| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,183,279 | T→G | 37.6% | L1185L (CTT→CTG) | gltB → | glutamate synthase, large subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,183,279 | 0 | T | G | 37.6% | 59.0 / 101.0 | 109 | L1185L (CTT→CTG) | gltB | glutamate synthase, large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (30/38); new base G (22/19); total (52/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.29e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
CAAGGTGACGAATTACTTTGAGTTTATCGCCCGTGAAACCCGCGAGCTGATGGCACAGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACCTGCTGAAAGAGCTGGACGGT > minE/2183219‑2183339 | cAAGGTGACGAATTACTTTGAGTTTATCGCCCGTGAAACCCGCGAGCTGATGGCACAGCTTGGCGTaa > 1:2095017/1‑68 (MQ=255)cAAGGTGACGAATTACTTTGAGTTTATCGCCCGTGAAACCCGCGAGCTGATGGCACAGCTTGGCGTAac > 1:1817550/1‑69 (MQ=255)cAAGGTGACGAATTACTTTGAGTTTATCGCCCGTGAAACCCGCGAGCTGATGGCACAGCTTGGCGTAac > 1:858721/1‑69 (MQ=255)cAAGGTGACGAATTACTTTGAGTTTATCGCCCGTGAAACCCGCGAGCTGATGGCACAGCTTGGCGTAac > 1:2616827/1‑69 (MQ=255) aaTTACTTTGAATTTATCGCCCGTGAAACCTGCGAGCTGATGGCACAGCTGGGCGTAACACGTCtggtg < 1:2700259/69‑1 (MQ=255) aaTTACTTTGAATTTATCGCCCGTGAAACCCGCGAGCTGATGGCACAGCTGGGCGTAACACGTCtggtg < 1:2607554/69‑1 (MQ=255) aaTTACTTTGAATTTATCGCCCGTGAAACCCGCGAGCTGATGGCACAGCTGGGCGTAACACGTCtggtg < 1:1624871/69‑1 (MQ=255) aaTTACTTTGAATTTATCGCCCGTGAAACCCGCGAGCTGATGGCACAGCTGGGCGTAACACGTCtggtg < 1:623867/69‑1 (MQ=255) aaTTACTTTGAATTTATCGCCCGTGAAACCCGCGAGCTGATGGCACAGCTGGGCGTAACACGTCtggtg < 1:531840/69‑1 (MQ=255) aaTTACTTTGAATTTATCGCCCGTGAAACCCGCGAGCTGATGGCACAGCTGGGCGTAACACGTCtggtg < 1:2272949/69‑1 (MQ=255) aaTTACTTTGAATTTATCGCCCGTGAAACCCGCGAGCTGATGGCACAGCTGGGCGTAACACGTCtggtg < 1:2407961/69‑1 (MQ=255) aaTTACTTTGAATTTATCGCCCGTGAAACCCGCGAGCTGATGGCACAGCTGGGCGTAACACGTCtggtg < 1:2568197/69‑1 (MQ=255) aaTTACTTTGAATTTATCGCCCGTGAAACCCGCGAGCTGATGGCACAGCTGGGCGTAACACGTCtggtg < 1:1062326/69‑1 (MQ=255) aaTTACTTTGAATTTATCGCCCGTGAAACCCGCGAGCTGATGGCACAGCTGGGCGTAACACGTCtggtg < 1:2763931/69‑1 (MQ=255) aaTTACTTTGAATTTATCGCCCGTGAAACCCGCGAGCTGATGGCACAGCTGGGCGTAACACGTCtggtg < 1:3302912/69‑1 (MQ=255) aaTTACTTTGAATTTATCGCCCGTGAAACCCGCGAGCTGATGGCACAGCTGGGCGTAACACGTCtggtg < 1:2874393/69‑1 (MQ=255) aaTTACTTTGAATTTATCGCCCGTGAAACCCGCGAGCTGATGGCACAGCTGGGCGTAACACGTCtggtg < 1:3169364/69‑1 (MQ=255) aaTTACTTTGAATTTATCGCCCGTGAAACCCGCGAGCTGATGGCACAGCTGGGCGTAACACGTCtggtg < 1:777590/69‑1 (MQ=255) aaTTACTTTGAATTTATCGCCCGTAAAACCCGCGAGCTGATGGCACAGCTGGGCGTAACACGTCtggtg < 1:2114303/69‑1 (MQ=255) aTTACTTTGAATTTATCGCCCGTGAAACCCGCGAGCTGATGGCACAGCTGGGCGTAACACGTCtggtg < 1:610816/68‑1 (MQ=255) aTTACTTTGAATTTATCGCCCGTGAAACCCGCGAGCTGATGGCACAGCTGGGCGTAACACGTCtggtg < 1:213027/68‑1 (MQ=255) aTTACTTTGAATTTATCGCCCGTGAAACCCGCGAGCTGATGGCACAGCTGGGCGTAACACGTCtggtg < 1:3205149/68‑1 (MQ=255) tttGAGTTTATCGCCCGTGAAACCCGCGAGCTGATGGCACAGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCt < 1:1568929/68‑1 (MQ=255) tttGAGTTTATCGCCCGTGAAACCCGCGAGCTGATGGCACAGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCt < 1:82702/68‑1 (MQ=255) tttGAGTTTATCGCCCGTGAAACCCGCGAGCTGATGGCACAGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCt < 1:2027774/68‑1 (MQ=255) ttGAGTTTATCGCCCGTGAAACCCGCGAGCTGATGGCACAGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTg < 1:2504694/68‑1 (MQ=255) ttGAGTTTATCGCCCGTGAAACCCGCGAGCTGATGGCACAGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTg < 1:886269/68‑1 (MQ=255) ttGAGTTTATCGCCCGTGAAACCCGCGAGCTGATGGCACAGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTg < 1:2882245/68‑1 (MQ=255) ttGAGTTTATCGCCCGTGAAACCCGCGAGCTGATGGCACAGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTg < 1:78273/68‑1 (MQ=255) ttGAGTTTATCGCCCGTGAAACCCGCGAGCTGATGGCACAGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTg < 1:2125916/68‑1 (MQ=255) ttGAGTTTATCGCCCGTGAAACCCGCGAGCTGATGGCACAGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTg < 1:2417586/68‑1 (MQ=255) ttGAGTTTATCGCCCGTGAAACCCGCGAGCTGATGGCACAGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTg < 1:3114333/68‑1 (MQ=255) ttGAGTTTATCGCCCGTGAAACCCGCGAGCTGATGGCACAGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTg < 1:1917901/68‑1 (MQ=255) ttGAGTTTATCGCCCGTGAAACCCGCGAGCTGATGGCACAGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTg < 1:231637/68‑1 (MQ=255) ttGAGTTTATCGCCCGTGAAACCCGCGAGCTGATGGCACAGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTg < 1:1818415/68‑1 (MQ=255) ttGAGTTTATCGCCCGTGAAACCCGCGAGCTGATGGCACAGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTg < 1:695210/68‑1 (MQ=255) ttGAGTTTATCGCCCGTGAAACCCGCGAGCTGATGGCACAGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTg < 1:28719/68‑1 (MQ=255) ttGAGTTTATCGCCCGTGAAACCCGCGAGCTGATGGCACAGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGa > 1:1962934/1‑69 (MQ=255) tATCGCCCGTGAAACCCGCGAGCTGATGGCACAGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCg > 1:1270347/1‑69 (MQ=255) tATCGCCCGTGAAACCCGCGAGCTGATGGCACAGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCg > 1:34455/1‑69 (MQ=255) gCCCGTGAAACCCGCGAGCTGATGGCACAGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCAcc < 1:1880692/69‑1 (MQ=255) aaaCCCGCGAGCTGATGGCACAGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACctg > 1:3037244/1‑68 (MQ=255) aaaCCCGCGAGCTGATGGCACAGCTGGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCg > 1:1344317/1‑58 (MQ=255) aaaCCCGCGAGCTGATGGCACAGCTGGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGCCctg > 1:2546973/1‑68 (MQ=255) aaaCCCGCGAGCTGATGGCACAGCTGGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACctg > 1:2891946/1‑68 (MQ=255) aaaCCCGCGAGCTGATGGCACAGCTGGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACctg > 1:2946027/1‑68 (MQ=255) aaaCCCGCGAGCTGATGGCACAGCTGGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACctg > 1:1379220/1‑68 (MQ=255) aaaCCCGCGAGCTGATGGCACAGCTGGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACctg > 1:3304952/1‑68 (MQ=255) aaaCCCGCGAGCTGATGGCACAGCTGGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACctg > 1:2951862/1‑68 (MQ=255) aaaCCCGCGAGCTGATGGCACAGCTGGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACctg > 1:1629009/1‑68 (MQ=255) aaaCCCGCGAGCTGATGGCACAGCTGGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACctg > 1:1390856/1‑68 (MQ=255) aaaCCCGCGAGCTGATGGCACAGCTGGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACctg > 1:1445935/1‑68 (MQ=255) aaaCCCGCGAGCTGATGGCACAGCTGGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACctg > 1:2562333/1‑68 (MQ=255) aaaCCCGCGAGCTGATGGCACAGCTGGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACctg > 1:2444062/1‑68 (MQ=255) aaaCCCGCGAGCTGATGGCACAGCTGGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACctg > 1:2426963/1‑68 (MQ=255) aaaCCCGCGAGCTGATGGCACAGCTGGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACctg > 1:410982/1‑68 (MQ=255) aaaCCCGCGAGCTGATGGCACAGCTGGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACctg > 1:428147/1‑68 (MQ=255) aaaCCCGCGAGCTGATGGCACAGCTGGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACctg > 1:835703/1‑68 (MQ=255) aaaCCCGCGAGCTGATGGCACAGCTGGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACctg > 1:1964370/1‑68 (MQ=255) aaaCCCGCGAGCTGATGGCACAGCTGGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACctg > 1:507666/1‑68 (MQ=255) aaaCCCGCGAGCTGATGGCACAGCTGGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACctg > 1:2041087/1‑68 (MQ=255) aaaCCCGCGAGCTGATGGCACAGCTGGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACct > 1:2439002/1‑67 (MQ=255) cccGCGAGCTGATGGCACAGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACCTGCTGa < 1:3067951/69‑1 (MQ=255) cccGCGAGCTGATGGCACAGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACCTGCTGa < 1:682152/69‑1 (MQ=255) cccGCGAGCTGATGGCACAGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACCTGCTGa < 1:555313/69‑1 (MQ=255) cccGCGAGCTGATGGCACAGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACCTGCTGa < 1:915540/69‑1 (MQ=255) cccGCGAGCTGATGGCACAGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACCTGCTGa < 1:552195/69‑1 (MQ=255) cccGCGAGCTGATGGCACAGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACCTGCTGa < 1:3294078/69‑1 (MQ=255) cccGCGAGCTGATGGCACAGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACCTGCTGa < 1:466670/69‑1 (MQ=255) cccGCGAGCTGATGGCACAGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACCTGCTGa < 1:819884/69‑1 (MQ=255) cccGCGAGCTGATGGCACAGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACCTGCTGa < 1:300162/69‑1 (MQ=255) cccGCGAGCTGATGGCACAGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACCTGCTGa < 1:305508/69‑1 (MQ=255) cccGCGAGCTGATGGCACAGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACCTGCTGa < 1:1181210/69‑1 (MQ=255) cccGCGAGCTGATGGCACAGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACCTGCTGa < 1:2629457/69‑1 (MQ=255) cccGCGAGCTGATGGCACAGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACCTGCTGa < 1:1579182/69‑1 (MQ=255) cccGCGAGCTGATGGCACAGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACCTGCTGa < 1:2389088/69‑1 (MQ=255) cccGCGAGCTGATGGCACAGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACCTGCTGa < 1:2040432/69‑1 (MQ=255) cccGCGAGCTGATGGCACAGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACCTGCTGa < 1:2217772/69‑1 (MQ=255) cccGCGAGCTGATGGCACAGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCCCACCGACCTGCTGa < 1:290726/69‑1 (MQ=255) ccGCGAGCTGATGGCACAGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACCTGCTGa < 1:3335586/68‑1 (MQ=255) tGGCACAGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTg < 1:2376953/35‑1 (MQ=255) gCACAGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACCTGCTGAAAGAGCTGGACGGt > 1:1147860/1‑69 (MQ=255) gCACAGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACCTGCTGAAAGAGCTGGACGGt > 1:1492226/1‑69 (MQ=255) gCACAGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACCTGCTGAAAGAGCTGGACGGt > 1:1536263/1‑69 (MQ=255) gCACAGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACCTGCTGAAAGAGCTGGACGGt > 1:2769139/1‑69 (MQ=255) gCACAGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACCTGCTGAAAGAGCTGGACGGt > 1:2941543/1‑69 (MQ=255) acaGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACCTGCTGa > 1:2224714/1‑53 (MQ=255) acaGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACCTGCTGa > 1:20743/1‑53 (MQ=255) acaGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACCTGCTGa > 1:224252/1‑53 (MQ=255) acaGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACCTGCTGa > 1:1827544/1‑53 (MQ=255) acaGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACCTGCTGa > 1:1689045/1‑53 (MQ=255) acaGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACCTGCTGa > 1:2562038/1‑53 (MQ=255) acaGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACCTGCTGa > 1:1552567/1‑53 (MQ=255) acaGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACCTGCTGa > 1:712748/1‑53 (MQ=255) acaGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACCTGCTGa > 1:1549944/1‑53 (MQ=255) acaGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACCTGCTGa > 1:3370767/1‑53 (MQ=255) acaGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACCTGCTGa > 1:150812/1‑53 (MQ=255) acaGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACCTGCTGa > 1:1485287/1‑53 (MQ=255) acaGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACCTGCTGa > 1:138027/1‑53 (MQ=255) acaGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACCTGCTGa > 1:289097/1‑53 (MQ=255) | CAAGGTGACGAATTACTTTGAGTTTATCGCCCGTGAAACCCGCGAGCTGATGGCACAGCTTGGCGTAACACGTCTGGTGGATCTGATTGGTCGCACCGACCTGCTGAAAGAGCTGGACGGT > minE/2183219‑2183339 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |