| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,239,232 | A→G | 27.4% | T410T (ACT→ACC) | zraS ← | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with ZraR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,239,232 | 0 | A | G | 27.4% | 97.0 / 37.0 | 91 | T410T (ACT→ACC) | zraS | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with ZraR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (15/51); new base G (16/9); total (31/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.98e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.42e-01 | |||||||||||
ACAATATTATGCACGACCGCCAGCCCCAATCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATT > minE/2239170‑2239292 | acaaTATTATGCACGACCGCCAGCCCCAATCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGat < 1:3405048/68‑2 (MQ=255)acaaTATTATGCACGACCGCCAGCCCCAATCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGaa < 1:994007/68‑1 (MQ=255)acaaTATTATGCACGACCGCCAGCCCCAATCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGaa < 1:2590730/68‑1 (MQ=255)acaaTATTATGCACGACCGCCAGCCCCAATCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGaa < 1:2566016/68‑1 (MQ=255)acaaTATTATGCACGACCGCCAGCCCCAATCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGaa < 1:2310462/68‑1 (MQ=255)acaaTATTATGCACGACCGCCAGCCCCAATCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGaa < 1:2262154/68‑1 (MQ=255)acaaTATTATGCACGACCGCCAGCCCCAATCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGaa < 1:2034923/68‑1 (MQ=255)acaaTATTATGCACGACCGCCAGCCCCAATCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGaa < 1:3215300/68‑1 (MQ=255)acaaTATTATGCACGACCGCCAGCCCCAATCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGaa < 1:1874527/68‑1 (MQ=255)acaaTATTATGCACGACCGCCAGCCCCAATCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGaa < 1:1794765/68‑1 (MQ=255)acaaTATTATGCACGACCGCCAGCCCCAATCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGaa < 1:1789471/68‑1 (MQ=255)acaaTATTATGCACGACCGCCAGCCCCAATCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGaa < 1:3377209/68‑1 (MQ=255)acaaTATTATGCACGACCGCCAGCCCCAATCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGaa < 1:1393081/68‑1 (MQ=255) atGCACGACCGCCAGCCCCAATCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGaa < 1:552182/60‑1 (MQ=255) aCCGCCAGCCCCAATCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGa < 1:484226/69‑1 (MQ=255) aCCGCCAGCCCCAATCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGa < 1:1295647/69‑1 (MQ=255) aCCGCCAGCCCCAATCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGa < 1:3357399/69‑1 (MQ=255) cccAGTCCGGTGCCTTCGGCTTTGGTGGTGAAGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCa < 1:1470643/69‑1 (MQ=255) cccAGTCCGGTGCCTTCGGCTTTGGTGGTGAAGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCa < 1:1504753/69‑1 (MQ=255) cccAGTCCGGTGCCTTCGGCTTTGGTGGTGAAGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCa < 1:2298968/69‑1 (MQ=255) cccAGTCCGGTGCCTTCGGCTTTGGTGGTGAAGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCa < 1:719838/69‑1 (MQ=255) cccAGTCCGGTGCCTTCGGCTTTGGTGGTGAAGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCa < 1:2755895/69‑1 (MQ=255) cccAGTCCGGTGCCTTCGGCTTTGGTGGTGAAGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCa < 1:818068/69‑1 (MQ=255) cccAGTCCGGTGCCTTCGGCTTTGGTGGTGAAGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCa < 1:814110/69‑1 (MQ=255) cccAGTCCGGTGCCTTCGGCTTTGGTGGTGAAGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCa < 1:124295/69‑1 (MQ=255) cccAGTCCGGTGCCTTCGGCTTTGGTGGTGAAGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCa < 1:3331334/69‑1 (MQ=255) aaTCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAAtt < 1:197722/69‑1 (MQ=255) aaTCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAAtt < 1:2682431/69‑1 (MQ=255) aaTCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAAtt < 1:2082581/69‑1 (MQ=255) aaTCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAAtt < 1:3258418/69‑1 (MQ=255) aaTCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAAtt < 1:1795945/69‑1 (MQ=255) aaTCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAAtt < 1:1547254/69‑1 (MQ=255) ggTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGa < 1:2459731/52‑1 (MQ=255) tttAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGt < 1:1911096/69‑1 (MQ=255) tttAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGt < 1:2633865/69‑1 (MQ=255) tttAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGt < 1:954625/69‑1 (MQ=255) tttAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGt < 1:3419004/69‑1 (MQ=255) tttAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGt < 1:2742163/69‑1 (MQ=255) tttAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGt < 1:3365288/69‑1 (MQ=255) 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aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:2390231/1‑69 (MQ=255) aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:324669/1‑69 (MQ=255) aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:2661150/1‑69 (MQ=255) aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:1061595/1‑69 (MQ=255) aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:1286296/1‑69 (MQ=255) aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:1546477/1‑69 (MQ=255) aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:1608634/1‑69 (MQ=255) aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:1876252/1‑69 (MQ=255) aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:1937268/1‑69 (MQ=255) aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:229783/1‑69 (MQ=255) aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCAGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:519619/1‑69 (MQ=255) aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATACGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:120724/1‑69 (MQ=255) gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:738368/40‑1 (MQ=255) gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt > 1:52403/1‑40 (MQ=255) gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:1338777/40‑1 (MQ=255) gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:559674/40‑1 (MQ=255) gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt > 1:7101/1‑40 (MQ=255) gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:71287/40‑1 (MQ=255) gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:2654470/40‑1 (MQ=255) gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:2327793/40‑1 (MQ=255) gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:755623/40‑1 (MQ=255) gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:1249156/40‑1 (MQ=255) gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:1195805/40‑1 (MQ=255) gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:848932/40‑1 (MQ=255) gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:936549/40‑1 (MQ=255) gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:1087558/40‑1 (MQ=255) gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:1068400/40‑1 (MQ=255) gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:2796513/40‑1 (MQ=255) gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt > 1:439393/1‑40 (MQ=255) gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt > 1:1622281/1‑40 (MQ=255) gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:162323/40‑1 (MQ=255) gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt > 1:1624298/1‑40 (MQ=255) gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt > 1:1788508/1‑40 (MQ=255) gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:2290870/40‑1 (MQ=255) gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt > 1:18820/1‑40 (MQ=255) gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:1905160/40‑1 (MQ=255) gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:2779903/40‑1 (MQ=255) gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt > 1:2215267/1‑40 (MQ=255) gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt > 1:2221247/1‑40 (MQ=255) gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:2799425/40‑1 (MQ=255) gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCt > 1:47001/1‑39 (MQ=255) gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCt > 1:2127715/1‑39 (MQ=255) | ACAATATTATGCACGACCGCCAGCCCCAATCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATT > minE/2239170‑2239292 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |