| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,292,688 | A→T | 58.2% | intergenic (+239/‑182) | fsaB → / → gldA | fructose‑6‑phosphate aldolase 2/glycerol dehydrogenase, NAD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,292,688 | 0 | A | T | 58.2% | 20.0 / 63.9 | 67 | intergenic (+239/‑182) | fsaB/gldA | fructose‑6‑phosphate aldolase 2/glycerol dehydrogenase, NAD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (15/13); new base T (13/26); total (28/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.33e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.00e-01 | |||||||||||
TCGTACGGTTCAGGAGCTGCAAACGCTGTTAGAAATGCACGCGCCAGAAAGCATGGTGCTGGCAGCCAGCTTTAAAACGCCGCGTCAGGCGCTGGACTGTTTACTGGCAGGATGTGAATCCATCACCCTGCC > minE/2292625‑2292756 | tCGTACGGTTCAGGAGCTGCAAACGCTGTTAGAAATGCACGCGCCAGAAAGCATGGTGCTGGcagccag < 1:664749/69‑1 (MQ=255) cGTACGGTTCAGGAGCTGCAAACGCTGTTAGAAATGCACGCGCCAGAAAGCATGGTTCTGGcagccagc > 1:3395390/1‑69 (MQ=255) cGTACGGTTCAGGAGCTGCAAACGCTGTTAGAAATGCACGCGCCAGAAAGCATGGTGCTGGcagccagc > 1:793369/1‑69 (MQ=255) cGTACGGTTCAGGAGCTGCAAACGCTGTTAGAAATGCACGCGCCAGAAAGCATGGTGCTGGcagccagc > 1:1827185/1‑69 (MQ=255) cGTACGGTTCAGGAGCTGCAAACGCTGTTAGAAATGCACGCGCCAGAAAGCATGGTGCTGGcagccagc > 1:1848194/1‑69 (MQ=255) cGTACGGTTCAGGAGCTGCAAACGCTGTTAGAAATGCACGCGCCAGAAAGCATGGTGCTGGcagccagc > 1:729822/1‑69 (MQ=255) cGTACGGTTCAGGAGCTGCAAACGCTGTTAGAAATGCACGCGCCAGAAAGCATGGTGCTGGcagccagc < 1:2349316/69‑1 (MQ=255) cGTACGGTTCAGGAGCTGCAAACGCTGTTAGAAATGCACGCGCCAGAAAGCATGGTGCTGGcagccagc > 1:1526819/1‑69 (MQ=255) cGTACGGTTCAGGAGCTGCAAACGCTGTTAGAAATGCACGCGCCAGAAAGCATGGTGCTGGcagccagc < 1:60902/69‑1 (MQ=255) cGTACGGTTCAGGAGCTGCAAACGCTGTTAGAAATGCACGCGCCAGAAAGCATGGTGCTGGcagccagc > 1:2844412/1‑69 (MQ=255) cGTACGGTTCAGGAGCTGCAAACGCTGTTAGAAATGCACGCGCCAGAAAGCATGGTGCTGGcagccagc > 1:2882748/1‑69 (MQ=255) cGTACGGTTCAGGAGCTGCAAACGCTGTTAGAAATGCACGCGCCAGAAAGCATGGTGCTGGcagccagc > 1:2935276/1‑69 (MQ=255) cGTACGGTTCAGGAGCTGCAAACGCTGTTAGAAATGCACGCGCCAGAAAGCATGGTGCTGGcagccagc > 1:544360/1‑69 (MQ=255) cGTACGGTTCAGGAGCTGCAAACGCTGTTAGAAATGCACGCGCCAGAAAGCATGGTGCTGGcagccagc > 1:539981/1‑69 (MQ=255) cGTACGGTTCAGGAGCTGCAAACGCTGTTAGAAATGCACGCGCCAGAAAGCATGGTGCTGGcagccagc < 1:472060/69‑1 (MQ=255) cGTACGGTTCAGGAGCTGCAAACGCTGTTAGAAATGCACGCGCCAGAAAGCATGGTGCTGGcagccagc > 1:436781/1‑69 (MQ=255) cGTACGGTTCAGGAGCTGCAAACGCTGTTAGAAATGCACGCGCCAGAAAGCATGGTGCTGGcagccagc > 1:383536/1‑69 (MQ=255) ggAGTTGCAAGCGTTACTGGAAATGCATGCGCCAGAAAGCATGGTGCTGGCTGCCAGCTTTAAAAcacc > 1:2362998/1‑69 (MQ=255) ggAGTTGCAAGCGTTACTGGAAATGCATGCGCCAGAAAGCATGGTGCTGGCTGCCAGCTTTAAAAcacc > 1:2347231/1‑69 (MQ=255) ggAGTTGCAAGCGTTACTGGAAATGCATGCGCCAGAAAGCATGGTGCTGGCTGCCAGCTTTAAAAcacc > 1:1864136/1‑69 (MQ=255) ggAGTTGCAAGCGTTACTGGAAATGCATGCGCCAGAAAGCATGGTGCTGGCTGCCAGCTTTAAAAcacc > 1:2284239/1‑69 (MQ=255) ggAGTTGCAAGCGTTACTGGAAATGCATGCGCCAGAAAGCATGGTGCTGGCTGCCAGCTTTAAAAcacc > 1:1101255/1‑69 (MQ=255) ggAGTTGCAAGCGTTACTGGAAATGCATGCGCCAGAAAGCATGGTGCTGGCTGCCAGCTTTAAAAcacc > 1:1493469/1‑69 (MQ=255) ggAGTTGCAAGCGTTACTGGAAATGCATGCGCCAGAAAGCATGGTGCTGGCTGCCAGCTTTAAAAcacc > 1:1209629/1‑69 (MQ=255) ggAGTTGCAAGCGTTACTGGAAATGCATGCGCCAGAAAGCATGGTGCTGGCTGCCAGCTTTAAAAcacc > 1:1568697/1‑69 (MQ=255) ggAGTTGCAAGCGTTACTGGAAATGCATGCGCCAGAAAGCATGGTGCTGGCTGCCAGCTTTAAAAcacc > 1:1692895/1‑69 (MQ=255) ggAGTTGCAAGCGTTACTGGAAATGCATGCGCCAGAAAGCATGGTGCTGGCTGCCAGCTTTAAAAcacc > 1:1668258/1‑69 (MQ=255) ggAGTTGCAAGCGTTACTGGAAATGCATGCGCCAGAAAGCATGGTGCTGGCTGCCAGCTTTAAAAcacc > 1:1162700/1‑69 (MQ=255) ggAGTTGCAAGCGTTACTGGAAATGCATGCGCCAGAAAGCATGGTGCTGGCTGCCAGCTTTAAAAcac > 1:953027/1‑66 (MQ=255) ggAGTTGCAAGCGTTACTGGAAATGCATGCGCAAGAAAGCATGGTGCTGGCTGCCAGCTTTAAAAcac > 1:2794384/1‑66 (MQ=255) aaCGCTGTTAGAAATGCACGCGCCAGAAAGCATGGTGCTGGCAGCCAGCTTTaa > 1:1043137/1‑54 (MQ=255) aGAAATGCACGCGCCAGAAAGCATGGTGCTGGCAGCCAGCTTTAAAACGCCGCGTCAGGCGCTGGACTg > 1:327913/1‑69 (MQ=255) aGAAATGCACGCGCCAGAAAGCATGGTGCTGGCAGCCAGCTTTAAAACGCCGCGTCAGGCGCTGGACTg > 1:676729/1‑69 (MQ=255) aGAAATGCACGCGCCAGAAAGCATGGTGCTGGCAGCCAGCTTTAAAACGCCGCGTCAGGCGCTGGACTg > 1:1433290/1‑69 (MQ=255) aGAAATGAACGCGCCAGAAAGCATGGTGCTGGCAGCCAGCTTTAAAACGCCGCGTCAGGCGCTGGACTg > 1:1608528/1‑69 (MQ=255) aaTGCACGCGCCAGAAAGGATGGTGCTGGCAGCCAGCTTTAAAACGCCGCGGCAGGCGCTGGACTGtt < 1:1030740/68‑1 (MQ=255) aaTGCACGCGCCAGAAAGCATGGTGCTGGCAGCCAGCTTTAAAACGCCGCGTCAGGCGCTGGACTGtt < 1:3291755/68‑1 (MQ=255) aaTGCACGCGCCAGAAAGCATGGTGCTGGCAGCCAGCTTTAAAACGCCGCGTCAGGCGCTGGACTGtt < 1:779308/68‑1 (MQ=255) aaTGCACGCGCCAGAAAGCATGGTGCTGGCAGCCAGCTTTAAAACGCCGCGTCAGGCGCTGGACTGtt < 1:298829/68‑1 (MQ=255) aaTGCACGCGCCAGAAAGCATGGTGCTGGCAGCCAGCTTTAAAACGCCGCGTCAGGCGCTGGACTGtt < 1:3319715/68‑1 (MQ=255) aaTGCACGCGCCAGAAAGCATGGTGCTGGCAGCCAGCTTTAAAACGCCGCGTCAGGCGCTGGACTGtt < 1:2956745/68‑1 (MQ=255) aaTGCACGCGCCAGAAAGCATGGTGCTGGCAGCCAGCTTTAAAACGCCGCGTCAGGCGCTGGACTGtt < 1:1890978/68‑1 (MQ=255) aaTGCACGCGCCAGAAAGCATGGTGCTGGCAGCCAGCTTTAAAACGCCGCGTCAGGCGCTGGACTGtt < 1:2689710/68‑1 (MQ=255) aaTGCACGCGCCAGAAAGCATGGTGCTGGCAGCCAGCTTTAAAACGCCGCGTCAGGCGCTGGACTGtt < 1:2774470/68‑1 (MQ=255) tGCACGCGCCAGAAAGCATGGTGCTGGCAGCCAGCTTTAAAACGCCGCGTCAGGCGCTGGACTGTTTAc < 1:1175372/69‑1 (MQ=255) tGCACGCGCCAGAAAGCATGGTGCTGGCAGCCAGCTTTAAAACGCCGCGTCAGGCGCTGGACTGTTTAc > 1:908755/1‑69 (MQ=255) gCACGCGCCAGAAAGCATGGTGCTGGCAGCCAGCTTTAAAACGCCGCGTCAGGCGCTGGACTGTTTACt > 1:557130/1‑69 (MQ=255) gCACGCGCCAGAAAGCATGGTGCTGGCAGCCAGCTTTAAAACGCCGCGTCAGGCGCTGGACTGTTTACt > 1:2927365/1‑69 (MQ=255) gCACGCGCCAGAAAGCATGGTGCTGGCAGCCAGCTTTAAAACGCCGCGTCAGGCGCTGGACTGTTTACt > 1:632451/1‑69 (MQ=255) gCACGCGCCAGAAAGCATGGTGCTGGCAGCCAGCTTTAAAACGCCGCGTCAGGCGCTGGACTGTTTACt > 1:2422347/1‑69 (MQ=255) gCACGCGCCAGAAAGCATGGTGCTGGCAGCCAGCTTTAAAACGCCGCGTCAGGCGCTGGACTGTTTACt > 1:2063894/1‑69 (MQ=255) gCACGCGCCAGAAAGCATGGTGCTGGCAGCCAGCTTTAAAACGCCGCGTCAGGCGCTGGACTGTTTACt > 1:2106674/1‑69 (MQ=255) gCACGCGCCAGAAAGCATGGTGCTGGCAGCCAGCTTTAAAACGCCGCGTCAGGCGCTGGACTGTTTACt > 1:2283472/1‑69 (MQ=255) gCACGCGCCAGAAAGCATGGTGCTGGCAGCCAGCTTTAAAACGCCGCGTCAGGCGCTGGACTGTTTACt > 1:415729/1‑69 (MQ=255) gCACGCGCCAGAAAGCATGGTGCTGGCAGCCAGCTTTAAAACGCCGCGTCAGGCGATGGACTGttt > 1:2532585/1‑66 (MQ=255) aCGCGCCAGAAAGCATGGTGCTGGCAGCCAGCTTTAAAACGCCGCGTCAGGCGCTGGACTGtt < 1:2278005/63‑1 (MQ=255) tgcgcCAGAAAGCTTGGTGCTGGCTGCCAGCTTTATAACACCACGTCAGGCGCTGGATTGTTTGCTGGc < 1:1190198/68‑1 (MQ=21) tgcgcCAGAAAGCATGGTGCTGGCTGCCAGCTTTAAAACACCACGTCAGGCGCTGGATTGTTTGCTGGc < 1:883251/68‑1 (MQ=25) tgcgcCAGAAAGCATGGTGCTGGCTGCCAGCTTTAAAACACCACGTCAGGCGCTGGATTGTTTGCTGGc < 1:912062/68‑1 (MQ=25) tgcgcCAGAAAGCATGGTGCTGGCTGCCAGCTTTAAAACACCACGTCAGGCGCTGGATTGTTTGCTGGc < 1:991930/68‑1 (MQ=25) tgcgcCAGAAAGCATGGTGCTGGCTGCCAGCTTTAAAACACCACGTCAGGCGCTGGATTGTTTGCTGGc < 1:719790/68‑1 (MQ=25) tgcgcCAGAAAGCATGGTGCTGGCTGCCAGCTTTAAAACACCACGTCAGGCGCTGGATTGTTTGCTGGc < 1:607024/68‑1 (MQ=25) tgcgcCAGAAAGCATGGTGCTGGCTGCCAGCTTTAAAACACCACGTCAGGCGCTGGATTGTTTGCTGGc < 1:976558/68‑1 (MQ=25) tgcgcCAGAAAGCATGGTGCTGGCTGCCAGCTTTAAAACACCACGTCAGGCGCTGGATTGTTTGCTGGc < 1:3230551/68‑1 (MQ=25) tgcgcCAGAAAGCATGGTGCTGGCTGCCAGCTTTAAAACACCACGTCAGGCGCTGGATTGTTTGCTGGc < 1:130427/68‑1 (MQ=25) tgcgcCAGAAAGCATGGTGCTGGCTGCCAGCTTTAAAACACCACGTCAGGCGCTGGATTGTTTGCTGGc < 1:1484610/68‑1 (MQ=25) tgcgcCAGAAAGCATGGTGCTGGCTGCCAGCTTTAAAACACCACGTCAGGCGCTGGATTGTTTGCTGGc < 1:1543156/68‑1 (MQ=25) tgcgcCAGAAAGCATGGTGCTGGCTGCCAGCTTTAAAACACCACGTCAGGCGCTGGATTGTTTGCTGGc < 1:1710333/68‑1 (MQ=25) tgcgcCAGAAAGCATGGTGCTGGCTGCCAGCTTTAAAACACCACGTCAGGCGCTGGATTGTTTGCTGGc < 1:1752929/68‑1 (MQ=25) tgcgcCAGAAAGCATGGTGCTGGCTGCCAGCTTTAAAACACCACGTCAGGCGCTGGATTGTTTGCTGGc < 1:1777589/68‑1 (MQ=25) tgcgcCAGAAAGCATGGTGCTGGCTGCCAGCTTTAAAACACCACGTCAGGCGCTGGATTGTTTGCTGGc < 1:2086639/68‑1 (MQ=25) tgcgcCAGAAAGCATGGTGCTGGCTGCCAGCTTTAAAACACCACGTCAGGCGCTGGATTGTTTGCTGGc < 1:2108534/68‑1 (MQ=25) tgcgcCAGAAAGCATGGTGCTGGCTGCCAGCTTTAAAACACCACGTCAGGCGCTGGATTGTTTGCTGGc < 1:2373826/68‑1 (MQ=25) tgcgcCAGAAAGCATGGTGCTGGCTGCCAGCTTTAAAACACCACGTCAGGCGCTGGATTGTTTGCTGGc < 1:2532134/68‑1 (MQ=25) tgcgcCAGAAAGCATGGTGCTGGCTGCCAGCTTTAAAACACCACGTCAGGCGCTGGATTGTTTGCTGGc < 1:2560783/68‑1 (MQ=25) tgcgcCAGAAAGCATGGTGCTGGCTGCCAGCTTTAAAACACCACGTCAGGCGCTGGATTGTTTGCTGGc < 1:3093352/68‑1 (MQ=25) tgcgcCAGAAAGCATGGTGCTGGCTGCCAGCTTTAAAACACCACGTCAGGCGCTGGATTGTTTGCTGGc < 1:3127883/68‑1 (MQ=25) tgcgcCAGAAAGCATGGTGCTGGCTGCCAGCTTTAAAACACCACGTCAGGCGCTGGATTGTTTGCTGGc < 1:3325272/68‑1 (MQ=25) tgcgcCAGAAAGCATGGTGCTGGCTGCCAGCTTTAAAAAACCACGTCAGGCGCTGGATTGTTTGCTGGc < 1:2638173/68‑1 (MQ=25) gcgcCAGAAAGCTTGGTGCTGGCTGCCAGCTTTAAAACACCACGTCAGGCGCTGGATTGTTTGCTGGc < 1:3119480/68‑1 (MQ=21) gcgcCAGAAAGCATGGTGCTGGCTGCCAGCTTTAAAACACCACGTCAGGCGCTGGATTGTTTGCTGGc < 1:3086742/68‑1 (MQ=25) gcgcCAGAAAGCATGGTGCTGGCTGCCAGCTTTAAAACACCACGTCAGGCGCTGGATTGTTTGCTGGc < 1:1694458/68‑1 (MQ=25) cAGAAAGCATGGTGCTGGCAGCCAGCTTTAAAACGCCGCGTCAGGCGCTGGACTGTTTACTGGCAGGAt < 1:2594532/69‑1 (MQ=255) cAGAAAGCATGGTGCTGGCAGCCAGCTTTAAAACGCCGCGTCAGGCGCTGGACTGTTTACTGGCAGGAt < 1:2781200/69‑1 (MQ=255) agccagcTTTAAAACGCCGCGTCAGGCGCTGGACTGTTTACTGGCAGGATGTGAATCCATCACCCTGcc < 1:2508425/69‑1 (MQ=255) | TCGTACGGTTCAGGAGCTGCAAACGCTGTTAGAAATGCACGCGCCAGAAAGCATGGTGCTGGCAGCCAGCTTTAAAACGCCGCGTCAGGCGCTGGACTGTTTACTGGCAGGATGTGAATCCATCACCCTGCC > minE/2292625‑2292756 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |