| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,179,450 | A→T | 55.5% | intergenic (‑307/‑275) | yhcC ← / → gltB | predicted Fe‑S oxidoreductase/glutamate synthase, large subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,179,450 | 0 | A | T | 55.5% | 20.8 / 88.7 | 81 | intergenic (‑307/‑275) | yhcC/gltB | predicted Fe‑S oxidoreductase/glutamate synthase, large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (23/13); new base T (7/38); total (30/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.14e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 | |||||||||||
TATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCA > minE/2179382‑2179515 | tataAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGa < 1:90159/69‑1 (MQ=255)tataAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGa < 1:2056697/69‑1 (MQ=255)tataAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGa < 1:174496/69‑1 (MQ=255)tataAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGa < 1:2805961/69‑1 (MQ=255) ataAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGaa < 1:2341826/69‑1 (MQ=255) ataAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGaa < 1:856591/69‑1 (MQ=255) ataAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGaa < 1:1977499/69‑1 (MQ=255) ataAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGaa < 1:1630524/69‑1 (MQ=255) taAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGaa > 1:1039540/1‑68 (MQ=255) taAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGaa > 1:2142558/1‑68 (MQ=255) taAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGaa > 1:3306481/1‑68 (MQ=255) gCTGGTTTTCTCGTCTGTTCAAGGCAGTATAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:195941/68‑1 (MQ=255) gCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:2327826/68‑1 (MQ=255) gCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:2232919/68‑1 (MQ=255) gCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:2370760/68‑1 (MQ=255) gCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:1088873/68‑1 (MQ=255) gCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:2074593/68‑1 (MQ=255) gCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:241604/68‑1 (MQ=255) gCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:2558346/68‑1 (MQ=255) gCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:2613022/68‑1 (MQ=255) gCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:2669923/68‑1 (MQ=255) gCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:2897597/68‑1 (MQ=255) gCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:3226734/68‑1 (MQ=255) gCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:2913209/68‑1 (MQ=255) gCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:3182996/68‑1 (MQ=255) gCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:1428683/68‑1 (MQ=255) gCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:3064584/68‑1 (MQ=255) gCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:3068502/68‑1 (MQ=255) gCTGGTTTTATCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:2670864/68‑1 (MQ=255) ttGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTctct < 1:271407/69‑1 (MQ=255) ttGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTctct < 1:464298/69‑1 (MQ=255) ttGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGCTTctct < 1:436972/69‑1 (MQ=255) tctcgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGt > 1:327013/3‑62 (MQ=255) tctcgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTtc > 1:2171169/3‑65 (MQ=255) tctcgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTctct > 1:2100499/3‑68 (MQ=255) tctcgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTCTCTa > 1:253970/3‑69 (MQ=255) tctcgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTCTCTa > 1:1130213/3‑69 (MQ=255) tctcgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTCTCTa > 1:2369551/3‑69 (MQ=255) tctcgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTCTCTa > 1:1351238/3‑69 (MQ=255) cgtcAGTTCAAGGCAGTATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTCTCTAAc < 1:2431259/68‑1 (MQ=255) cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTCTCTAAc < 1:842546/68‑1 (MQ=255) cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTCTCTAAc < 1:3007440/68‑1 (MQ=255) cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTCTCTAAc < 1:333477/68‑1 (MQ=255) cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTCTCTAAc < 1:2358768/68‑1 (MQ=255) cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTCTCTAAc < 1:2354875/68‑1 (MQ=255) cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTCTCTAAc < 1:1305363/68‑1 (MQ=255) cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTCTCTAAc < 1:1368322/68‑1 (MQ=255) cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTCTCTAAc < 1:2157576/68‑1 (MQ=255) cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTCTCTAAc < 1:148894/68‑1 (MQ=255) cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTCTCTAAc < 1:2007849/68‑1 (MQ=255) cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTCTCTAAc < 1:1790779/68‑1 (MQ=255) cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTCTCTAAc < 1:1979178/68‑1 (MQ=255) cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAAc < 1:1009720/68‑1 (MQ=255) cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAAc < 1:789173/68‑1 (MQ=255) cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAAc < 1:1680226/68‑1 (MQ=255) cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAAc < 1:1709600/68‑1 (MQ=255) cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAAc < 1:1903710/68‑1 (MQ=255) cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAAc < 1:225038/68‑1 (MQ=255) cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAAc < 1:223786/68‑1 (MQ=255) cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGCGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTCTCTAAc < 1:2947607/68‑1 (MQ=255) gtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTCTCTAAc < 1:637095/67‑1 (MQ=255) tcAGTTCAAGGCAGGATATGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:981302/55‑1 (MQ=255) ttCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:3068301/51‑1 (MQ=255) cAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:2454368/49‑1 (MQ=255) cAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGCCTGTTTCTCTAACGACTTCCCt > 1:1428241/1‑69 (MQ=255) cAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCt > 1:294195/1‑69 (MQ=255) cAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCt > 1:1596363/1‑69 (MQ=255) cAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCt > 1:1053472/1‑69 (MQ=255) cAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCt > 1:3180363/1‑69 (MQ=255) tAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:2024038/39‑1 (MQ=25) aGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:2653633/37‑1 (MQ=25) tAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATaa > 1:1619236/1‑69 (MQ=255) tAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATaa > 1:1060701/1‑69 (MQ=255) tAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATaa > 1:2271775/1‑69 (MQ=255) tAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATaa > 1:1226340/1‑69 (MQ=255) tAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATaa > 1:1999737/1‑69 (MQ=255) tAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCACTTTTAGCCTTAAAGATaa > 1:944602/1‑69 (MQ=255) acacCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATc > 1:3334320/1‑69 (MQ=255) acacCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATc > 1:1231503/1‑69 (MQ=255) aGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCa < 1:1394571/69‑1 (MQ=255) aGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCa < 1:3136443/69‑1 (MQ=255) aGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCa < 1:1887766/69‑1 (MQ=255) cAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTc > 1:2553469/1‑69 (MQ=255) cAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTc > 1:3115577/1‑69 (MQ=255) aGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTc > 1:3381804/1‑68 (MQ=255) aGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCa > 1:1420914/1‑69 (MQ=255) aGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCa > 1:380522/1‑69 (MQ=255) aGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCa > 1:431992/1‑69 (MQ=255) aGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCa > 1:1172943/1‑69 (MQ=255) aGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCa > 1:145396/1‑69 (MQ=255) aGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCa > 1:164965/1‑69 (MQ=255) aGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCa > 1:2385789/1‑69 (MQ=255) | TATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCA > minE/2179382‑2179515 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |