| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,239,244 | A→T | 28.3% | D406E (GAT→GAA) | zraS ← | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with ZraR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,239,244 | 0 | A | T | 28.3% | 118.8 / 51.3 | 88 | D406E (GAT→GAA) | zraS | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with ZraR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/37); new base T (16/9); total (42/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.26e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACCGCCAGCCCCAATCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTC > minE/2239185‑2239312 | aCCGCCAGCCCCAATCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGa < 1:1295647/69‑1 (MQ=255)aCCGCCAGCCCCAATCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGa < 1:484226/69‑1 (MQ=255)aCCGCCAGCCCCAATCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGa < 1:3357399/69‑1 (MQ=255) cccAGTCCGGTGCCTTCGGCTTTGGTGGTGAAGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCa < 1:2755895/69‑1 (MQ=255) cccAGTCCGGTGCCTTCGGCTTTGGTGGTGAAGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCa < 1:818068/69‑1 (MQ=255) cccAGTCCGGTGCCTTCGGCTTTGGTGGTGAAGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCa < 1:814110/69‑1 (MQ=255) cccAGTCCGGTGCCTTCGGCTTTGGTGGTGAAGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCa < 1:2298968/69‑1 (MQ=255) cccAGTCCGGTGCCTTCGGCTTTGGTGGTGAAGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCa < 1:124295/69‑1 (MQ=255) cccAGTCCGGTGCCTTCGGCTTTGGTGGTGAAGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCa < 1:1504753/69‑1 (MQ=255) cccAGTCCGGTGCCTTCGGCTTTGGTGGTGAAGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCa < 1:1470643/69‑1 (MQ=255) cccAGTCCGGTGCCTTCGGCTTTGGTGGTGAAGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCa < 1:3331334/69‑1 (MQ=255) cccAGTCCGGTGCCTTCGGCTTTGGTGGTGAAGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCa < 1:719838/69‑1 (MQ=255) aaTCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAAtt < 1:2682431/69‑1 (MQ=255) aaTCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAAtt < 1:1547254/69‑1 (MQ=255) aaTCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAAtt < 1:1795945/69‑1 (MQ=255) aaTCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAAtt < 1:3258418/69‑1 (MQ=255) aaTCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAAtt < 1:197722/69‑1 (MQ=255) aaTCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAAtt < 1:2082581/69‑1 (MQ=255) ggTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGa < 1:2459731/52‑1 (MQ=255) tttAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGt < 1:1911096/69‑1 (MQ=255) tttAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGt < 1:954625/69‑1 (MQ=255) tttAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGt < 1:1998670/69‑1 (MQ=255) tttAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGt < 1:2742163/69‑1 (MQ=255) tttAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGt < 1:3365288/69‑1 (MQ=255) tttAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGt < 1:3419004/69‑1 (MQ=255) tttAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGt < 1:2633865/69‑1 (MQ=255) tttAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGt < 1:1244592/69‑1 (MQ=255) gAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAt > 1:1132016/1‑69 (MQ=255) gAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAt > 1:2619373/1‑69 (MQ=255) gAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAt > 1:1214188/1‑69 (MQ=255) gAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAt > 1:3100232/1‑69 (MQ=255) aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:2960404/1‑69 (MQ=255) aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:2696343/1‑69 (MQ=255) aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:2661150/1‑69 (MQ=255) aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:2390231/1‑69 (MQ=255) aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:1061595/1‑69 (MQ=255) aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:229783/1‑69 (MQ=255) aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:2905332/1‑69 (MQ=255) aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:788706/1‑69 (MQ=255) aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:1937268/1‑69 (MQ=255) aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:1608634/1‑69 (MQ=255) aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:1546477/1‑69 (MQ=255) aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:1876252/1‑69 (MQ=255) aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:1286296/1‑69 (MQ=255) aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:324669/1‑69 (MQ=255) aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCAGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:519619/1‑69 (MQ=255) aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATACGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:120724/1‑69 (MQ=255) gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:2796513/40‑1 (MQ=255) gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:71287/40‑1 (MQ=255) gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt > 1:7101/1‑40 (MQ=255) gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:559674/40‑1 (MQ=255) gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:2799425/40‑1 (MQ=255) gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:2779903/40‑1 (MQ=255) gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:755623/40‑1 (MQ=255) gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt > 1:52403/1‑40 (MQ=255) gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:848932/40‑1 (MQ=255) gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:936549/40‑1 (MQ=255) gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt > 1:439393/1‑40 (MQ=255) gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:2327793/40‑1 (MQ=255) gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:738368/40‑1 (MQ=255) gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:1068400/40‑1 (MQ=255) gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:1338777/40‑1 (MQ=255) gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:1249156/40‑1 (MQ=255) gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt > 1:1622281/1‑40 (MQ=255) gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:162323/40‑1 (MQ=255) 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aTCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTc < 1:1205773/69‑1 (MQ=255) aTCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTc < 1:1123135/69‑1 (MQ=255) aTCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTc < 1:1398226/69‑1 (MQ=255) aTCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTc < 1:1514747/69‑1 (MQ=255) aTCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTc < 1:1558404/69‑1 (MQ=255) aTCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTc < 1:379406/69‑1 (MQ=255) aTCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTc < 1:2477566/69‑1 (MQ=255) aTCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTc < 1:262156/69‑1 (MQ=255) aTCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTc < 1:2752726/69‑1 (MQ=255) aTCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTc < 1:2747493/69‑1 (MQ=255) | ACCGCCAGCCCCAATCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTC > minE/2239185‑2239312 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |