 | A | G | 54.2% | 18.1 / 78.3 | 96 | V251V (GTT→GTC) | yhbX | predicted hydrolase, inner membrane |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/24); new base G (8/44); total (28/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.59e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CAGTGTAAGGTGCGCCGCTTATTGCTTGATTAAACAGTTTGATCTGTTTTCTTTGTGCTTCAACTTGCGGTGTCGTAGAGCGTGTATATCCATACAAAGACATATTGTCGACACGTACAGACTC > minE/2145893‑2146016 | cAGTGTAATGTGCACCGCTTATTGCTTGATTAAACAGTTTGATCTGTTTTCTTTGTGCTTCGACTTGCg < 1:2976548/69‑1 (MQ=255)cAGTGTAAGGTGCACCGCTTATTGCTTGATTAAACAGTTTGATCTGTTTTCTTTGTGCTTCGACTTGct < 1:1587004/69‑2 (MQ=255)cAGTGTAAGGTGCACCGCTTATTGCTTGATTAAACAGTTTGATCTGTTTTCTTTGTGCTTCGACTTGCg < 1:3049351/69‑1 (MQ=255)cAGTGTAAGGTGCACCGCTTATTGCTTGATTAAACAGTTTGATCTGTTTTCTTTGTGCTTCGACTTGCg < 1:1837775/69‑1 (MQ=255)cAGTGTAAGGTGCACCGCTTATTGCTTGATTAAACAGTTTGATCTGTTTTCTTTGTGCTTCGACTTGCg < 1:3309836/69‑1 (MQ=255)cAGTGTAAGGTGCACCGCTTATTGCTTGATTAAACAGTTTGATCTGTTTTCTTTGTGCTTCGACTTGCg < 1:2022305/69‑1 (MQ=255)cAGTGTAAGGTGCACCGCTTATTGCTTGATTAAACAGTTTGATCTGTTTTCTTTGTGCTTCGACTTGCg < 1:1684361/69‑1 (MQ=255)cAGTGTAAGGTGCACCGCTTATTGCTTGATTAAACAGTTTGATCTGTTTTCTTTGTGCTTCGACTTGCg < 1:1461639/69‑1 (MQ=255)cAGTGTAAGGTGCACCGCTTATTGCTTGATTAAACAGTTTGATCTGTTTTCTTTGTGCTTCGACTTGCg < 1:1026903/69‑1 (MQ=255)cAGTGTAAGGTGCACCGCTTATTGCTTGATTAAACAGTTTGATCTGTTTTCTTTGTGCTTCGACTTGCg < 1:3007011/69‑1 (MQ=255)cAGTGTAAGGTGCACCGCTTATTGCTTGATTAAACAGTTTGATCTGTTTTCTTTGTGCTTCGACTTGCg < 1:28673/69‑1 (MQ=255)cAGTGTAAGGTGCACCGCTTATTGCTTGATTAAACAGTTTGATCTGTTTTCTTTGTGCTTCGACTTGCg < 1:86487/69‑1 (MQ=255)cAGTGTAAGGTGCACCGCTTATTGCTTGATTAAACAGTTTGATCTGTTTTCTTTGTGCTTCGACTTGCg < 1:3006695/69‑1 (MQ=255)cAGTGTAAGGTGCACCGCTTATTGCTTGATTAAACAGTTTGATCTGTTTTCTTTGTGCTTCGACTTGCg < 1:2647262/69‑1 (MQ=255)cAGTGTAAGGTGCACCGCTTATTGCTTGATTAAACAGTTTGATCTGTTTTCTTTGTGCTTCGACTTGCg < 1:1139225/69‑1 (MQ=255)cAGTGTAAGGTGCACCGCTTATTGCTTGATTAAACAGTTTGATCTGTTTTCTTTGTGCTTCGACTTGCg < 1:267816/69‑1 (MQ=255) aGTGTAAGGTGCACCGCTTATTGCTTGATTAAACAGTTTGATCTGTTTTCTTTGTGCTTCGACTTGCg < 1:2896117/68‑1 (MQ=255) gtgtAAGGTGCACCGCTTATTGCTTGATTAAACAGTTTGATCTGTTTTCTTTGTGCTTCGACTTGCg < 1:193356/67‑1 (MQ=255) gtgtAAGGTGCACCGCTTATTGCTTGATTAAACAGTTTGATCTGTTTTCTTTGTGCTTCGACTTGCGgt < 1:2053493/69‑1 (MQ=255) 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cgcTTATTGCTTGATTAAACAGTTTGATCTGTTTTCTTTGTGCTTCAACTTGCGGTGTCGTAGAGCgtg < 1:995641/69‑1 (MQ=255) tATTGCTTGATTAAACAGTTTGATCTGTTTTCTTTGTGCTTCAACTTGCGGTGTCg > 1:2221101/1‑56 (MQ=255) tATTGCTTGATTAAACAGTTTGATCTGTTTTCTTTGTGCTTCAACTTGCGGTGTCg > 1:499926/1‑56 (MQ=255) tATTGCTTGATTAAACAGTTTGATCTGTTTTCTTTGTGCTTCAACTTGCGGTGTCg > 1:934879/1‑56 (MQ=255) aTTGCTTGATTAAACAGTTTGATCTGTTTTCTTTGTGCTTCGACTTGCg < 1:2790234/49‑1 (MQ=255) ttGCTTGATTAAACAGTTTGATCTGTTTTCTTTGTGCTTCGACTTGCGgt < 1:1060182/50‑1 (MQ=255) tGCTTGATTAAACAGTTTGATCTGTTTTCTTTGTGCTTCAACTTGCGGTGTCGTGGAGCGTGTATATc < 1:469387/68‑1 (MQ=255) tGCTTGATTAAACAGTTTGATCTGTTTTCTTTGTGCTTCAACTTGCGGTGTCGTGGAGCGTGTATATc < 1:1259691/68‑1 (MQ=255) tGCTTGATTAAACAGTTTGATCTGTTTTCTTTGTGCTTCAACTTGCGGTGTCGTAGAGCGTGTATATc < 1:2409555/68‑1 (MQ=255) tGCTTGATTAAACAGTTTGATCTGTTTTCTTTGTGCTTCAACTTGCGGTGTCGTAGAGCGTGTATATc < 1:346306/68‑1 (MQ=255) tGCTTGATTAAACAGTTTGATCTGTTTTCTTTGTGCTTCAACTTGCGGTGTCGTAGAGCGTGTATATc < 1:2753999/68‑1 (MQ=255) gCTTTATTAAACAGTTTGATCTGTTTTCTTTGTGCTTAAACTTGAGGTGTCGTATAGCGTGTATATGCa > 1:2507074/1‑69 (MQ=255) gCTTGATTAAACAGTTTGATCTGTTTTCTTTGTGCTTCAACTTGCGGTGTCGTAGAGCGTGTATATc < 1:1452341/67‑1 (MQ=255) gCTTGATTAAACAGTTTGATCTGTTTTCTTTGTGCTTCAACTTGCGGTGTCGTAGAGCGTGTATATCCa > 1:1475288/1‑69 (MQ=255) gCTTGATTAAACAGTTTGATCTGTTTTCTTTGTGCTTCAACTTGCGGTGTCGTAGAGCGTGTATATCCa > 1:93778/1‑69 (MQ=255) gCTTGATTAAACAGTTTGATCTGTTTTCTTTGTGCTTCAACTTGCGGTGTCGTAGAGCGTGTATATCCa > 1:1857986/1‑69 (MQ=255) gCTTGATTAAACAGTTTGATCTGTTTTCTTTGTGCTTCAACTTGCGGTGTCGTAGAGCGTGTATATCCa > 1:2558621/1‑69 (MQ=255) gCTTGATTAAACAGTTTGATCTGTTTTCTTTGTGCTTCAACTTGCGGTGTCGTAGAGCGTGTATATCCa > 1:2502996/1‑69 (MQ=255) gCTTGATTAAACAGTTTGATCTGTTTTCTTTGTGCTTCAACTTGCGGTGTCGTAGAGCGTGTATATCCa > 1:737206/1‑69 (MQ=255) gCTTGATTAAACAGTTTGATCTGTTTTCTTTGTGCTTCAACTTGCGGTGTCGTAGAGCGTGTATATCCa > 1:2300698/1‑69 (MQ=255) gCTTGATTAAACAGTTTGATCTGTTTTCTTTGTGCTTCAACTTGCGGTGTCGTAGAGCGTGTATATCCa > 1:2230553/1‑69 (MQ=255) gCTTGATTAAACAGTTTGATCTGTTTTCTTTGTGCTTCAACTTGCGGTGTCGTAGAGCGTGTATATCCa > 1:1991406/1‑69 (MQ=255) gCTTGATTAAACAGTTTGATCTGTTTTCTTTGTGCTTCAACTTGCGGTGTCGTAGAGCGTGTATATCCa > 1:1417040/1‑69 (MQ=255) gCTTGAATAAACAGTTTGATCTGTTTTCTTTGTGCTTCAACTTGCGGTGTCGTAGAGCGTGTATATCCa > 1:1168/1‑69 (MQ=255) aaaCAGTTTGATCTGTTTTCTTTGTGCTTCAACTTGCGGTGTCGTAGAGCGTGTATATCCATACAAAGa < 1:1502565/69‑1 (MQ=255) aaaCAGTTTGATCTGTTTTCTTTGTGCTTCAACTTGCGGTGTCGTAGAGCGTGTATATCCATACAAAGa < 1:306938/69‑1 (MQ=255) aaaCAGTTTGATCTGTTTTCTTTGTGCTTCAACTTGCGGTGTCGTAGAGCGTGTATATCCATACAAAGa < 1:2744631/69‑1 (MQ=255) aaCAGTTTGATCTGTTTTCTTTGTGCTTCAACTTGCGGTGTCGTAGAGCGTGTATATCCATACAAAGa < 1:1209091/68‑1 (MQ=255) aGTTTGATCTGTTTTCTTTGTGCTTCAACTTGCGGTGTCGTAGAGCGTGTATATCCATACAAAGACata < 1:1296353/69‑1 (MQ=255) aGTTTGATCTGTTTTCTTTGTGCTTCAACTTGCGGTGTCGTAGAGCGTGTATATCCATACAAAGACata < 1:1048288/69‑1 (MQ=255) aGTTTGATCTGTTTTCTTTGTGCTTCAACTTGCGGTGTCGTAGAGCGTGTATATCCATACAAAGACata < 1:1693945/69‑1 (MQ=255) aGTTTGATCTGTTTTCTTTGTGCTTCAACTTGCGGTGTCGTAGAGCGTGTATATCCATACAAAGACata < 1:2117636/69‑1 (MQ=255) aGTTTGATCTGTATTCTTTTTGCTTCAACTTGCGGAGTCGTAGAGCGTGTATATCCATACAAAGTCata < 1:332754/69‑1 (MQ=255) tttGATCTGTTTTCTTTGTGCTTCAACTTGCGGTGTCGTAGAGCGTGTATATCCATACAAAGACATAtt < 1:2846421/69‑1 (MQ=255) ttGATCTGTTTTCTTTGTGCTTCAACTTGCGGTGTCGTAGAGCgtg > 1:2840878/1‑46 (MQ=255) tGATCTGTTTTCTTTGTGCTTCAACTTGCGGTGTCGTAGAGCGTGTATATCCATACAAAGACATATTg > 1:94431/1‑68 (MQ=255) tgtgCTTCGACTTGCGGTGTCGTAGAGCGTGTATATCCATACAAAGCCATATTGTCGACACGTACAGAc > 1:2769286/1‑69 (MQ=255) tgtgCTTCGACTTGCGGTGTCGTAGAGCGTGTATATCCATACAAAGACATATTGTCGACACGTACAGAc > 1:3382912/1‑69 (MQ=255) tgtgCTTCGACTTGCGGTGTCGTAGAGCGTGTATATCCATACAAAGACATATTGTCGACACGTACAGAc > 1:1476584/1‑69 (MQ=255) tgtgCTTCGACTTGCGGTGTCGTAGAGCGTGTATATCCATACAAAGACATATTGTCGACACGTACAGAc > 1:2050047/1‑69 (MQ=255) tgtgCTTCGACTTGCGGTGTCGTAGAGCGTGTATATCCATACAAAGACATATTGTCGACACGTACAGAc > 1:2385537/1‑69 (MQ=255) tgtgCTTCGACTTGCGGTGTCGTAGAGCGTGTATATCCATACAAAGACATATTGTCGACACGTACAGAc > 1:843548/1‑69 (MQ=255) tgtgCTTCGACTTGCGGTGTCGTAGAGCGTGTATATCCATACAAAGACATATTGTCGACACGTACAGAc > 1:2622134/1‑69 (MQ=255) tgtgCTTCGACTTGCGGTGTCGTAGAGCGTGTATATCCATACAAAGACATATTGTCGACACGTACAGAc > 1:929886/1‑69 (MQ=255) gCTTCAACTTGCGGTGTCGTAGAGCGTGTATATCCATACAAAGACATATTGTCGACACGTACAGACTc < 1:1688838/68‑1 (MQ=255) gCTTCAACTTGCGGTGTCGTAGAGCGTGTATATCCATACAAAGACATATTGTCGACACGTACAGACTc < 1:2791542/68‑1 (MQ=255) gCTTCAACTTGCGGTGTCGTAGAGCGTGTATATCCATACAAAGACATATTGTCGACACGTACAGACTc < 1:1231469/68‑1 (MQ=255) | CAGTGTAAGGTGCGCCGCTTATTGCTTGATTAAACAGTTTGATCTGTTTTCTTTGTGCTTCAACTTGCGGTGTCGTAGAGCGTGTATATCCATACAAAGACATATTGTCGACACGTACAGACTC > minE/2145893‑2146016 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |