| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,200,724 | C→T | 39.2% | intergenic (+269/‑96) | argR → / → yhcN | DNA‑binding transcriptional dual regulator, L‑arginine‑binding/conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,200,724 | 0 | C | T | 39.2% | 56.6 / 70.1 | 107 | intergenic (+269/‑96) | argR/yhcN | DNA‑binding transcriptional dual regulator, L‑arginine‑binding/conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (5/60); new base T (18/24); total (23/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.43e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
TTTAATTCTTTTTTGTTATTAAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAGCTCAATAATTAGTGTATACTTGATTTTGTGATATGGGTCACGAAACA > minE/2200659‑2200783 | tttAATTCTTTTTTGTTATTAAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGt > 1:102972/1‑69 (MQ=255)tttAATTCTTTTTTGTTATTAAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGt > 1:2064751/1‑69 (MQ=255)tttAATTCTTTTTTGTTATTAAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGt > 1:947846/1‑69 (MQ=255)tttAATTC‑TTTTTGTTATTAAAACTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGt > 1:2859294/1‑68 (MQ=255) aTTCTTTTTTGTTATTAAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTatt < 1:1113090/68‑1 (MQ=255) aTTCTTTTTTGTTATTAAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTatt < 1:748903/68‑1 (MQ=255) aTTCTTTTTTGTTATTAAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTatt < 1:1332559/68‑1 (MQ=255) aTTCTTTTTTGTTATTAAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTatt < 1:2251741/68‑1 (MQ=255) cTTTTTTGTTATTAAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTattaatt < 1:1732819/69‑1 (MQ=255) ttcttattaAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAg < 1:3112873/63‑1 (MQ=255) ttGTTATTAAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAg < 1:616278/66‑1 (MQ=255) ttGTTATTAAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAg < 1:346270/66‑1 (MQ=255) ttGTTATTAAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAg < 1:3111700/66‑1 (MQ=255) ttGTTATTAAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAg < 1:2160668/66‑1 (MQ=255) gTTATTGAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGTGGTATTAATTAg > 1:435815/1‑64 (MQ=255) gTTATTAAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGTGGTATTAATTAg > 1:224303/1‑64 (MQ=255) gTTATTAAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGTGGTATTAATTAg > 1:1838556/1‑64 (MQ=255) gTTATTAAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGTGGTATTAATTAg > 1:2546892/1‑64 (MQ=255) gTTATTAAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGTGGTATTAATTAg > 1:1800079/1‑64 (MQ=255) gTTATTAAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGTGGTATTAATTAg > 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1:474212/68‑1 (MQ=255) tattaAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAGCTCaat < 1:2404436/68‑1 (MQ=255) tattaAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAGCTCaat < 1:2092785/68‑1 (MQ=255) tattaAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAGCTCaat < 1:209135/68‑1 (MQ=255) tattaAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAGCTCaat < 1:106733/68‑1 (MQ=255) tattaAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAGCTCaat < 1:1072010/68‑1 (MQ=255) tattaAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAGCTCaat < 1:146377/68‑1 (MQ=255) tattaAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAGCTCaat < 1:1326389/68‑1 (MQ=255) attaAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAGCTCaat < 1:2287163/67‑1 (MQ=255) aTTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAGCTCAATAATTAgtg < 1:85473/69‑1 (MQ=255) aTTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAGCTCAATAATTAgtg < 1:1925557/69‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |