| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,147,953 | T→C | 50.0% | N404S (AAC→AGC) | glmM ← | phosphoglucosamine mutase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,147,953 | 0 | T | C | 50.0% | ‑4.2 / 45.2 | 52 | N404S (AAC→AGC) | glmM | phosphoglucosamine mutase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (15/11); new base C (21/5); total (36/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.07e-01 | |||||||||||
TTCCACCATCACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAGCAACACGCGTCCACGGTTGCCCAGCGCAGCTTCAACCTCTGCGGTCACGGCTTTAACTGACTCATGCTCAAGTGGATCGCC > minE/2147892‑2148017 | ttacaccaTCACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAACAGCACACGTCAACGGCTACCCAg > 1:1740091/4‑69 (MQ=255)ttCCACCATCACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAACAGCACACGTCCACGGCTACCCAg > 1:1345220/1‑69 (MQ=255)ttCCACCATCACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAACAGCACACGTCCACGGCTACCCAg > 1:3323421/1‑69 (MQ=255)ttCCACCATCACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAACAGCACACGTCCACGGCTACCCAg > 1:176747/1‑69 (MQ=255)ttCCACCATCACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAACAGCACACGTCCACGGCTACCCAg > 1:3317382/1‑69 (MQ=255)ttCCACCATCACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAACAGCACACGTCCACGGCTACCCAg > 1:2329097/1‑69 (MQ=255)ttCCACCATCACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAACAGCACACGTCCACGGCTACCCAg > 1:2654886/1‑69 (MQ=255) ccaTCACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAGCAACACGCGTCCACGGTTGCCCAGCGCa < 1:1847822/68‑1 (MQ=255) caTCACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAACAGCACACGTCCACGGCTACCCAgcgccg > 1:1783623/1‑66 (MQ=255) caTCACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAACAGCACACGTCCACGGCTACCCAgcgccg > 1:1942219/1‑66 (MQ=255) caTCACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAACAGCACACGTCCACGGCTACCCAgcgccg > 1:2657454/1‑66 (MQ=255) caTCACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAACAGCACACGTCCACGGCTACCCAGcgccgc > 1:1299298/1‑69 (MQ=255) caTCACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAACAGCACACGTCCACGGCTACCCAGcgccgc > 1:2565608/1‑69 (MQ=255) caTCACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAACAGCACACGTCCACGGCTACCCAGcgccgc > 1:2441221/1‑69 (MQ=255) caTCACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAACAGCACACGTCCACGGCTACCCAGcgccgc > 1:2422580/1‑69 (MQ=255) caTCACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAACAGCACACGTCCACGGCTACCCAGcgccgc > 1:2359442/1‑69 (MQ=255) caTCACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAACAGCACACGTCCACGGCTACCCAGcgccgc > 1:2678920/1‑69 (MQ=255) caTCACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAACAGCACACGTCCACGGCTACCCAGcgccgc > 1:2739955/1‑69 (MQ=255) caTCACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAACAGCACACGTCCACGGCTACCCAGcgccgc > 1:3195561/1‑69 (MQ=255) 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tACGCAGCAACACGCGTCCACGGTTGCCCAGCGCAGCTTCAACCTCTGCGGTCACGGCTTTAACTGACt > 1:2835059/1‑69 (MQ=255) gcgTCCACGGTTGCCCAGCGCAGCTTCAACCTCTGCGGTCACGGCTTTAACTGACTCATGCTCAAGTgg < 1:702300/69‑1 (MQ=255) gcgTCCACGGCTGCCCAGCGCAGCTTCAACCTCTGCGGTCACGGCTTTAACTGACTCATGCTCAAGTgg < 1:541363/69‑1 (MQ=255) gcgTCCACGGCTGCCCAGCGCAGCTTCAACCTCTGCGGTCACGGCTTTAACTGACTCATGCTCAAGTgg < 1:554662/69‑1 (MQ=255) gcgTCCACGGCTGCCCAGCGCAGCTTCAACCTCTGCGGTCACGGCTTTAACTGACTCATGCTCAAGTgg < 1:2826442/69‑1 (MQ=255) gcgTCCACGGCTGCCCAGCGCAGCTTCAACCTCTGCGGTCACGGCTTTAACTGACTCATGCTCAAGTgg < 1:2274871/69‑1 (MQ=255) cACGGTTGCCCAGCGCAGCTTCAACCTCTGCGGTCACGGCTTTAACTGACTCATGCTCAAGTGGATcgc > 1:1491030/1‑69 (MQ=255) cACGGCTGCCCAGCGCAGCTTCAACCTCTGCGGTCACGGCGTTAACTGACTCATGCTCAAGTgg < 1:3220917/64‑1 (MQ=255) cGGTTGCCCAGCGCAGCTTCAACCTCTGCGGTCACGGCTTTAACTGACTCATGCTCAAGTGGATcgcc < 1:3405276/68‑1 (MQ=255) cGGTTGCCCAGCGCAGCTTCAACCTCTGCGGTCACGGCTTTAACTGACTCATGCTCAAGTGGATcgcc < 1:542142/68‑1 (MQ=255) cGGTTGCCCAGCGCAGCTTCAACCTCTGCGGTCACGGCTTTAACTGACTCATGCTCAAGTGGATcgcc < 1:641562/68‑1 (MQ=255) cGGTTGCCCAGCGCAGCTTCAACCTCTGCGGTCACGGCTTTAACTGACTCATGCTCAAGTGGATcgcc < 1:715607/68‑1 (MQ=255) cGGTTGCCCAGCGCAGCTTCAACCTCTGCGGTCACGGCTTTAACTGACTCATGCTCAAGTGGATcgcc < 1:719998/68‑1 (MQ=255) | TTCCACCATCACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAGCAACACGCGTCCACGGTTGCCCAGCGCAGCTTCAACCTCTGCGGTCACGGCTTTAACTGACTCATGCTCAAGTGGATCGCC > minE/2147892‑2148017 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |