| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,156,449 | G→T | 52.9% | S133S (TCC→TCA) | obgE ← | GTPase involved in cell partioning and DNA repair |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,156,449 | 0 | G | T | 52.9% | ‑3.9 / 57.8 | 51 | S133S (TCC→TCA) | obgE | GTPase involved in cell partioning and DNA repair |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (13/11); new base T (11/16); total (24/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTCCAGCAGCAGCTCGCGCTTATCGCCCGGCGTGCCGTTGGTTTTCTGCCGCGGTGTACGGTTAACGGACGATTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGTGCCAGCCGCCCTTAGCAACCAGCAGA > minE/2156383‑2156506 | cTCCAGCAGCAGCTCGCGCTTATCGCCCGGCGTGCCGTTGGTTTTCTGCCGCGGTGTACGGTTAACgg < 1:2139456/68‑1 (MQ=255) cagcTCGCGCTTATCGCCCGGCGTGCCGTTGGTTTTCTGCCGCGGTGTACGGTTAACGGACGATTTGaa > 1:553358/1‑69 (MQ=255) cagcTCGCGCTTATCGCCCGGCGTGCCGTTGGTTTTCTGCCGCGGTGTACGGTTAACGGACGATTTGaa > 1:3296405/1‑69 (MQ=255) cagcTCGCGCTTATCGCCCGGCGTGCCGTTGGTTTTCTGCCGCGCTGTACGGTTAACGGACGATTTGaa > 1:3188072/1‑69 (MQ=255) agcTCGCGCTTATCGCCCGGCGTGCCGTTGGTTTTCTGCCGCGGTGTACGGTTAACGGACGATTTGaaa > 1:2267726/1‑69 (MQ=255) cgcgCTTATCGCCCGGCGTGCCGTTGGTTTTCTGCCGCGGTGTACGGTTAACGGACGATTTGAAACggg < 1:898731/69‑1 (MQ=255) cgcgCTTATCGCCCGGCGTGCCGTTGGTTTTCTGCCGCGGTGTACGGTTAACGGACGATTTGAAACggg < 1:1316631/69‑1 (MQ=255) cGCCCGGCGTGCCGTTGGTTTTCTGCCGCGGTGTACGGTTAACGGACGATTTGAAACGGGTATTGcc < 1:1250715/67‑1 (MQ=255) cGCCCGGCGTGCCGTTGGTTTTCTGCCGCGGTGTACGGTTAACGGACGATTTGAAACGGGTATTGcc < 1:2073098/67‑1 (MQ=255) gCCCTGCGTACCGTTAGTTTTCTGCCGTGGTGTACGGTTAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCa < 1:2327599/68‑1 (MQ=255) gCCCGGCGTACCGTTAGTTTTCTGCCGTGGTGTACGGTTAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCa < 1:2470731/68‑1 (MQ=255) gCCCGGCGTACCGTTAGTTTTCTGCCGTGGTGTACGGTTAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCa < 1:3007254/68‑1 (MQ=255) gCCCGGCGTACCGTTAGTTTTCTGCCGTGGTGTACGGTTAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCa < 1:2424056/68‑1 (MQ=255) gCCCGGCGTACCGTTAGTTTTCTGCCGTGGTGTACGGTTAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCa < 1:2327774/68‑1 (MQ=255) gCCCGGCGTACCGTTAGTTTTCTGCCGTGGTGTACGGTTAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCa < 1:2194750/68‑1 (MQ=255) gCCCGGCGTACCGTTAGTTTTCTGCCGTGGTGTACGGTTAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCa < 1:2029854/68‑1 (MQ=255) gCCCGGCGTACCGTTAGTTTTCTGCCGTGGTGTACGGTTAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCa < 1:193438/68‑1 (MQ=255) gCCCGGCGTACCGTTAGTTTTCTGCCGTGGTGTACGGTTAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCa < 1:1753333/68‑1 (MQ=255) gCCCGGCGTACCGTTAGTTTTCTGCCGTGGTGTACGGTTAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCa < 1:3339155/68‑1 (MQ=255) gCCCGGCGTACCGTTAGTTTTCTGCCGTGGTGTACGGTTAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCa < 1:369676/68‑1 (MQ=255) gCCCGGCGTACCGTTAGTTTTCTGCCGTGGTGTACGGTTAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCa < 1:650685/68‑1 (MQ=255) gCCCGGCGTACCGTTAGTTTTCTGCCGTGGTGTACGGTTAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCa < 1:764190/68‑1 (MQ=255) gCCCGGCGTACCGTTAGTTTTCTGCCGTGGTGTACGGTTAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCa < 1:1075850/68‑1 (MQ=255) cccGGCGTACCGTTAGTTTTCTGCCGTGGTGTACGGTTAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCa < 1:3427035/67‑1 (MQ=255) gCGTGCCGTTGGTTTTCTGCCGCGGTGTACGGTTAACGGACGATTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGt < 1:3355/69‑1 (MQ=255) gCGTGCCGTTGGTTTTCTGCCGCGGTGTACGGTTAACGGACGATTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGt < 1:3064786/69‑1 (MQ=255) ggTTTTCTGCCGCGGTGTACGGTTAACGGACGATTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCg > 1:1513432/1‑58 (MQ=255) ggTTTTCTGCCGCGGTGTACGGTTAACGGACGATTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGTGCCAgccgcc > 1:2429258/1‑69 (MQ=255) ggTTTTCTGCCGCGGTGTACGGTTAACGGACGATTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGTGCCAgccgcc > 1:1547316/1‑69 (MQ=255) ggTTTTCTGCCGCGGTGTACGGTTAACGGACGATTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGTGCCAgccgcc > 1:1537801/1‑69 (MQ=255) ggTTTTCTGCCGCGGTGTACGGTTAACGGACGATTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGTGCCAgccgc > 1:1355741/1‑68 (MQ=255) tttCTGCCGCGGTGTACGGTTAACGGACGATTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGTGCCAGCCGCCCtt < 1:1093401/69‑1 (MQ=255) tttCTGCCGCGGTGTACGGTTAACGGACGATTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGTGCCAGCCGCCCtt < 1:838898/69‑1 (MQ=255) tttCTGCCGCGGTGTACGGTTAACGGACGATTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGTGCCAGCCGCCCtt < 1:1352837/69‑1 (MQ=255) tttCTGCCGCGGTGTACGGTTAACGGACGATTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGTGCCAGCCGCCCtt < 1:404278/69‑1 (MQ=255) tttCTGCCGCGGTGTACGGTTAACGGACGATTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGTGCCAGCCGCCCtt < 1:1910712/69‑1 (MQ=255) tggTGTACGGTTAACTGACGACTTGAAACGTGTATTGCCCa < 1:1508632/40‑1 (MQ=255) gtACGGTTAACGGACGATTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGTGCCAGCCGCCCTTAGCAACCAGCAGa > 1:924701/1‑69 (MQ=255) gtACGGTTAACGGACGATTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGTGCCAGCCGCCCTTAGCAACCAGCAGa > 1:2254216/1‑69 (MQ=255) gtACGGTTAACGGACGATTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGTGCCAGCCGCCCTTAGCAACCAGCAGa > 1:1062683/1‑69 (MQ=255) gtACGGTTAACGGACGATTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGTGCCAGCCGCCCTTAGCAACCAGCAGa > 1:2781446/1‑69 (MQ=255) ttAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGTGCCAGCCGCCCTTAGCAACcagca > 1:1511337/1‑61 (MQ=255) ttAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGTGCCAGCCGCCCTTAGCAACcagca > 1:3397062/1‑61 (MQ=255) ttAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGTGCCAGCCGCCCTTAGCAACcagca > 1:2106317/1‑61 (MQ=255) ttAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGTGCCAGCCGCCCTTAGCAACcagca > 1:456810/1‑61 (MQ=255) ttAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGTGCCAGCCGCCCTTAGCAACcagca > 1:1491364/1‑61 (MQ=255) ttAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGTGCCAGCCGCCCTTAGCAACcagca > 1:616979/1‑61 (MQ=255) ttAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGTGCCAGCCGCCCTTAGCAACcagca > 1:744948/1‑61 (MQ=255) ttAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGTGCCAGCCGCCCTTAGCAACcagca > 1:832497/1‑61 (MQ=255) ttAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGTGCCAGCCGCCCTTAGCAACcagca > 1:2928588/1‑61 (MQ=255) ttAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGTGCCAGCCGCCCTTAGCAACcagca > 1:911318/1‑61 (MQ=255) ttAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGTGCCAGCCGCCCTTAGCAACcagca > 1:275546/1‑61 (MQ=255) | CTCCAGCAGCAGCTCGCGCTTATCGCCCGGCGTGCCGTTGGTTTTCTGCCGCGGTGTACGGTTAACGGACGATTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGTGCCAGCCGCCCTTAGCAACCAGCAGA > minE/2156383‑2156506 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |