| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,198,231 | C→T | 32.9% | R250R (CGC→CGT) | degS → | serine endoprotease, periplasmic |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,198,231 | 0 | C | T | 32.9% | 83.0 / 49.7 | 97 | R250R (CGC→CGT) | degS | serine endoprotease, periplasmic |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (53/12); new base T (22/10); total (75/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
ACGCCGGAAGGTATCGGCTTTGCGATTCCTTTCCAGTTAGCAACCAAAATTATGGATAAGCTGATCCGCGATGGTCGCGTGATCCGCGGCTACATTGGTATCGGCGGACGTGAGATCGCACCACTG > minE/2198163‑2198288 | aCGCCGGAAGGTATCGGCTTTGCGATTCCTTTCCAGTTAGCAACCAAAATTATGGATAAGCTGATCcgc < 1:2357527/69‑1 (MQ=255)aCGCCGGAAGGTATCGGCTTTGCGATTCCTTTCCAGTTAGCAACCAAAATTATGGATAAGCTGATCcgc < 1:312196/69‑1 (MQ=255)aCGCCGGAAGGTATCGGCTTTGCGATTCCTTTCCAGTTAGCAACCAAAATTATGGATAAGCTGATCcgc < 1:1442054/69‑1 (MQ=255)aCGCCGGAAGGTATCGGCTTTGCGATTCCTTTCCAGTTAGCAACCAAAATTATGGATAAGCTGATCcgc > 1:1677819/1‑69 (MQ=255)aCGCCGGAAGGTATCGGCTTTGCGATTCCTTTCCAGTTAGCAACCAAAATTATGGATAAGCTGATCcgc < 1:1305624/69‑1 (MQ=255)aCGCCGGAAGGTATCGGCTTTGCGATTCCTTTCCAGTTAGCAACCAAAATTATGGATAAGCTGATCcgc < 1:1919632/69‑1 (MQ=255)aCGCCGGAAGGTATCGGCTTTGCGATTCCTTTCCAGTTAGCAACCAAAATTATGGATAAGCTGATCcgc < 1:3423558/69‑1 (MQ=255)aCGCCGGAAGGTATCGGCTTTGCGATTCCTTTCCAGTTAGCAACCAAAATTATGGATAAGCTGATCcgc < 1:2528059/69‑1 (MQ=255)aCGCCGGAAGGTATCGGCTTTGCGATTCCTTTCCAGTTAGCAACCAAAATTATGGATAAGCTGATCcgc < 1:2314086/69‑1 (MQ=255) gAAGGTATCGGCTTTGCGATTCCTTTCCAGTTAGCAACCAAAATTATGGATAAGCTGATCcgc < 1:1048416/63‑1 (MQ=255) ggTATCTGCTTTGCGATTCCTTTCCAGTTAGCAACCAAAATTATGGATAAGCTGATCcgc < 1:2739785/60‑1 (MQ=255) gTATCGGCTTTGCGATTCCTTTCCAGTTAGCAACCAAAATTATGGATAAGCTGATCCGCGATGGTcgc > 1:2095039/1‑68 (MQ=255) gTATCGGCTTTGCGATTCCTTTCCAGTTAGCAACCAAAATTATGGATAAGCTGATCCGCGATGGTcgc > 1:2685100/1‑68 (MQ=255) gTATCGGCTTTGCGATTCCTTTCCAGTTAGCAACCAAAATTATGGATAAGCTGATCCGCGATGGTcgc > 1:798341/1‑68 (MQ=255) gTATCGGCTTTGCGATTCCTTTCCAGTTAGCAACCAAAATTATGGATAAGCTGATCCGCGATGGTcgc > 1:2026923/1‑68 (MQ=255) gTATCGGCTTTGCGATTCCTTTCCAGTTAGCAACCAAAATTATGGATAAGCTGATCCGCGATGGTcgc > 1:2346750/1‑68 (MQ=255) gTATCGGCTTTGCGATTCCTTTCCAGTTAGCAACCAAAATTATGGATAAGCTGATCCGCGATGGTcgc > 1:393474/1‑68 (MQ=255) gTATCGGCTTTGCGATTCCTTTCCAGTTAGCAACCAAAATTATGGATAAGCTGATCCGCGATGGTcgc > 1:3165716/1‑68 (MQ=255) gTATCGGCTTTGCGATTCCTTTCCAGTTAGCAACCAAAATTATGGATAAGCTGATCCGCGATGGTcgc > 1:1348301/1‑68 (MQ=255) 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(MQ=255) ttAGCGACCAAAATTATGGATAAACTGATCCGTGATGGCCGTGTGATCCGTGGCTAcattggcattgg > 1:422234/1‑68 (MQ=255) ttAGCGACCAAAATTATGGATAAACTGATCCGTGATGGCCGTGTGATCCGTGGCTAcattggcattgg > 1:438323/1‑68 (MQ=255) ttAGCGACCAAAATTATGGATAAACTGATCCGTGATGGCCGTGTGATCCGTGGCTAcattggcattgg > 1:757694/1‑68 (MQ=255) ttAGCGACCAAAATTATGGATAAACTGATCCGTGATGGCCGTGTGATCCGTGGCTAcattggcattgg > 1:2709895/1‑68 (MQ=255) ttAGCGACCAAAATTATGGATAAACTGATCCGTGATGGCCGTGTGATCCGTGGCTAcattggcattgg > 1:752967/1‑68 (MQ=255) ttAGCGACCAAAATTATGGATAAACTGATCCGTGATGGCCGTGTGATCCGTGGCTAcattggcattgg > 1:2737701/1‑68 (MQ=255) ttAGCGACCAAAATTATGGATAAACTGATCCGTGATGGCCGTGTGATCCGTGGCTAcattggcattgg > 1:549232/1‑68 (MQ=255) ttAGCGACCAAAATTATGGATAAACTGATCCGTGATGGCCGTGTGATCCGTGGCTAcattggcattgg > 1:1348589/1‑68 (MQ=255) ttAGCGACCAAAATTATGGATAAACTGATCCGTGATGGCCGTGTGATCCGTGGCTAcattggcattgg > 1:1275114/1‑68 (MQ=255) ttAGCGACCAAAATTATGGATAAACTGATCCGTGATGGCCGTGTGATCCGTGGCTAcattggcattgg > 1:87457/1‑68 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |