| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,290,737 | A→G | 46.0% | V483V (GTA→GTG) | ppc → | phosphoenolpyruvate carboxylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,290,737 | 0 | A | G | 46.0% | 4.1 / 52.1 | 63 | V483V (GTA→GTG) | ppc | phosphoenolpyruvate carboxylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (17/17); new base G (18/11); total (35/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGCCGAAGCACCGCAAGGCTCCATTGCCGCCTACGTGATCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATGCCGGTTGCTC > minE/2290671‑2290795 | tGCCGAAGCACCGCAAGGCTCCATTGCCGCCTACGTGATCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACt > 1:1659191/1‑69 (MQ=255)tGCCGAAGCACCGCAAGGCTCCATTGCCGCCTACGTGATCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACt > 1:942053/1‑69 (MQ=255)tGCCGAAGCACCGCAAGGCTCCATTGCCGCCTACGTGATCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACt > 1:1612835/1‑69 (MQ=255)tGCCGAAGCACCGCAAGGCTCCATTGCCGCCTACGTGATCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACt > 1:646051/1‑69 (MQ=255)tGCCGAAGCACCGCAAGGCTCCATTGCCGCCTACGTGATCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACt > 1:1330579/1‑69 (MQ=255) cACCGCAAGGCTCCATTGCCGCCTACGTGATCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTcc < 1:1138291/69‑1 (MQ=255) cACCGCAAGGCTCCATTGCCGCCTACGTGATCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTcc < 1:1496560/69‑1 (MQ=255) cACCGCAAGGCTCCATTGCCGCCTACGTGATCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTcc < 1:715509/69‑1 (MQ=255) cACCGCAAGGCTCCATTGCCGCCTACGTGATCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTcc < 1:933551/69‑1 (MQ=255) ccATTGCCGCCTACGTGATCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTGCTGGCTGTCCACctgctgct > 1:877302/1‑67 (MQ=255) ccATTGCCGCCTACGTGATCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTGCTGGCTGTCCACctgctgct > 1:1253930/1‑67 (MQ=255) ccATTGCCGCCTACGTGATCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTGCTGGCTGTCCACctgctgct > 1:2466729/1‑67 (MQ=255) ccATTGCCGCCTACGTGATCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTGCTGGCTGTCCACctgctgct > 1:2752981/1‑67 (MQ=255) ccATTGCCGCCTACGTGATCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTGCTGGCTGTCCACctgctgct > 1:1587371/1‑67 (MQ=255) ccATTGCCGCCTACGTGATCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTGCTGGCTGTCCACctgctgct > 1:122148/1‑67 (MQ=255) ccATTGCCGCCTACGTGATCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTGCTGGCTGTCCACctgctgct > 1:3024159/1‑67 (MQ=255) ccATTGCCGCCTACGTGATCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTCCACCTGCTGCTGa < 1:220617/69‑1 (MQ=255) ccATTGCCGCCTACGTGATCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTCCACCTGCTGCTGa < 1:2941322/69‑1 (MQ=255) ccATTGCCGCCTACGTGATCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTCCACCTGCTGCTGa < 1:2367009/69‑1 (MQ=255) ccATTGCCGCCTACGTGATCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTCCACCTGCTGCTGa < 1:1746810/69‑1 (MQ=255) ccATTGCCGCCTACGTGATCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTCCACCTGCTGCTGa < 1:1693006/69‑1 (MQ=255) ccATTGCCGCCTACGTGATCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTCCACCTGCTGCTGa < 1:525819/69‑1 (MQ=255) gccgccTACGTGATCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAaagaa > 1:1245138/1‑69 (MQ=255) cGTGATCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTAt > 1:3397262/1‑69 (MQ=255) cGTGATCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTAt > 1:2611266/1‑69 (MQ=255) cGTGATCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTAt > 1:537068/1‑69 (MQ=255) aTCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCggg > 1:2998548/1‑69 (MQ=255) aTCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCggg > 1:2541947/1‑69 (MQ=255) aTCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCggg > 1:2104824/1‑69 (MQ=255) ctcGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGt < 1:2254814/61‑1 (MQ=255) ctcGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGt < 1:1543001/61‑1 (MQ=255) ctcGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGt < 1:1365867/61‑1 (MQ=255) ctcGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGt < 1:1298890/61‑1 (MQ=255) ctcGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTCCACCTGATGCTGAAAGAAGCGGGt < 1:2834058/61‑1 (MQ=255) gCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATg > 1:2828983/1‑69 (MQ=255) gCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATg > 1:1977250/1‑69 (MQ=255) gCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATg > 1:698127/1‑69 (MQ=255) gCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATg > 1:1272093/1‑69 (MQ=255) gCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATg > 1:2116979/1‑69 (MQ=255) gCCGTCCGACGTACTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATGCCGGTTGc < 1:2865207/69‑1 (MQ=255) gCCGTCCGACGTACTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATGCCGGTTGc < 1:2339396/69‑1 (MQ=255) cGTCCGACGTGCTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATGCCGGTTGCTc > 1:3045748/1‑69 (MQ=255) cGTCCGACGTGCTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATGCCGGTTGCTc > 1:1338093/1‑69 (MQ=255) cGTCCGACGTGCTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATGCCGGTTGCTc > 1:477209/1‑69 (MQ=255) cGTCCGACGTGCTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATGCCGGTTGCTc > 1:1214507/1‑69 (MQ=255) cGTCCGACGTGCTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATGCCGGTTGCTc > 1:357648/1‑69 (MQ=255) cGTCCGACGTGCTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATGCCGGTTGCTc > 1:3239970/1‑69 (MQ=255) cGTCCGACGTGCTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATGCCGGTTGCTc > 1:3116969/1‑69 (MQ=255) cGTCCGACGTGCTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATGCCGGTTGCTc > 1:3035856/1‑69 (MQ=255) cGTCCGACGTGCTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATGCCGGTTGCTc > 1:2982008/1‑69 (MQ=255) cGTCCGACGTGCTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATGCCGGTTGCTc > 1:2759804/1‑69 (MQ=255) cGTCCGACGTGCTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATGCCGGTTGCTc > 1:1047870/1‑69 (MQ=255) tCCGACGTGCTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATGCCGGTTGc < 1:196528/65‑1 (MQ=255) tCCGACGTGCTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATGCCGGTTGc < 1:51384/65‑1 (MQ=255) tCCGACGTGCTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATGCCGGTTGc < 1:1526696/65‑1 (MQ=255) tCCGACGTGCTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATGCCGGTTGc < 1:1474958/65‑1 (MQ=255) tCCGACGTGCTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATGCCGGTTGc < 1:1994058/65‑1 (MQ=255) tCCGACGTGCTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATGCCGGTTGc < 1:2771688/65‑1 (MQ=255) tCCGACGTGCTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATGCCGGTTGc < 1:699824/65‑1 (MQ=255) tCCGACGTGCTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATGCCGGTTGc < 1:845881/65‑1 (MQ=255) tCCGACGTGCTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATGCCGGTTGc < 1:2086440/65‑1 (MQ=255) tCCGACGTGCTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATGCCGGTTGc < 1:2578518/65‑1 (MQ=255) tCCGACGTGCTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATGCCGGTTGc < 1:996077/65‑1 (MQ=255) | TGCCGAAGCACCGCAAGGCTCCATTGCCGCCTACGTGATCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATGCCGGTTGCTC > minE/2290671‑2290795 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |