| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,218,436 | A→G | 45.1% | V60A (GTA→GCA) ‡ | yhdA ← | conserved inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,218,436 | 0 | A | G | 45.1% | 16.4 / 84.8 | 102 | V60A (GTA→GCA) ‡ | yhdA | conserved inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (39/17); new base G (22/24); total (61/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.81e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.61e-01 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
TCTACACGAACGATATCTGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATACGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTGGGTATCAATCGCCGTCGCCACCGCCTGAACGCGATG > minE/2218382‑2218497 | tCTACACGAACGATATCTGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATACGCTGAAGTCATTc < 1:2228627/69‑1 (MQ=255)tCTACACGAACGATATCTGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATACGCTGAAGTCATTc < 1:1426474/69‑1 (MQ=255)tCTACACGAACGATATCTGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATACGCTGAAGTCATTc < 1:775785/69‑1 (MQ=255)tCTACACGAACGATATCTGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATACGCTGAAGTCATTc < 1:601504/69‑1 (MQ=255)tCTACACGAACGATATCTGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATACGCTGAAGTCATTc < 1:2765130/69‑1 (MQ=255)tCTACACGAACGATATCTGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATACGCTGAAGTCATTc < 1:2679391/69‑1 (MQ=255)tCTACACGAACGATATCTGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATACGCTGAAGTCATTc < 1:1086041/69‑1 (MQ=255)tCTACACGAACGATATCTGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATACGCTGAAGTCATTc < 1:959186/69‑1 (MQ=255)tCTACACGAACGATATCTGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATACGCTGAAGTCATTc < 1:974752/69‑1 (MQ=255)tCTACACGAACGATATCTGCAGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATACGCTGAAGTCATTc < 1:3208192/69‑1 (MQ=255) cTACACGAACGATATCTGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATACGCTGAAGTCa > 1:837675/1‑65 (MQ=255) cTACACGAACGATATCTGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATACGCTGAAGTCa > 1:355600/1‑65 (MQ=255) cTACACGAACGATATCTGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATACGCTGAAGTCa > 1:1570200/1‑65 (MQ=255) cTACACGAACGATATCTGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATACGCTGAAGTCa > 1:1564359/1‑65 (MQ=255) cTACACGAACGATATCTGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATACGCTGAAGTCATTc > 1:2626970/1‑68 (MQ=255) cTACACGAACGATATCTGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATACGCTGAAGTCATTc > 1:363603/1‑68 (MQ=255) cTACACGAACGATATCTGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATACGCTGAAGTCATTc > 1:3225550/1‑68 (MQ=255) cTACACGAACGATATCTGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATACGCTGAAGTCATTc > 1:1833285/1‑68 (MQ=255) cTACACGAACGATATCTGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATACGCTGAAGTCATTc > 1:100020/1‑68 (MQ=255) cTACACGAACGATATCTGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATACGCTGAAGTCATTc > 1:77864/1‑68 (MQ=255) cTACACGAACGATATCTGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATACGCTGAAGTCATTc > 1:2949597/1‑68 (MQ=255) acacGAACGATATCTGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATACGCTGAAGTCATTCGa > 1:2861683/1‑68 (MQ=255) cgaTATCTGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATGTGCTGAAGTCATTCGACACAAGGt < 1:1349853/69‑1 (MQ=255) cgaTATCTGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATGTGCTGAAGTCATTCGACACAAGGt < 1:3240609/69‑1 (MQ=255) cgaTATCTGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATGTGCTGAAGTCATTCGACACAAGGt < 1:2380204/69‑1 (MQ=255) cgaTATCTGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATGTGCTGAAGTCATTCGACACAAGGt < 1:334860/69‑1 (MQ=255) cgaTATCTGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATGTGCTGAAGTCATTCGACACAAGGt < 1:2280875/69‑1 (MQ=255) cgaTATCTGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATGTGCTGAAGTCATTCGACACAAGGt < 1:1006553/69‑1 (MQ=255) cgaTATCTGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATGTGCTGAAGTCATTCGACACAAGGt < 1:2140237/69‑1 (MQ=255) cgaTATCTGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATGTGCTGAAGTCATTCGACACAAGGt < 1:497809/69‑1 (MQ=255) cgaTATCTGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATGTGCTGAAGTCATTCGACACAAGGt < 1:2958598/69‑1 (MQ=255) cgaTATCTGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATGTGCTGAAGTCATTCGACACAAGGt < 1:640139/69‑1 (MQ=255) cgaTATCTGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATGTGCTGAAGTCATTCGACACAAGGt < 1:1547014/69‑1 (MQ=255) cgaTATCTGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATGTGCTGAAGTCATTCGACACAAGGt < 1:2800182/69‑1 (MQ=255) cgaTATCTGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATGTGCTGAAGTCATTCGACACAAGGt < 1:680331/69‑1 (MQ=255) cgaTATCTGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATGTGCTGAAGTCATTCGACACAAGGt < 1:69604/69‑1 (MQ=255) cgaTATCTGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATGTGCTGAAGTCATTCGACACAAGGt < 1:2730532/69‑1 (MQ=255) cgaTATCTGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATGTGCTGAAGTCATTCGACACAAGGt < 1:1179905/69‑1 (MQ=255) cgaTATCTGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATGTGCTGAAGTCATTCGACACAAGGt < 1:1179656/69‑1 (MQ=255) cgaTATCTGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATGTGCTGAAGTCATTCGACACAAGGt < 1:2756003/69‑1 (MQ=255) cgaTATCTGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATGTGCTGAAATCATTCGACACAAGGt < 1:2632509/69‑1 (MQ=255) gaTATCTGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATGTGCTGAAGTCATTCGACACAAGGt < 1:1117404/68‑1 (MQ=255) gaTATCTGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATGTGCTGAAGTCATTCGACACAAGGt < 1:2311678/68‑1 (MQ=255) tGCCGACATCATTAATTCTGTAATTTGTGGCCTTAATACGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTg > 1:2005603/1‑63 (MQ=255) tGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATACGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTg > 1:2037668/1‑63 (MQ=255) tGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATACGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTg > 1:3002094/1‑63 (MQ=255) tGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATACGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTg > 1:2199330/1‑63 (MQ=255) tGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATACGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTg > 1:3272757/1‑63 (MQ=255) ccGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATGTGCTGATGTCATTCGACACAAGGt < 1:3274120/60‑1 (MQ=255) taCATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATGTGCTGAAGTCATTCGACACAAGGt < 1:2520291/57‑1 (MQ=255) gACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATACGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTGGGTATCa < 1:2044735/66‑1 (MQ=255) gACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATACGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTGGGTATCa < 1:388507/66‑1 (MQ=255) gACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATACGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTGGGTATCa < 1:2154650/66‑1 (MQ=255) atcatTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATACGCTGAAGt > 1:3137639/1‑40 (MQ=255) atcatTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATACGCTGAAGt > 1:1920912/1‑40 (MQ=255) atcatTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATACGCTGAAGt > 1:533168/1‑40 (MQ=255) atcatTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATACGCTGAAGt > 1:1874124/1‑40 (MQ=255) atcatTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATACGCTGAAGt > 1:183866/1‑40 (MQ=255) atcatTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATACGCTGAAGt > 1:641657/1‑40 (MQ=255) atcatTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATACGCTGAAGt > 1:1417021/1‑40 (MQ=255) atcatTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATACGCTGAAGt > 1:1137610/1‑40 (MQ=255) tAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATACGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTGGGTATCAATCGCCGTCGc < 1:35655/69‑1 (MQ=255) cGGTAATTTGTGGCCTTAATGTGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTAGGTAt > 1:443985/1‑51 (MQ=255) cGGTAATTTGTGGCCTTAATGTGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTAGGTAt > 1:509408/1‑51 (MQ=255) cGGTAATTTGTGGCCTTAATGTGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTAGGTAt > 1:843756/1‑51 (MQ=255) cGGTAATTTGTGGCCTTAATGTGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTAGGTAt > 1:861138/1‑51 (MQ=255) cGGTAATTTGTGGCCTTAATGTGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTAGGTAt > 1:950765/1‑51 (MQ=255) cGGTAATTTGTGGCCTTAATGTGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTAGGTAt > 1:1001161/1‑51 (MQ=255) cGGTAATTTGTGGCCTTAATGTGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTAGGTAt > 1:311041/1‑51 (MQ=255) cGGTAATTTGTGGCCTTAATGTGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTAGGTAt > 1:1025260/1‑51 (MQ=255) cGGTAATTTGTGGCCTTAATGTGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTAGGTAt > 1:1075429/1‑51 (MQ=255) cGGTAATTTGTGGCCTTAATGTGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTAGGTAt > 1:114179/1‑51 (MQ=255) cGGTAATTTGTGGCCTTAATGTGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTAGGTAt > 1:1175000/1‑51 (MQ=255) cGGTAATTTGTGGCCTTAATGTGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTAGGTAt > 1:128183/1‑51 (MQ=255) cGGTAATTTGTGGCCTTAATGTGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTAGGTAt > 1:1338920/1‑51 (MQ=255) cGGTAATTTGTGGCCTTAATGTGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTAGGTAt > 1:1696861/1‑51 (MQ=255) cGGTAATTTGTGGCCTTAATGTGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTAGGTAt > 1:1909716/1‑51 (MQ=255) cGGTAATTTGTGGCCTTAATGTGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTAGGTAt > 1:1939054/1‑51 (MQ=255) cGGTAATTTGTGGCCTTAATGTGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTAGGTAt > 1:2004106/1‑51 (MQ=255) cGGTAATTTGTGGCCTTAATGTGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTAGGTAt > 1:2146149/1‑51 (MQ=255) cGGTAATTTGTGGCCTTAATGTGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTAGGTAt > 1:215156/1‑51 (MQ=255) cGGTAATTTGTGGCCTTAATGTGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTAGGTAt > 1:2673328/1‑51 (MQ=255) cGGTAATTTGTGGCCTTAATGTGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTAGGTAt > 1:2310832/1‑51 (MQ=255) cGGTAAATTGTGGCCTTAATGTGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTAGGTAt > 1:1077/1‑51 (MQ=255) gTAATTTGTGGCCTTAATACGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTGGGTATCAATCGCCGTCGCCACCGc < 1:2094789/68‑1 (MQ=255) tgtgGCCTTAATACGCTGAAGTCATTCGATACAAGGTGGGTATCAATCGCCGTCGCCACCGCCTGAAc > 1:1655091/1‑68 (MQ=255) tgtgGCCTTAATACGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTGGGTATCAATCGCCGTCGCCACCGCCTGAAc > 1:693533/1‑68 (MQ=255) tgtgGCCTTAATACGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTGGGTATCAATCGCCGTCGCCACCGCCTGAAc > 1:315889/1‑68 (MQ=255) tgtgGCCTTAATACGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTGGGTATCAATCGCCGTCGCCACCGCCTGAAc > 1:1079710/1‑68 (MQ=255) tgtgGCCTTAATACGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTGGGTATCAATCGCCGTCGCCACCGCCTGAAc > 1:2567925/1‑68 (MQ=255) tgtgGCCTTAATACGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTGGGTATCAATCGCCGTCGCCACCGCCTGAAc > 1:2445697/1‑68 (MQ=255) tgtgGCCTTAATACGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTGGGTATCAATCGCCGTCGCCACCGCCTGAAc > 1:2031417/1‑68 (MQ=255) tgtgGCCTTAATACGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTGGGTATCAATCGCCGTCGCCACCGCCTGAAc > 1:395340/1‑68 (MQ=255) gCCTTAATACGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTGGGTATCAATCGCCGTCGGCACCGCCTGAACGCGAt < 1:1342664/69‑1 (MQ=255) cTTAATACGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTGGGTATCAATCGCCGTCGCCACCGCCTGAACGCGATg > 1:1313194/1‑68 (MQ=255) cTTAATACGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTGGGTATCAATCGCCGTCGCCACCGCCTGAACGCGATg > 1:2458945/1‑68 (MQ=255) cTTAATACGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTGGGTATCAATCGCCGTCGCCACCGCCTGAACGCGATg > 1:1906391/1‑68 (MQ=255) tAATACGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTGGGTATCAATCGCCGTCGcc > 1:3303189/1‑49 (MQ=255) tAATACGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTGGGTATCAATCGCCGTCGcc > 1:1562690/1‑49 (MQ=255) tAATACGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTGGGTATCAATCGCCGTCGc > 1:879714/1‑48 (MQ=255) | TCTACACGAACGATATCTGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATACGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTGGGTATCAATCGCCGTCGCCACCGCCTGAACGCGATG > minE/2218382‑2218497 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |