| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,161,129 | A→G | 51.1% | G153G (GGT→GGC) | murA ← | UDP‑N‑acetylglucosamine 1‑carboxyvinyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,161,129 | 0 | A | G | 51.1% | 0.6 / 86.6 | 97 | G153G (GGT→GGC) | murA | UDP‑N‑acetylglucosamine 1‑carboxyvinyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (10/37); new base G (31/18); total (41/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.59e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CACATGATGGTCACCGTTGCGCCAACGCTGACTTTATCCATCACGATATGTGCACCTTTCAAACGACCATCGACGGAAGCTTTAACGTAACCTTCTTCCAGTTTGATGGTCGCGCCTAA > minE/2161076‑2161194 | cacaTGATGGTCACCGTTGCGCCAACGCTGACTTTATCCATCACGATATGTGCACCTTTCAAACGACCa > 1:1256597/1‑69 (MQ=255) ggTCACCGTTGCGCCAACGCTGACTTTATCCATCACGATATGTGCACCTTTCAAACGACCATCGACGGa < 1:1763905/69‑1 (MQ=255) ttCACCGTTGCGCCAACGCTGACTTTATCCATCACGATATGTGCACCTTTCAAACGACCATCGACGGa < 1:1081778/67‑1 (MQ=255) gTCACCGTTGCGCCACCGCTGACTTTATCCATCACGATATGTGCGCCTTTCAAACGACCATCGAc > 1:2544383/1‑65 (MQ=255) gTCACCGTTGCGCCAACGCTGACTTTATCCATCACGATATGTGCGCCTTTCAAACGACCATCGACgg > 1:438360/1‑67 (MQ=255) gTCACCGTTGCGCCAACGCTGACTTTATCCATCACGATATGTGCGCCTTTCAAACGACCATCGACGGaa > 1:3331423/1‑69 (MQ=255) gTCACCGTTGCGCCAACGCTGACTTTATCCATCACGATATGTGCGCCTTTCAAACGACCATCGACGGaa > 1:1876989/1‑69 (MQ=255) gTCACCGTTGCGCCAACGCTGACTTTATCCATCACGATATGTGCGCCTTTCAAACGACCATCGACGGaa > 1:2166808/1‑69 (MQ=255) gTCACCGTTGCGCCAACGCTGACTTTATCCATCACGATATGTGCGCCTTTCAAACGACCATCGACGGaa > 1:217461/1‑69 (MQ=255) gTCACCGTTGCGCCAACGCTGACTTTATCCATCACGATATGTGCGCCTTTCAAACGACCATCGACGGaa > 1:2392471/1‑69 (MQ=255) gTCACCGTTGCGCCAACGCTGACTTTATCCATCACGATATGTGCGCCTTTCAAACGACCATCGACGGaa > 1:2590502/1‑69 (MQ=255) gTCACCGTTGCGCCAACGCTGACTTTATCCATCACGATATGTGCGCCTTTCAAACGACCATCGACGGaa > 1:2763859/1‑69 (MQ=255) gTCACCGTTGCGCCAACGCTGACTTTATCCATCACGATATGTGCGCCTTTCAAACGACCATCGACGGaa > 1:2805968/1‑69 (MQ=255) gTCACCGTTGCGCCAACGCTGACTTTATCCATCACGATATGTGCGCCTTTCAAACGACCATCGACGGaa > 1:2866494/1‑69 (MQ=255) gTCACCGTTGCGCCAACGCTGACTTTATCCATCACGATATGTGCGCCTTTCAAACGACCATCGACGGaa > 1:2993891/1‑69 (MQ=255) gTCACCGTTGCGCCAACGCTGACTTTATCCATCACGATATGTGCGCCTTTCAAACGACCATCGACGGaa > 1:3155478/1‑69 (MQ=255) gTCACCGTTGCGCCAACGCTGACTTTATCCATCACGATATGTGCGCCTTTCAAACGACCATCGACGGaa > 1:3226565/1‑69 (MQ=255) gTCACCGTTGCGCCAACGCTGACTTTATCCATCACGATATGTGCGCCTTTCAAACGACCATCGACGGaa > 1:1018413/1‑69 (MQ=255) gTCACCGTTGCGCCAACGCTGACTTTATCCATCACGATATGTGCGCCTTTCAAACGACCATCGACGGaa > 1:3350305/1‑69 (MQ=255) gTCACCGTTGCGCCAACGCTGACTTTATCCATCACGATATGTGCGCCTTTCAAACGACCATCGACGGaa > 1:3350638/1‑69 (MQ=255) gTCACCGTTGCGCCAACGCTGACTTTATCCATCACGATATGTGCGCCTTTCAAACGACCATCGACGGaa > 1:335562/1‑69 (MQ=255) gTCACCGTTGCGCCAACGCTGACTTTATCCATCACGATATGTGCGCCTTTCAAACGACCATCGACGGaa > 1:3377915/1‑69 (MQ=255) gTCACCGTTGCGCCAACGCTGACTTTATCCATCACGATATGTGCGCCTTTCAAACGACCATCGACGGaa > 1:3397104/1‑69 (MQ=255) gTCACCGTTGCGCCAACGCTGACTTTATCCATCACGATATGTGCGCCTTTCAAACGACCATCGACGGaa > 1:518630/1‑69 (MQ=255) gTCACCGTTGCGCCAACGCTGACTTTATCCATCACGATATGTGCGCCTTTCAAACGACCATCGACGGaa > 1:555367/1‑69 (MQ=255) gTCACCGTTGCGCCAACGCTGACTTTATCCATCACGATATGTGCGCCTTTCAAACGACCATCGACGGaa > 1:782708/1‑69 (MQ=255) gTCACCGTTGCGCCAACGCTGACTTTATCCATCACGATATGTGCGCCTTTCAAACGACCATCGACGGaa > 1:954685/1‑69 (MQ=255) gTCACCGTTGCGCCAACGCTGACTTTATCCATCACGATATGTGCGCCTTTCAAACGACCATCGACGGaa > 1:1432097/1‑69 (MQ=255) gTCACCGTTGCGCCAACGCTGACTTTATCCATCACGATATGTGCGCCTTTCAAACGACCATCGACGGaa > 1:1734501/1‑69 (MQ=255) 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1:1293355/64‑1 (MQ=255) ccGTTGCGCCAACGCTGACTTTATCCATCACGATATGTGCACCTTTCAAACGACCATCGACGGa < 1:2392286/64‑1 (MQ=255) ccGTTGCGCCAACGCTGACTTTATCCATCACGATATGTGCACCTTTCAAACGACCATCGACGGa < 1:2992681/64‑1 (MQ=255) ccGTTGCCCCAACGCTGACTTTATCCATCACGATATGTGCACCTTTCAAACGACCATCGACGGa < 1:2289867/64‑1 (MQ=255) cGTTGCGCCAACGCTGACTTTATCCATCACGATATGTGCCCCTTTCAAACGACCATCGACGGAAGCttt < 1:3110524/69‑1 (MQ=255) cGTTGCGCCAACGCTGACTTTATCCATCACGATATGTGCACCTTTCAAACGACCATCGACGGAAGCttt < 1:47967/69‑1 (MQ=255) cGTTGCGCCAACGCTGACTTTATCCATCACGATATGTGCACCTTTCAAACGACCATCGACGGAAGCttt < 1:3281424/69‑1 (MQ=255) cGTTGCGCCAACGCTGACTTTATCCATCACGATATGTGCACCTTTCAAACGACCATCGACGGAAGCttt < 1:2986812/69‑1 (MQ=255) cGTTGCGCCAACGCTGACTTTATCCATCACGATATGTGCACCTTTCAAACGACCATCGACGGAAGCttt < 1:2315379/69‑1 (MQ=255) cGTTGCGCCAACGCTGACTTTATCCATCACGATATGTGCACCTTTCAAACGACCATCGACGGAAGCttt < 1:681847/69‑1 (MQ=255) cGTTGCGCCAACGCTGACTTTATCCATCACGATATGTGCACCTTTCAAACGACCATCGACGGAAGCttt < 1:1393713/69‑1 (MQ=255) cGTTGCGCCAACGCTGACTTTATCCATCACGATATGTGCACCTTTCAAACGACCATCGACGGAAGCttt < 1:3104720/69‑1 (MQ=255) gTTGCGCCAACGCTGACTTTATCCATCACGATATGTGCACCTTTCAAACGACCATCGACGGAAGCttt < 1:2270823/68‑1 (MQ=255) tccAACGCTGACTTTATCCATCACGATATGTGCGCCTTTCAAACGACCATCGACGGAAGCTTTAACGt < 1:773327/67‑1 (MQ=255) gcCAACGCTGACTTTATCCATCACGATATGTGCGCCTTTCAAACGACCATCTACGGAAGCTTTAACGt < 1:2471986/68‑1 (MQ=255) gcCAACGCTGACTTTATCCATCACGATATGTGCGCCTTTCAAACGACCATCGACGGAAGGTTTAACGt < 1:2004291/68‑1 (MQ=255) gcCAACGCTGACTTTATCCATCACGATATGTGCGCCTTTCAAACGACCATCGACGGAAGCTTTAACGt < 1:1150563/68‑1 (MQ=255) gcCAACGCTGACTTTATCCATCACGATATGTGCGCCTTTCAAACGACCATCGACGGAAGCTTTAACGt < 1:616121/68‑1 (MQ=255) gcCAACGCTGACTTTATCCATCACGATATGTGCGCCTTTCAAACGACCATCGACGGAAGCTTTAACGt < 1:669272/68‑1 (MQ=255) gcCAACGCTGACTTTATCCATCACGATATGTGCGCCTTTCAAACGACCATCGACGGAAGCTTTAACGt < 1:995379/68‑1 (MQ=255) gcCAACGCTGACTTTATCCATCACGATATGTGCGCCTTTCAAACGACCATCGACGGAAGCTTTAACGt < 1:762552/68‑1 (MQ=255) 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gcCAACGCTGACTTTATCCATCACGATATGTGCACCTTTCAAACGACCATCGACGGAAGCTTTAACGt < 1:2181647/68‑1 (MQ=255) gcCAACGCTGACTTTATCCATCACGATATGTGCACCTTTCAAACGACCATCGACGGAAGCTTTAACGt < 1:2262741/68‑1 (MQ=255) ccAACGCTGACTTTATCCATCACGATATGTGCACCTTTCAAACGACCATCGACGGAAGCTTTAACGt < 1:1685034/67‑1 (MQ=255) gACTTTATCCATCACGATATGTGCACCTTTCAAACGACCATCGACGGAAGCTTTAACGt < 1:175223/59‑1 (MQ=255) cTTTATCCATCACGATATGTGCACCTTTCAAACGACCATCGACGGAAGCttt < 1:1015503/52‑1 (MQ=255) tCACGATATGTGCACCTTTCAAACGACCATCGACTGAAGCttt < 1:3143397/43‑1 (MQ=255) tCACGATATGTGCACCTTTCAAACGACCATCGACGGAAGCttt < 1:1757071/43‑1 (MQ=255) tCACGATATGTGCACCTTTCAAACGACCATCGACGGAAGCttt < 1:3211641/43‑1 (MQ=255) tCACGATATGTGCACCTTTCAAACGACCATCGACGGAAGCttt < 1:2135864/43‑1 (MQ=255) tCACGATATGTGCACCTTTCAAACGACCATCGACGGAAGCttt < 1:1337022/43‑1 (MQ=255) tCACGATATGTGCACCTTTCAAACGACCATCGACGGAAGCttt < 1:220700/43‑1 (MQ=255) tCACGATATGTGCACCTTTCAAACGACCATCGACGGAAGCttt < 1:1325102/43‑1 (MQ=255) tCACGATATGTGCACCTTTCAAACGACCATCGACGGAAGCttt < 1:894545/43‑1 (MQ=255) tCACGATATGTGCACCTTTCAAACGACCATCGACGGAAGCttt < 1:1318288/43‑1 (MQ=255) tCACGATATGTGCACCTTTCAAACGACCATCGACGGAAGCttt < 1:573026/43‑1 (MQ=255) tCACGATATGTGCACCTTTCAAACGACCATCGACGGAAGCttt < 1:1428476/43‑1 (MQ=255) cACGATATGTGCACCTTTCAAACGACCATCGACGGAAGCttt < 1:1491465/42‑1 (MQ=255) cGATATGTGCGCCTTTCAAACGACCATCGACGGAAGCTTTAACGt < 1:1125150/45‑1 (MQ=255) tgCACCTTTCAAACGACCATCGACGGAAGCTTTAACGTAACCTTCTTCCAGTTTGATGGTCGCGCCTaa > 1:1356986/1‑69 (MQ=255) tgCACCTTTCAAACGACCATCGACGGAAGCTTTAACGTAACCTTCTTCCAGTTTGATGGTCGCGCCTaa > 1:887809/1‑69 (MQ=255) tgCACCTTTCAAACGACCATCGACGGAAGCTTTAACGTAACCTTCTTCCAGTTTGATGGTCGCGCCTaa > 1:2915958/1‑69 (MQ=255) tgCACCTTTCAAACGACCATCGACGGAAGCTTTAACGTAACCTTCTTCCAGTTTGATGGTCGCGCCTaa > 1:2488543/1‑69 (MQ=255) tgCACCTTTCAAACGACCATCGACGGAAGCTTTAACGTAACCTTCTTCCAGTTTGATGGTCGCGCCTaa > 1:643183/1‑69 (MQ=255) tgCACCTTTCAAACGACCATCGACGGAAGCTTTAACGTAACCTTCTTCCAGTTTGATGGTCGCGCCTaa > 1:481241/1‑69 (MQ=255) tgCACCTTTCAAACGACCATCGACGGAAGCTTTAACGTAACCTTCTTCCAGTTTGATGGTCGCGCCTaa > 1:2999459/1‑69 (MQ=255) tgCACCTTTCAAACGACCATCGACGGAAGCTTTAACGTAACCTTCTTCCAGTTTGATGGTCGCGCCTa > 1:1882924/1‑68 (MQ=255) tgCACCTTTCAAACGACCATCGACGGAAGCTTTAACGTAACCTTCTTCCAGTTTGATGGTCGCGCCTa > 1:717108/1‑68 (MQ=255) | CACATGATGGTCACCGTTGCGCCAACGCTGACTTTATCCATCACGATATGTGCACCTTTCAAACGACCATCGACGGAAGCTTTAACGTAACCTTCTTCCAGTTTGATGGTCGCGCCTAA > minE/2161076‑2161194 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |