| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,253,228 | A→G | 29.3% | G1270G (GGT→GGC) | rpoC ← | RNA polymerase, beta prime subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,253,228 | 0 | A | G | 29.3% | 87.2 / 42.0 | 92 | G1270G (GGT→GGC) | rpoC | RNA polymerase, beta prime subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (35/30); new base G (8/19); total (43/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.08e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.27e-01 | |||||||||||
TCGCGGTTTGCGATCTTGACGCGAGAGTATTCAACCTGTTCGCCTTCCAGGAAGTCGGAGCTACCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGACGAACGATAACTTCGATGTGTTTATCGTTA > minE/2253166‑2253294 | tCGCGGTTTGCGATCTTGACGCGAGAGTATTCAACCTGTTCGCCTTCCAGGAAGTCGGAGCTACCcgc > 1:2374537/1‑68 (MQ=255) cgcgGTTTGCGATCTTGACGCGAGAGTATTCAACCTGTTCGCCTTCCAGGAAGTCGGAGCTACCcgcg > 1:2334326/1‑68 (MQ=255) cgcgGTTTGCGATCTTGACGCGAGAGTATTCAACCTGTTCGCCTTCCAGGAAGTCGGAGCTACCcgcg > 1:1153714/1‑68 (MQ=255) cgcgGTTTGCGATCTTGACGCGAGAGTATTCAACCTGTTCGCCTTCCAGGAAGTCGGAGCTACCcgcg > 1:1407522/1‑68 (MQ=255) cgcgGTTTGCGATCTTGACGCGAGAGTATTCAACCTGTTCGCCTTCCAGGAAGTCGGAGCTACCcgcg > 1:560290/1‑68 (MQ=255) cgcgGTTTGCGATCTTGACGCGAGAGTATTCAACCTGTTCGCCTTCCAGGAAGTCGGAGCTACCcgcg > 1:1688756/1‑68 (MQ=255) cgcgGTTTGCGATCTTGACGCGAGAGTATTCAACCTGTTCGCCTTCCAGGAAGTCGGAGCTACCcgcg > 1:488905/1‑68 (MQ=255) cgcgGTTTGCGATCTTGACGCGAGAGTATTCAACCTGTTCGCATTCCAGGAAGTCGGAGCTACCcgcg > 1:2434128/1‑68 (MQ=255) tGCGATCTTGACGCGAGAGTATTCAACCTGTTCGCCTTCCAGGAAGTCGGAGTTACCCGCGTTAACGAt < 1:2700901/69‑1 (MQ=255) tGCGATCTTGACGCGAGAGTATTCAACCTGTTCGCCTTCCAGGAAGTCGGAGTTACCCGCGTTAACGAt < 1:2334117/69‑1 (MQ=255) tGCGATCTTGACGCGAGAGTATTCAACCTGTTCGCCTTCCAGGAAGTCGGAGTTACCCGCGTTAACGAt < 1:27303/69‑1 (MQ=255) tGCGATCTTGACGCGAGAGTATTCAACCTGTTCGCCTTCCAGGAAGTCGGAGTTACCCGCGTTAACGAt < 1:2516896/69‑1 (MQ=255) tGCGATCTTGACGCGAGAGTATTCAACCTGTTCGCCTTCCAGGAAGTCGGAGTTACCCGCGTTAACGAt < 1:2481607/69‑1 (MQ=255) tGCGATCTTGACGCGAGAGTATTCAACCTGTTCGCCTTCCAGGAAGTCGGAGTTACCCGCGTTAACGAt < 1:3386453/69‑1 (MQ=255) tGCGATCTTGACGCGAGAGTATTCAACCTGTTCGCCTTCCAGGAAGTCGGAGCTACCCGCGTTAACGAt > 1:282217/1‑69 (MQ=255) tGCGATCTTGACGCGAGAGTATTCAACCTGTTCGCCTTCCAGGAAGTCGGAGCTACCCGCGTTAACGAt > 1:2087608/1‑69 (MQ=255) tGCGATCTTGACGCGAGAGTATTCAACCTGTTCGCCTTCCAGGAAGTCGGAGCTACCCGCGTTAACGAt > 1:416136/1‑69 (MQ=255) tGCGATCTTGACGCGAGAGTATTCAACCTGTTCGCCTTCCAGGAAGTCGGAGCTACCCGCGTTAACGAt > 1:567980/1‑69 (MQ=255) tGCGATCTTGACGCGAGAGTATTCAACCTGTTCGCCTTCCAGGAAGTCGGAGCTACCCGCGTTAACGAt > 1:615595/1‑69 (MQ=255) tGCGATCTTGACGCGAGAGTATTCAACCTGTTCGCCTTCCAGGAAGTCGGAGCTACCCGCGTTAACGAt > 1:732212/1‑69 (MQ=255) tGCGATCTTGACGCGAGAGTATTCAACCTGTTCGCCTTCCAGGAAGTCGGAGCTACCCGCGTTAACGAt > 1:2647338/1‑69 (MQ=255) tGCGATCTTGACGCGAGAGTATTCAACCTGTTCACCTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGAt > 1:2854605/1‑69 (MQ=255) tGCGATCTTGACGCGAGAGTATTCAACCTGTTCACCTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGAt > 1:316636/1‑69 (MQ=255) tGCGATCTTGACGCGAGAGTATTCAACCTGTTCACCTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGAt > 1:2255898/1‑69 (MQ=255) tGCGATCTTGACGCGAGAGTATTCAACCTGTTCACCTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGAt > 1:2243277/1‑69 (MQ=255) tGCGATCTTGACGCGAGAGTATTCAACCTGTTCACCTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGAt > 1:3054823/1‑69 (MQ=255) tGCGATCTTGACGCGAGAGTATTCAACCTGTTCACCTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGAt > 1:1650275/1‑69 (MQ=255) tGCGATCTTGACGCGAGAGTATTCAACCTGTTCACCTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGAt > 1:505908/1‑69 (MQ=255) tGCGATCTTGACGCGAGAGTATTCAACCTGTTCACCTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGAt > 1:3255269/1‑69 (MQ=255) gCGATCTTGACGCGAGAGTATTCAACCTGTTCGCCTTCCAGGAAGTCGGAGCTa > 1:2460774/1‑54 (MQ=255) gATCTTGACGCGAGAGTATTCAACCTGTTCGCCTTCCAGGAAGTCGGAGCTACCCGCGTTAACGATgg < 1:967596/68‑1 (MQ=255) cgcgAGAGTATTCAACCTGTTCGCCTTCCAGGAAGTCGGAGCTACCCGCGTTAACGATGGTAg < 1:975334/63‑1 (MQ=255) cgcgAGAGTATTCAACCTGTTCGCCTTCCAGGAAGTCGGAGCTACCCGCGTTAACGATGGTAg < 1:1279703/63‑1 (MQ=255) cgcgAGAGTATTCAACCTGTTCGCCTTCCAGGAAGTCGGAGCTACCCGCGTTAACGATGGTAg < 1:3379493/63‑1 (MQ=255) cgcgAGAGTATTCAACCTGTTCGCCTTCCAGGAAGTCGGAGCTACCCGCGTTAACGATGGTAg < 1:2134794/63‑1 (MQ=255) ttCAACCTGTTCGCCTTCCAGGAAGTCGGAGCTACCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTg < 1:2965633/69‑1 (MQ=255) tCAACCTGTTCGCCTTCCAGGAAGTCGGAGCTACCCGCGTTAACGATGGTAGATTTACGCAGCATCTg < 1:2067597/68‑1 (MQ=255) cAACCTGTTCGCCTTCCAGGAAGTCGGAGCTACCCGCGTTAACGATGGTAGCtt > 1:2939850/1‑54 (MQ=255) cAACCTGTTCGCCTTCCAGGAAGTCGGAGCTACCCGCGTTAACGATGGTAGCtt > 1:2850361/1‑54 (MQ=255) cAACCTGTTCGCCTTCCAGGAAGTCGGAGCTACCCGCGTTAACGATGGTAGCtt > 1:2951690/1‑54 (MQ=255) cAACCTGTTCGCCTTCCAGGAAGTCGGAGCTACCCGCGTTAACGATGGTAGCtt > 1:693155/1‑54 (MQ=255) cAACCTGTTCGCCTTCCAGGAAGTCGGAGCTACCCGCGTTAACGATGGTAGCtt > 1:2783725/1‑54 (MQ=255) cAACCTGTTCGCCTTCCAGGAAGTCGGAGCTACCCGCGTTAACGATGGTAGCtt > 1:935932/1‑54 (MQ=255) cAACCTGTTCGCCTTCCAGGAAGTCGGAGCTACCCGCGTTAACGATGGTAGCtt > 1:305125/1‑54 (MQ=255) cAACCTGTTCGCCTTCCAGGAAGTCGGAGCTACCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGa > 1:1093756/1‑68 (MQ=255) cAACCTGTTCGCATTCCAGGAAGTCGGAGCTACCCGCGTTAACGATGGTAGCtt > 1:6863/1‑54 (MQ=255) cAACCTGTTCACCTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCtt < 1:2055187/54‑1 (MQ=39) cAACCTGTTCACCTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCtt < 1:1058222/54‑1 (MQ=39) cAACCTGTTCACCTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCtt < 1:97345/54‑1 (MQ=39) cAACCTGTTCACCTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCtt < 1:1112599/54‑1 (MQ=39) cAACCTGTTCACCTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCtt < 1:1143887/54‑1 (MQ=39) cAACCTGTTCACCTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCtt < 1:723022/54‑1 (MQ=39) cAACCTGTTCACCTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCtt < 1:1643327/54‑1 (MQ=39) cAACCTGTTCACCTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCtt < 1:1864570/54‑1 (MQ=39) cAACCTGTTCACCTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCtt < 1:1873164/54‑1 (MQ=39) cAACCTGTTCACCTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCtt < 1:1929001/54‑1 (MQ=39) cAACCTGTTCACCTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCtt < 1:3262883/54‑1 (MQ=39) cAACCTGTTCACCTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCtt < 1:2124489/54‑1 (MQ=39) cAACCTGTTCACCTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCtt < 1:3059920/54‑1 (MQ=39) cAACCTGTTCACCTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCtt < 1:2210829/54‑1 (MQ=39) cAACCTGTTCACCTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCtt < 1:3017260/54‑1 (MQ=39) cAACCTGTTCACCTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCtt < 1:296507/54‑1 (MQ=39) cAACCTGTTCACCTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCtt < 1:2309609/54‑1 (MQ=39) cAACCTGTTCACCTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCtt < 1:2840394/54‑1 (MQ=39) cAACCTGTTCACCTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCtt < 1:2480463/54‑1 (MQ=39) cTGTTCGCCTTCCAGGAAGTCGGAGCTACCCGCGtt > 1:2798553/1‑36 (MQ=255) cTGTTCGCCTTCCAGGAAGTCGGAGCTACCCGCGtt > 1:3239455/1‑36 (MQ=255) gTTCGCCTTCCAGGAAGTCGGAGCTACCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaacg > 1:2015141/1‑68 (MQ=255) ctccTTCCAGGAAGTCGGAGCTACCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGACGAACGAt < 1:1387168/65‑1 (MQ=255) cGCCTTCCAGGAAGTCGGAGCTACCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGACGAACGAt < 1:3396499/67‑1 (MQ=255) cGCCTTCCAGGAAGTCGGAGCTACCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGACGAACGAt < 1:1376385/67‑1 (MQ=255) cGCCTTCCAGGAAGTCGGAGCTACCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGACGAACGAt < 1:654822/67‑1 (MQ=255) cGCCTTCCAGGAAGTCGGAGCTACCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGACGAACGAt < 1:730777/67‑1 (MQ=255) cGCCTTCCAGGAAGTCGGAGCTACCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGACGAACGAt < 1:942664/67‑1 (MQ=255) cGCCTTCCAGGAAGTCGGAGCTACCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGACGAACGAt < 1:2546757/67‑1 (MQ=255) cGCCTTCCAGGAAGTCGGAGCTACCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGACGAACGAt < 1:2110764/67‑1 (MQ=255) cGCCTTCCAGGAAGTCGGAGCTACCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGACGAACGAt < 1:1097485/67‑1 (MQ=255) cGCCTTCCAGGAAGTCGGAGCTACCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGACGAACGATaa > 1:636537/1‑69 (MQ=255) ttCCAGGAAGTCGGAGCTACCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACgcagc < 1:2888973/49‑1 (MQ=255) ttCCAGGAAGTCGGAGCTACCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACgcagc < 1:2879784/49‑1 (MQ=255) ttCCAGGAAGTCGGAGCTACCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACgcagc < 1:3234479/49‑1 (MQ=255) ttCCAGGAAGTCGGAGCTACCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGACGAACGATAACTTc < 1:2493721/69‑1 (MQ=255) ccAGGAAGTCGGAGCTACCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGACGAACGATAACTTc < 1:2302927/67‑1 (MQ=255) ccAGGAAGTCGGAGCTACCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGACGAACGATAACTTCGa > 1:2896214/1‑69 (MQ=255) ccAGGAAGTCGGAGCTACCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGACGAACGATAACTTCGa > 1:802803/1‑69 (MQ=255) ccAGGAAGTCGGAGCTACCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGACGAACGATAACTTCGa > 1:2935281/1‑69 (MQ=255) ccAGGAAGTCGGAGCTACCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGACGAACGATAACTTCGa > 1:396681/1‑69 (MQ=255) ccAGGAAGTCGGAGCTACCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGACGAACGATAACTTCGa > 1:2224879/1‑69 (MQ=255) ccAGGAAGTCAGAGCTACCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGACGAACGATAACTTCGa > 1:452428/1‑69 (MQ=255) ggAGCTACCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGACGAACGATAACTTCGATGTGTTTATc > 1:2141836/1‑69 (MQ=255) aGCTACCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGACGAACGATAACTTCGATGTGTTTATCg < 1:470116/68‑1 (MQ=255) cTACCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGACGAACGATAACTTCGATGTGTTTATCGTTa < 1:2460657/69‑1 (MQ=255) cTACCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGACGAACGATAACTTCGATGTGTTTATCGTTa < 1:1332793/69‑1 (MQ=255) aCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGACGAACGATAACTTCGATGTGTTTATCGTTa < 1:2477672/67‑1 (MQ=255) | TCGCGGTTTGCGATCTTGACGCGAGAGTATTCAACCTGTTCGCCTTCCAGGAAGTCGGAGCTACCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGACGAACGATAACTTCGATGTGTTTATCGTTA > minE/2253166‑2253294 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |