| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,175,971 | T→C | 54.8% | G716G (GGA→GGG) | arcB ← | hybrid sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with ArcA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,175,971 | 0 | T | C | 54.8% | 8.5 / 40.4 | 53 | G716G (GGA→GGG) | arcB | hybrid sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with ArcA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (5/19); new base C (10/19); total (15/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.63e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.19e-01 | |||||||||||
GAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCA > minE/2175904‑2176023 | gAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGtc < 1:757788/69‑1 (MQ=255)gAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGtc < 1:1194738/69‑1 (MQ=255)gAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGtc < 1:580448/69‑1 (MQ=255)gAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGtc < 1:434372/69‑1 (MQ=255)gAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGtc < 1:1505654/69‑1 (MQ=255) tGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGtccttc > 1:2211282/1‑68 (MQ=255) tGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGtccttc > 1:1365425/1‑68 (MQ=255) tGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGtccttc > 1:320079/1‑68 (MQ=255) gATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTa < 1:875354/68‑1 (MQ=255) 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< 1:683752/69‑1 (MQ=255) cACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCa < 1:2783586/69‑1 (MQ=255) cACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCa < 1:108640/69‑1 (MQ=255) cACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCa < 1:8127/69‑1 (MQ=255) cACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCa < 1:231113/69‑1 (MQ=255) cACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCa < 1:696934/69‑1 (MQ=255) cACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCa < 1:1414047/69‑1 (MQ=255) cACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCa < 1:3390224/69‑1 (MQ=255) cACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCa < 1:1439269/69‑1 (MQ=255) cACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCa < 1:2843368/69‑1 (MQ=255) ccTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCa < 1:1237008/67‑1 (MQ=255) ccTTTAATTTTATGCCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATc < 1:1446909/41‑1 (MQ=255) | GAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCA > minE/2175904‑2176023 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |