| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,179,432 | A→G | 65.4% | intergenic (‑289/‑293) | yhcC ← / → gltB | predicted Fe‑S oxidoreductase/glutamate synthase, large subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,179,432 | 0 | A | G | 65.4% | 96.9 / 69.6 | 124 | intergenic (‑289/‑293) | yhcC/gltB | predicted Fe‑S oxidoreductase/glutamate synthase, large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (17/26); new base G (23/58); total (40/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.30e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.54e-01 | |||||||||||
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
ACCAATTAAGGCAGTATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATC > minE/2179368‑2179498 | aCCAATTAAGGCAGTATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCtt > 1:3063148/1‑69 (MQ=255)aCCAATTAAGGCAGTATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCtt > 1:2335157/1‑69 (MQ=255)aCCAATTAAGGCAGTATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCtt > 1:1245912/1‑69 (MQ=255) aaGGCAGTATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACa < 1:2041346/69‑1 (MQ=255) aaGGCAGTATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACa < 1:2988199/69‑1 (MQ=255) aaGGCAGTATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACa < 1:2994218/69‑1 (MQ=255) aaGGCAGTATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACa < 1:3139605/69‑1 (MQ=255) aaGGCAGTATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACa < 1:1548351/69‑1 (MQ=255) aaGGCAGTATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACa < 1:93500/69‑1 (MQ=255) gCAGTATAAAATGCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGt < 1:549309/68‑1 (MQ=255) gCAGTATAAAATGCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGt < 1:2069224/68‑1 (MQ=255) gCAGTATAAAATGCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGt < 1:1835742/68‑1 (MQ=255) gCAGTATAAAATGCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGt < 1:3343329/68‑1 (MQ=255) gCAGTATAAAATGCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGt < 1:1728564/68‑1 (MQ=255) gCAGTATAAAATGCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGt < 1:1714081/68‑1 (MQ=255) gCAGTATAAAATGCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGt < 1:435387/68‑1 (MQ=255) gCAGTATAAAATGCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGt < 1:1622797/68‑1 (MQ=255) gCAGTATAAAATGCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGt < 1:1896825/68‑1 (MQ=255) gCAGTATAAAATGCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGt < 1:1046148/68‑1 (MQ=255) gCAGTATAAAATGCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGt < 1:2751381/68‑1 (MQ=255) gCAGTATAAAATGCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGt < 1:745283/68‑1 (MQ=255) gCAGTATAAAATGCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGt < 1:2808742/68‑1 (MQ=255) gCAGTATAAAATGCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGt < 1:1177784/68‑1 (MQ=255) gCAGTATAAAATGCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGt < 1:1992814/68‑1 (MQ=255) tataAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGa < 1:2805961/69‑1 (MQ=255) tataAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGa < 1:2056697/69‑1 (MQ=255) ataAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGaa < 1:1977499/69‑1 (MQ=255) ataAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGaa < 1:2341826/69‑1 (MQ=255) ataAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGaa < 1:856591/69‑1 (MQ=255) taAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGaa > 1:1039540/1‑68 (MQ=255) taAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGaa > 1:3306481/1‑68 (MQ=255) taAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGaa > 1:2142558/1‑68 (MQ=255) gCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:2370760/68‑1 (MQ=255) gCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:2913209/68‑1 (MQ=255) gCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:2897597/68‑1 (MQ=255) gCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:1428683/68‑1 (MQ=255) gCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:3226734/68‑1 (MQ=255) gCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:241604/68‑1 (MQ=255) gCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:2613022/68‑1 (MQ=255) gCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:2232919/68‑1 (MQ=255) gCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:3064584/68‑1 (MQ=255) gCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:1088873/68‑1 (MQ=255) gCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:2327826/68‑1 (MQ=255) gCTGGTTTTATCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:2670864/68‑1 (MQ=255) ttGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTctct < 1:464298/69‑1 (MQ=255) ttGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTctct < 1:271407/69‑1 (MQ=255) tctcgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTa > 1:3080448/3‑41 (MQ=255) tctcgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTAt > 1:2658018/3‑42 (MQ=255) tctcgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTAt > 1:2369970/3‑42 (MQ=255) tctcgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTAt > 1:2731766/3‑42 (MQ=255) tctcgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTAt > 1:693010/3‑42 (MQ=255) tctcgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTAt > 1:1026555/3‑42 (MQ=255) tctcgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTAt > 1:1946742/3‑42 (MQ=255) tctcgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTAt > 1:3371119/3‑42 (MQ=255) tctcgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTAt > 1:3275773/3‑42 (MQ=255) tctcgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTAt > 1:315280/3‑42 (MQ=255) tctcgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTAt > 1:2225967/3‑42 (MQ=255) tctcgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTAt > 1:1900710/3‑42 (MQ=255) tctcgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTAt > 1:917196/3‑42 (MQ=255) tctcgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTAt > 1:1865365/3‑42 (MQ=255) tctcgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGt > 1:327013/3‑62 (MQ=255) tctcgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTtc > 1:2171169/3‑65 (MQ=255) tctcgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTctct > 1:2100499/3‑68 (MQ=255) tctcgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTCTCTa > 1:2369551/3‑69 (MQ=255) tctcgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTCTCTa > 1:1351238/3‑69 (MQ=255) tctcgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTCTCTa > 1:1130213/3‑69 (MQ=255) tctcgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTCTCTa > 1:253970/3‑69 (MQ=255) cgtcAGTTCAAGGCAGTATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTCTCTAAc < 1:2431259/68‑1 (MQ=255) cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTCTCTAAc < 1:3007440/68‑1 (MQ=255) cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTCTCTAAc < 1:2358768/68‑1 (MQ=255) cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTCTCTAAc < 1:842546/68‑1 (MQ=255) cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTCTCTAAc < 1:333477/68‑1 (MQ=255) cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTCTCTAAc < 1:1305363/68‑1 (MQ=255) cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTCTCTAAc < 1:1368322/68‑1 (MQ=255) cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTCTCTAAc < 1:1790779/68‑1 (MQ=255) cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTCTCTAAc < 1:1979178/68‑1 (MQ=255) cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTCTCTAAc < 1:2157576/68‑1 (MQ=255) cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAAc < 1:225038/68‑1 (MQ=255) cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAAc < 1:789173/68‑1 (MQ=255) cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAAc < 1:1680226/68‑1 (MQ=255) cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAAc < 1:1709600/68‑1 (MQ=255) cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAAc < 1:1903710/68‑1 (MQ=255) cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAAc < 1:223786/68‑1 (MQ=255) cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAAc < 1:1009720/68‑1 (MQ=255) cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGCGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTCTCTAAc < 1:2947607/68‑1 (MQ=255) gtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTCTCTAAc < 1:637095/67‑1 (MQ=255) tcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGt < 1:2579751/43‑1 (MQ=255) ttCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:3068301/51‑1 (MQ=255) cAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:2454368/49‑1 (MQ=255) cAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGCCTGTTTCTCTAACGACTTCCCt > 1:1428241/1‑69 (MQ=255) cAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCt > 1:3180363/1‑69 (MQ=255) cAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCt > 1:1596363/1‑69 (MQ=255) tAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:2024038/39‑1 (MQ=25) aGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:2653633/37‑1 (MQ=25) tAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATaa > 1:1619236/1‑69 (MQ=255) tAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATaa > 1:1999737/1‑69 (MQ=255) tAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATaa > 1:1226340/1‑69 (MQ=255) tAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATaa > 1:1060701/1‑69 (MQ=255) tAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCACTTTTAGCCTTAAAGATaa > 1:944602/1‑69 (MQ=255) acacCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATc > 1:1231503/1‑69 (MQ=255) | ACCAATTAAGGCAGTATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATC > minE/2179368‑2179498 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |