| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,220,870 | A→T | 31.3% | P51P (CCA→CCT) | accB → | acetyl CoA carboxylase, BCCP subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,220,870 | 0 | A | T | 31.3% | 77.2 / 42.9 | 67 | P51P (CCA→CCT) | accB | acetyl CoA carboxylase, BCCP subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/21); new base T (7/14); total (32/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCAGTACGCATTAGCCGTGCAGCTCCTGCCGCAAGTTTCCCTGTGATGCAACAAGCTTACGCTGCACCAATGATGCAGCAGCCAGCTCAATCTAACGCAGCCGCTCCGGCGACCGTTCCTTCCATGGAAGCGCCAGC > minE/2220802‑2220938 | tCAGTACGCATTAGCCGTGCAGCTCCTGCCGCAAGTTTCCCTGTGATGCAACAAGCTTACGCTGCACCa > 1:591829/1‑69 (MQ=255)tCAGTACGCATTAGCCGTGCAGCTCCTGCCGCAAGTTTCCCTGTGATGCAACAAGCTTACGCTGCACCa > 1:2901325/1‑69 (MQ=255) aGTACGCATTAGCCGTGCAGCTCCTGCCGCAAGTTTCCCTGTGATGCAACAAGCTTACGCTGCACCAat < 1:393089/69‑1 (MQ=255) aGTACGCATTAGCCGTGCAGCTCCTGCCGCAAGTTTCCCTGTGATGCAACAAGCTTACGCTGCACCAat < 1:389174/69‑1 (MQ=255) aGTACGCATTAGCCGTGCAGCTCCTGCCGCAAGTTTCCCTGTGATGCAACAAGCTTACGCTGCACCAat < 1:380270/69‑1 (MQ=255) aGTACGCATTAGCCGTGCAGCTCCTGCCGCAAGTTTCCCTGTGATGCAACAAGCTTACGCTGCACCAat < 1:3383906/69‑1 (MQ=255) aGTACGCATTAGCCGTGCAGCTCCTGCCGCAAGTTTCCCTGTGATGCAACAAGCTTACGCTGCACCAat < 1:3253419/69‑1 (MQ=255) aGTACGCATTAGCCGTGCAGCTCCTGCCGCAAGTTTCCCTGTGATGCAACAAGCTTACGCTGCACCAat < 1:3198104/69‑1 (MQ=255) aGTACGCATTAGCCGTGCAGCTCCTGCCGCAAGTTTCCCTGTGATGCAACAAGCTTACGCTGCACCAat < 1:2719334/69‑1 (MQ=255) aGTACGCATTAGCCGTGCAGCTCCTGCCGCAAGTTTCCCTGTGATGCAACAAGCTTACGCTGCACCAat < 1:2650778/69‑1 (MQ=255) aGTACGCATTAGCCGTGCAGCTCCTGCCGCAAGTTTCCCTGTGATGCAACAAGCTTACGCTGCACCAat < 1:2587131/69‑1 (MQ=255) aGTACGCATTAGCCGTGCAGCTCCTGCCGCAAGTTTCCCTGTGATGCAACAAGCTTACGCTGCACCAat < 1:2432115/69‑1 (MQ=255) aGTACGCATTAGCCGTGCAGCTCCTGCCGCAAGTTTCCCTGTGATGCAACAAGCTTACGCTGCACCAat < 1:2528896/69‑1 (MQ=255) tACGCATTAGCCGTGCAGCTCCTGCCGCAAGTTTCCCTGTGATGCAACAAGCTTACGCTGCACCAatga < 1:2237986/69‑1 (MQ=255) tACGCATTAGCCGTGCAGCTCCTGCCGCAAGTTTCCCTGTGATGCAACAAGCTTACGCTGCACCAatga < 1:871589/69‑1 (MQ=255) tACGCATTAGCCGTGCAGCTCCTGCCGCAAGTTTCCCTGTGATGCAACAAGCTTACGCTGCACCAatga < 1:257661/69‑1 (MQ=255) tACGCATTAGCCGTGCAGCTCCTGCCGCAAGTTTCCCTGTGATGCAACAAGCTTACGCTGCACCAatga < 1:3135844/69‑1 (MQ=255) cGCATTAGCCGTGCAGCTCCTGCCGCAAGTTTCCCTGTGATGCAACAAGCTTACGCTGCACCAatga > 1:818108/1‑67 (MQ=255) cGCATTAGCCGTGCAGCTCCTGCCGCAAGTTTCCCTGTGATGCAACAAGCTTACGCTGCACCAatga > 1:2979791/1‑67 (MQ=255) cGCATTAGCCGTGCAGCTCCTGCCGCAAGTTTCCCTGTGATGCAACAAGCTTACGCTGCACCAatga > 1:3395766/1‑67 (MQ=255) cGCATTAGCCGTGCAGCTCCTGCCGCAAGTTTCCCTGTGATGCAACAAGCTTACGCTGCACCAatg > 1:2917936/1‑66 (MQ=255) aGCCGTGCAGCTCCTGCCGCAAGTTTCCCTGTGATGCAACAAGCTTACGCTGCTCCAATGATgcagca > 1:568075/1‑68 (MQ=255) aGCCGTGCAGCTCCTGCCGCAAGTTTCCCTGTGATGCAACAAGCTTACGCTGCACCAATGATgcagga > 1:2170091/1‑66 (MQ=255) aGCCGTGCAGCTCCTGCCGCAAGTTTCCCTGTGATGCAACAAGCTTACGCTGCACCAATGATgcagca > 1:1857543/1‑68 (MQ=255) aGCCGTGCAGCTCCTGCCGCAAGTTTCCCTGTGATGCAACAAGCTTACGCTGCACCAATGATgcagca > 1:1883958/1‑68 (MQ=255) aGCCGTGCAGCTCCTGCCGCAAGTTTCCCTGTGATGCAACAAGCTTACGCTGCACCAATGATgcagca > 1:3023464/1‑68 (MQ=255) aGCCGTGCAGCTCCTGCCGCAAGTTTCCCTGTGATGCAACAAGCTTACGCTGCACCAATGATgcagca > 1:1333248/1‑68 (MQ=255) aGCCGTGCAGCTCCTGCCGCAAGTTTCCCTGTGATGCAACAAGCTTACGCTGCACCAATGATgcagca > 1:763848/1‑68 (MQ=255) aGCCGTGCAGCTCCTGCCGCAAGTTTCCCTGTGATGCAACAAGCTTACGCTGCACCAATGATgcagca > 1:2589311/1‑68 (MQ=255) aGCCGTGCAGCTCCTGCCGCAAGTTTCCCTGTGATGCAACAAGCTTACGCTGCACCAATGATgcagca > 1:2537368/1‑68 (MQ=255) aGCCGTGCAGCTCCTGCCGCAAGTTTCCCTGTGATGCAACAAGCTTACGCTGCACCAATGATgcagca > 1:3406368/1‑68 (MQ=255) aGCCGTGCAGCTCCTGCCGCAAGTTTCCCTGTGATGCAACAAGCTTACGCTGCACCAATGATgcagca > 1:123736/1‑68 (MQ=255) aGCCGTGCAGCTCCTGCCGCAAGTTTCCCTGTGATGCAACAAGCTTACGCTGCACCAATGATgcagca > 1:2378702/1‑68 (MQ=255) aGCCGTGCAGCTCCTGCCGCAAGTTTCCCTGTGATGCAACAAGCTTACGCTGCACCAATGATgcagca > 1:235682/1‑68 (MQ=255) aGCCGTGCAGCTCCTGCCGCAAGTTTCCCTGTGATGCAACAAGCTTACGCTGCACCAATGATgcagca > 1:1060176/1‑68 (MQ=255) aGCCGTGCAGCTCCTGCCGCAAGTTTCCCTGTGATGCAACAAGCTTACGCTGCACCAATGATgcagca > 1:683587/1‑68 (MQ=255) aGCCGTGCAGCTCCTGCCGCAAGTTTCCCTGTGATGCAACAAGCTTACGCTGCACCAATGATgcagc > 1:660639/1‑67 (MQ=255) ccTGCCGCAAGTTTCCCTGTGATGCAACAAGCTTACGCTGCACCAATGATGCAGCAGCCAGCTCAATCt < 1:166098/69‑1 (MQ=255) ccTGCCGCAAGTTTCCCTGTGATGCAACAAGCTTACGCTGCACCAATGATGCAGCAGCCAGCTCAATCt < 1:1870969/69‑1 (MQ=255) gCAAGTTTCCCTGTGATGCAACAAGCTTACGCTGCACCTatga < 1:763191/43‑1 (MQ=255) gCAAGTTTCCCTGTGATGCAACAAGCTTACGCTGCACCTatga < 1:3418786/43‑1 (MQ=255) gCAAGTTTCCCTGTGATGCAACAAGCTTACGCTGCACCTatga < 1:1269916/43‑1 (MQ=255) gCAAGTTTCCCTGTGATGCAACAAGCTTACGCTGCACCTatga < 1:1328256/43‑1 (MQ=255) gCAAGTTTCCCTGTGATGCAACAAGCTTACGCTGCACCTatga < 1:607139/43‑1 (MQ=255) gCAAGTTTCCCTGTGATGCAACAAGCTTACGCTGCACCTatga < 1:622812/43‑1 (MQ=255) gCAAGTTTCCCTGTGATGCAACAAGCTTACGCTGCACCTatga < 1:2837442/43‑1 (MQ=255) gCAAGTTTCCCTGTGATGCAACAAGCTTACGCTGCACCTatga < 1:2065922/43‑1 (MQ=255) gCAAGTTTCCCTGTGATGCAACAAGCTTACGCTGCACCTatga < 1:206956/43‑1 (MQ=255) gCAAGTTTCCCTGTGATGCAACAAGCTTACGCTGCACCTatga < 1:2374748/43‑1 (MQ=255) gCAAGTTTCCCTGTGATGCAACAAGCTTACGCTGCACCTatga < 1:239641/43‑1 (MQ=255) gCAAGTTTCCCTGTGATGCAACAAGCTTACGCTGCACCTatga < 1:1718312/43‑1 (MQ=255) gCAAGTTTCCCTGTGATGCAACAAGCTTACGCTGCACCTatga < 1:2634874/43‑1 (MQ=255) gTTTCCCTGTGATGCAACAAGCTTACGCTGCACCTatga < 1:1243182/39‑1 (MQ=255) tgtgATGCAACAAGCTTACGCTGCACCTATGATGCAGCAGCCAGCTCAATCTAACGCAGCCGCTCCGGc > 1:2651143/1‑69 (MQ=255) tgtgATGCAACAAGCTTACGCTGCACCTATGATGCAGCAGCCAGCTCAATCTAACGCAGCCGCTCCGGc > 1:1728425/1‑69 (MQ=255) tgtgATGCAACAAGCTTACGCTGCACCTATGATGCAGCAGCCAGCTCAATCTAACGCAGCCGCTCCGGc > 1:1488936/1‑69 (MQ=255) tgtgATGCAACAAGCTTACGCTGCACCTATGATGCAGCAGCCAGCTCAATCTAACGCAGCCGCTCCGGc > 1:486830/1‑69 (MQ=255) tgtgATGCAACAAGCTTACGCTGCACCTATGATGCAGCAGCCAGCTCAATCTAACGCAGCCGCTCCGGc > 1:2204618/1‑69 (MQ=255) tgtgATGCAACAAGCTTACGCTGCACCTATGATGCAGCAGCCAGCTCAATCTAACGCAGCCGCTCCGGc > 1:701624/1‑69 (MQ=255) tgtgATGCAACAAGCTTACGCTGCACCTATGATGCAGCAGCCAGCCCAATCTAACGCAGCCGCTCCGGc > 1:2170460/1‑69 (MQ=255) aTGCAACAAGCTTACGCTGCACCAATGATGCAGCAGCCAGCTCAATCTAACGCAGCCGCTCCGGCGAc < 1:2426754/68‑1 (MQ=255) aTGCAACAAGCTTACGCTGCACCAATGATGCAGCAGCCAGCTCAATCTAACGCAGCCGCTCCGGCGAc < 1:1204535/68‑1 (MQ=255) aTGCAACAAGCTTACGCTGCACCAATGATGCAGCAGCCAGCTCAATCTAACGCAGCCGCTCCGGCGAc < 1:1356179/68‑1 (MQ=255) aaGCTTACGCTGCACCAATGATGCAGCAGCCAGCTCAATCTAACGCAGCCGCTCCGGCGACCGttcct > 1:1039169/1‑68 (MQ=255) aaGCTTACGCTGCACCAATGATGCAGCAGCCAGCTCAATCTAACGCAGCCGCTCCGGCGACCGttcct > 1:1365521/1‑68 (MQ=255) aaGCTTACGCTGCACCAATGATGCAGCAGCCAGCTCAATCTAACGCAGCCGCTCCGGCGACCGttcct > 1:3115872/1‑68 (MQ=255) aaGCTTACGCTGCACCAATGATGCAGCAGCCAGCTCAATCTAACGCAGCCGCTCCGGCGACCGttcct > 1:2730822/1‑68 (MQ=255) aaGCTTACGCTGCACCAATGATGCAGCAGCCAGCTCAATCTAACGCAGCCGCTCCGGCGACCGttcct > 1:2044750/1‑68 (MQ=255) aGCTTACGCTGCACCAATGATGCAGCAGCCAGCTCAATCTAACGCAGCCGCTCCGGCGACCGttccttc < 1:1959324/69‑1 (MQ=255) aaTGATGCAGCAGCCAGCTCAATCTAACGCAGCCGCTCCGGCGACCGTTCCTTCCATGGAAGCGCcagc < 1:154233/69‑1 (MQ=255) | TCAGTACGCATTAGCCGTGCAGCTCCTGCCGCAAGTTTCCCTGTGATGCAACAAGCTTACGCTGCACCAATGATGCAGCAGCCAGCTCAATCTAACGCAGCCGCTCCGGCGACCGTTCCTTCCATGGAAGCGCCAGC > minE/2220802‑2220938 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |