| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,239,256 | T→C | 38.1% | A402A (GCA→GCG) | zraS ← | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with ZraR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,239,256 | 0 | T | C | 38.1% | 67.5 / 83.8 | 127 | A402A (GCA→GCG) | zraS | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with ZraR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (31/47); new base C (15/33); total (47/80) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.21e-01 | |||||||||||
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
CCCAATCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTCGCTGGCCGTC > minE/2239194‑2239322 | cccAGTCCGGTGCCTTCGGCTTTGGTGGTGAAGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCa < 1:2298968/69‑1 (MQ=255)cccAGTCCGGTGCCTTCGGCTTTGGTGGTGAAGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCa < 1:2755895/69‑1 (MQ=255)cccAGTCCGGTGCCTTCGGCTTTGGTGGTGAAGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCa < 1:818068/69‑1 (MQ=255)cccAGTCCGGTGCCTTCGGCTTTGGTGGTGAAGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCa < 1:1504753/69‑1 (MQ=255)cccAGTCCGGTGCCTTCGGCTTTGGTGGTGAAGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCa < 1:1470643/69‑1 (MQ=255)cccAGTCCGGTGCCTTCGGCTTTGGTGGTGAAGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCa < 1:719838/69‑1 (MQ=255) aaTCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAAtt < 1:3258418/69‑1 (MQ=255) aaTCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAAtt < 1:197722/69‑1 (MQ=255) aaTCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAAtt < 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aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:2661150/1‑69 (MQ=255) aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:2696343/1‑69 (MQ=255) aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:2905332/1‑69 (MQ=255) aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:1061595/1‑69 (MQ=255) aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:1608634/1‑69 (MQ=255) aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:2960404/1‑69 (MQ=255) aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:1546477/1‑69 (MQ=255) aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:788706/1‑69 (MQ=255) aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:1286296/1‑69 (MQ=255) aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATACGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:120724/1‑69 (MQ=255) gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 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1:1624298/1‑40 (MQ=255) gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt > 1:18820/1‑40 (MQ=255) gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:162323/40‑1 (MQ=255) gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:1338777/40‑1 (MQ=255) gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:1249156/40‑1 (MQ=255) gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:1068400/40‑1 (MQ=255) gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCt > 1:47001/1‑39 (MQ=255) aaGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCATTTCCCTTACCg > 1:3136209/1‑39 (MQ=255) aaGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCcgcg > 1:875077/1‑69 (MQ=255) aaGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCcgcg > 1:1735169/1‑69 (MQ=255) aaGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCcgc > 1:579754/1‑68 (MQ=255) aaGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCcgc > 1:1361389/1‑68 (MQ=255) tGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGcgccgc > 1:498613/1‑69 (MQ=255) 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ttCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGc < 1:2812132/55‑1 (MQ=255) ttCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGc < 1:1678624/55‑1 (MQ=255) ttCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGc < 1:168786/55‑1 (MQ=255) ttCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGc < 1:2683553/55‑1 (MQ=255) ttCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGc < 1:2168071/55‑1 (MQ=255) ttCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGGCGGTAACGCTGATTTTCACGc < 1:2465997/55‑1 (MQ=255) ttCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCATTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGc < 1:1791304/55‑1 (MQ=255) aTCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTc < 1:1205773/69‑1 (MQ=255) aTCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTc < 1:379406/69‑1 (MQ=255) aTCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTc < 1:1123135/69‑1 (MQ=255) aTCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTc < 1:2477566/69‑1 (MQ=255) aTCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTc < 1:1558404/69‑1 (MQ=255) aTCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTc < 1:2747493/69‑1 (MQ=255) aTCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTc < 1:262156/69‑1 (MQ=255) aaGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTCGCt > 1:3270524/1‑69 (MQ=255) aaGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTCGCt > 1:2589791/1‑69 (MQ=255) aaGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTCGCt > 1:1196623/1‑69 (MQ=255) aaGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTCGCt > 1:123315/1‑69 (MQ=255) cTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTc < 1:1232489/63‑1 (MQ=255) cTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTCGCTGGCCGTc < 1:2328018/68‑1 (MQ=255) cTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTCGCTGGCCGTc < 1:775781/68‑1 (MQ=255) tGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtttt < 1:105486/39‑1 (MQ=255) tGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtttt < 1:922841/39‑1 (MQ=255) tGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtttt > 1:2183419/1‑39 (MQ=255) tGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtttt > 1:268069/1‑39 (MQ=255) tGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtttt > 1:2052608/1‑39 (MQ=255) tGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtttt > 1:696047/1‑39 (MQ=255) tGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtttt < 1:3150316/39‑1 (MQ=255) tGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtttt < 1:1617870/39‑1 (MQ=255) tGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtttt > 1:2592705/1‑39 (MQ=255) tGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtttt > 1:1490975/1‑39 (MQ=255) tGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtttt > 1:419347/1‑39 (MQ=255) | CCCAATCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTCGCTGGCCGTC > minE/2239194‑2239322 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |