| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 25,774 | G→T | 100% | V268V (GTG→GTT) | rihC → | ribonucleoside hydrolase 3 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 25,774 | 0 | G | T | 80.9% | 110.8 / 23.0 | 68 | V268V (GTG→GTT) | rihC | ribonucleoside hydrolase 3 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (6/7); new base T (0/55); total (6/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.57e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
CTGTTCACTCTCAAACCCTGTTTTGTGGCAGTGGAAACTCAGGGCGAATTTACCTCAGGCACGACGGTGGTTGATATCGACGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCAT > minE/25706‑25823 | cTGTTCACTCTCAAACCCTGTTTTGTGGCAGTGGAAACTCAGGGCGAATTTACCTCAGGCACGACggtg < 1:929932/69‑1 (MQ=255)cTGTTCACTCTCAAACCCTGTTTTGTGGCAGTGGAAACTCAGGGCGAATTTACCTCAGGCACGACggtg < 1:2571973/69‑1 (MQ=255)cTGTTCACTCTCAAACCCTGTTTTGTGGCAGTGGAAACTCAGGGCGAATTTACCTCAGGCACGACggtg < 1:1139338/69‑1 (MQ=255)cTGTTCACTCTCAAACCCTGTTTTGTGGCAGTGGAAACTCAGGGCGAATTTACCTCAGGCACGACggtg < 1:1807354/69‑1 (MQ=255)cTGTTCACTCTCAAACCCTGTTTTGTGGCAGTGGAAACTCAGGGCGAATTTACCTCAGGCACGACggtg < 1:596742/69‑1 (MQ=255)cTGTTCACTCTCAAACCCTGTTTTGTGGCAGTGGAAACTCAGGGCGAATTTACCTCAGGCACGACggtg < 1:1384126/69‑1 (MQ=255)cTGTTCACTCTCAAACCCTGTTTTGTGGCAGTGGAAACTCAGGGCGAATTTACCTCAGGCACGACggtg < 1:1438378/69‑1 (MQ=255)cTGTTCACTCTCAAACCCTGTTTTGTGGCAGTGGAAACTCAGGGCGAATTTACCTCAGGCACGACggtg < 1:2488391/69‑1 (MQ=255)cTGTTCACTCTCAAACCCTGTTTTGTGGCAGTGGAAACTCAGGGCGAATTTACCTCAGGCACGACggtg < 1:239549/69‑1 (MQ=255) ccttGTTTTGTCGCGGTAGAAACTCAGGGTGAATTTACCTCAGGCACGACGGTTGTTGATATc < 1:1778325/60‑1 (MQ=255) ccgtGTTTTGTCGCGGTAGAAACTCAGTGTGAATTTACCTCAGGCACGACGGTTGTTGATATc < 1:3359496/60‑1 (MQ=255) ccgtGTTTTGTCGCGGTAGAAACTCAGGGTGAATTTACCTCAGGCACGACGGTTGTTGATATc < 1:2193819/60‑1 (MQ=255) ccgtGTTTTGTCGCGGTAGAAACTCAGGGTGAATTTACCTCAGGCACGACGGTTGTTGATATc < 1:2466038/60‑1 (MQ=255) ccgtGTTTTGTCGCGGTAGAAACTCAGGGTGAATTTACCTCAGGCACGACGGTTGTTGATATc < 1:2185404/60‑1 (MQ=255) ccgtGTTTTGTCGCGGTAGAAACTCAGGGTGAATTTACCTCAGGCACGACGGTTGTTGATATc < 1:2181505/60‑1 (MQ=255) ccgtGTTTTGTCGCGGTAGAAACTCAGGGTGAATTTACCTCAGGCACGACGGTTGTTGATATc < 1:1021556/60‑1 (MQ=255) ccgtGTTTTGTCGCGGTAGAAACTCAGGGTGAATTTACCTCAGGCACGACGGTTGTTGATATc < 1:2176339/60‑1 (MQ=255) ccgtGTTTTGTCGCGGTAGAAACTCAGGGTGAATTTACCTCAGGCACGACGGTTGTTGATATc < 1:2690533/60‑1 (MQ=255) ccgtGTTTTGTCGCGGTAGAAACTCAGGGTGAATTTACCTCAGGCACGACGGTTGTTGATATc < 1:2801790/60‑1 (MQ=255) ccgtGTTTTGTCGCGGTAGAAACTCAGGGTGAATTTACCTCAGGCACGACGGTTGTTGATATc < 1:2872105/60‑1 (MQ=255) ccgtGTTTTGTCGCGGTAGAAACTCAGGGTGAATTTACCTCAGGCACGACGGTTGTTGATATc < 1:3117417/60‑1 (MQ=255) ccgtGTTTTGTCGCGGTAGAAACTCAGGGTGAATTTACCTCAGGCACGACGGTTGTTGATATc < 1:3169066/60‑1 (MQ=255) ccgtGTTTTGTCGCGGTAGAAACTCAGGGTGAATTTACCTCAGGCACGACGGTTGTTGATATc < 1:47262/60‑1 (MQ=255) ccgtGTTTTGTCGCGGTAGAAACTCAGGGTGAATTTACCTCAGGCACGACGGTTGTTGATATc < 1:631317/60‑1 (MQ=255) ccgtGTTTTGTCGCGGTAGAAACTCAGGGTGAATTTACCTCAGGCACGACGGTTGTTGATATc < 1:742177/60‑1 (MQ=255) ccgtGTTTTGTCGCGGTAGAAACTCAGGGTGAATTTACCTCAGGCACGACGGTTGTTGATATc < 1:1532657/60‑1 (MQ=255) ccgtGTTTTGTCGCGGTAGAAACTCAGGGTGAATTTACCTCAGGCACGACGGTTGTTGATATc < 1:2013822/60‑1 (MQ=255) ccgtGTTTTGTCGCGGTAGAAACTCAGGGTGAATTTACCTCAGGCACGACGGTTGTTGATATc < 1:1578055/60‑1 (MQ=255) ccgtGTTTTGTCGCGGTAGAAACTCAGGGTGAATTTACCTCAGGCACGACGGTTGTTGATATc < 1:1477061/60‑1 (MQ=255) ccgtGTTTTGTCGCGGTAGAAACTCAGGGTGAATTTACCTCAGGCACGACGGTTGTTGATATc < 1:1096174/60‑1 (MQ=255) ccgtGTTTTGTCGCGGTAGAAACTCAGGGTGAATTTACCTCAGGCACGACGGTTGTTGATATc < 1:1988807/60‑1 (MQ=255) cgtGTTTTGTCGCGGTAGAAACTCAGGGTGAATTTACCTCAGGCACGACGGTTGTTGATATc < 1:1870896/60‑1 (MQ=255) ccTGTTTTGTGGCAGTGGAAACTCAGGGCGAATTTACCTCAGGCACGACGGTGGTTGATATCGACGGtt > 1:946370/1‑69 (MQ=255) ccTGTTTTGTGGCAGTGGAAACTCAGGGCGAATTTACCTCAGGCACGACGGTGGTTGATATCGACGGtt > 1:337372/1‑69 (MQ=255) ccTGTTTTGTGGCAGTGGAAACTCAGGGCGAATTTACCTCAGGCACGACGGTGGTTGATATCGACGGtt > 1:1822175/1‑69 (MQ=255) ccTGTTTTGTGGCAGTGGAAACTCAGGGCGAATTTACCTCAGGCACGACGGTGGTTGATATCGACGGtt > 1:2152030/1‑69 (MQ=255) gtGTTTTGTCGCGGTAGAAACTCAGGGTGAATTTACCTCAGGCACGACGGTTGTTGATATc < 1:2895126/60‑1 (MQ=255) gCAGTGGAAACTCAGGGCGAATTTACCTCAGGCACGACGGTGGTTGATATCGACGGTTGCCTGGGCaa < 1:2252943/68‑1 (MQ=255) gCAGTGGAAACTCAGGGCGAATTTACCTCAGGCACGACGGTGGTTGATATCGACGGTTGCCTGGGCaa < 1:1854816/68‑1 (MQ=255) gTGGAAACTCAGGGCGAATTTACCTCAGGCACGACGGTGGTTGATATCGACGGTTGCCTGGGCaa < 1:3093308/65‑1 (MQ=255) gAAACTCAGGGTGAATTTACCTCAGGCACGACGGTTGTTGATATCg < 1:340502/46‑1 (MQ=255) gAAACTCAGGGTGAATTTACCTCAGGCACGACGGTTGTTGATATCg < 1:300727/46‑1 (MQ=255) gAAACTCAGGGTGAATTTACCTCAGGCACGACGGTTGTTGATATCg < 1:1003561/46‑1 (MQ=255) gAAACTCAGGGTGAATTTACCTCAGGCACGACGGTTGTTGATATCg < 1:3251690/46‑1 (MQ=255) gAAACTCAGGGTGAATTTACCTCAGGCACGACGGTTGTTGATATCg < 1:3316060/46‑1 (MQ=255) gAAACTCAGGGTGAATTTACCTCAGGCACGACGGTTGTTGATATCg < 1:1485618/46‑1 (MQ=255) gAAACTCAGGGTGAATTTACCTCAGGCACGACGGTTGTTGATATCg < 1:891792/46‑1 (MQ=255) gAAACTCAGGGTGAATTTACCTCAGGCACGACGGTTGTTGATATCg < 1:1278935/46‑1 (MQ=255) gAAACTCAGGGTGAATTTACCTCAGGCACGACGGTTGTTGATATCg < 1:382748/46‑1 (MQ=255) gAAACTCAGGGTGAATTTACCTCAGGCACGACGGTTGTTGATATCg < 1:406935/46‑1 (MQ=255) gAAACTCAGGGTGAATTTACCTCAGGCACGACGGTTGTTGATATCg < 1:836052/46‑1 (MQ=255) gAAACTCAGGGTGAATTTACCTCAGGCACGACGGTTGTTGATATCg < 1:125988/46‑1 (MQ=255) gAAACTCAGGGTGAATTTACCTCAGGCACGACGGTTGTTGATATCg < 1:494043/46‑1 (MQ=255) gAAACTCAGGGTGAATTTACCTCAGGCACGACGGTTGTTGATATCg < 1:511760/46‑1 (MQ=255) gAAACTCAGGGTGAATTTACCTCAGGCACGACGGTTGTTGATATCg < 1:2573274/46‑1 (MQ=255) gAAACTCAGGGTGAATTTACCTCAGGCACGACGGTTGTTGATATCg < 1:2093752/46‑1 (MQ=255) gAAACTCAGGGTGAATTTACCTCAGGCACGACGGTTGTTGATATCg < 1:2102273/46‑1 (MQ=255) gAAACTCAGGGTGAATTTACCTCAGGCACGACGGTTGTTGATATCg < 1:2164902/46‑1 (MQ=255) gAAACTCAGGGTGAATTTACCTCAGGCACGACGGTTGTTGATATCg < 1:2164994/46‑1 (MQ=255) gAAACTCAGGGTGAATTTACCTCAGGCACGACGGTTGTTGATATCg < 1:2168849/46‑1 (MQ=255) gAAACTCAGGGTGAATTTACCTCAGGCACGACGGTTGTTGATATCg < 1:1992661/46‑1 (MQ=255) gAAACTCAGGGTGAATTTACCTCAGGCACGACGGTTGTTGATATCg < 1:2238679/46‑1 (MQ=255) gAAACTCAGGGTGAATTTACCTCAGGCACGACGGTTGTTGATATCg < 1:1868687/46‑1 (MQ=255) gAAACTCAGGGTGAATTTACCTCAGGCACGACGGTTGTTGATATCg < 1:1750827/46‑1 (MQ=255) gAAACTCAGGGTGAATTTACCTCAGGCACGACGGTTGTTGATATCg < 1:170573/46‑1 (MQ=255) gAAACTCAGGGTGAATTTACCTCAGGCACGACGGTTGTTGATATCg < 1:167179/46‑1 (MQ=255) gAAACTCAGGGTGAATTTACCTCAGGCACGACGGTTGTTGATATCg < 1:2970665/46‑1 (MQ=255) gAAACTCAGGGTGAATTTACCTCAGGCACGACGGTTGTTGATATCg < 1:2982085/46‑1 (MQ=255) gAAACTCAGGGTGAATTTACCTCAGGCACGACGGTTGTTGATATCg < 1:299954/46‑1 (MQ=255) gAAACTCAGGGTGAATTTACCT‑AGGCACGACGGTTGTTGATATCg < 1:3238164/45‑1 (MQ=255) aaCTCAGGGTGAATTTACCTCAGGCACGACGGTTGTTGATATCg < 1:1557895/44‑1 (MQ=38) aaCTCAGGGCGAATTTACCTCAGGCACGACGGTGGTTGATATCGACGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCaa < 1:360783/69‑1 (MQ=255) aaCTCAGGGCGAATTTACCTCAGGCACGACGGTGGTTGATATCGACGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCaa < 1:48891/69‑1 (MQ=255) aaCTCAGGGCGAATTTACCTCAGGCACGACGGTGGTTGATATCGACGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCaa < 1:3365524/69‑1 (MQ=255) cAGGGCGAATTTACCTCAGGCACGACGGTGGTTGATATCGACGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTa < 1:1972270/69‑1 (MQ=255) tACCTCAGGCACGACGGTGGTTGATATCGACGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAgg > 1:3334449/1‑62 (MQ=255) tACCTCAGGCACGACGGTGGTTGATATCGACGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCAt > 1:2626805/1‑68 (MQ=255) | CTGTTCACTCTCAAACCCTGTTTTGTGGCAGTGGAAACTCAGGGCGAATTTACCTCAGGCACGACGGTGGTTGATATCGACGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCAT > minE/25706‑25823 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |