| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,259,421 | A→G | 8.2% | S574S (TCT→TCC) | rpoB ← | RNA polymerase, beta subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,259,421 | 0 | A | G | 8.2% | 168.9 / 2.7 | 85 | S574S (TCT→TCC) | rpoB | RNA polymerase, beta subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (45/31); new base G (2/5); total (49/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.30e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
ATACGGAGTCTCAAGGAAGCCGTATTCGTTAGTCTGTGCGTACACGGACAGAGAGTTGATCAGACCGATGTTCGGACCTTCAGGGGTTTCGATTGGACATACGCGACCGTAGTGA > minE/2259370‑2259484 | aTACGGAGTCTCAAGGAAGCCGTATTCGTTAGTCTGTGCGTACACGGACAGAGAGTTGATCAGACCGa < 1:1198270/68‑1 (MQ=255)aTACGGAGTCTCAAGGAAGCCGTATTCGTTAGTCTGTGCGTACACGGACAGAGAGTTGATCAGACCGa < 1:2634897/68‑1 (MQ=255)aTACGGAGTCTCAAGGAAGCCGTATTCGTTAGTCTGTGCGTACACGGACAGAGAGTTGATCAGACCGa < 1:1213117/68‑1 (MQ=255)aTACGGAGTCTCAAGGAAGCCGTATTCGTTAGTCTGTGCGTACACGGACAGAGAGTTGATCAGACCGa < 1:1349552/68‑1 (MQ=255)aTACGGAGTCTCAAGGAAGCCGTATTCGTTAGTCTGTGCGTACACGGACAGAGAGTTGATCAGACCGa < 1:306945/68‑1 (MQ=255)aTACGGAGTCTCAAGGAAGCCGTATTCGTTAGTCTGTGCGTACACGGACAGAGAGTTGATCAGACCGa < 1:2184639/68‑1 (MQ=255) gAGTCTCAAGGAAGCCGTATTCGTTAGTCTGTGCGTACACGGACAGAGAGTTGATCAGACCGa < 1:1247790/63‑1 (MQ=255) gTCTCAAGGAAGCCGTATTCGTTAGTCTGTGCGTACACGGACAGAGAGTTGATCAGACCGATGTTCGGa < 1:2317568/69‑1 (MQ=255) gTCTCAAGGAAGCCGTATTCGTTAGTCTGTGCGTACACGGACAGAGAGTTGATCAGACCGATGTTCGGa < 1:2166090/69‑1 (MQ=255) gTCTCAAGGAAGCCGTATTCGTTAGTCTGTGCGTACACGGACAGAGAGTTGATCAGACCGATGTTCGGa < 1:2852508/69‑1 (MQ=255) gTCTCAAGGAAGCCGTATTCGTTAGTCTGTGCGTACACGGACAGAGAGTTGATCAGACCGATGTTCGGa < 1:299666/69‑1 (MQ=255) gTCTCAAGGAAGCCGTATTCGTTAGTCTGTGCGTACACGGACAGAGAGTTGATCAGACCGATGTTCGGa < 1:2324368/69‑1 (MQ=255) gTCTCAAGGAAGCCGTATTCGTTAGTCTGTGCGTACACGGACAGAGAGTTGATCAGACCGATGTTCGGa < 1:3397111/69‑1 (MQ=255) gTCTCAAGGAAGCCGTATTCGTTAGTCTGTGCGTACACGGACAGAGAGTTGATCAGACCGATGTTCGGa < 1:1941875/69‑1 (MQ=255) gTCTCAAGGAAGCCGTATTCGTTAGTCTGTGCGTACACGGACAGAGAGTTGATCAGACCGATGTTCGGa < 1:67433/69‑1 (MQ=255) gTCTCAAGGAAGCCGTATTCGTTAGTCTGTGCGTACACGGACAGAGAGTTGATCAGACCGATGTTCGGa < 1:2118646/69‑1 (MQ=255) gTCTCAAGGAAGCCGTATTCGTTAGTCTGTGCGTACACGGACAGAGAGTTGATCAGACCGATGTTCGGa < 1:2757748/69‑1 (MQ=255) gTCTCAAGGAAGCCGTATTCGTTAGTCTGTGCGTACACGGACAGAGAGTTGATCAGACCGATGTTCGGa < 1:810547/69‑1 (MQ=255) gTCTCAAGGAAGCCGTATTCGTTAGTCTGTGCGTACACGGACAGAGAGTTGATCAGACCGATGTTCGGa < 1:2413453/69‑1 (MQ=255) 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cGTTAGTCTGTGCGTACACGGACAGAGAGTTGATCAGACCGATGTTCGGACCTTCAGGGGTTTCGATTg > 1:25035/1‑69 (MQ=255) cGTTAGTCTGTGCGTACACGGACAGAGAGTTGATCAGACCGATGTTCGGACCTTCAGGGGTTTCGATTg > 1:2743897/1‑69 (MQ=255) cGTTAGTCTGTGCGTACACGGACAGAGAGTTGATCAGACCGATGTTCGGACCTTCAGGGGTTTCGATTg > 1:96226/1‑69 (MQ=255) cGTTAGTCTGTGCGTACACGGACAGAGAGTTGATCAGACCGATGTTCGGACCTTCAGGGGTTTCGATTg > 1:2947971/1‑69 (MQ=255) cGTTAGTCTGTGCGTACACGGACAGAGAGTTGATCAGACCGATGTTCGGACCTTCAGGGGTTTCGATTg > 1:572244/1‑69 (MQ=255) cGTTAGTCTGTGCGTACACGGACAGAGAGTTGATCAGACCGATGTTCGGACCTTCAGGGGTTTCGATTg > 1:850002/1‑69 (MQ=255) cGTTAGTCTGTGCGTACACGGACAGAGAGTTGATCAGACCGATGTTCGGACCTTCAGGGGTTTCGATTg > 1:1580024/1‑69 (MQ=255) cGTTAGTCTGTGCGTACACGGACAGAGAGTTGATCAGACCGATGTTCGGACCTTCAGGGGTTTCGATTg > 1:1436165/1‑69 (MQ=255) cGTTAGTCTGTGCGTACACGGACAGAGAGTTGATCAGACCGATGTTCGGACCTTCAGCGGTTTCGATTg > 1:2954758/1‑69 (MQ=255) aGTCTGTGCGTACACGGACAGAGAGTTGATCAGACCGATGtt < 1:3313975/42‑1 (MQ=255) aGTCTGTGCGTACACGGACAGAGAGTTGATCAGACCGATGTTCGGACCTTCAGGGGTTTCGATTGGACa > 1:1061544/1‑69 (MQ=255) aGTCTGTGCGTACACGGACAGAGAGTTGATCAGACCGATGTTCGGACCTTCAGGGGTTTCGATTGGACa > 1:3154922/1‑69 (MQ=255) aGTCTGTGCGTACACGGACAGAGAGTTGATCAGACCGATGTTCGGACCTTCAGGGGTTTCGATTGGACa > 1:1584878/1‑69 (MQ=255) aGTCTGTGCGTACACGGACAGAGAGTTGATCAGACCGATGTTCGGACCTTCAGGGGTTTCGATTGGACa > 1:3158378/1‑69 (MQ=255) aGTCTGTGCGTACACGGACAGAGAGTTGATCAGACCGATGTTCGGACCTTCAGGGGTTTCGATTGGACa > 1:1936266/1‑69 (MQ=255) aGTCTGTGCGTACACGGACAGAGAGTTGATCAGACCGATGTTCGGACCTTCAGGGGTTTCGATTGGACa > 1:2819569/1‑69 (MQ=255) aGTCTGTGCGTACACGGACAGAGAGTTGATCAGACCGATGTTCGGACCTTCAGGGGTTTCGATTGGACa > 1:2752179/1‑69 (MQ=255) aGTCTGTGCGTACACGGACAGAGAGTTGATCAGACCGATGTTCGGACCTTCAGGGGTTTCGATTGGACa > 1:221993/1‑69 (MQ=255) aGTCTGTGCGTACACGGAAAGAGAGTTGATCAGACCGATGTTCGGACCTTCAGGGGTTTCGATTGGACa > 1:588362/1‑69 (MQ=255) cTGTGCGTACACGGACAGAGAGTTGATCAGACCGa < 1:2019561/35‑1 (MQ=255) tgCGTACACGGACAGAGAGTTGATCAGACCGATGTTCGGACCTTCAGGGGTTTCGATTGGACAt > 1:168912/1‑64 (MQ=255) 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cacGGACAGAGAGTTGATCAGACCGATGTTCGGACCTTCAGGGGTTTCGATTGGACATACGCGACCGt > 1:667790/1‑68 (MQ=255) cacGGACAGAGAGTTGATCAGACCGATGTTCGGACCTTCAGGGGTTTCGATTGGACATACGCGACCGt > 1:1275522/1‑68 (MQ=255) cacGGACAGAGAGTTGATCAGACCGATGTTCGGACCTTCAGGGGTTTCGATTGGACATACGCGACCGt > 1:1278885/1‑68 (MQ=255) cacGGACAGAGAGTTGATCAGACCGATGTTCGGACCTTCAGGGGTTTCGATTGGACATACGCGACCGt > 1:178585/1‑68 (MQ=255) cacGGACAGAGAGTTGATCAGACCGATGTTCGGACCTTCAGGGGTTTCGATTGGACATACGCGACCGTa > 1:2016926/1‑69 (MQ=255) cacGGACAGAGAGTTGATCAGACCGATGTTCGGACCTTCAGGGGTTTCGATTGGACATACGCGACCGTa > 1:1495165/1‑69 (MQ=255) cacGGACAGAGAGTTGATCAGACCGATGTTCGGACCTTCAGGGGTTTCGATTGGACATACGCGACCGTa > 1:2386483/1‑69 (MQ=255) cacGGACAGAGAGTTGATCAGACCGATGTTCGGACCTTCAGGGGTTTCGATTGGACATACGCGACCGTa > 1:2667462/1‑69 (MQ=255) cacGGACAGAGAGTTGATCAGACCGATGTTCGGACCTTCAGGGGTTTCGATTGGACATACGCGACCGTa > 1:2256151/1‑69 (MQ=255) cacGGACAGAGAGTTGATCAGACCGATGTTCGGACCTTCAGGGGTTTCGATTGGACATACGCGACCGTa > 1:865082/1‑69 (MQ=255) cacGGACAGAGAGTTGATCAGACCGATGTTCGGACCTTCAGGGGTTTCGATTGGACATACGCGACCGTa > 1:866404/1‑69 (MQ=255) cacGGACAGAGAGTTGATCAGACCGATGTTCGGACCTTCAGGGGTTTCGATTGGACATACGCGACCGTa > 1:2997577/1‑69 (MQ=255) cacGGACAGAGAGTTGACCAGACCGATGTTCGGACCTTCAGGGGTTTCCATTGGACa > 1:2279235/1‑57 (MQ=255) gccAGCGAGTTGATCAGGCCGATGTTCGGGCCTTCAGGCGTTTCGATCGGGCACACGCGGCCGTAGTgg > 1:1533686/3‑68 (MQ=255) gccAGCGAGTTGATCAGGCCGATGTTCGGGCCTTCAGGCGTTTCGATCGGGCACACGCGGCCGTAGTgg > 1:1846095/3‑68 (MQ=255) | ATACGGAGTCTCAAGGAAGCCGTATTCGTTAGTCTGTGCGTACACGGACAGAGAGTTGATCAGACCGATGTTCGGACCTTCAGGGGTTTCGATTGGACATACGCGACCGTAGTGA > minE/2259370‑2259484 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |