| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,220,132 | A→G | 37.6% | intergenic (+392/‑586) | yhdH → / → accB | predicted oxidoreductase, Zn‑dependent and NAD(P)‑binding/acetyl CoA carboxylase, BCCP subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,220,132 | 0 | A | G | 37.6% | 58.7 / 71.5 | 109 | intergenic (+392/‑586) | yhdH/accB | predicted oxidoreductase, Zn‑dependent and NAD(P)‑binding/acetyl CoA carboxylase, BCCP subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (38/30); new base G (21/20); total (59/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
ATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAGCATTCACATCTATCCAGACGATGCAGTGAAAATTGGGTAATCCCCAGCAACCGCTGCGTAATGTCGTCTATCTTGTCGCGATC > minE/2220072‑2220199 | aTTTAATGCTGAGGATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAGCATTCACATCTATCCAGACGATGc < 1:641966/69‑1 (MQ=255) tAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAGCATTCACATCTATCCAGACGATGCAg > 1:107086/1‑68 (MQ=255) tAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAGCATTCACATCTATCCAGACGATGCAg > 1:686730/1‑68 (MQ=255) tAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAGCATTCACATCTATCCAGACGATGCAg > 1:1250360/1‑68 (MQ=255) tAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAGCATTCACATCTATCCAGACGATGCAg > 1:3190922/1‑68 (MQ=255) tAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAGCATTCACATCTATCCAGACGATGCAg > 1:1379174/1‑68 (MQ=255) cTGAGCATTGTCAATCTGTTAATTTTGCGTGCTTTAGCATTCACATCTATCCAGACGATGCAGTGaa < 1:2453476/67‑1 (MQ=255) cTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAGCATTCACATCTATCCAGACGATGCAGTGaaaa > 1:2311658/1‑69 (MQ=255) cTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAGCATTCACATCTATCCAGACGATGCAGTGaaaa > 1:2659609/1‑69 (MQ=255) cTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAGCATTCACATCTATCCAGACGATCCAGTGaa < 1:2798390/67‑1 (MQ=255) gTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAGCATTCACATCTATCCAGACGATGCAGTGAAAATTGGGTAAt > 1:1329202/1‑69 (MQ=255) gTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAGCATTCACATCTATCCAGACGATGCAGTGAAAATTGGGTAAt > 1:2852399/1‑69 (MQ=255) gTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAGCATTCACATCTATCCAGACGATGCAGTGAAAATTGGGTAAt > 1:3311580/1‑69 (MQ=255) gTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAGCATTCACATCTATCCAGACGATGCAGTGAAAATTGGGTAAt > 1:3396810/1‑69 (MQ=255) gTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAGCATTCACATCTATCCAGACGATGCAGTGAAAATTGGGTAAt > 1:3397861/1‑69 (MQ=255) gTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAGCATTCACATCTATCCAGACGATGCAGTGAAAATTGGGTAAt > 1:3433526/1‑69 (MQ=255) gTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAGCATTCACATCTATCCAGACGATGCAGTGAAAATTGGGTAAt > 1:1257900/1‑69 (MQ=255) gTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAGCATTCACATCTATCCAGACGATGCAGTGAAAATTGGGTAAt > 1:398112/1‑69 (MQ=255) gTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAGCATTCACATCTATCCAGACGATGCAGTGAAAATTGGGTAAt > 1:480035/1‑69 (MQ=255) 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minE/2220072‑2220199 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |