| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,292,938 | A→G | 39.4% | E23E (GAA→GAG) | gldA → | glycerol dehydrogenase, NAD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,292,938 | 0 | A | G | 39.4% | 49.4 / 80.8 | 114 | E23E (GAA→GAG) | gldA | glycerol dehydrogenase, NAD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (32/37); new base G (36/9); total (68/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.06e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
GGACCGCATTATTCAATCACCGGGTAAATACATCCAGGGCGCTGATGTGATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAGGTTTTGCTCAATC > minE/2292872‑2293006 | ggACCGCATTATTCAATCACCAGGTAAATACATCCAGGGCGCAGATGTAATTAATCGTCTGGGCGAGTa > 1:2876887/1‑69 (MQ=255)ggACCGCATTATTCAATCACCAGGTAAATACATCCAGGGCGCAGATGTAATTAATCGTCTGGGCGAGTa > 1:2741177/1‑69 (MQ=255)ggACCGCATTATTCAATCACCAGGTAAATACATCCAGGGCGCAGATGTAATTAATCGTCTGGGCGAGTa > 1:2618197/1‑69 (MQ=255)ggACCGCATTATTCAATCACCAGGTAAATACATCCAGGGCGCAGATGTAATTAATCGTCTGGGCGAGTa > 1:2615876/1‑69 (MQ=255)ggACCGCATTATTCAATCACCAGGTAAATACATCCAGGGCGCAGATGTAATTAATCGTCTGGGCGAGTa > 1:2456981/1‑69 (MQ=255)ggACCGCATTATTCAATCACCAGGTAAATACATCCAGGGCGCAGATGTAATTAATCGTCTGGGCGAGTa > 1:2432503/1‑69 (MQ=255)ggACCGCATTATTCAATCACCAGGTAAATACATCCAGGGCGCAGATGTAATTAATCGTCTGGGCGAGTa > 1:1458697/1‑69 (MQ=255)ggACCGCATTATTCAATCACCAGGTAAATACATCCAGGGCGCAGATGTAATTAATCGTCTGGGCGAGTa > 1:2273404/1‑69 (MQ=255) gACCGCATTATTCAATCACCGGGTAAATACATCCAGGGCGCTGATGTGATTAATCGTCTGGGCGAATAc < 1:1050250/69‑1 (MQ=255) gACCGCATTATTCAATCACCGGGTAAATACATCCAGGGCGCTGATGTGATTAATCGTCTGGGCGAATAc < 1:563595/69‑1 (MQ=255) gACCGCATTATTCAATCACCGGGTAAATACATCCAGGGCGCTGATGTGATTAATCGTCTGGGCGAATAc < 1:383451/69‑1 (MQ=255) gACCGCATTATTCAATCACCGGGTAAATACATCCAGGGCGCTGATGTGATTAATCGTCTGGGCGAATAc < 1:2685365/69‑1 (MQ=255) tattCAATCACCGGGTAAATACATCCAGGGCGCTGATGTGATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGcc < 1:1718847/69‑1 (MQ=255) cAATCACCGGGTAAATACATCCAGGGCGCTGATGTGATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCt > 1:2676060/1‑68 (MQ=255) cACCGGGTAAATACATCCAGGGCGCTGATGTGATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAg > 1:2293560/1‑69 (MQ=255) cACCGGGTAAATACATCCAGGGCGCTGATGTGATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAg > 1:3322517/1‑69 (MQ=255) cACCGGGTAAATACATCCAGGGCGCTGATGTGATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAg > 1:2087325/1‑69 (MQ=255) cACCGGGTAAATACATCCAGGGCGCTGATGTGATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAg > 1:874063/1‑69 (MQ=255) gTAAATACATCCAGGGCGCTGATGTGATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCt > 1:2841408/1‑69 (MQ=255) tAAATACATCCAGGGCGCTGATGTGATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTg > 1:1767340/1‑69 (MQ=255) tACATCCAGGGCGCTGATGTGATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGtt < 1:1503620/68‑1 (MQ=255) tACATCCAGGGCGCTGATGTGATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGtt < 1:1973186/68‑1 (MQ=255) cATCCAGGGCGCTGATGTGATTAATCGTCTTGGCGAATACCTGAAGCCTCTGGCAGAACGCTGGTTAgt < 1:1583326/69‑1 (MQ=255) cATCCAGGGCGCTGATGTGATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAgt < 1:1657349/69‑1 (MQ=255) cATCCAGGGCGCTGATGTGATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAgt < 1:1745337/69‑1 (MQ=255) cATCCAGGGCGCTGATGTGATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAgt < 1:3087292/69‑1 (MQ=255) cATCCAGGGCGCTGATGTGATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAgt < 1:828978/69‑1 (MQ=255) cATCCAGGGCGCTGATGTGATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAgt < 1:757274/69‑1 (MQ=255) cATCCAGGGCGCTGATGTGATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAgt < 1:2880791/69‑1 (MQ=255) ccAGGGCGCTGATGTGATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAgtggt < 1:1013713/69‑1 (MQ=255) ccAGGGCGCTGATGTGATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAgtggt < 1:577405/69‑1 (MQ=255) ccAGGGCGCTGATGTGATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAgtggt < 1:3285427/69‑1 (MQ=255) ccAGGGCGCTGATGTGATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAgtggt < 1:1905826/69‑1 (MQ=255) ccAGGGCGCTGATGTGATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAgtggt < 1:824104/69‑1 (MQ=255) ccAGGGCGCTGATGTGATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAgtggt < 1:3007164/69‑1 (MQ=255) ccAGGGCGCTGATGTGATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAgtggt < 1:2858857/69‑1 (MQ=255) cAGGGCGCTGATGTGATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAg < 1:1145431/52‑1 (MQ=255) cAGGGCGCTGATGTGATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAg < 1:767971/52‑1 (MQ=255) cAGGCCGCTGATGTGATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAg < 1:2647175/52‑1 (MQ=255) aGGGCGCAGATGTAATTAATCGTCTGGGCGAGTACCTGAAGCCACTGGCGGAACGCTGGTTAGtggtgg > 1:1070066/1‑69 (MQ=255) aGGGCGCAGATGTAATTAATCGTCTGGGCGAGTACCTGAAGCCACTGGCGGAACGCTGGTTAGtggtgg > 1:2425280/1‑69 (MQ=255) aGGGCGCAGATGTAATTAATCGTCTGGGCGAGTACCTGAAGCCACTGGCGGAACGCTGGTTAGtggtgg > 1:2047639/1‑69 (MQ=255) aGGGCGCAGATGTAATTAATCGTCTGGGCGAGTACCTGAAGCCACTGGCGGAACGCTGGTTAGtggtgg > 1:1924559/1‑69 (MQ=255) aGGGCGCAGATGTAATTAATCGTCTGGGCGAGTACCTGAAGCCACTGGCGGAACGCTGGTTAGtggtgg > 1:3272804/1‑69 (MQ=255) aGGGCGCAGATGTAATTAATCGTCTGGGCGAGTACCTGAAGCCACTGGCGGAACGCTGGTTAGtggtgg > 1:3413644/1‑69 (MQ=255) aGGGCGCAGATGTAATTAATCGTCTGGGCGAGTACCTGAAGCCACTGGCGGAACGCTGGTTAGtggtgg > 1:3324892/1‑69 (MQ=255) aGGGCGCAGATGTAATTAATCGTCTGGGCGAGTACCTGAAGCCACTGGCGGAACGCTGGTTAGtggtgg > 1:2608012/1‑69 (MQ=255) aGGGCGCAGATGTAATTAATCGTCTGGGCGAGTACCTGAAGCCACTGGCGGAACGCTGGTTAGtggtgg > 1:140133/1‑69 (MQ=255) aGGGCGCAGATGTAATTAATCGTCTGGGCGAGTACCTGAAGCCACTGGCGGAACGCTGGTTAGtggtgg > 1:588443/1‑69 (MQ=255) aTGTGATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAgtggt < 1:512828/58‑1 (MQ=255) aTGTAATTAATCGTCTGGTCGAGTACCTGAAGCCACTGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAAt < 1:3417625/69‑1 (MQ=255) aTGTAATTAATCGTCTGGGCGAGTACCTGAAGCCACTGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAAt < 1:2903540/69‑1 (MQ=255) aTGTAATTAATCGTCTGGGCGAGTACCTGAAGCCACTGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAAt < 1:2635744/69‑1 (MQ=255) aTGTAATTAATCGTCTGGGCGAGTACCTGAAGCCACTGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAAt < 1:2545072/69‑1 (MQ=255) aTGTAATTAATCGTCTGGGCGAGTACCTGAAGCCACTGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAAt < 1:2479502/69‑1 (MQ=255) aTGTAATTAATCGTCTGGGCGAGTACCTGAAGCCACTGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAAt < 1:1568136/69‑1 (MQ=255) aTGTAATTAATCGTCTGGGCGAGTACCTGAAGCCACTGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAAt < 1:774212/69‑1 (MQ=255) aTGTAATTAATCGTCTGGGCGAGTACCTGAAGCCACTGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAAt < 1:1869237/69‑1 (MQ=255) gtgATTAATCGTCTGGGCGAATACGTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAAttt > 1:3295486/1‑69 (MQ=255) gtgATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCa > 1:1687898/1‑39 (MQ=255) gtgATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGACCGc > 1:3000784/1‑45 (MQ=255) gtgATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAgt < 1:1063984/53‑1 (MQ=255) gtgATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAgt < 1:442187/53‑1 (MQ=255) gtgATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAgt < 1:1826025/53‑1 (MQ=255) gtgATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAgt < 1:1832507/53‑1 (MQ=255) gtgATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACGAAttt > 1:2946399/1‑69 (MQ=255) gtgATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAAttt > 1:755993/1‑69 (MQ=255) gtgATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAAttt > 1:1668464/1‑69 (MQ=255) gtgATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAAttt > 1:1428172/1‑69 (MQ=255) gtgATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAAttt > 1:2894449/1‑69 (MQ=255) gtgATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAAttt > 1:3272618/1‑69 (MQ=255) gtgATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAAttt > 1:2591944/1‑69 (MQ=255) gtgATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAAttt > 1:1292833/1‑69 (MQ=255) gtgATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAAttt > 1:2860437/1‑69 (MQ=255) gtgATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAAtt > 1:1079781/1‑68 (MQ=255) aTTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGt > 1:228375/1‑68 (MQ=255) aTTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGt > 1:1736648/1‑68 (MQ=255) tCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAgg > 1:640454/1‑69 (MQ=255) tCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAgg > 1:603561/1‑69 (MQ=255) tCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAgg > 1:884443/1‑69 (MQ=255) tCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAgg > 1:89491/1‑69 (MQ=255) tCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAgg > 1:899239/1‑69 (MQ=255) tCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAgg > 1:3184474/1‑69 (MQ=255) tCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAgg > 1:3160027/1‑69 (MQ=255) tCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAgg > 1:1805489/1‑69 (MQ=255) gTCTGGGCGAGTACCTGAAGCCACTGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAGGt > 1:1430142/1‑68 (MQ=255) gTCTGGGCGAGTACCTGAAGCCACTGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAGGt > 1:1724767/1‑68 (MQ=255) gTCTGGGCGAGTACCTGAAGCCACTGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAGGt > 1:1749275/1‑68 (MQ=255) gTCTGGGCGAGTACCTGAAGCCACTGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAGGt > 1:1858807/1‑68 (MQ=255) gTCTGGGCGAGTACCTGAAGCCACTGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAGGt > 1:2053492/1‑68 (MQ=255) gTCTGGGCGAGTACCTGAAGCCACTGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAGGt > 1:2094912/1‑68 (MQ=255) gTCTGGGCGAGTACCTGAAGCCACTGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAGGt > 1:2190152/1‑68 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |