| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,200,293 | C→T | 53.7% | G103G (GGC→GGT) | argR → | DNA‑binding transcriptional dual regulator, L‑arginine‑binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,200,293 | 0 | C | T | 53.7% | 1.5 / 44.7 | 54 | G103G (GGC→GGT) | argR | DNA‑binding transcriptional dual regulator, L‑arginine‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (17/8); new base T (17/12); total (34/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.95e-01 | |||||||||||
CCATTGAAGAATCTGGTGCTGGATATCGACTACAACGATGCAGTTGTCGTGATTCATACCAGCCCTGGCGCGGCGCAGTTAATTGCTCGCCTGCTGGACTCACTGGGCAAAGCAGAAGGTATTCTGGGCACC > minE/2200225‑2200356 | ccATTGAAGAATCTGGTGCTGGATATCGACTACAACGATGCAGTTGTCGTGATTCATACAAGCCCTggc > 1:3366788/1‑69 (MQ=255) cATTGAAGAATCTGGTGCTGGATATCGACTACAACGATGCAGTTGTCGTGATTCATACCAGCCCTggcg > 1:2277254/1‑69 (MQ=255) cATTGAAGAATCTGGTGCTGGATATCGACTACAACGATGCAGTTGTCGTGATTCATACCAGCCCTggc > 1:131210/1‑68 (MQ=255) cATTGAAGAATCTGGTGCTGGATATCGACTACAACGATGCAGTTGTCGTGATTCATACCAGCCCTggc > 1:841143/1‑68 (MQ=255) tCTGGTGCTGGATATCGACTACAACGATGCAGTTGTCGTGATTCATACCAGCCCTggcg > 1:1732988/1‑59 (MQ=255) gATATCGACTACAACGATGCAGTTGTCGTGATTCATACCAGCCCTGGTGCGGCGCAGTTAATTGCTCg > 1:1506503/1‑68 (MQ=255) gATATCGACTACAACGATGCAGTTGTCGTGATTCATACCAGCCCTGGTGCGGCGCAGTTAATTGCTCGc > 1:27292/1‑69 (MQ=255) gATATCGACTACAACGATGCAGTTGTCGTGATTCATACCAGCCCTGGTGCGGCGCAGTTAATTGCTCGc > 1:2880576/1‑69 (MQ=255) gATATCGACTACAACGATGCAGTTGTCGTGATTCATACCAGCCCTGGTGCGGCGCAGTTAATTGCTCGc > 1:3038084/1‑69 (MQ=255) gATATCGACTACAACGATGCAGTTGTCGTGATTCATACCAGCCCTGGTGCGGCGCAGTTAATTGCTCGc > 1:3138885/1‑69 (MQ=255) gATATCGACTACAACGATGCAGTTGTCGTGATTCATACCAGCCCTGGTGCGGCGCAGTTAATTGCTCGc > 1:2318055/1‑69 (MQ=255) gATATCGACTACAACGATGCAGTTGTCGTGATTCATACCAGCCCTGGTGCGGCGCAGTTAATTGCTCGc > 1:208706/1‑69 (MQ=255) gATATCGACTACAACGATGCAGTTGTCGTGATTCATACCAGCCCTGGTGCGGCGCAGTTAATTGCTCGc > 1:3206391/1‑69 (MQ=255) gATATCGACTACAACGATGCAGTTGTCGTGATTCATACCAGCCCTGGTGCGGCGCAGTTAATTGCTCGc > 1:1840133/1‑69 (MQ=255) gATATCGACTACAACGATGCAGTTGTCGTGATTCATACCAGCCCTGGTGCGGCGCAGTTAATTGCTCGc > 1:3376660/1‑69 (MQ=255) gATATCGACTACAACGATGCAGTTGTCGTGATTCATACCAGCCCTGGTGCGGCGCAGTTAATTGCTCGc > 1:567437/1‑69 (MQ=255) gATATCGACTACAACGATGCAGTTGTCGTGATTCATACCAGCCCTGGTGCGGCGCAGTTAATTGCTCGc > 1:1615339/1‑69 (MQ=255) gATATCGACTACAACGATGCAGTTGTCGTGATTCATACCAGCCCTGGTGCGGCGCAGTTAATTGCTCGc > 1:1241219/1‑69 (MQ=255) gATATCGACTACAACGATGCAGTTGTCGTGATTCATACCAGCCCTGGTGCGGCGCAGTTAATTGCTCGc > 1:156446/1‑69 (MQ=255) gATATCGACTACAACGATGCAGTTGTCGTGATTCATACCAGCCCTGGTGCGGCGCAGTTAATTGCTCGc > 1:155125/1‑69 (MQ=255) gATATCGACTACAACGATGCAGTTGTCGTGATTCATACCAGCCCTGGTGCGGCGCAGTTAATTGCTCGc > 1:938486/1‑69 (MQ=255) gATATCGACTACAACGATGCAGTTGTCGTGATTCATACCAGACCTGGTGCGGCGCAGTTAATTGCTCGc > 1:2851939/1‑69 (MQ=255) aCAACGATGCAGTTGTCGTGATTCATACCAGCCCTGGCGCGGCGCAGtt > 1:1732956/1‑49 (MQ=255) aCAACGATGCAGTTGTCGTGATTCATACCAGCCCTGGCGCGGCGCAGtt > 1:1158381/1‑49 (MQ=255) aCAACGATGCAGTTGTCGTGATTCATACCAGCCCTGGCGCGGCGCAGtt > 1:1427541/1‑49 (MQ=255) aCAACGATGCAGTTGTCGTGATTCATACCAGCCCTGGCGCGGCGCAGtt > 1:598594/1‑49 (MQ=255) aCAACGATGCAGTTGTCGTGATTCATACCAGCCCTGGCGCGGCGCAGtt > 1:225452/1‑49 (MQ=255) aCAACGATGCAGTTGTCGTGATTCATACCAGCCCTGGCGCGGCGCAGtt > 1:2252528/1‑49 (MQ=255) aCAACGATGCAGTTGTCGTGATTCATACCAGCCCTGGCGCGGCGCAGtt > 1:188366/1‑49 (MQ=255) aCAACGATGCAGTTGTCGTGATTCATACCAGCCCTGGCGCGGCGCAGtt > 1:329664/1‑49 (MQ=255) aCAACGATGCAGTTGTCGTGATTCATACCAGCCCTGGCGCGGCGCAGtt > 1:3315704/1‑49 (MQ=255) aCAACGATGCAGTTGTCGTGATTCATACCAGCCCTGGCGCGGCGCAGTTAATTGCTCGCCTGCTGGACt < 1:2445115/69‑1 (MQ=255) aCGATGCAGTTGTCGTGATTCATACCAGCCCTGGTGCGGCGCAGTTAATTGCTCGCCTGCTGGACTCa < 1:2642588/68‑1 (MQ=255) aCGATGCAGTTGTCGTGATTCATACCAGCCCTGGTGCGGCGCAGTTAATTGCTCGCCTGCTGGACTCa < 1:958876/68‑1 (MQ=255) aCGATGCAGTTGTCGTGATTCATACCAGCCCTGGTGCGGCGCAGTTAATTGCTCGCCTGCTGGACTCa < 1:1096263/68‑1 (MQ=255) aCGATGCAGTTGTCGTGATTCATACCAGCCCTGGTGCGGCGCAGTTAATTGCTCGCCTGCTGGACTCa < 1:1481183/68‑1 (MQ=255) aCGATGCAGTTGTCGTGATTCATACCAGCCCTGGTGCGGCGCAGTTAATTGCTCGCCTGCTGGACTCa < 1:2396512/68‑1 (MQ=255) aCGATGCAGTTGTCGTGATTCATACCAGCCCTGGTGCGGCGCAGTTAATTGCTCGCCTGCTGGACTCa < 1:2395294/68‑1 (MQ=255) aCGATGCAGTTGTCGTGATTCATACCAGCCCTGGTGCGGCGCAGTTAATTGCTCGCCTGCTGGACTCa < 1:1511889/68‑1 (MQ=255) aCGATGCAGTTGTCGTGATTCATACCAGCCCTGGTGCGGCGCAGTTAATTGCTCGCCTGCTGGACTCa < 1:1672263/68‑1 (MQ=255) aCGATGCAGTTGTCGTGATTCATACCAGCCCTGGTGCGGCGCAGTTAATTGCTCGCCTGCTGGACTCa < 1:1798626/68‑1 (MQ=255) aCGATGCAGTTGTCGTGATTCATACCAGCCCTGGTGCGGCGCAGTTAATTGCTCGCCTGCTGGACTCa < 1:3417577/68‑1 (MQ=255) aCGATGCAGTTGTCGTGATTCATACCAGCCCTGGCGCGGCGCAGTTAATTGCTCGCCTGCTGGACTc < 1:755990/67‑1 (MQ=255) aCGATGCAGTTGTCGTGATTCATACCAGCCCTGGCGCGGCGCAGTTAATTGCTCGCCTGCTGGACTc < 1:1921991/67‑1 (MQ=255) aCGATGCAGTTGTCGTGATTCATACCAGCCCTGGCGCGGCGCAGTTAATTGCTCGCCTGCTGGACTc < 1:1735715/67‑1 (MQ=255) gTTGTCGTGATTCATACCAGCCCTGGCGCGGCGCAGTTAATTGCTCGCCTGCTGGACTCACTGGGCaa < 1:2829435/68‑1 (MQ=255) gTTGTCGTGATTCATACCAGCCCTGGCGCGGCGCAGTTAATTGCTCGCCTGCTGGACTCACTGGGCaa < 1:431574/68‑1 (MQ=255) gTTGTCGTGATTCATACCAGCCCTGGCGCGGCGCAGTTAATTGCTCGCCTGCTGGACTCACTGGGCaa < 1:361042/68‑1 (MQ=255) gTTGTCGTGATTCATACCAGCCCTGGCGCGGCGCAGTTAATTGCTCGCCTGCTGGACTCACTGGGCaa < 1:2557453/68‑1 (MQ=255) gTCGTGATTCATACCAGCCCTGGTGCGGCGCAGTTAATTGCTCGCCTGCTGGACTCa < 1:3153465/57‑1 (MQ=255) gTCGTGATTCATACCAGCCCTGGCGCGGCGCAGTTAATTGCTCGCCTGCTGGACTCACTGGGCAAAGc > 1:3039975/1‑68 (MQ=255) gTCGTGATTCATACCAGCCCTGGCGCGGCGCAGTTAATTGCTCGCCTGCTGGACTCACTGGGCAAAGc > 1:804303/1‑68 (MQ=255) gTCGTGATTCATACCAGCCCTGGCGCGGCGCAGTTAATTGCTCGCCTGCTGGACTCACTGGGCAAAGc > 1:3012152/1‑68 (MQ=255) gTCGTGATTCATACCAGCCCTGGCGCGGCGCAGTTAATTGCTCGCCTGCTGGACTCACTGGGCAAAGc > 1:962287/1‑68 (MQ=255) tGATTCGTACCAGCCCTGGCGCGGCGCAGTTAATTGCTCGCCTGCTGGACTCACTGGGCAAAGCAGaa > 1:1309085/1‑68 (MQ=255) tGATTCATACCAGCCCTGGCGCGGCGCAGTTAATTGCTCGCCTGCTGGACTCACTGGGCAAAGCAGaa > 1:1699663/1‑68 (MQ=255) tGATTCATACCAGCCCTGGCGCGGCGCAGTTAATTGCTCGCCTGCTGGACTCACTGGGCAAAGCAGaa > 1:3296060/1‑68 (MQ=255) aTTCATACCAGCCCTGGTGCGGCGCAGTTAATTGCTCGCCTGCTGGACTCa < 1:3211482/51‑1 (MQ=255) ccTGGCGCGGCGCAGTTAATTGCTCGCCTGCTGGACTCACTGGGCAAAGCAGAAGGTATTCTGGGCAcc > 1:1716567/1‑69 (MQ=255) | CCATTGAAGAATCTGGTGCTGGATATCGACTACAACGATGCAGTTGTCGTGATTCATACCAGCCCTGGCGCGGCGCAGTTAATTGCTCGCCTGCTGGACTCACTGGGCAAAGCAGAAGGTATTCTGGGCACC > minE/2200225‑2200356 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |