| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,254,185 | T→C | 29.3% | Q951Q (CAA→CAG) | rpoC ← | RNA polymerase, beta prime subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,254,185 | 0 | T | C | 29.3% | 88.6 / 41.7 | 92 | Q951Q (CAA→CAG) | rpoC | RNA polymerase, beta prime subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (52/13); new base C (14/13); total (66/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.04e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
AGTTTACCGCTGGAGTTCACAACCGACTTCACGTTGCTGAGCTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCAGCAGCCGCACGAGATGCCGCACCACCGATGTGGAACGTACGCAT > minE/2254120‑2254244 | aGTTTACCGCTGGAGTTCACAACCGACTTCACGTTGCTGAGCTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACCTgg > 1:971579/1‑69 (MQ=255)aGTTTACCGCTGGAGTTCACAACCGACTTCACGTTGCTGAGCTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACCTgg > 1:2232076/1‑69 (MQ=255)aGTTTACCGCTGGAGTTCACAACCGACTTCACGTTGCTGAGCTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACCTgg > 1:2575927/1‑69 (MQ=255)aGTTTACCGCTGGAGTTCACAACCGACTTCACGTTGCTGAGCTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACCTgg > 1:2691212/1‑69 (MQ=255)aGTTTACCGCTGGAGTTCACAACCGACTTCACGTTGCTGAGCTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACCTgg > 1:2709607/1‑69 (MQ=255)aGTTTACCGCTGGAGTTCACAACCGACTTCACGTTGCTGAGCTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACCTgg > 1:206788/1‑69 (MQ=255)aGTTTACCGCTGGAGTTCACAACCGACTTCACGTTGCTGAGCTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACCTgg > 1:178464/1‑69 (MQ=255)aGTTTACCGCTGGAGTTCACAACCGACTTCACGTTGCTGAGCTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACCTgg > 1:333695/1‑69 (MQ=255)aGTTTACCGCTGGAGTTCACAACCGACTTCACGTTGCTGAGCTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACCTgg > 1:342454/1‑69 (MQ=255)aGTTTACCGCTGGAGTTCACAACCGACTTCACGTTGCTGAGCTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACCTgg > 1:3429274/1‑69 (MQ=255)aGTTTACCGCTGGAGTTCACAACCGACTTCACGTTGCTGAGCTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACCTgg > 1:925812/1‑69 (MQ=255)aGTTTACCGCTGGAGTTCACAACCGACTTCACGTTGCTGAGCTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACCTgg > 1:1433864/1‑69 (MQ=255)aGTTTACCGCTGGAGTTCACAACCGACTTCACGTTGCTGAGCTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACCTgg > 1:629708/1‑69 (MQ=255)aGTTTACAGCTGGAGTTCACAACCGACTTCACCTAGCTGAGCTTGATGCTACCTTTGTATATCACCTg > 1:2537169/1‑68 (MQ=255) cacaACCGACTTCACGTTGCTGAGCTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTcagcag > 1:774742/1‑68 (MQ=255) cacaACCGACTTCACGTTGCTGAGCTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCagcagc > 1:190799/1‑69 (MQ=255) cacaACCGACTTCACGTTGCTGAGCTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCagcagc > 1:2823099/1‑69 (MQ=255) cacaACCGACTTCACGTTGCTGAGCTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCagcagc > 1:762775/1‑69 (MQ=255) cacaACCGACTTCACGTTGCTGAGCTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCagcagc > 1:3167225/1‑69 (MQ=255) cacaACCGACTTCACGTTGCTGAGCTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCagcagc > 1:201510/1‑69 (MQ=255) cacaACCGACTTCACGTTGCTGAGCTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCagcagc > 1:2550378/1‑69 (MQ=255) cacaACCGACTTCACGTTGCTGAGCTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCagcagc > 1:1967845/1‑69 (MQ=255) cacaACCGACTTCACGTTGCTGAGCTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCagcagc > 1:1823926/1‑69 (MQ=255) cacaACCGACTTCACGTTGCTGAGCTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCagcagc > 1:34094/1‑69 (MQ=255) cacaACCGACTTCACGTTGCTGAGCTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCagcagc > 1:1458953/1‑69 (MQ=255) cacaACCGACTTCACGTTGCTGAGCTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCagcagc > 1:604308/1‑69 (MQ=255) cacaACCGACTTCACGTTGCTGAGCTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCagcagc > 1:1547111/1‑69 (MQ=255) aaCCGACTTCACGTTGCTGAGCTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCAGCAGCCGc > 1:1947338/1‑69 (MQ=255) aaCCGACTTCACGTTGCTGAGCTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCAGCAGCCGc > 1:3077649/1‑69 (MQ=255) aaCCGACTTCACGTTGCTGAGCTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCAGCAGCCGc > 1:358619/1‑69 (MQ=255) aaCCGACTTCACGTTGCTGAGCTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCAGCAGCCGc > 1:885995/1‑69 (MQ=255) ccGACTTCACGTTGCTGAGCTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCAGCAGCCGCAc < 1:57461/69‑1 (MQ=255) ccGACTTCACGTTGCTGAGCTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCAGCAGCCGCAc < 1:2483312/69‑1 (MQ=255) gACTTCACGTTGCTGAGCTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCAGCAGCCGCACga < 1:1028858/69‑1 (MQ=255) gACTTCACGTTGCTGAGCTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCAGCAGCCGCACga < 1:328124/69‑1 (MQ=255) gACTTCACGTTGCTGAGCTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCAGCAGCCGCACga < 1:3368703/69‑1 (MQ=255) gACTTCACGTTGCTGAGCTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCAGCAGCCGCACga < 1:2499658/69‑1 (MQ=255) gACTTCACGTTGCTGAGCTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCAGCAGCCGCACga < 1:580841/69‑1 (MQ=255) gACTTCACGTTGCTGAGCTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCAGCAGCCGCACga < 1:214431/69‑1 (MQ=255) gACTTCACGTTGCTGAGCTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCAGCAGCCGCACga < 1:2335805/69‑1 (MQ=255) gACTTCACGTTGCTGAGCTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCAGCAGCCGCACga < 1:1539601/69‑1 (MQ=255) gACTTCACGTTGCTGAGCTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCAGCAGCCGCACga < 1:2253882/69‑1 (MQ=255) gACTTCACGTTGCTGAGCTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCAGCAGCCGCACga < 1:1097149/69‑1 (MQ=255) ttCACGTTGCTGAGCTTGATTCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCAGCAGCCGCACGAGAt > 1:2171059/1‑69 (MQ=255) ttCACGTTGCTGAGCTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCAGGAGCCGCACGAGAt > 1:3041654/1‑69 (MQ=255) ttCACGTTGCTGAGCTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCAGCAGCCGCACGAGAt > 1:414739/1‑69 (MQ=255) ttCACGTTGCTGAGCTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCAGCAGCCGCACGAGAt > 1:79057/1‑69 (MQ=255) ttCACGTTGCTGAGCTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCAGCAGCCGCACGAGAt > 1:1547457/1‑69 (MQ=255) ttCACGTTGCTGAGCTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCAGCAGCCGCACGAGAt > 1:2485941/1‑69 (MQ=255) ttCACGTTGCTGAGCTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCAGCAGCCGCACGAGAt > 1:2762094/1‑69 (MQ=255) cACGTTGCTGAGCTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCAGCAGCCGCACGAGATGc > 1:1978377/1‑69 (MQ=255) cACGTTGCTGAGCTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCAGCAGCCGCACGAGATGc > 1:32346/1‑69 (MQ=255) cACGTTGCTGAGCTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCAGCAGCCGCACGAGATGc > 1:1427772/1‑69 (MQ=255) cACGTTGCTGAGCTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCAGCAGCCGCACGAGATGc > 1:726478/1‑69 (MQ=255) ctagATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCAGCAGCCGCACGAGATGCCGCACCACCGAt > 1:1465135/4‑69 (MQ=255) cTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCAGCAGCCGCACGAGATGCCGCACCACCGa > 1:3115080/1‑68 (MQ=255) cTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCAGCAGCCGCACGAGATGCCGCACCACCGa > 1:2139029/1‑68 (MQ=255) cTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCAGCAGCCGCACGAGATGCCGCACCACCGa < 1:613335/68‑1 (MQ=255) cTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCAGCAGCCGCACGAGATGCCGCACCACCGAt > 1:3082771/1‑69 (MQ=255) cTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCAGCAGCCGCACGAGATGCCGCACCACCGAt > 1:3377442/1‑69 (MQ=255) cTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCAGCAGCCGCACGAGATGCCGCACCACCGAt > 1:1617432/1‑69 (MQ=255) cTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCAGCAGCCGCACGAGATGCCGCACCACCGAt > 1:1695601/1‑69 (MQ=255) cTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCAGCAGCCGCACGAGATGCCGCACCACCGAt > 1:683293/1‑69 (MQ=255) cTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCAGCAGCCGCACGAGATGCCGCACCACCGAt > 1:2979767/1‑69 (MQ=255) cTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCAGCAGCCGCACGAGATGCCGCACCACCGAt > 1:1332149/1‑69 (MQ=255) cTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCAGCAGCCGCACGAGATGCCGCACCACCGAt > 1:2638396/1‑69 (MQ=255) cTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCAGCAGCCGCACGAGATGCCGCACCACCGAt > 1:2571205/1‑69 (MQ=255) cTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCAGCAGCCGCACGAGATGCCGCACCACCGAt > 1:2529078/1‑69 (MQ=255) cTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCAGCAGCCGCACGAGATGCCGCACCACCGAt > 1:2510151/1‑69 (MQ=255) cTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCAGCAGCCGCACGAGATGCCGCACCACCGAt > 1:2307570/1‑69 (MQ=255) cTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCAGCAGCCGCACGAGATGCCGCACCACCGAt > 1:1029217/1‑69 (MQ=255) cTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCAGCAGCCGCACGAGATGCCGCACCACCGAt > 1:234407/1‑69 (MQ=255) gATGCTACCTTTGTTTTTCACCTGGATGCTGGATTcagc < 1:1307534/39‑1 (MQ=255) gATGCTACCTTTGTTTTTCACCTGGATGCTGGATTcagc < 1:1010905/39‑1 (MQ=255) gATGCTACCTTTGTTTTTCACCTGGATGCTGGATTcagc < 1:2738607/39‑1 (MQ=255) gATGCTACCTTTGTTTTTCACCTGGATGCTGGATTcagc < 1:2412799/39‑1 (MQ=255) gATGCTACCTTTGTTTTTCACCTGGATGCTGGATTcagc < 1:251186/39‑1 (MQ=255) gATGCTACCTTTGTTTTTCACCTGGATGCTGGATTcagc < 1:2288429/39‑1 (MQ=255) gATGCTACCTTTGTTTTTCACCTGGATGCTGGATTcagc < 1:2205388/39‑1 (MQ=255) gATGCTACCTTTGTTTTTCACCTGGATGCTGGATTcagc < 1:2188345/39‑1 (MQ=255) gATGCTACCTTTGTTTTTCACCTGGATGCTGGATTcagc < 1:2989865/39‑1 (MQ=255) gATGCTACCTTTGTTTTTCACCTGGATGCTGGATTcagc < 1:3034452/39‑1 (MQ=255) gATGCTACCTTTGTTTTTCACCTGGATGCTGGATTcagc < 1:3238723/39‑1 (MQ=255) gATGCTACCTTTGTTTTTCACCTGGATGCTGGATTcagc < 1:3260915/39‑1 (MQ=255) gATGCTACCTTTGTTTTTCACCTGGATGCTGGATTaagc < 1:2454275/39‑1 (MQ=37) cTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCAGCAGCCGCACGAGATGCCGCACCACCGATGTGGaa > 1:1751831/1‑68 (MQ=255) tttGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCAGCAGCCGCACGAGATGCCg > 1:2033874/1‑47 (MQ=255) tttGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCAGCAGCCGCACGAGATGCCGCACCACCGa > 1:963102/1‑56 (MQ=255) tttGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCAGCAGCCGCACGAGATGCCGCACCACCGATGTGGAACGTACg > 1:1518675/1‑69 (MQ=255) tttGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCAGCAGCCGCACGAGATGCCGCACCACAGATGTGGAACGTACg > 1:1739778/1‑69 (MQ=255) gTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCAGCAGCCGCACGAGATGCCGCACCACCGATGTGGAACGTACGCAt > 1:1775941/1‑69 (MQ=255) gTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCAGCAGCCGCACGAGATGCCGCACCACAGATGTGGAACGTACGCa > 1:815741/1‑68 (MQ=255) | AGTTTACCGCTGGAGTTCACAACCGACTTCACGTTGCTGAGCTTGATGCTACCTTTGTTTTTCACTTGGATGCTGGATTCAGCAGCCGCACGAGATGCCGCACCACCGATGTGGAACGTACGCAT > minE/2254120‑2254244 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |