| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,209,265 | T→G | 45.9% | E759A (GAA→GCA) | yhdP ← | conserved membrane protein, predicted transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,209,265 | 0 | T | G | 45.9% | ‑1.2 / 100.2 | 85 | E759A (GAA→GCA) | yhdP | conserved membrane protein, predicted transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/22); new base G (18/21); total (42/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.01e-01 | |||||||||||
GCAGATCAATGCCCACTTTACCATCCCACGCCACGCTGCCACTCAATGCTTCGTTCACCGCTTCAGGCAGAACGCCGGTTTTCGCCGGTTGCCAGTTACCGTTGAGGTTTACCGCTACCTGGTAGGCT > minE/2209203‑2209330 | gCAGCTCAATGCCCACTTTACCATCCCACGGCACGCTGCCACTTAATGCTTCGTTCACCGCTGCAGGCa < 1:375781/69‑1 (MQ=255)gCAGCTCAATGCCCACTTTACCATCCCACGCCACGCTGCCACTTAATGCTTCGTTCACCGCTGCAGGct < 1:1084653/69‑2 (MQ=255)gCAGCTCAATGCCCACTTTACCATCCCACGCCACGCTGCCACTTAATGCTTCGTTCACCGCTGCAGGCa < 1:2008535/69‑1 (MQ=255)gCAGCTCAATGCCCACTTTACCATCCCACGCCACGCTGCCACTTAATGCTTCGTTCACCGCTGCAGGCa < 1:3078578/69‑1 (MQ=255)gCAGCTCAATGCCCACTTTACCATCCCACGCCACGCTGCCACTTAATGCTTCGTTCACCGCTGCAGGCa < 1:2598161/69‑1 (MQ=255)gCAGCTCAATGCCCACTTTACCATCCCACGCCACGCTGCCACTTAATGCTTCGTTCACCGCTGCAGGCa < 1:2542226/69‑1 (MQ=255)gCAGCTCAATGCCCACTTTACCATCCCACGCCACGCTGCCACTTAATGCTTCGTTCACCGCTGCAGGCa < 1:2447542/69‑1 (MQ=255)gCAGCTCAATGCCCACTTTACCATCCCACGCCACGCTGCCACTTAATGCTTCGTTCACCGCTGCAGGCa < 1:3270562/69‑1 (MQ=255)gCAGCTCAATGCCCACTTTACCATCCCACGCCACGCTGCCACTTAATGCTTCGTTCACCGCTGCAGGCa < 1:2311846/69‑1 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(MQ=255)gCAGCTCAATGCCCACTTTACCATCCCACGCCACGCTGCCACTTAATGCTTCGTTCACCGCTGCAGGCa < 1:1178068/69‑1 (MQ=255)gCAGCTCAATGCCCACTTTACCATCCCACGCCACGCTGCCACTTAATGCTTCGTTCACCGCTGCAGGCa < 1:1321568/69‑1 (MQ=255) tCAATGCCCACTTTACCATCCCACGCCACGCTGCCACTCAATGCTTCGTTCACCGCTTCAGGCAGAAc > 1:1513742/1‑68 (MQ=255) tCAATGCCCACTTTACCATCCCACGCCACGCTGCCACTCAATGCTTCGTTCACCGCTTCAGGCAGAACg > 1:2888967/1‑69 (MQ=255) tCAATGCCCACTTTACCATCCCACGCCACGCTGCCACTCAATGCTTCGTTCACCGCTTCAGGCAGAACg > 1:3236865/1‑69 (MQ=255) cccACTTTACCATCCCACGCCACGCTGCCACTCAATGCTTCGTTCACCGCTTCAGGCAGAACGcc < 1:2335615/65‑1 (MQ=255) ccACTTTACCATCCCACGCCACGCTGCCACTTAATGCTTCGTTCACCGCTGGAGGCAGAAAGCCGGttt > 1:100417/1‑69 (MQ=255) ccACTTTACCATCCCACGCCACGCTGCCACTTAATGCTTCGTTCACCGCTGCAGGCAGAAAGCCGGttt > 1:2401979/1‑69 (MQ=255) ccACTTTACCATCCCACGCCACGCTGCCACTTAATGCTTCGTTCACCGCTGCAGGCAGAAAGCCGGttt > 1:2971713/1‑69 (MQ=255) ccACTTTACCATCCCACGCCACGCTGCCACTTAATGCTTCGTTCACCGCTGCAGGCAGAAAGCCGGttt > 1:3125426/1‑69 (MQ=255) 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1:2113925/1‑35 (MQ=255) cTGCCACTCAATGCTTCGTTCACCGCTTCAGGCAg > 1:776439/1‑35 (MQ=255) cTGCCACTCAATGCTTCGTTCACCGCTTCAGGCAg > 1:1885463/1‑35 (MQ=255) cTGCCACTCAATGCTTCGTTCACCGCTTCAGGCAg > 1:1664497/1‑35 (MQ=255) cTGCCACTCAATGCTTCGTTCACCGCTTCAGGCAg > 1:957393/1‑35 (MQ=255) cTGCCACTCAATGCTTCGTTCACCGCTTCAGGCAg > 1:1027064/1‑35 (MQ=255) aCTCAATGCTTCGTTCACCGCTTCAGGCAGAACGCCGGTTTTCGCCGGTTGCCAGTTACCGTTGAGGtt < 1:354775/69‑1 (MQ=255) aCTCAATGCTTCGTTCACCGCTTCAGGCAGAACGCCGGTTTTCGCCGGTTGCCAGTTACCGTTGAGGtt < 1:3021856/69‑1 (MQ=255) aCTCAATGCTTCGTTCACCGCTTCAGGCAGAACGCCGGTTTTCGCCGGTTGCCAGTTACCGTTGAGGtt < 1:2492850/69‑1 (MQ=255) aCTCAATGCTTCGTTCACCGCTTCAGGCAGAACGCCGGTTTTCGCCGGTTGCCAGTTACCGTTGAGGtt < 1:477970/69‑1 (MQ=255) aCTCAATGCTTCGTTCACCGCTTCAGGCAGAACGCCGGTTTTCGCCGGTTGCCAGTTACCGTTGAGGtt < 1:71090/69‑1 (MQ=255) aCTCAATGCTTCGTTCACCGCTTCAGGCAGAACGCCGGTTTTCGCCGGTTGCCAGTTACCGTTGAGGtt < 1:974101/69‑1 (MQ=255) aCTCAATGCTTCGTTCACCGCTTCAGGCAGAACGCCGGTTTTCGCCGGTTGCCAGTTACCGTTGAGGtt < 1:2502317/69‑1 (MQ=255) 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cTTCGTTCACCGCTTCAGGCAGAACGCCGGTTTTCGCCGGTTGCCAGTTACCGTTGAGGTTTACCGCTa > 1:2439300/1‑69 (MQ=255) cTTCGTTCACCGCTTCAGGCAGAACGCCGGTTTTCGCCGGTTGCCAGTTACCGTTGAGGTTTACCGCTa > 1:2745215/1‑69 (MQ=255) gCTTCAGGCAGAACGCCTGTTTTCGCCGGTTGCCAGTTACCGTTGAGGTTTACCGCTACCTGGTAGGCt < 1:210117/69‑1 (MQ=255) gCTTCAGGCAGAACGCCGGTTTTCGCCGGTTGCCAGTTACCGTTGAGGTTTACCGCTACCTGGTAGGCt < 1:977261/69‑1 (MQ=255) gCTTCAGGCAGAACGCCGGTTTTCGCCGGTTGCCAGTTACCGTTGAGGTTTACCGCTACCTGGTAGGCt < 1:18141/69‑1 (MQ=255) gCTTCAGGCAGAACGCCGGTTTTCGCCGGTTGCCAGTTACCGTTGAGGTTTACCGCTACCTGGTAGGCt < 1:1852623/69‑1 (MQ=255) gCTTCAGGCAGAACGCCGGTTTTCGCCGGTTGCCAGTTACCGTTGAGGTTTACCGCTACCTGGTAGGCt < 1:3064940/69‑1 (MQ=255) gCTTCAGGCAGAACGCCGGTTTTCGCCGGTTGCCAGTTACCGTTGAGGTTTACCGCTACCTGGTAGGCt < 1:1908385/69‑1 (MQ=255) gCTTCAGGCAGAACGCCGGTTTTCGCCGGTTGCCAGTTACCGTTGAGGTTTACCGCTACCTGGTAGGCt < 1:2049527/69‑1 (MQ=255) gCTTCAGGCAGAACGCCGGTTTTCGCCGGTTGCCAGTTACCGTTGAGGTTTACCGCTACCTGGTAGGCt < 1:2066221/69‑1 (MQ=255) gCTTCAGGCAGAACGCCGGTTTTCGCCGGTTGCCAGTTACCGTTGAGGTTTACCGCTACCTGGTAGGCt < 1:2156761/69‑1 (MQ=255) gCTTCAGGCAGAACGCCGGTTTTCGCCGGTTGCCAGTTACCGTTGAGGTTTACCGCTACCTGGTAGGCt < 1:3334591/69‑1 (MQ=255) cTTCAGGCAGAACGCCGGTTTTCGCCGGTTGCCAGTTACCGTTGAGGTTTACCGCTACCTGGTAGGCt < 1:2131870/68‑1 (MQ=255) | GCAGATCAATGCCCACTTTACCATCCCACGCCACGCTGCCACTCAATGCTTCGTTCACCGCTTCAGGCAGAACGCCGGTTTTCGCCGGTTGCCAGTTACCGTTGAGGTTTACCGCTACCTGGTAGGCT > minE/2209203‑2209330 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |