| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,198,237 | T→C | 32.2% | G252G (GGT→GGC) | degS → | serine endoprotease, periplasmic |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,198,237 | 0 | T | C | 32.2% | 76.8 / 50.1 | 96 | G252G (GGT→GGC) | degS | serine endoprotease, periplasmic |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (53/12); new base C (21/10); total (74/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.15e-01 | |||||||||||
GTATCGGCTTTGCGATTCCTTTCCAGTTAGCAACCAAAATTATGGATAAGCTGATCCGCGATGGTCGCGTGATCCGCGGCTACATTGGTATCGGCGGACGTGAGATCGCACCACTG > minE/2198173‑2198288 | gTATCGGCTTTGCGATTCCTTTCCAGTTAGCAACCAAAATTATGGATAAGCTGATCCGCGATGGTcgc > 1:2026923/1‑68 (MQ=255)gTATCGGCTTTGCGATTCCTTTCCAGTTAGCAACCAAAATTATGGATAAGCTGATCCGCGATGGTcgc > 1:3165716/1‑68 (MQ=255)gTATCGGCTTTGCGATTCCTTTCCAGTTAGCAACCAAAATTATGGATAAGCTGATCCGCGATGGTcgc > 1:3167188/1‑68 (MQ=255)gTATCGGCTTTGCGATTCCTTTCCAGTTAGCAACCAAAATTATGGATAAGCTGATCCGCGATGGTcgc > 1:798341/1‑68 (MQ=255)gTATCGGCTTTGCGATTCCTTTCCAGTTAGCAACCAAAATTATGGATAAGCTGATCCGCGATGGTcgc > 1:1348301/1‑68 (MQ=255)gTATCGGCTTTGCGATTCCTTTCCAGTTAGCAACCAAAATTATGGATAAGCTGATCCGCGATGGTcgc > 1:393474/1‑68 (MQ=255)gTATCGGCTTTGCGATTCCTTTCCAGTTAGCAACCAAAATTATGGATAAGCTGATCCGCGATGGTcgc > 1:2346750/1‑68 (MQ=255)gTATCGGCTTTGCGATTCCTTTCCAGTTAGCAACCAAAATTATGGATAAGCTGATCCGCGATGGTcgc > 1:2685100/1‑68 (MQ=255)gTATCGGCTTTGCGATTCCTTTCCAGTTAGCAACCAAAATTATGGATAAGCTGATCCGCGATGGTcgc > 1:2095039/1‑68 (MQ=255) aTCGGCTTTGCGATTCCTTTCCAGTTAGCAACCAAAATTATGGATAAGCTGATCCGCGATGGTCGCGt > 1:1556228/1‑68 (MQ=255) aTCGGCTTTGCGATTCCTTTCCAGTTAGCAACCAAAATTATGGATAAGCTGATCCGCGATGGTCGCGt > 1:3426427/1‑68 (MQ=255) aTCGGCTTTGCGATTCCTTTCCAGTTAGCAACCAAAATTATGGATAAGCTGATCCGCGATGGTCGCGTg > 1:2797449/1‑69 (MQ=255) aTCGGCTTTGCGATTCCTTTCCAGTTAGCAACCAAAATTATGGATAAGCTGATCCGCGATGGTCGCGTg < 1:1669862/69‑1 (MQ=255) aTCGGCTTTGCGATTCCTTTCCAGTTAGCAACCAAAATTATGGATAAGCTGATCCGCGATGGTCGCGTg > 1:2811613/1‑69 (MQ=255) aTCGGCTTTGCGATTCCTTTCCAGTTAGCAACCAAAATTATGGATAAGCTGATCCGCGATGGTCGCGTg < 1:1930188/69‑1 (MQ=255) aTCGGCTTTGCGATTCCTTTCCAGTTAGCAACCAAAATTATGGATAAGCTGATCCGCGATGGTCGCGTg > 1:863455/1‑69 (MQ=255) aTCGGCTTTGCGATTCCTTTCCAGTTAGCAACCAAAATTATGGATAAGCTGATCCGCGATGGTCGCGTg > 1:1725709/1‑69 (MQ=255) aTCGGCTTTGCGATTCCTTTCCAGTTAGCAACCAAAATTATGGATAAGCTGATCCGCGATGGTCGCGTg < 1:3213058/69‑1 (MQ=255) aTCGGCTTTGCGATTCCTTTCCAGTTAGCAACCAAAATTATGGATAAGCTGATCCGCGATGGTCGCGTg < 1:240445/69‑1 (MQ=255) aTCGGCTTTGCGATTCCTTTCCAGTTAGCAACCAAAATTATGGATAAGCTGATCCGCGATGGTCGCGTg > 1:452110/1‑69 (MQ=255) aTCGGCTTTGCGATTCCTTTCCAGTTAGCAACCAAAATTATGGATAAGCTGATCCGCGATGGTCGCGTg > 1:2103737/1‑69 (MQ=255) aTCGGCTTTGCGATTCCTTTCCAGTTAGCAACCAAAATTATGGATAAGCTGATCCGCGATGGTCGCGTg < 1:2103773/69‑1 (MQ=255) aTCGGCTTTGCGATTCCTTTCCAGTTAGCAACCAAAATTATGGATAAGCTGATCAGCGATGGTCGCGTg > 1:1074454/1‑69 (MQ=255) aTTCCTTTCCAGTTAGCAACCAAAATTATGGATAAGCTGATCCGCGATGGTCGCGTGATCCGCGGCTa < 1:26263/68‑1 (MQ=255) ttCCTTTCCAGTTAGCAACCAAAATTATGGATAAGCTGATCCGCGATGGTCGCGTGATCCGCGGCTa < 1:77644/67‑1 (MQ=255) ttAGCGACCAAAATTATGGATAAACTGATCCGTGATGGCCGTGTGATCCGTGGCTAcattggcattgg > 1:2709895/1‑68 (MQ=255) ttAGCGACCAAAATTATGGATAAACTGATCCGTGATGGCCGTGTGATCCGTGGCTAcattggcattgg > 1:2737701/1‑68 (MQ=255) ttAGCGACCAAAATTATGGATAAACTGATCCGTGATGGCCGTGTGATCCGTGGCTAcattggcattgg > 1:3061288/1‑68 (MQ=255) ttAGCGACCAAAATTATGGATAAACTGATCCGTGATGGCCGTGTGATCCGTGGCTAcattggcattgg > 1:37240/1‑68 (MQ=255) 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1:3009184/1‑69 (MQ=255) aGCAACCAAAATTATGGATAAGCTGATCCGCGATGGTCGCGTGATCCGCGGCTACATTGGTATcggcgg > 1:1645328/1‑69 (MQ=255) aGCAACCAAAATTATGGATAAGCTGATCCGCGATGGTCGCGTGATCCGCGGCTACATTGGTATcggcgg > 1:2671102/1‑69 (MQ=255) aGCAACCAAAATTATGGATAAGCTGATCCGCGATGGTCGCGTGATCCGCGGCTACATTGGTATcggcgg > 1:2507529/1‑69 (MQ=255) aGCAACCAAAATTATGGATAAGCTGATCCGCGATGGTCGCGTGATCCGCGGCTACATTGGTATcggcg > 1:2428023/1‑68 (MQ=255) aaCCAAAATTATGGATAAGCTGATCCGCGATGGTCGCGTGATCCGCGGCTACATTGGTATCGGCGGAc > 1:3083623/1‑68 (MQ=255) cAAAATTATGGATAAGCTGATCCGCGATGGTCGCGTGATCCGCGGCTACATTGGTATCGGCGGAc > 1:2768212/1‑65 (MQ=255) cAAAATTATGGATAAGCTGATCCGCGATGGTCGCGTGATCCGCGGCTACATTGGTATCGGCGGAc > 1:736118/1‑65 (MQ=255) aTTATGGATAAGCTGATCCGCGATGGTCGCGTGATCCGCGGCTACATTGGTATcg > 1:1329095/1‑55 (MQ=255) aTTATGGATAAGCTGATCCGCGATGGTCGCGTGATCCGCGGCTACATTGGTATCGGCGGACGTgag > 1:2285079/1‑66 (MQ=255) aTTATGGATAAGCTGATCCGCGATGGTCGCGTGATCCGCGGCTACATTGGTATCGGCGGACGTgag > 1:1126991/1‑66 (MQ=255) 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1:103645/1‑65 (MQ=255) aTTATGGATAAGCTGATCCGCGATGGTCGCGTGATCCGCGGCTACATTGGTATCGGCGGACGTga > 1:1473696/1‑65 (MQ=255) aTTATGGATAAGCTGATACGCGAAGGTCGCGTGATCCGCGGCTACATTgg > 1:21370/1‑50 (MQ=255) ggATAAGCTGATCCGCGATGGTCGCGTGATCCGCGGCTACATTGGTATCGGCGGACGTGAGATCGcac < 1:962678/68‑1 (MQ=255) ggATAAGCTGATCCGCGATGGTCGCGTGATCCGCGGCTACATTGGTATCGGCGGACGTGAGATCGcac < 1:2349419/68‑1 (MQ=255) ggATAAGCTGATCCGCGATGGTCGCGTGATCCGCGGCTACATTGGTATCGGCGGACGTGAGATCGcac < 1:819860/68‑1 (MQ=255) ggATAAGCTGATCCGCGATGGTCGCGTGATCCGCGGCTACATTGGTATCGGCGGACGTGAGATCGcac < 1:3127900/68‑1 (MQ=255) ggATAAGCTGATCCGCGATGGTCGCGTGATCCGCGGCTACATTGGTATCGGCGGACGTGAGATCGcac < 1:1102579/68‑1 (MQ=255) gATAAGCTGATCCGCGATGGTCGCGTGATCCGCGGCTACATTGGTATCGGCGGACGTGAGATCGcacca > 1:3340877/1‑69 (MQ=255) gATAAGCTGATCCGCGATGGTCGCGTGATCCGCGGCTACATTGGTATCGGCGGACGTGAGATCGcacca > 1:202966/1‑69 (MQ=255) aaGCTGATCCGCGATGGTCGCGTGATCCGCGGCTACATTGGTATcggc > 1:680751/1‑48 (MQ=255) aaGCTGATCCGCGATGGTCGCGTGATCCGCGGCTACATTGGTATCGGCGGACGTGAGATCGCACCACTg > 1:2706315/1‑69 (MQ=255) aaGCTGATCCGCGATGGTCGCGTGATCCGCGGCTACATTGGTATCGGCGGACGTGAGATCGCACCACTg > 1:3336146/1‑69 (MQ=255) aaGCTGATCCGCGATGGTCGCGTGATCCGCGGCTACATTGGTATCGGCGGACGTGAGATCGCACCACTg > 1:2819922/1‑69 (MQ=255) aaGCTGATCCGCGATGGTCGCGTGATCCGCGGCTACATTGGTATCGGCGGACGTGAGATCGCACCACTg > 1:1481799/1‑69 (MQ=255) aaGCTGATCCGCGATGGTCGCGTGATCCGCGGCTACATTGGTATCGGCGGACGTGAGATCGCACCACTg > 1:1432970/1‑69 (MQ=255) tGATCCGTGATGGCCGTGTGATCCGTGGCTACATTGGCATTGGTGGACGTGAGATCg < 1:1032583/57‑1 (MQ=255) tGATCCGTGATGGCCGTGTGATCCGTGGCTACATTGGCATTGGTGGACGTGAGATCg < 1:641597/57‑1 (MQ=255) tGATCCGTGATGGCCGTGTGATCCGTGGCTACATTGGCATTGGTGGACGTGAGATCg < 1:3213427/57‑1 (MQ=255) tGATCCGTGATGGCCGTGTGATCCGTGGCTACATTGGCATTGGTGGACGTGAGATCg < 1:3045935/57‑1 (MQ=255) tGATCCGTGATGGCCGTGTGATCCGTGGCTACATTGGCATTGGTGGACGTGAGATCg < 1:2715422/57‑1 (MQ=255) tGATCCGTGATGGCCGTGTGATCCGTGGCTACATTGGCATTGGTGGACGTGAGATCg < 1:2325445/57‑1 (MQ=255) tGATCCGTGATGGCCGTGTGATCCGTGGCTACATTGGCATTGGTGGACGTGAGATCg < 1:1934950/57‑1 (MQ=255) tGATCCGTGATGGCCGTGTGATCCGTGGCTACATTGGCATTGGTGGACGTGAGATCg < 1:1532048/57‑1 (MQ=255) tGATCCGTGATGGCCGTGTGATCCGTGGCTACATTGGCATTGGTGGACGTGAGATCg < 1:1318796/57‑1 (MQ=255) tGATACGTGATGGCCGTGTGATCCGTGGCTACATTGGCATTGGTGGACGTGAGATCg < 1:982044/57‑1 (MQ=255) | GTATCGGCTTTGCGATTCCTTTCCAGTTAGCAACCAAAATTATGGATAAGCTGATCCGCGATGGTCGCGTGATCCGCGGCTACATTGGTATCGGCGGACGTGAGATCGCACCACTG > minE/2198173‑2198288 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |