| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,292,956 | A→G | 50.8% | A29A (GCA→GCG) | gldA → | glycerol dehydrogenase, NAD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,292,956 | 0 | A | G | 50.8% | 1.6 / 126.5 | 136 | A29A (GCA→GCG) | gldA | glycerol dehydrogenase, NAD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (32/35); new base G (55/14); total (87/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.52e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
CACCGGGTAAATACATCCAGGGCGCTGATGTGATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAGGTTTTGCTCAATCCACTGTCGAGAAAAG > minE/2292889‑2293021 | cACCGGGTAAATACATCCAGGGCGCTGATGTGATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAg > 1:2293560/1‑69 (MQ=255)cACCGGGTAAATACATCCAGGGCGCTGATGTGATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAg > 1:874063/1‑69 (MQ=255) gTAAATACATCCAGGGCGCTGATGTGATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCt > 1:2841408/1‑69 (MQ=255) tAAATACATCCAGGGCGCTGATGTGATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTg > 1:1767340/1‑69 (MQ=255) tACATCCAGGGCGCTGATGTGATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGtt < 1:1973186/68‑1 (MQ=255) tACATCCAGGGCGCTGATGTGATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGtt < 1:3024846/68‑1 (MQ=255) cATCCAGGGCGCTGATGTGATTAATCGTCTTGGCGAATACCTGAAGCCTCTGGCAGAACGCTGGTTAgt < 1:1583326/69‑1 (MQ=255) cATCCAGGGCGCTGATGTGATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAgt < 1:828978/69‑1 (MQ=255) cATCCAGGGCGCTGATGTGATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAgt < 1:2880791/69‑1 (MQ=255) cATCCAGGGCGCTGATGTGATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAgt < 1:1657349/69‑1 (MQ=255) cATCCAGGGCGCTGATGTGATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAgt < 1:3431756/69‑1 (MQ=255) ccAGGGCGCTGATGTGATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAgtggt < 1:3285427/69‑1 (MQ=255) ccAGGGCGCTGATGTGATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAgtggt < 1:2858857/69‑1 (MQ=255) ccAGGGCGCTGATGTGATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAgtggt < 1:2088787/69‑1 (MQ=255) ccAGGGCGCTGATGTGATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAgtggt < 1:1905826/69‑1 (MQ=255) ccAGGGCGCTGATGTGATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAgtggt < 1:1013713/69‑1 (MQ=255) ccAGGGCGCTGATGTGATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAgtggt < 1:3007164/69‑1 (MQ=255) ccAGGGCGCTGATGTGATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAgtggt < 1:577405/69‑1 (MQ=255) cAGGGCGCTGATGTGATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAg < 1:1145431/52‑1 (MQ=255) cAGGGCGCTGATGTGATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAg < 1:1867118/52‑1 (MQ=255) cAGGGCGCTGATGTGATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAg < 1:767971/52‑1 (MQ=255) cAGGCCGCTGATGTGATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAg < 1:2647175/52‑1 (MQ=255) aGGGCGCTGATGTGATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAg < 1:236127/51‑1 (MQ=255) aGGGCGCAGATGTAATTAATCGTCTGGGCGAGTACCTGAAGCCACTGGCGGAACGCTGGTTAGtggtgg > 1:588443/1‑69 (MQ=255) aGGGCGCAGATGTAATTAATCGTCTGGGCGAGTACCTGAAGCCACTGGCGGAACGCTGGTTAGtggtgg > 1:1924559/1‑69 (MQ=255) aGGGCGCAGATGTAATTAATCGTCTGGGCGAGTACCTGAAGCCACTGGCGGAACGCTGGTTAGtggtgg > 1:3324892/1‑69 (MQ=255) aGGGCGCAGATGTAATTAATCGTCTGGGCGAGTACCTGAAGCCACTGGCGGAACGCTGGTTAGtggtgg > 1:3413644/1‑69 (MQ=255) aTGTAATTAATCGTCTGGTCGAGTACCTGAAGCCACTGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAAt < 1:3417625/69‑1 (MQ=255) aTGTAATTAATCGTCTGGGCGAGTACCTGAAGCCACTGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAAt < 1:2635744/69‑1 (MQ=255) aTGTAATTAATCGTCTGGGCGAGTACCTGAAGCCACTGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAAt < 1:1568136/69‑1 (MQ=255) aTGTAATTAATCGTCTGGGCGAGTACCTGAAGCCACTGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAAt < 1:2479502/69‑1 (MQ=255) aTGTAATTAATCGTCTGGGCGAGTACCTGAAGCCACTGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAAt < 1:2903540/69‑1 (MQ=255) aTGTAATTAATCGTCTGGGCGAGTACCTGAAGCCACTGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAAt < 1:774212/69‑1 (MQ=255) aTGTAATTAATCGTCTGGGCGAGTACCTGAAGCCACTGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAAt < 1:807632/69‑1 (MQ=255) gtgATTAATCGTCTGGGCGAATACGTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAAttt > 1:3295486/1‑69 (MQ=255) gtgATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAgt < 1:1063984/53‑1 (MQ=255) gtgATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAgt < 1:1826025/53‑1 (MQ=255) gtgATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAgt < 1:1832507/53‑1 (MQ=255) gtgATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAAttt > 1:3272618/1‑69 (MQ=255) gtgATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAAttt > 1:3304379/1‑69 (MQ=255) gtgATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAAttt > 1:2860437/1‑69 (MQ=255) gtgATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAAttt > 1:1668464/1‑69 (MQ=255) gtgATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAAttt > 1:2591944/1‑69 (MQ=255) gtgATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAAttt > 1:755993/1‑69 (MQ=255) gtgATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAAttt > 1:2894449/1‑69 (MQ=255) gtgATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAAtt > 1:1079781/1‑68 (MQ=255) aTTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGt > 1:1736648/1‑68 (MQ=255) tCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAgg > 1:899239/1‑69 (MQ=255) tCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAgg > 1:3160027/1‑69 (MQ=255) tCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAgg > 1:3184474/1‑69 (MQ=255) tCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAgg > 1:603561/1‑69 (MQ=255) tCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAgg > 1:640454/1‑69 (MQ=255) tCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAgg > 1:89491/1‑69 (MQ=255) gTCTGGGCGAGTACCTGAAGCCACTGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAGGt > 1:3369345/1‑68 (MQ=255) gTCTGGGCGAGTACCTGAAGCCACTGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAGGt > 1:630986/1‑68 (MQ=255) gTCTGGGCGAGTACCTGAAGCCACTGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAGGt > 1:2578488/1‑68 (MQ=255) gTCTGGGCGAGTACCTGAAGCCACTGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAGGt > 1:1353236/1‑68 (MQ=255) gTCTGGGCGAGTACCTGAAGCCACTGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAGGt > 1:1430142/1‑68 (MQ=255) gTCTGGGCGAGTACCTGAAGCCACTGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAGGt > 1:1724767/1‑68 (MQ=255) gTCTGGGCGAGTACCTGAAGCCACTGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAGGt > 1:2536852/1‑68 (MQ=255) gTCTGGGCGAGTACCTGAAGCCACTGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAGGt > 1:2503040/1‑68 (MQ=255) gTCTGGGCGAGTACCTGAAGCCACTGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAGGt > 1:2240197/1‑68 (MQ=255) gTCTGGGCGAGTACCTGAAGCCACTGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAGGt > 1:1743801/1‑68 (MQ=255) gTCTGGGCGAGTACCTGAAGCCACTGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAGGt > 1:1749275/1‑68 (MQ=255) gTCTGGGCGAGTACCTGAAGCCACTGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAGGt > 1:2190152/1‑68 (MQ=255) gTCTGGGCGAGTACCTGAAGCCACTGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAGGt > 1:1858807/1‑68 (MQ=255) gTCTGGGCGAGTACCTGAAGCCACTGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAGGt > 1:2053492/1‑68 (MQ=255) gTCTGGGCGAGTACCTGAAGCCACTGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAGGt > 1:2094912/1‑68 (MQ=255) aTACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAGGTTTTGCTCAATc < 1:3340777/69‑1 (MQ=255) tACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAGGTTTTGCTCAATcc > 1:2806935/1‑69 (MQ=255) tACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAGGTTTTGCTCAATcc > 1:2765592/1‑69 (MQ=255) gCCACTGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAGGTTTTGCTCAATCCACTGTc < 1:1021912/67‑1 (MQ=255) gCCACTGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAGGTTTTGCTCAATCCACTGTc < 1:1504679/67‑1 (MQ=255) gCCACTGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAGGTTTTGCTCAATCCACTGTc < 1:6207/67‑1 (MQ=255) gCCACTGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAGGTTTTGCTCAATCCACTGTc < 1:485974/67‑1 (MQ=255) gCCACTGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAGGTTTTGCTCAATCCACTGTc < 1:1441098/67‑1 (MQ=255) tGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAGGTTTTGCTCAATCCACTGTCgaga > 1:199857/1‑66 (MQ=255) tGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAGGTTTTGCTCAATCCACTGTCGAGaa > 1:1315020/1‑67 (MQ=255) tGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAGGTTTTGCTCAATCCACTGTCGAGaa > 1:2807447/1‑67 (MQ=255) tGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAGGTTTTGCTCAATCCACTGTCGAGaa > 1:1405177/1‑67 (MQ=255) tGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAGGTTTTGCTCAATCCACTGTCGAGaa > 1:142417/1‑67 (MQ=255) tGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAGGTTTTGCTCAATCCACTGTCGAGaa > 1:1314335/1‑67 (MQ=255) tGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAGGTTTTGCTCAATCCACTGTCGAGaa > 1:1489820/1‑67 (MQ=255) tGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAGGTTTTGCTCAATCCACTGTCGAGaa > 1:880117/1‑67 (MQ=255) tGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAGGTTTTGCTCAATCCACTGTCGAGaa > 1:1077626/1‑67 (MQ=255) tGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAGGTTTTGCTCAATCCACTGTCGAGaa > 1:606967/1‑67 (MQ=255) tGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAGGTTTTGCTCAATCCACTGTCGAGaa > 1:2561772/1‑67 (MQ=255) tGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAGGTTTTGCTCAATCCACTGTCGAGaa > 1:2981678/1‑67 (MQ=255) tGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAGGTTTTGCTCAATCCACTGTCGAGaa > 1:2990083/1‑67 (MQ=255) tGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAGGTTTTGCTCAATCCACTGTCGAGaa > 1:1763970/1‑67 (MQ=255) tGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAGGTTTTGCTCAATCCACTGTCGAGaa > 1:1813786/1‑67 (MQ=255) tGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAGGTTTTGCTCAATCCACTGTCGAGaa > 1:203408/1‑67 (MQ=255) tGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAGGTTTTGCTCAATCCACTGTCGAGaa > 1:309149/1‑67 (MQ=255) tGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAGGTTTTGCTCAATCCACTGTCGAGaa > 1:2070748/1‑67 (MQ=255) tGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAGGTTTTGCTCAATCCACTGTCGAGaa > 1:3268777/1‑67 (MQ=255) tGGCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAAATTGATTTAGGTTTTGCTCAATCCACTGTCGAGaa > 1:2180578/1‑67 (MQ=255) aggCGGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAGGTTTTGCTCAATCCACTGTCGAGaa > 1:1892267/2‑67 (MQ=255) ggCAGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAGGTTTTGTTCAATCCACTGTCGAGAAAAg < 1:2156482/69‑1 (MQ=255) ggCAGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAGGTTTTGCTCAATCCACTGTCGAGAAAAg < 1:451350/69‑1 (MQ=255) ggCAGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAGGTTTTGCTCAATCCACTGTCGAGAAAAg < 1:3024293/69‑1 (MQ=255) | CACCGGGTAAATACATCCAGGGCGCTGATGTGATTAATCGTCTGGGCGAATACCTGAAGCCGCTGGCAGAACGCTGGTTAGTGGTGGGTGACAAATTTGTTTTAGGTTTTGCTCAATCCACTGTCGAGAAAAG > minE/2292889‑2293021 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |