| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,225,948 | G→C | 40.7% | V129V (GTG→GTC) | dusB → | tRNA‑dihydrouridine synthase B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,225,948 | 0 | G | C | 40.7% | 25.6 / 51.9 | 54 | V129V (GTG→GTC) | dusB | tRNA‑dihydrouridine synthase B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (5/27); new base C (16/6); total (21/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.06e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.84e-01 | |||||||||||
CGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTGAATGCAGTGGACGTTCCTGTTACCCTGAAGATTCGCACCGGCTGGGCACCGGAACACCGT > minE/2225880‑2226008 | cGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTg > 1:3263410/1‑69 (MQ=255)cGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTg > 1:1741905/1‑69 (MQ=255) aaGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTGaa < 1:3112838/68‑1 (MQ=255) aaGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTGaa < 1:1451857/68‑1 (MQ=255) aGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTGAATGCAGTGGa < 1:2442637/69‑1 (MQ=255) aGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTGAATGCAGTGGa < 1:3264207/69‑1 (MQ=255) aGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTGAATGCAGTGGa < 1:2682993/69‑1 (MQ=255) aGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTGAATGCAGTGGa < 1:2221700/69‑1 (MQ=255) aGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTGAATGCAGTGGa < 1:1267220/69‑1 (MQ=255) aGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTGAATGCAGTGGa < 1:2866045/69‑1 (MQ=255) aGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGa > 1:2929809/1‑69 (MQ=255) aGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGa > 1:2173854/1‑69 (MQ=255) aGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGa > 1:2687030/1‑69 (MQ=255) aGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGa > 1:2714496/1‑69 (MQ=255) aGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGa > 1:1803651/1‑69 (MQ=255) aGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGa > 1:2890455/1‑69 (MQ=255) aGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGa > 1:1436559/1‑69 (MQ=255) aGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGa > 1:1431528/1‑69 (MQ=255) aGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGa > 1:1412942/1‑69 (MQ=255) aGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGa > 1:1171980/1‑69 (MQ=255) aGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGa > 1:1149648/1‑69 (MQ=255) tCAGCCCTATTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTGAATGCAGTg < 1:2757128/63‑1 (MQ=255) tCAGCCCTATTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTGAATGCAGTg < 1:109998/63‑1 (MQ=255) tctTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTGAATGCAGTGGACGTTCCTGTTa < 1:2423956/69‑1 (MQ=255) tctTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTGAATGCAGTGGACGTTCCTGTTa < 1:268537/69‑1 (MQ=255) tctTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTGAATGCAGTGGACGTTCCTGTTa < 1:264637/69‑1 (MQ=255) tctTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTGAATGCAGTGGACGTTCCTGTTa < 1:957944/69‑1 (MQ=255) tctTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTGAATGCAGTGGACGTTCCTGTTa < 1:1055760/69‑1 (MQ=255) aGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTGAATGCAGTGGACGTTCCTGTTACCCTg < 1:948599/68‑1 (MQ=255) gTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTGAATGCAGTGGACGTTCCTGTTAc < 1:1793062/50‑1 (MQ=255) gTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTGAATGCAGTGGACGTTCCTGTTAc < 1:829631/50‑1 (MQ=255) gTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTGAATGCAGTGGACGTTCCTGTTAc < 1:1069410/50‑1 (MQ=255) gTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTGAATGCAGTGGACGTTCCTGTTAc < 1:1116683/50‑1 (MQ=255) gTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTGAATGCAGTGGACGTTCCTGTTAc < 1:1835091/50‑1 (MQ=255) gTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTGAATGCAGTGGACGTTCCTGTTAc < 1:2343857/50‑1 (MQ=255) gTTAAATCGATCCTAACCGAGGTCGTGAATGCAGTGGACGTTCCTGTTAc < 1:778250/50‑1 (MQ=255) aaaTCGATCCTTACCGAGGTCGTGAATGCAGTGGACGTTCCTGTTACCCTGAAGATTCGCACCGGCTg > 1:1033450/1‑68 (MQ=255) aaaTCGATCCTTACCGAGGTCGTGAATGCAGTGGACGTTCCTGTTACCCTGAAGATTCGCACCGGCTg > 1:790609/1‑68 (MQ=255) aaaTCGATCCTTACCGAGGTCGTGAATGCAGTGGACGTTCCTGTTACCCTGAAGATTCGCACCGGCTg > 1:2421161/1‑68 (MQ=255) aaaTCGATCCTTACCGAGGTCGTGAATGCAGTGGACGTTCCTGTTACCCTGAAGATTCGCACCGGCTg > 1:2661704/1‑68 (MQ=255) aaaTCGATCCTTACCGAGGTCGTGAATGCAGTGGACGTTCCTGTTACCCTGAAGATT‑‑CACCGGCTGGGc > 1:1626182/1‑69 (MQ=255) aTCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGACGTTCCTGTTACCCTGAAAATTCGCACTGGCTGGGCAcc > 1:3004765/1‑68 (MQ=255) aTCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGACGTTCCTGTTACCCTGAAAATTCGCACTGGCTGGGCAcc > 1:2329604/1‑68 (MQ=255) aTCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGACGTTCCTGTTACCCTGAAAATTCGCACTGGCTGGGCAcc > 1:2609043/1‑68 (MQ=255) aTCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGACGTTCCTGTTACCCTGAAAATTCGCACTGGCTGGGCAcc > 1:2143936/1‑68 (MQ=255) aTCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGACGTTCCTGTTACCCTGAAAATTCGCACTGGCTGGGCAcc > 1:2525067/1‑68 (MQ=255) cTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGACGTTCCTGTTACCCTGAAAATTCGCACTGGCTGGGCACCGGaa < 1:2822652/69‑1 (MQ=255) cTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGACGTTCCTGTTACCCTGAAAATTCGCACTGGCTGGGCACCGGaa < 1:2014047/69‑1 (MQ=255) cTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGACGTTCCTGTTACCCTGAAAATTCGCACTGGCTGGGCACCGGaa < 1:2328945/69‑1 (MQ=255) cTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGACGTTCCTGTTACCCTGAAAATTCGCACTGGCTGGGCACCGGaa < 1:3189003/69‑1 (MQ=255) cTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGACGTTCCTGTTACCCTGAAAATTCGCACTGGCTGGGCACCGGaa < 1:2710257/69‑1 (MQ=255) cTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGACGTTCCTGTTACCCTGAAAATTCGCACTGGCTGGGCACCGGaa < 1:947190/69‑1 (MQ=255) ttACCGAGGTCGTGAATGCAGTGGACGTTCCTGTTACCCTg < 1:3129634/41‑1 (MQ=255) gAGGTCGTGAATTCAGTGGACGTTCCTGTTACCCTGAAGATTCGCACCGGCTGGGCACCGGAACACCGt < 1:1769532/69‑1 (MQ=255) gAGGTCGTGAATGCAGTGGACGTTCCTGTTACCCTGAAGATTCGCACCGGCTGGGCACCGGAACACCGt < 1:1263782/69‑1 (MQ=255) gAGGTCGTGAATGCAGTGGACGTTCCTGTTACCCTGAAGATTCGCACCGGCTGGGCACCGGAACACCGt < 1:2158738/69‑1 (MQ=255) | CGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTGAATGCAGTGGACGTTCCTGTTACCCTGAAGATTCGCACCGGCTGGGCACCGGAACACCGT > minE/2225880‑2226008 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |